토지의 양도시기가 언제인지 여부와 기준시가로 과세한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 경기도 용인시 구성면 OO리 OOO 전 892㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 89.6.13. 취득하여 96.5.22. 양도하고 양도소득세 신고를 하지 아니하였는 바, 처분청은 이 건 양도에 대하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 97.12.16. 청구인에게 96년귀속 양도소득세 60,919,820원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 98.2.10. 심사청구를 거쳐 98.6.9. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 89.5월 OOO으로부터 18,900천원에 취득하여 농가주택을 지으려고 하였으나 청구인의 사업부진에 따른 자금사정 악화로 인하여 90.3월 OOO에게 54백만원에 양도를 하게 되었다. 매매계약 당시 OOO은 농가주택을 건축할 자격이 없었기 때문에 청구인 명의로 건축허가를 받고 나서 주택이 완공된 후 잔금을 수령하면서 소유권이전등기를 해주는 조건으로 계약을 체결하여 90.3.25. 계약금 1백만원, 90.4.19. 건축허가를 받고나서 중도금 25백만원, 건물준공후 90.8.20. 잔금 28백만원을 각각 수령하여 소유권이전하려고 하였으나 위 주택이 OO공씨 종중토지의 경계를 침범하게 되자 OO공씨측에서 이의를 제기하게되어 준공검사를 받지 못하다가 96년에 부동산실명제가 실시되면서 OOO 명의로 등기하게 된 것일 뿐 청구인은 OOO에게 90.8.25. 잔금을 청산하고 양도하였으므로 이 건 과세처분은 국세부과제척기간이 만료되었기 때문에 당연 무효인 처분이다. 청구인에게 부과된 양도소득세는 청구인의 실제 취득, 양도내역에 따른 양도차익인 35,100천원보다 많이 부과되었는 바, 이는 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 자진신고에 관계없이 실지거래가액에 의한 양도차익을 넘을 수 없다는 대법원판례 등에 비추어 보아도 이는 부당한 처분이다.
• 나. 국세청장 의견

(1) 쟁점토지 양도시기에 대하여 살펴보면, 쟁점토지 등기부등본상 96.3.16. 매매를 원인으로 96.5.22. 소유권이전등기하였고, 청구인이 제시한 매매계약서 사본에 의하면 건축허가일에 중도금을 지급하고 준공검사시 잔금을 지급한다고 명시되어 있으나, 중도금 지급금액과 지급일을 알 수 없고, 또한 쟁점토지 지상의 주택 준공검사일이 불분명하고 잔금 수령일을 입증할 구체적인 입증자료 제시가 없을 뿐만 아니라 매수자의 인장이 없이 모인(매수자의 모인인지 확인할 수 없음)이 찍힌 점등으로 보아 청구인이 제시한 매매계약서 사본은 진실한 매매계약서라고 보기 어렵다. 따라서 쟁점토지의 대금청산일이 불분명하므로 등기부등본상 등기접수일을 양도시기로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 전시한 소득세법에 의하여 자산을 양도한 경우에 그 양도차익을 산정함에 있어 기준시가에 의하여 계산함이 원칙이고, 예외적으로 자산의 양도차익예정신고나 과세표준확정신고를 함에 있어서 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 제출한 때에는 실지의 양도 및 취득가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 위와같은 신고가 없거나 있더라도 증빙서류의 제출이 없거나 신고당시 제출한 증빙서류가 신빙성이 없어 취득 및 양도당시의 실지거래가액을 확인할 만한 자료가 되지 못한다고 인정될 경우에는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것인 바(같은 뜻: 대법원 97누 14187, 97.11.14.), 양도소득세 결정일전까지 취득 및 양도가액의 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙서류를 갖추어 신고가 없었던 본 청구의 경우 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도시기가 언제인지 여부와 기준시가로 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제98조 및 같은법시행령 제162조 제1항 제1호에서 “자산의 양도일은 원칙적으로 당해자산의 대금을 청산한 날이나 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일, 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다”라고 규정하고 있다. 소득세법 제96조에서 “양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “법 제94조 제1호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산의 경우에는 실지거래가액에 의한다”라고 규정하고 있고, 같은법 제97조 제1항에서 “거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다”고 규정하면서 그 제1호 가목에서 “94조 제1호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가, 다만, 당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다”라고 규정하고 있다. 또한 같은법시행령 제166조 제4항에서 “법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목단서에서 ‘당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우’라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다”고 규정하고 그 제1호에서 “단기매매차익을 목적으로 취득후 1년 이내의 부동산을 양도하는 경우”로 규정하고 있고, 제3호에서 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우”로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 89.6.13. 취득하여 96.5.22. 청구외 OOO에게 양도하고 양도소득세를 신고한 사실이 나타나지 아니하고, 94.9.7. 쟁점토지에 근저당권자를 청구외 OOO으로 채권최고액을 150백만원으로, 채무자를 청구인으로 하여 근저당권이 설정되었다가 96.5.9. 동 근저당권이 말소되었음이 관련 등기부등본에 나타나 있다.

(2) 먼저 쟁점토지의 양도시기에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점토지를 90.8.25. 대금을 청산하고 양도하였다고 주장하면서 거증서류로 제시한 쟁점토지 양도당시 매매계약서를 보면 매매대금 총액은 54백만원, 계약금 1백만원, 중도금 25백만원, 잔금 28백만원으로 되어 있으나 지급일자가 기재되어 있지 아니하고 건축설계승인이 나오면 중도금을 지불하고 잔금은 준공검사를 필하고 명의변경시 지불한다고 기재되어 있으나 대금을 지급하였다는 거증의 제시가 없어 위 계약서만으로는 쟁점토지의 잔금이 90.8.25. 청산되었다고 인정할 수 없다 할 것이다. (나) 또한 청구인이 제시한 양수자 OOO의 확인서(98.1월 작성)를 보면 청구외 OOO이 쟁점토지를 90.3.25. 계약금 1백만원을 지불하고 중도금은 90.4.20. 25백만원을 지급하였고, 잔금은 90.8.20. 28백만원을 지급하였으며 농지매매 계약후 쌍방간에 농가주택을 신축하여 주기로 하였으나 준공상 하자가 발견되어 등기이전에 필요한 제반서류가 불충분하여 계속하여 등기이전하지 못한 상태에서 청구인과의 협의하에 근저당권설정을 하게 되었으며, 96.5.9. 근저당권 말소후 96.5.22. 등기이전을 하게 된 것이라고 하고 있으나 양수자 OOO이 94.9.7. 채무자를 청구인으로 하여 쟁점토지에 대해 근저당권설정한 일자가 청구인이 주장하는 잔금청산일인 90.8.25.로부터 4년이 경과한 이후에 이루어진 점으로 보아 쟁점토지의 잔금이 90.8.25. 청산되었다고 인정되지 아니한다 할 것이다. (다) 청구인은 매매계약서와 양수자 OOO의 확인서이외에 잔금청산일을 확인할 수 있는 금융자료등 객관적인 거증서류의 제시가 없어 잔금청산일이 확인되지 아니하므로 쟁점토지의 양도시기는 전시법령에 의하여 등기접수일로 보아야 할 것이다.

(3) 이 건 기준시가로 과세한 처분의 당부에 대하여 본다. (가) 청구인은 이 건 관련 양도소득세를 신고한 사실이 없는 바, 쟁점토지를 18,900천원에 취득하여 54,000천원에 양도하여 양도차익이 35,100천원이므로 이를 한도로 과세하여야 한다고 쟁점토지의 취득 및 양도당시의 매매계약서와 양수인 OOO의 확인서를 제시하고 있으나 취득 및 양도가액을 객관적으로 인정할 수 있는 금융자료 등 거증자료의 제시가 없고 청구인이 주장하는 양도가액 54,000천원은 기준시가(176,705,200원) 대비 30%에 불과한 점 등을 보면 청구인이 주장하는 쟁점토지의 실지거래가액을 사실로 인정할 수 없다 할 것이다. (나) 전시 관련법령에 의해 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에 실지거래가액으로 그 양도차익을 산정할 수 있는 것이나, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 실지거래가액을 신고한 사실이 나타나지 아니하고 실지거래가액이 확인되지 아니하여 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정할 수 없는 경우이므로 처분청이 이 건 기준시가에 의해 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 인정된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.