토지 취득시기가 특조법에 의한 등기신청시 작성한 보증서상의 취득일자인 78.4.20인지 소유권보존등기 접수일자인 94.12.23인지 여부(경정)

[주 문] 광명세무서장이 98.6.18 청구인에게 부과처분한 95년 귀속 양 도소득세 135,432,640원, 농어촌특별부가세 5,309,940원은 경기 도 시흥시 OO동 OOO 전 588㎡, 같은동 OOO 전 731㎡, 같은동 OOOOO 전 2,650㎡, 같은동 OOOOO 전 123㎡, 같은동 OOOOO 전 7㎡의 취득시기를 94.12.23로 하 여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 경기도 시흥시 OO동 OOO 전 588㎡, 같은동 OOO 전 731㎡, 같은동 OOOOO 전 2,650㎡, 같은동 OOOOO 전 123㎡, 같은동 OOOOO 전 7㎡ 합계 4,099㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 95.6.5 경기도 시흥시에 공공용지로 양도하고 쟁점토지의 취득시기를 부동산소유권이전등기등에 관한 특별조치법(이하 “특조법”이라 한다)에 의한 소유권보존등기 접수일인 94.12.23로 하여 95.8.2 자산양도차익예정신고한 바 있다. 처분청은 이 건 신고에 대하여 쟁점토지의 취득시기를 소유권보존등기신청시 첨부된 확인서 및 보증서상 취득일자인 78.4.20로 하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 98.6.18 청구인에게 95년귀속 양도소득세 135,432,640원과 농어촌특별세 5,309,940원을 부과처분한 바 있다. 청구인은 이에 불복하여 98.8.1 심사청구를 거쳐 98.9.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 95.6.5 시흥시에 수용된 것으로서 취득당시부터 원래 등기가 되어 있지 않는 미등기자산이었으며 같은 동네 사람으로부터 취득하였기에 이를 믿고 소유권에 대한 별다른 조치없이 청구인이 계속하여 직접 경작하여 오던중 시흥시에 수용에 대한 보상금문제로 특조법에 의한 소유권이전등기를 하였던 것으로 취득시기를 소득세법 제27조 및 시행령 제53조 제1항 제1호에 의거 등기부상의 등기접수일로 보아야 한다. 세법의 해석과 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 함이 국세기본법의 정신이자 세법적용의 원칙임에 비추어 처분청이 취득시기를 판정함에 있어 특조법상의 등기부정리를 위한 확인서 및 보증서상에 기재된 추정일자인 78.4.20로 의제하여 양도소득세를 부과결정한 것은 관련법령의 적용에 오류를 범한 것이다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지의 취득시기는 청구인이 당초 전소유자 3인으로부터 취득한 78.4.20로 보아야 할 것이고 94.12.23은 소유권의 실질내용에 따라 청구인 명의로 소유권보존등기를 경료한 날에 불과하므로 등기부등본상의 소유권보존등기 접수일자에 사실상 취득이 이루어진 것이라 볼 수 없다 할 것이다. 그러므로 처분청이 이 건 양도소득을 계산함에 있어서 소유권변동이라는 실질내용에 따라 쟁점1토지 취득시기를 78.4.20로 하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지 취득시기가 특조법에 의한 등기신청시 작성한 보증서상의 취득일자인 78.4.20인지 소유권보존등기 접수일자인 94.12.23인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 소득세법 제27조에서 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 같은법시행령 제53조 제1항에서 “법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다”라고 하면서 제1호에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다”라고 규정하고 있다. 한편 특조법 제1조에서 “이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다”라고 규정하고 있으며, 제3조에서 “이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985.12.31 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 특조법에 의하여 94.12.23 소유권보존등기를 한 후 95.6.5 시흥시에 양도(공공용지 협의 양도)하고 취득시기를 94.12.23로 하여 95.8.2 자산양도차익예정신고를 하였으나, 처분청은 쟁점토지의 취득시기를 특조법에 의한 등기이전시 첨부된 보증서상의 매수일인 78.4.20로 하여 이 건 과세하였음이 결정결의서 등 관련자료에 나타나 있다.

(2) 관련 등기부등본에 의하면 쟁점토지는 94.12.23 법률 제4502호(특조법)에 의하여 청구인에게 소유권보존등기가 되었음을 확인할 수 있으며, 청구인이 이를 취득함에 있어서 그 취득대금이 78.4.20 청산된 사실이나 또는 그외 어느날에 청산되었는지가 객관적인 자료에 의하여 확인되지 아니하며 또한 매매계약서의 제출이 없어 잔금지급약정일도 확인되지 아니한다.

(3) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 당해 자산의 취득시기와 양도시기는 다같이 그 양도당시의 규정에 따라 판단하는 것인데, 쟁점부동산의 양도당시 시행된 소득세법 제27조 및 같은법시행령 제53조 제1항 제1호에 의하면 당해 부동산의 취득시기 또는 양도시기는 대금을 청산한 날로 하게 되어 있고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일, 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 하게 되어 있는 한편 특조법에 의하여 등기된 부동산의 경우와 관련하여 달리 별도의 규정을 두고 있지 아니하므로 특조법에 의하여 등기된 부동산의 경우라 하더라도 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 소득세법령상의 규정에 의할 수 밖에 없다 하겠으므로 자산의 양도차익 계산 목적상 그 취득시기 또는 양도시기를 판정함에 있어서는 소득세법 제27조 및 같은법시행령 제53조 제1항 제1호의 규정에 따라야 할 것인 바(같은 뜻: 국심 95구 2814호, 96.8.8 합동회의), 사실관계에 나타난 바와 같이 쟁점토지의 잔금청산일이나 잔금지급약정일이 확인되지 아니하는 경우이므로 쟁점토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 취득시기는 등기접수일인 94.12.23이라고 인정된다. 따라서 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일인 94.12.23로 하여 양도차익을 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 타당한 것으로 인정된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.