기준시가에 의한 예정신고 이후 실거래가액에 의한 과세요구 가능 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 97.1.30 경기도 안산시 ○○○동 ○○○ 대지 242.5㎡, 건물 494.86㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 양도하고 쟁점부동산중 토지는 실거래가액을, 건물은 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정하고 양도소득세 신고를 하였다. 처분청은 98.2.24 쟁점부동산의 실지양도가액이 485,000,000원임을 확인하고 신고된 양도가액(345,000,000원)을 부인하여 토지부분(건물부분은 기준시가에 의하여 과세하였음)에 대한 양도소득세 결정전통지(예상세액 30,292,492원)를 하였으며, 이에 대해 청구인은 건물에 대한 양도차익을 실지거래가액(건물신축도급금액 220,000,000원)으로 산정하여 달라고 시정요구하였으나 처분청은 98.5.12 청구인이 제출한 증빙서류가 허위로 판단된다하여 시정할 수 없음을 통지한 후 98.5.5 양도소득세 30,209,490원을 청구인에게 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.6.26 심사청구를 거쳐 98.10.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 처분청이 청구인이 예정신고한 쟁점부동산의 거래가액을 안분하여 대지부분의 실지양도가액으로 인정하였으므로 나머지 잔액은 건물부분의 실지 양도가액이고, 쟁점부동산의 실지 취득가액도 예정신고한 가액을 안분하여 대지부분의 실지거래가액으로 인정하였으므로 나머지 잔액은 역시 건물부분의 실지 취득가액으로 보아야 한다. 그렇다면 쟁점부동산의 건물부분도 실지거래가액으로 신고한 것이 되므로 이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것인 바 건물의 실지 취득가액을 결정전통지에 대한 시정요구시 신고한 건물신축도급계약서상 도급금액인 220,000,000원(예정신고한 가액: 기준시가 57,366,480원)으로 하여 양도소득세를 과세하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 거주자가 양도소득세 신고시 실지거래가액을 적용하여 신고한 경우에는 취득 및 양도가액을 실지거래가액에 의하고 기준시가를 적용한 경우에는 기준시가를 적용하여 과세하는 것으로 이러한 기준은 양도자산별로 적용되는 것인 바, 납세의무자인 청구인이 토지는 실거래가액으로 건물은 기준시가로 신고한 이 건에 있어 관련법 규정에 따라 토지의 실지거래가액을 조사하여 확인된 실거래가액을 적용 과세한 처분에 잘못은 없고, 설령, 토지와 건물이 동시에 공급되어 실거래가액이 밝혀진다고 하더라도(청구인이 제시한 건축도급계약서는 화물운송업체가 작성한 것일 뿐만 아니라 동 계약서에 기재된 주소지 등으로 보아 그 신빙성을 인정할 수 없다) 신고시 기준시가를 적용한 건물에 대하여 결정전까지 실지거래가액을 적용하는 내용으로 신고한바 없으므로 실지거래가액을 적용할 수는 없다. 그렇다면, 청구인 제시의 건물 취득가액의 사실여부를 가릴 필요없이 토지는 실지거래가액에 의하고 건물은 기준시가에 의하여 결정고지한 처분에 잘못은 없다 할 것이다.

• 가. 쟁점 이건은 청구인이 토지부분은 실지거래가액으로 건물부분은 기준시가로 양도차익을 산정하여 자산양도차익예정신고를 한 후, 처분청의 결정전 통지에 대해 시정요구를 하면서 증빙서류를 갖추어 건물부분도 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세해 줄 것을 요구한 것에 대해 처분청이 건물부분에 대해 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】 제1항은 『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 환산한 가액에 의하여야 한다』라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제106조【양도차익의 산정】 제4항에서는 『법 제96조 제1호 단서 및 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 경우를 말한다. 1.∼2. (이하생략)

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고한 경우(이하생략)』라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이건은 청구인이 90.5.4 쟁점부동산을 취득하고 91.2.9 이 건물을 멸실한 후 상가 및 주택겸용건물을 신축하여 97.1.30 양도하고, 97.3.3 쟁점부동산의 실지양도가액을 340,000,000원으로 하여 이를 기준시가 및 면적비율로 안분한 토지의 실지양도가액을 227,040,000원으로, 쟁점부동산의 실지취득가액을 240,000,000원으로 하여 토지부분의 실지취득가액은 238,680,000원으로 계산하였으며, 건물은 기준시가(양도가액 70,483,920원, 취득가액 57,366,480원)로 하여 자산양도차익예정신고(주택부분은 비과세 신고)하면서 양도시 및 취득시의 부동산 매매계약서를 증빙자료로 제시하고 있다.

(2) 먼저 청구인은 당초 기준시가로 양도차익을 계산하여 신고한 건물부분에 대해서 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 과세할 것을 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면, 과세표준과 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 신고하지 않을 때에는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하며, 과세표준과 세액의 결정일 경과 후에 실지거래가액이 확인되더라도 실지거래가액에 의해 양도차익을 산정할 수 없는 것(국심 96서1837, 96.8.2 외 다수)이나, 이건은 청구인이 예정신고시 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여 양도차익을 산정하였고, 취득가액에 대한 증빙으로 취득당시의 매매계약서를 제출하였으나 취득당시의 건물은 멸실하고 91.2.9 건물을 신축하였으므로 이 매매계약서는 양도건물인 신축건물의 실지취득가액에 대한 증빙이 아니나, 예정신고시 제출한 쟁점부동산의 매매(양도)계약서에 의하여 건물부분에 대한 실지양도가액을 계산할 수 있으므로 실지양도가액에 대한 증빙을 제출하였다고 볼 수 있고 취득가액은 결정전통지에 대한 시정요구시 건물신축도급계약서를 제시하면서 실지취득가액에 의한 과세를 주장하였으므로 이건은 과세표준과 세액 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 실지거래가액을 처분청에 신고한 경우로 볼 수 있는 것으로 판단된다.

(3) 다음 청구인이 주장하는 실지거래가액이 확인되는지 살펴본다.

① 쟁점부동산 양도가액은 485,000,000원(청구인 신고가액: 340,000,000원)임이 청구인과 매수인 청구외 ○○○간에 1996.11.10 작성된 부동산 매매계약서에 의하여 확인되는 바, 이에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으므로 이 실지양도가액을 기준시가에 의해 토지부분과 건물부분으로 안분하고, 건물부분을 면적에 의해 주택부분과 상가건물부분으로 안분하면 양도자산별로 실지양도가액을 확인할 수 있다 하겠다.

② 쟁점부동산 취득가액은 청구인이 제시한 부동산 매매계약서에 의하면 240,000,000원으로 나타나 있는 바 쟁점부동산과 토지부분의 실지취득가액에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으므로 건물부분의 취득가액에 대해 살펴보면, 청구인은 청구인과 청구외 ○○○화물(주)은 90.4.13∼90.9.10 기간중 공사대금 220,000,000원에 쟁점부동산 건물을 신축하는 것으로 계약된 건설공사표준도급계약서와 ○○○화물(주)발행영수증 3매, ○○○금고의 입금전표 및 잔액증명서등을 실지취득가액에 대한 증빙으로 제시하고 있는 바, 제시된 계약서는 원본 분실로 재작성된 것이라고 청구인이 이야기하고 있고, ○○○화물(주)는 등기부에 업종이 구역화물운송업으로 등재되어 있고 ○○○화물(주)가 96.12.1 폐업했기 때문에 장부 등 청구주장을 확인할만한 자료가 없어 ○○○화물(주)가 건설공사를 시행했는지 여부가 불확실할 뿐만 아니라, ○○○금고에서 90.1.13 인출된 금액(100,000,000원)도 이것이 ○○○화물(주)에 공사대금으로 지급되었는지가 확인되지 않는다.

(4) 위 사실을 종합하면 이건 쟁점부동산의 건물부분에 대한 양도차익을 소득세법시행령 제106조 제4항 에 따라 실지거래가액에 의하여 산정할 수는 있으나, 앞에서 본 바와 같이 건물부분에 대한 실지취득가액이 확인되지 않으므로 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분에 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 같은법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.