[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 제조업(합성세제)을 영위하는 법인으로 1992.5.31 서울특별시내에 있던 공장을 수도권외의 지역으로 이전하였고, 청구법인은 1994사업년도～1996사업년도에 구 조세감면규제법(1993.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것을 말하며, 이하 같다) 제15조의 3 제1항의 규정에 의한 중소제조업에 대한 특별세액감면 17,161,454원, 같은법 제43조의 4 제1항의 규정에 의한 지방이전중소기업에 대한 세액감면 103,070,719원을 감면신청하였으나 처분청에서는 중소제조업에 대한 특별세액감면규정과 지방이전중소기업에 대한 세액감면규정을 동시적용하여 중복지원할 수 없다는 이유로 중소제조업에 대한 특별세액감면규정의 적용을 배제하여 1994사업년도 법인세 3,876,700원, 1995사업년도 법인세 13,382,150원, 1996사업년도 법인세 15,527,670원을 1997.12.17 청구법인에게 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1998.1.6 심사청구를 거쳐 1998.4.20 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 1986.4.3 설립이래 줄곧 제조업을 영위해온 청구법인은 1992.5.31 서울특별시에 있던 공장을 OO공단으로 이전한 후 구 조세감면규제법 제15조의 3과 제43조의 4의 규정에 의거 중소제조업에 대한 특별세액감면과 지방이전 중소기업에 대한 세액감면을 중복하여 감면받아 왔는데 1994사업년도 이후부터 처분청에서는 신 조세감면규제법(1993.12.31 개정이후의 것을 말하며, 이하 같다) 제117조 제7항등의 규정에 의거 감면규정의 중복적용이 배제된다 하여 중소제조업에 대한 특별세액 감면을 배제하여 이 건 법인세를 과세하였으나, 신 조세감면규제법 시행이전의 1993사업년도까지는 중소제조업 특별세액 감면과 중소기업 지방이전 세액감면에 대하여는 중복 적용을 허용하다가 신법 개정으로 1994년부터는 신법 제7조의 중소제조업 특별세액 감면과 신법 제46조의 지방이전 중소기업 감면에 대하여 중복 적용을 배제하면서도 구법 제43조의 4의 규정에 의하여 지방이전 중소기업에 대한 세액감면을 받고 있는 경우에는 그 잔여기간동안 구법체제하에서와 똑같이 중소제조업에 대한 특별세액 감면과 함께 중복 감면을 받을 수 있도록 신법 부칙 제13조에 구법 제43조의 4를 열거하지 않았으므로 1992.5.31 수도권외의 지역으로 공장을 이전하여 제조업을 개시한 청구법인의 경우 구 조세감면규제법 제43조의 4 규정이 적용되고 1994년 현재 4년의 감면기간이 남아 있으므로 중소제조업에 대한 특별세액감면과 지방이전 중소기업에 대한 세액감면규정을 동시 적용하여 감면하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 신 조세감면규제법 제117조 제7항에서 같은법 제7조의 중소제조업에 대한 특별세액감면과 제46조의 지방이전 중소기업에 대한 세액감면이 중복하여 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제1조에서는 이 법은 1994.1.1부터 시행한다고 규정하고, 제2조에서는 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다라고 규정하고 있으며, 제13조(조세감면에 대한 경과조치)에 종전의 규정에 의거 중복 적용이 가능하다는 별도의 규정이 없으므로 1994사업년도부터는 개정된 조세감면규제법 제117조 제7항이 적용되어 중복감면이 배제된다고 보아야 하고, 따라서 중소제조업에 대한 특별세액 감면과 지방이전 중소기업에 대한 세액감면을 중복하여 감면받을 수 있다는 청구주장은 법리를 오해한 그릇된 주장이라고 판단된다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건 심판청구는 중소제조업에 대한 특별세액감면규정(신 조세감면규제법 제7조)과 지방이전 중소기업에 대한 세액감면규정(신 조세감면규제법 제46조)을 동시적용하여 중복지원할 수 있는지 여부에 대하여 그 다툼이 있다.
- 나. 관계법령 구 조세감면규제법 제15조의 3 제1항에서 『제조업을 영위하는 중소기업에 대하여는 1992년 1월 1일이후 최초로 개시하는 과세연도의 개시일부터 2년이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득(이하 이 조에서 “제조업소득”이라 한다)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액에 다음의 감면율을 적용하여 계산한 세액을 감면한다.(단서 생략) 구 분 제조업 소득금액 감 면 율 거주자 5천만원 이하분 5천만원 초과분 산출세액의 100분의 40 산출세액의 100분의 20 내국법인 1억원 이하분 1억원 초과분 산출세액의 100분의 40 산출세액의 100분의 20 』이라고 규정하고 있고, 같은법 제43조의 4 제1항에서 『수도권안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 의하여 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그 다음 2년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고 있다. 한편 신 조세감면규제법 제7조 제1항에서 『제조업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득(이하 이 조에서 “제조업소득”이라 한다)에 대한 소득세 또는 법인세의 산출세액의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략)』고 규정하고 있고, 같은법 제46조 제1항에서 『수도권안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도개시일부터 3년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그 다음 2년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다.』고 규정하고 있으며 같은법 제117조 제7항에서 『내국인의 동일한 공장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조·제7조·제31조 제7항 및 제8항·제32조 제8항·제34조·제46조·제50조·제54조, 이 법 부칙 제13조 또는 외자도입법 제14조의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.』고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제1조에서 『이 법은 1994년 1월 1일부터 시행한다』고 규정하고 있으며, 같은법 부칙 제2조에서 『이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다』고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제13조 제1항에서 『이 법 시행당시 종전의 제15조·제15조의 3·제40조의 4·제40조의 5 제1항·제40조의 7 및 제45조의 3의 규정에 의한 세액감면을 적용 받던 자에 대하여는 종전의 동 각조의 규정에 의한다.』고 규정하고 있고 같은조 제2항에서 『이 법 시행당시 종전의 제38조의 규정에 의한 세액감면의 적용대상이 되는 자의 경우 제97조의 개정규정에 불구하고 1996년 12월 31일까지는 종전의 제38조의 규정에 의한다.』고 규정하고 있으며, 같은조 제3항에서 『이 법 시행당시 종전의 제40조의 4의 규정에 의한 세액감면의 적용대상이 되는 자로서 1995년 12월 31일까지 농공단지에 입주하는 경우에는 제50조의 개정규정에 불구하고 종전의 제40조의 4의 규정에 의한다.』고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구법인이 제조업을 영위하는 중소기업으로서 서울특별시에 있던 공장을 1992.5.31 수도권외의 지역으로 이전하여 1992.6.1 사업을 개시하였다는 사실에 대하여는 다툼이 없다. 살피건대, 처분청에서 신 조세감면규제법 제117조 제7항의 규정에 의거 청구법인이 신청한 중소제조업에 대한 특별세액 감면과 지방이전 중소기업에 대한 세액감면 중 중소제조업에 대한 특별세액 감면을 배제하여 법인세를 과세한 처분에 대하여 청구법인은 구 조세감면규제법 제43조의 4의 규정에 의하여 지방이전 중소기업에 대한 세액감면을 받고 있는 중소제조업체는 그 잔여기간동안 구 조세감면규제법 체제하에서와 동일하게 중소제조업에 대한 특별세액 감면을 동시에 받을 수 있다는 이유로 이 건 법인세 과세처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 앞에서 살펴본 신 조세감면규제법 제117조 제7항에서 같은법 제7조의 중소제조업에 대한 특별세액 감면과 제46조의 지방이전 중소기업에 대한 세액감면이 중복하여 적용되는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받도록 규정하고 있고, 같은법 부칙 제1조에서는 이 법은 1994.1.1부터 시행한다고 규정하고 있으며, 같은법 부칙 제2조에서는 이 법 중 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용토록 규정하고 있고, 조세감면에 관한 경과조치 조항인 같은법 부칙 제13조에 중소제조업에 대한 특별세액감면과 지방이전 중소기업에 대한 세액감면이 종전규정에 의거 중복적용이 가능하다는 별도의 규정이 없으므로 동법이 시행되는 1994.1.1부터는 신 조세감면규제법 제117조 제7항의 규정에 의거 중소제조업에 대한 특별세액감면과 지방이전 중소기업에 대한 세액감면 규정을 동시 적용하여 중복감면을 받을 수는 없다 할 것이므로 처분청에서 청구법인이 신청한 위 2종류 감면세액 중 그 금액이 적은 중소제조업에 대한 특별세액에 대한 감면을 배제하여 법인세를 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
- 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.