[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 인천광역시 부평구 OO동 OOOOOOO의 토지 5,090.6㎡중 4,604.2㎡와 건물 229.75㎡(이하 “구공장”이라 한다)을 94.8.12 양도하고 인천광역시 남동구 OO동 OOOOOOO OOOO OOOOO OOOO의 공장(이하 “신공장”이라 한다)으로 이전하였다. 처분청은 구공장양도에 따른 특별부가세 산출세액에 신공장가액이 구공장가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 특별부가세감면세액을 추징하여 97.8.18 청구법인에게 94사업연도(1.1～12.31)분 법인세(특별부가세) 109,901,310원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.10.15 심사청구를 거쳐 1998.1.26 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 94.8.12 구공장을 양도하고 구 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 특별부가세 690,920,514원은 전액감면 신고하고, 법인세 감면세액 873,002,242원중 최저한세 적용으로 감면받지 못한 법인세 286,563,940원은 정부에 납부하였는 바, 조세감면규제법상 공장 지방이전시에 구공장의 양도차익에 대하여 특별부가세감면을 받을 수 있도록 한 것은 구공장의 양도대금으로 신공장에 투자를 유도하기 위한 목적이라 할 것이고, 청구법인의 경우 구 공장양도에 관련하여 납부한 법인세 286,563,940원을 차감한 금액은 전액 신공장의 취득에 투자하였으므로 위 납부한 법인세도 신공장취득가액에 포함하여 특별부가세 감면세액을 계산하는 것이 타당하다.
- 나. 국세청장 의견 청구법인은 구공장의 양도가액에서 양도에 따른 법인세 상당액을 차감한 전체금액을 신공장에 투자하였으므로 감면세액을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있고, 처분청은 신공장의 취득가액이 구공장 양도가액보다 적으므로 특별부가세의 산출세액에 신공장가액이 구공장가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 감면세액에 이자상당액을 가산하여 특별부가세를 경정고지하였는 바, 관련법령에 의하면 대도시 안의 공장시설의 지방이전에 따른 공장양도차익에 대한 특별부가세의 면제세액은 “면제대상소득에 대한 산출세액 × 신공장가액 / 구공장가액”이라고 규정하고 있으며, 여기서 신공장가액은 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다고 규정하고 있으므로 처분청의 과세는 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 공장양도에 따른 특별부가세 감면세액의 공장양도에 따른 법인세납부액을 신공장취득가액에 포함시켜 감면세액을 계산할 수 있는 것인지 여부
- 나. 관계법령 구 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 제42조【공장양도차익에 대한 법인세 등의 면제】제1항에서는 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득과 국가·지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다”라고 규정하고, 제2항에서는 “대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제36조【공장양도차익에 대한 법인 등의 면제】제1항에서는 “법 제42조의 규정에 의하여 면제되는 세액은 면제대상소득에 대한 산출세액에 이전후의 공장의 가액이 이전 전의 공장의 가액에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100으로 한다)을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 구공장의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액(양도하지 아니하는 자산이 있는 경우에는 장부가액을 말한다)과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 신공장의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다”라고 규정하고 있으며, 1993.12.31 법률 제4666호로 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제7항에 의하면 “이 법 시행당시 대도시안에 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 이 법 시행일부터 1995년 12월 31일까지 종전의 제42조의 규정에 적합하게 그 공장을 지방으로 이전하여 사업을 개시하거나 이법 시행일로부터 1995년 12월 31일까지 그 공장을 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 종전의 제42조의 규정에 의한다”라고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 당초 처분의 경위를 보면 청구법인이 구공장 양도차익(2,763,682,058원)에 대한 특별부가세 산출세액(690,920,514원) 전액을 구 조세감면규제법 제42조에서 규정하는 공장지방이전에 따른 특별부가세면제세액에 해당하는 것으로 보고 신고한 바 있고 처분청은 청구법인의 신공장취득가액(2,676,877,163원)이 구공장양도가액(3,039,370,948원)에 미달하므로 감면비율이 88.0734%(2,676,877,163 ÷ 3,039,370,948)에 해당한다 하여 특별부가세 추징세액을 82,403,326원{690,920,514원 × (1-0.880734)}으로 결정하고 여기에 추징세액에 대한 이자상당액 27,497,989원을 가산한 109,901,310원을 고지한 것으로 밝혀지고 있다. 구공장 양도차익에 대한 특별부가세가 구조세감면규제법 제42조에서 규정하는 공장지방이전에 따른 면제대상에 해당됨에는 다툼이 없으므로 처분청의 감면세액계산이 적법하게 이루어졌는지 여부를 살펴본다. 청구법인은 구공장 양도차익에 대하여 납부한 법인세(286,563,940원)상당액만큼 투자가 적게 되었지만 법인세로 납부한 세액을 감안하면 양도가액의 100%를 투자하였으므로 감면세액을 추징한 처분은 부당하다는 주장이나, 위 조세감면규제법 관련 법령에서 대도시 안 공장시설의 지방이전에 따른 공장양도차익에 대한 특별부가세의 면제세액은 면제대상 소득에 대한 산출세액 × 신공장가액 / 구공장가액이라고 규정하고 있으며, 여기서 신공장가액은 공장시설의 이전비용·토지·건물·기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다고 규정하고 있으므로 청구법인이 주장하는 바와 같이 구공장 양도 관련 법인세납부액을 신공장가액에 포함시켜 면제세액을 계산한다거나 기타 당해 납부세액을 감안하여 면제세액을 계산할 수 있는 방법은 있을 수 없다 할 것이다. 한편, 위 조세감면규제법 관련 규정에 따른 청구법인의 신공장가액은 토지 666,265,007원, 건물 1,143,037,714원, 기계장치 867,574,442원 계 2,676,877,163원이며, 구공장가액은 94년 토지 양도가액 2,785,524,000원과 96년 토지 양도가액 175,000,000원, 기계장치 장부가액 78,846,948원 계 3,039,370,948원이 되므로 신공장가액의 구공장가액에 대한 비율은 88.0734%(= 2,676,877,163 / 3,039,370,948)가 되며 따라서 구공장양도에 따른 특별부가세의 88.0734%만 면제대상임에도 청구법인은 특별부가세의 100%를 감면신고하였으므로 그 비율을 초과하는 부분에 대한 감면세액에 이자상당액을 가산하여 청구법인의 특별부가세를 경정한 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다.
- 라. 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.