비업무용부동산의 판정

○○○세무서장이 1997.7.1 청구법인에게 결정고지한 1993.1.1∼12.31사업연도 법인세 2,630,785원 및 1996.1.1∼12.31사업연도 법인세 6,832,481원 합계 9,463,266원의 부과처분 중 1993∼1996사업연도에 법인의 비업무용부동산 관련지급이자로 손금불산입한 64,801,959원(1993사업연도 5,163,362원, 1994사업연도 17,128,306원, 1995사업연도 21,585,903원, 1996사업연도 20,924,388원)은 이를 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 경기도 시흥시 ○○○동 ○○○에서 염료원료제조업을 영위하는 법인으로서, ○○○공업협동조합(이하 "조합"이라 한다)이 추진한 협업화단지조성계획에 조합원으로 참여하여 1987년∼1993년 기간중 출자금 159,677,500원을 조합에 납부하였으며, 조합은 1993.9.24 경기도 화성군 ○○○리 ○○○외 63필지 944,076.98㎡ 중 약 2.52%에 해당하는 23,801.76㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)에 대한 잔금을 청산하고 1993.11.18 조합 명의로 소유권이전등기를 하였으며, 이에 앞서 청구법인은 1988.2.11 쟁점토지에 대해 지분이전청구권가등기를 하였다. 처분청은 청구법인이 1993.9.24 공업용지로 취득한 쟁점토지를 정당한 사유없이 3년이 지나도록 업무용으로 사용하지 아니하였다고 보아 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하고 관련지급이자 64,801,959원(1993사업연도 5,163,362원, 1994사업연도 17,128,306원, 1995사업연도 21,585,903원, 1996사업연도 20,924,388원)을 손금불산입하여 1997.7.1 청구법인에게 1993사업연도 법인세 2,630,780원 및 1996사업연도 법인세 6,832,480원 합계 9,463,260원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.8.29 이의신청 및 1997.11.27 심사청구를 거쳐 1998.3.24 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 조합은 1986.7.27 제8차 정기총회에서 경인지역에 산재해 있는 염료안료업체를 집단수용하기 위한 협업화단지조성사업계획을 수립하고, 청구법인등 조합원(30개 업체)들이 1987년부터 분담금을 조합에 납부하는 형식으로 출자하여 쟁점토지를 조합명의로 취득하고 현재까지 공업용지로 이용하기 위하여 노력하고 있는 바, 청구법인의 쟁점토지 취득시기는 공업용지 완료시점 즉 산업단지개발이 완료되는 시점으로 보아야 하므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 이와 관련된 지급이자를 손금불산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 제시한 경위서를 보면, 청구법인은 1993.9.24 쟁점토지를 취득한 후 이 건 심사청구일까지 법령에 의하여 쟁점토지의 사용이 금지되거나 제한된 사실이 없었고, 쟁점토지에 건축허가를 신청한 사실 및 청구법인의 사업과 관련된 인가·허가·면허를 신청한 사실이 없었음이 확인되고 있으며, 청구법인은 조합에서 조합원들에게 쟁점토지를 분할하지 아니하여 법인의 업무용으로 사용할 수 없었다고 주장하고 있으나, 어느 누구도 조합에게 토지분할을 제한한 사실이 없어 조합 명의의 토지를 분할하지 아니한 책임이 청구법인을 포함한 조합원에게 있다 할 것이므로 쟁점토지를 업무용으로 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되지 아니한다 할 것이고, 처분청이 쟁점토지 취득일인 1993.9.24부터 공장용지에 대한 비업무용부동산 판정유예기간 3년이 지난 1996.9.23까지 쟁점토지를 청구법인의 업무용으로 사용하지 아니하였다 하여 취득한 날로부터 비업무용부동산으로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 1993.9.4 쟁점토지를 취득하여 정당한 사유없이 3년이 지나도록 업무용으로 사용하지 아니하였다고 보아 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제18조 의 3 제1항에서 "다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것 2.∼3호(생략)"이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제43조의 2 제1항에서 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 "비업무용부동산"이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득후 일정기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 2.∼5호(생략)』이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제18조 제3항에서 『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 "비업무용부동산등"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 부동산(제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유없이 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산. 다만, 기술개발촉진법 제8조 의 3 제1항 제2호에 규정된 기업부설 연구용부지와 공장배치 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호에 규정된 공장용부지 및 사회간접자본시설촉진법 제2조 제1호에 규정된 사회간접시설용 부지의 경우에는 취득한 후 3년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 2.∼23호(생략)』이라고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 "다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.

1. 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(그 사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)과 문화재보호법에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산(그 지정된 기간에 한한다) 2.∼16호(생략)

17. 토지를 취득한 후 제3항 제1호 및 제12호(동호 가목을 제외한다)에 규정된 기간이 경과되기 전에 다음 각목의 1에 해당하는 사유가 발생된 토지.

• 가. 법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)·면허 등을 신청한 법인이 건축법 제12조 의 규정에 의하여 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게된 토지(건축허가가 제한된 기간에 한한다)
• 나. 법령에 의하여 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 의하여 착공이 제한된 토지(착공이 제한된 기간에 한한다) 18.∼19호(생략)"이라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계

(1) 쟁점토지의 매매계약 및 소유권이전등기 경위를 살펴보면, 조합과 쟁점토지 매도인(○○○외 1인)은 1987.10.28 부동산매매계약을 체결한 후 분쟁이 발생하여 잔금청산이 지연되었고, 결국 조합은 소유권이전청구소송을 제기하여 1993.7.13 대법원의 확정판결에 따라 1993.9.24 쟁점토지의 잔금을 청산하였으며, 1993.11.18 조합 명의로 소유권이전등기를 하였고, 이에 앞서 청구법인은 1988.2.11 쟁점토지에 대한 청구법인의 지분에 대해 지분이전청구권가등기를 한 사실이 부동산매매계약서 및 등기부등본에 의하여 확인된다.

(2) 조합의 성격 및 공단용지 조성을 위한 진행내용을 살펴보면, 조합은 1978.7.4 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 중소기업협동조합으로서 조합원들인 염료·안료업체의 공동사업, 단지 및 공동시설의 조성과 관리운영등의 사업을 수행함을 조합의 목적사업으로 하고 있음이 정관에 의하여 확인되고 있고, 1986.2.27 제8차 정기총회에서 경인지역에 산재해 있는 염료·안료업체를 집단수용하기 위한 협업화단지조성사업계획을 수립하였으며, 청구법인등 조합원(30개사)들이 1987년부터 출자금(분담금)을 조합에 납부하여 1993.9.24 쟁점토지를 매입한 후, 1988.9월 이후 공단지정을 상공부등 관계기관에 요청하는 등 절차를 진행하여 쟁점토지가 1992.9.22 마도지역 수도권정비 시행계획중 개발유도권역안의 공업용지로 지정(건설부 고시 제1992-521호)되었고, 1994.5.17 마도지방공업단지 지정 및 고시(경기도 고시 제1994-123호)되었으며, 그 후 조합은 1997.6.12 경기도지사로부터 산업입지및개발에관한법률 제16조 의 규정에 의한 산업단지 개발사업 시행자로 지정되었고, 1997.12.31 마도지방산업단지 개발계획변경 및 실시계획 승인(경기도 고시 제1997-491호)을 받은 사실이 위 고시 및 산업단지개발사업시행자지정서에 의하여 각각 확인된다.

(3) 청구법인이 쟁점토지 매매대금을 조합에 지급한 내용을 살펴보면, 1987.7.6 계약금 40,000,000원, 1987.11.17 중도금 37,051,000원 및 1987.12.23 잔금 46,453,500원 합계 123,504,500원을 지급하였다가 1988.3.4 이미 납부한 금액의 정산으로 인하여 1,105,000원을 환불받았으며, 그 후 조합이 매도자의 양도소득세등을 부담하라는 대법원 판결에 따라 1993.9.6 청구법인이 조합에 쟁점토지의 양도소득세 납부비용등으로 37,278,000원을 추가지급하여 합계 159,677,500원을 납부한 사실이 청구법인의 장부(출자금계정)에 의하여 확인된다.

• 라. 판단 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 다른 조합원들과 함께 쟁점토지 매매대금을 분담하여 조합에 납부하였고, 조합은 조합원들이 납부한 자금으로 쟁점토지를 매입하여 공업용지를 조성한 후 이를 조합원들에게 분할하는 것이 그 사업목적이므로, 청구법인이 1987.7.6∼1993.9.6 기간중 조합에 쟁점토지 매매대금으로 지급한 159,677,500원은 조합에 출자금을 출연한 것에 불과하고, 청구법인이 비록 조합에 쟁점토지에 대한 매매대금을 지급하였다 할지라도 쟁점토지에 대하여는 청구법인이 이를 취득하여 보유하고 있는 것으로 보거나 또는 소유권을 행사할 수 있는 지위에 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다(국심 96경 2193, 1997.10.10, 같은 뜻임). 그렇다면 1993.9.24 쟁점토지를 취득한 것은 청구법인이 아니라 조합이므로, 조합에 대하여 비업무용부동산 여부를 판정하여 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 청구법인이 1993.9.24 쟁점토지를 취득하여 정당한 사유없이 3년이 지나도록 업무용으로 사용하지 아니하였다고 보아 이를 비업무용부동산으로 판정하고 관련지급이자를 손금불산입 하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.
• 마. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.