아파트에대한 양도소득세 과세표준과 세액을 실지거래가액에 의하여 산출할 수 있는지 여부 및 기준시가적용방법의 당부(취소)

[주 문] 광명세무서장이 1998.1.20 청구인에게 결정고지한 양도소득세 10,438,720원의 부과처분은 이를 결정취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 개요 청구인은 OOOOO 직장주택조합에 가입하여 서울특별시 중랑구 OO동 OOO 토지 38.01㎡를 1989.12.27 취득하고 동 지상에 신축된 직장주택조합아파트인 OOOOOOOO OO OOOOO 건물 84.97㎡(이상의 토지와 건물을 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 1992.3.13 취득하여 1996.4.30 양도하였다. 처분청은 청구인이 위 쟁점아파트를 양도하고도 이에 대한 양도소득세 과세표준 및 세액을 신고하지 아니하였으므로 위 토지 38.01㎡만을 과세대상으로 기준시가를 적용하여 1998.1.20 양도소득세 10,438,720원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1998.2.19 심사청구를 거쳐 1998.6.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 과세적부심사처리규정상 결정전 조사내용 통지를 받지 못하여 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 실지거래가액을 신고할 수 없었고, 청구인이 양도한 것은 국세청장지정지역내의 주택조합아파트를 분양받아 동아파트를 양도한 것인 바, 공유지분의 토지만을 과세대상으로 하여 기준시가를 적용한 과세처분은 양도소득세액 산정방법을 벗어난 위법한 것이므로, 동아파트의 실지거래가액에 대한 증빙서류를 제출하므로 실지거래가액에 의거 과세하여야 한다. 기준시가에 의하여 과세하는 경우에도 동아파트가 국세청장지정지역내에 소재하는 바, 종전의 예규가 조합아파트양도에 대한 취득가액산정방법이 불합리하고 계산방법이 복잡하다고 하여 국세청장이 새로 개정한 국세청예규(재일 46014-103, 97.1.21)에 의거 세액을 산정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 과세적부심사 처리규정 제3조에 의한 결정전 조사내용의 통지를 받지 못하였다는 청구인주장은 불복대상이 아니며, 실지거래가액에 의하여 과세하여야 한다는 주장에 대하여는 당초 청구인의 무신고로 인하여 기준시가를 적용하여 과세한 것으로 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이건의 다툼은 (1) 쟁점아파트에대한 양도소득세 과세표준과 세액을 실지거래가액에 의하여 산출할 수 있는지 여부와 (2) 처분청의 기준시가적용방법의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1995.12.29 법률 제5031호로 개정되어 1996.1.1부터 시행되는 소득세법 제96조【양도가액】제1호 단서는 『다만, 당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다』고 규정하고 있고 같은법 제97조【양도소득의 필요경비계산】제1항 제1호 가목 단서는 『다만, 당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다』고 규정하고 있으며, 1995.12.30 대통령령 제14680호로 개정되어 1996.1.1부터 시행되는 같은 법 시행령 제166조【양도차익의 산정】제4항은 『법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다』고 규정하고 그 제3호에서는 『양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우』라고 규정하고 있다. 또 같은 법 제99조【기준시가의 산정】제1항 제1호 다목은 『건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분 소유하는 공동주택 또는 특수용도의 건물로서 대통령령이 정하는 지역안에 소재하는 주택 또는 건물의 경우에는 가목 및 나목의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액』을 기준시가로 규정하고 있고 같은 법 시행령 제164조 【토지·건물의 기준시가산정】제4항은 『법 제99조 제1항 제1호 다목에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 국세청장이 지정하는 지역을 말한다』고 규정하고 있으며, 같은조 제5항은 『법 제99조 제1항 제1호 다목에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액”이라 함은 국세청장이 양도자산의 종류·규모·거래상황 등을 참작하여 당해 부속토지와 건물의 가액을 일괄하여 평가·고시한 가액(…생략…)을 말한다』고 규정하고 있고, 같은조 제8항은 『제4항의 규정에 의하여 국세청장이 지정한 지역에 있는 자산으로서 취득당시에는 그 지역에 해당하지 아니하는 경우 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다』고 규정하고 있으며, 국세청장이 당해 자산에 대하여 최초로 고시한 기준시가 × 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 가액 당해 자산에 대하여 국세청장이 최초로 고시한 기준시가 고시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목 및 나목의 가액(생략) 같은조 제10항은 『지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의하여 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식중 시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 시가표준액을 말한다』고 규정하고 있다. 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 시가표준액 1990년 8월 30일 현재의 시가표준액과 그 직전에 결정된 시가표준액의 합계액 을 2로 나누어 계산한 가액
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. 양도 소득금액 산출의 기준시가적용의 예외로서 소득세법 제96조 제1호 단서 및 제97조 제1항 가목 단서는 대통령령이 정하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하도록 하고 같은 법 시행령 제166조 제4항 제3호는 과세표준 및 세액의 결정일이내에 증빙서류를 갖추어 실지거래가액을 신고하는 경우에 동 규정을 적용토록 하고 있다. 이와관련 청구인은 과세적부심사제도상의 결정전 조사내용통지를 받지 못하였기 때문에 과세표준과 세액을 결정일이내에 신고하지 못하였다고 주장하고 있으나 처분청에서 제시한 결정전통지서발송대장에 의하면 1997.12.23 청구인에게 결정전 조사내용 통지서가 발송되었음이 확인되고 있다. 한편 과세적부심사제도는 납세자의 사전권리구제를 강화하기 위한 목적으로 1996.4.1 국세청 훈령 제1237호로 『과세적부심사 사무처리규정』을 제정하여 1996.4.15부터 시행하고 있는 제도로서, 동 규정 제3조의 규정에 의하면 『이 규정에 의한 결정전 통지, 과세적부심사 청구에 대한 결정 및 과세적부 재심사 청구에 대한 처리는 국세기본법 제55조에 규정하는 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당되지 아니한다』고 규정하고 있어 결정전 조사내용 통지의 수령여부는 불복청구대상 자체가 아님을 알 수 있다. 그러므로 청구주장과 같이 설령 결정전 조사내용 통지를 수령하지 못하여 신고할 기회를 부여 받지 못하였다고 하더라도 이러한 결정전 조사내용 통지는 어디까지나 과세관청에서 납세의 안내로 실시되는 것일 뿐이며, 양도소득세의 경우 예정신고 또는 확정신고의 기회가 주어져 있어 중첩적으로 별도의 신고기회를 부여할 필요는 없다고 할 것인바, 과세표준과 세액을 결정일이내에 신고하지 않았음을 스스로 인정하고 있는 이건의 경우 실지거래가액에 의한 과세를 주장하는 청구인의 주장은 관련법리를 오해한 그릇된 주장이라고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. 이건 과세경위를 보면 처분청은 양도소득세 과세자료전겸 결정결의서를 수보받아 쟁점아파트의 공유지분토지 38.01㎡만을 과세대상으로 기준시가를 적용하여 결정고지하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이건 양도가 구분소유공동주택의 공유지분토지만을 양도한 것이 아니고 토지의 공유지분을 포함한 주택조합아파트의 양도라고 주장하고 있다. 이건 관련 양도대상물건이 쟁점아파트의 공유지분토지 인지 쟁점아파트 자체인지에 대하여 살펴보면, 청구인은 1989.4. 무주택으로 근무처인 OOOOO 직장주택조합에 가입하였으나 1990.6.2 처 OOO 명의로 단독주택을 취득하므로서 조합원자격을 상실하였음에도 계속하여 토지대금 및 건축비용을 납부하고 1991.12.23 OO 연합주택조합으로부터 쟁점아파트를 분양받은 사실이 확인되며 쟁점주택에 대해 1992.3.13 중랑구청장이 민영주택 임시사용을 승인한 사실이 중랑구청장이 발행한 민영주택임시사용승인일확인서에 의해 확인된다. 또한 쟁점아파트에 대하여 1993.2.1 국세청 고시 93-2호 및 93-3호로 소득세법 시행령 제164조 제5항 소정의 기준시가가 적용되는 아파트로 고시된 사실로 볼 때 청구인이 양도한 것은 소득세법 제99조 제1항 1호 다목 『건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 공동주택』인 쟁점아파트의 토지 및 건물을 일괄하여 양도한 것임을 알 수 있다. 그러므로 이건 부동산의 양도가액을 소득세법 시행령 제164조 제5항에 의거 국세청장이 평가·고시한 가액으로 하고 소득세법 시행령 제164조 제8항 및 제10항 규정의 산식에 따라 계산한 가액을 취득가액으로 하여 이건 양도소득세의 과세표준과 세액을 산정하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 양도대상물건을 쟁점아파트의 공유지분토지만을 과세대상으로 삼아 과세한 처분은 과세대상부동산에 대한 판단을 그르친 위법이 있으므로 원처분을 결정 취소하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.