[요지] 과년도 이월결손금을 92사업년도 및 93사업년도의 법인세 과세표준을 산정함에 있어 이를 공제하지 않았음이 법인세결정결의서에 의하여 확인되므로 이월결손금을 공제하지 아니하고 법인세과세표준을 산정한 처분청의 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[요지] 과년도 이월결손금을 92사업년도 및 93사업년도의 법인세 과세표준을 산정함에 있어 이를 공제하지 않았음이 법인세결정결의서에 의하여 확인되므로 이월결손금을 공제하지 아니하고 법인세과세표준을 산정한 처분청의 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] 광명세무서장이 97.5.19 청구법인에게 결정고지한 93년 1기분 부가가치세10,150,001원 93년 2기분 부가가치세 19,800,000원, 94년 2기분 부가가치세 26,148,999원의 부과처분과 92년 법인원천분 갑근세 5,809,810원, 93년 법인원천분 갑근세 20,396,520원, 94년 법인원천분 갑근세 28,534,480원의 부과처분은 취소하고, 92사업년도 법인세 4,286,820원, 93사업년도 법인세 281,130원의 부과처분은 89사업년도 결손금 102,174,129원,90사업년도 결손금 88,868,885원, 91사업년도 결손금 5,748,037원을 각 사업년도 소득에서 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 88.2.10 청구법인 앞으로 소유권 이전등기된 충남 연기군 서면 OO리 OOOOO외 7필지 대지 12,728.90㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 공장건물 1,693.32㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 청구외 OO건설주식회사가 신축한 것으로 하여 동회사로부터 아래 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액을 공제하고, 일자 공급가액 매입세액
93. 4. 7 57,000,000원 5,700,000원
93. 6.30 44,500,000원 4,450,000원 93.12.31 198,000,000원 19,800,000원 94.10.31 261,500,000원 26,150,000원 계 561,000,000원 56,100,000원 경기도 시흥시 OO동 OOOOO에 소재한 건물의 임대료 92년 25,800,000원, 93년 57,486,000원, 94년 70,081,000원 계 153,367,810원(이하 “쟁점임대료”라 한다) 대하여 부가가치세 및 법인세 신고를 누락하였다. 처분청은 쟁점건물의 공사계약서상 도급자가 대표이사 개인명의로 되어있고, 공장신축비가 주주인 청구외 OOO의 자금으로 지급되었으며, 쟁점토지가 명의신탁 해지로 소유권이 이전된 이유등을 들어 쟁점건물의 건축주가 청구법인이 아닌 것으로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 동 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 쟁점임대료를 기 신고한 수입금액에 가산하여 97.5.19 청구법인에게 92/1기분 부가가치세 1,508,150원, 92/2기분 부가가치세 1,809,840원, 93/1기분 부가가치세 13,580,710원, 93/2기분 부가가치세 23,752,740원, 94/1기분 부가가치세 4,278,580원, 94/2기분 부가가치세 30,960,400원 계 75,890,420원을 결정고지하고, 청구법인의 각사업년도소득을 산정함에 있어 신고소득금액에 쟁점임대료와 기타적출소득을 가산한 금액을 그대로 과세표준으로 하여 92사업년도 법인세 4,286,820원, 93사업년도 법인세 281,130원 계 4,567,950원을 결정고지하는 한편, 쟁점입대료에 대하여는 대표이사의 근로소득으로 보아 법인원천분 92년 갑근세 5,809,810원, 93년 갑근세 20,396,520원, 94년 갑근세 28,534,480원, 계 54,740,810원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.7.18 이의신청 및 97.9.25 심사청구를 거쳐 98.1.13 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점건물의 공사도급계약서는 청구법인과 하도급업자인 청구외 OO건설주식회사 간에 체결한 것이며, 쟁점건물의 신축비중 일부를 청구외 OOO의 자금으로 지급한 것은 사실이나 청구법인은 이를 단기차입금으로 회계처리하였다가 변제하였으며, 쟁점토지는 명의신탁해지를 원인으로 하여 OOO에게 소유권이전 등기가 되었으나 사실상은 양도된 토지이므로 쟁점건물의 건축주는 청구법인으로 보는 것이 당연하다. 따라서 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하여야 하나 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 것은 부당하다.
(2) 쟁점임대료를 위헌 결정이 난 법인세법의 규정에 의하여 대표이사의 상여로 처분한 것은 위법한 처분이며, 설령 소득세법의 규정에 의하여 근로소득으로 볼 수 있다하여도 쟁점수입금액의 귀속자를 확인하지 아니하고 관리사장인 청구외 대표이사 OOO의 근로소득으로 추정하여 과세한 처분은 부당하다.
(3) 각 사업년도의 소득에서 이월결손금을 공제하여 법인세의 과세표준을 산정하여야 함에도 쟁점이월결손금을 공제하지 아니하고 과세표준을 산정한 처분은 부당하다.
(1) 쟁점건물의 건축허가신청서가 청구법인의 명의가 아닌 대표이사 OOO의 명의로 신청되었으며, 처분청이 제시한 확인서에 의하면 쟁점토지의 취득비와 쟁점건물의 건축비를 청구외 OOO의 개인자금으로 지급하고 이를 OOO의 가수금 및 단기차입금으로 회계처리한 후 공장용지에 대한 명의신탁해지와 동시에 OOO의 가수금 및 단기차입금을 반제한 것으로 처리하였다 하나 공사비 지급에 관한 입증자료의 제시가 없어 건축주가 확인되지 아니하며, 쟁점토지가 명의신탁해지를 원인으로 OOO에게 소유권이전된 사실이 있는 점등으로 보아 쟁점건물의 건축주는 청구법인이라고 보기 어려우므로 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인의 대표이사 OOO은 쟁점임대료가 발생된 건물을 임대함에 있어 청구법인의 인감을 사용하여 임대차계약서를 작성한 사실이 확인되는 것으로 보아 법인의 임대행위를 대표이사 개인의 임대차행위로 보아야 한다는 청구주장은 인정할 수 없고 쟁점임대료에 대하여 법인세 및 부가가치세 수입금액으로 신고를 하지 아니하였으므로 부가가치세를 과세하고 법인의 익금에 산입하여 법인세를 과세하고 대표이사 OOO의 소득으로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(3) 청구주장 (3)에 대하여는 심리하지 않았다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부
② 쟁점임대료를 청구법인의 대표이사인 OOO의 근로소득으로 보아 과세한 처분의 당부
③ 쟁점이월결손금을 청구법인의 각 사업년도의 소득에서 공제하지 아니하고 과세표준을 산정한 처분의 당부를 가리는데 있다.
(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 관련법령 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. ～ 5.(생략) (나) 사실관계 및 판단 쟁점토지는 88.2.10 청구법인 앞으로 매매를 원인으로 하여 소유권이전등기가 경료되었고, 96.6.17 청구외 OOO 앞으로 명의신탁해지를 원인으로 하여 소유권이전등기가 경료되었음이 등기부등본에 의하여 확인되며, 청구법인은 충남 OO시 OO동 OOOOO에 주소를 둔 OO건설주식회사가 쟁점건물을 신축한 것으로 하여 동 법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였음이 과세자료에 의하여 확인된다. 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 이유는 공장신축계약서상 도급인이 청구법인의 대표이사인 OOO 개인명의로 되어있으며, 쟁점건물의 건축비는 OOO의 개인자금으로 지급되었고, 쟁점토지가 명의신탁해지를 원인으로 하여 OOO에게 소유권이 이전된 사실등으로 보아 쟁점건물의 건축주를 청구법인으로 보기 어려우므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 동 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다는 것인 바, 이하 처분청의 주장에 대하여 살펴본다. 첫째, 공장신축계약서에 대하여 보면, 쟁점건물의 신축과 관련된 민간건설표준도급계약서, 변경계약합의서 및 공기연장합의서등에 의하면 공사명은 OO산업주식회사신축공사, 도급인은 경기도 시흥시 OO동 OOOO OOO, 수급자는 OO건설주식회사로 되어 있고, 건축허가신청서에 의하면 건축주는 OOO, 공사신청자는 OO산업주식회사 대표이사 OOO으로 되어 있음이 확인되며, 충남 연기군수가 청구법인에게 고지한 97.10월분 취득세를 보면 쟁점건물의 취득자가 청구법인으로 되어있음이 확인된다. 위 사실로 볼 때 비록 쟁점건물의 공사도급자 및 건축주가 OOO 개인명의로 되어 있다 하여도 위 계약서를 체결할 당시 OOO은 청구법인의 대표이사로 재직하고 있었으며, 계약서에 기재된 OOO의 주소가 청구법인의 소재지이며, 계약서의 날인에 모두 청구법인의 인감이 사용되었고, 건축허가신청서상 신청자가 청구법인 명의로 되어있으며, 더구나 건축허가를 함에 있어 등기부등본상 토지소유자와 건축주가 다른 경우 토지소유자의 사용승락서가 첨부되어야 하나 이와 같은 사실이 확인되지 아니하며, 쟁점건물에 대한 취득세고지서가 청구법인 앞으로 발부된 점등으로 보아 쟁점건물의 건축주는 청구법인으로 봄이 타당하다 할 것이다. 둘째, 공사대금 지급관계를 보면, 쟁점건물의 공사비는 93.4.7～94.10.30 기간동안 발생되었고 공사비 총액은 561,000,000원임이 세금계산서 및 공사도급계약서에 의해 확인되며 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으나, 다만 처분청은 위 공사비를 청구법인이 지급한 것으로 볼 수 없다는 주장인 바, 청구법인의 장부 및 전표에 의하여 쟁점건물에 대한 공사비 지급사항을 살펴보면 93.7.2 OOO의 가수금 101,499,000원, 94.8.8 청구법인이 OO은행 OO지점에서 무통장입금한 12,000,000원, 94.8.8 OOO의 가수금 180,000,000원, 94.8.29 청구법인이 OO은행통장에서 인출한 3,000,000원, 청구법인의 현금 3,000,000원 및 94.11.10 OOO의 가수금 261,500,000원 합계 560,999,998원이 지급된 것으로 기록되어 있다. 청구법인의 회계처리를 보면 쟁점건물의 공사비를 미지급금으로 기장하였다가 위에서와 본 바와 같이 OOO의 자금과 청구법인의 자금으로 지급하고, OOO의 가수금에 대하여는 회사부채로 계상하였으며, 쟁점건물의 설계비·공사비·폐수시설비등을 건물의 취득가액으로 장부에 기장하고 동 자산에 대한 감가상각비를 계상하여 왔음이 청구법인이 제시한 장부 및 전표에 의하여 확인된다. 또한, 처분청이 제시한 청구법인 대표이사의 확인서를 보면, 쟁점건물의 신축은 OOO 개인의 책임하에 신축하고 개인자금으로 지급하면서 토지취득시부터 소요된 비용은 OOO의 가수금 또는 단기차입금으로 회계처리하다가 쟁점토지의 명의신탁해지와 동시에 OOO에 대한 주주임원 단기차입금 891,762,091원과 반제처리하였음을 확인한다는 내용으로 되어 있는 바, 이는 쟁점건물의 신축공사비를 OOO의 개인자금으로 지급하고 이를 가수금 및 단기차입금으로 회계처리하였다는 내용일 뿐 건축주가 청구법인이라는 사실을 부인하지는 아니하고 있다. 위와 같은 사실로 볼 때 청구법인은 쟁점건물의 공사비 일부를 직접 지급한 사실이 있고, OOO의 자금으로 지급된 공사비에 대하여는 법인의 가수금으로 회계처리하고, 쟁점건물의 공사비 및 설계비등은 건물의 취득원가로서 회사자산으로 기장하고 감가상각을 한 점등으로 보아 OOO의 개인자금으로 지급된 공사비는 청구법인이 OOO으로부터 차입하여 지급한 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 셋째, 쟁점토지가 청구법인 앞으로 명의신탁된 재산인지를 보면, 쟁점토지는 명의신탁해지를 원인으로 OOO에게 소유권이전되었으므로 실지소유자는 청구법인이 아니고 OOO이라고 처분청은 주장하며, 이에 대하여 청구법인은 쟁점토지는 명의신탁된 재산이 아니라 취득할 당시부터 청구법인의 소유였으며, 명의신탁해지를 원인으로 하여 소유권을 넘겨준 이유는 등기이전 절차가 쉽고 비업무용토지가 되면 지방세등의 부담이 클 것으로 예상되었기 때문이었다는 주장이다. 청구법인이 제시한 조치원섬유공단제2공구조성추진위원회의 정관을 보면 청구법인외 7개업체는 공업단지조성추진위원회를 결성하고 88.2.1～90.8.10 기간동안 충남 연기군 OO리 OOOO 전 992㎡외 63필지를 취득하여 농공단지로 조성한 후 88.2.1 청구법인의 지분인 쟁점토지를 취득한 사실이 확인되며, 청구법인의 장부 및 전표에 의하면 쟁점토지의 장부가액은 취득원가 249,287,273원, 토지조성대 80,000,000원 및 건설자금이자 28,229,364원 계 357,516,637원으로 계상되었으며, OOO의 가수금은 92년말 360,229,000원 93년말 906,339원 95년말 891,762,000원으로 계상되었다가 96.6.28 토지 및 건설가계정 891,762,091원과 상계처리되었고, 청구법인의 96사업년도 주식이동상황표에 의하면 OOO이 소유하던 주식은 97.5월 현주주인 OOO등에게 전부 양도되었고, 충남 연기군수가 97.9.23 청구법인에게 통보한 지방세과세예고서에 의하면 쟁점토지는 92.8.2 환지처분후 1년이 지났고 건물은 토지 취득후 2년 이내에 사용하지 않았다는 이유로 쟁점토지에 대하여 지방세를 중과하겠다는 내용으로 되어있음이 확인된다. 위와 같은 사실을 볼 때 쟁점토지가 비록 명의신탁해지로 소유권이전등기되었으며 청구법인이 당초 조사시 쟁점토지가 명의신탁된 재산임을 확인하였다 하나, 쟁점토지를 취득할 당시 명의신탁약정서등이 작성된 사실이 확인되지 아니하며 청구법인이 당초 작성한 확인서를 부인하고 있는 점등으로 보아 쟁점토지가 청구법인의 소유가 아니라고 보기는 어렵다 할 것이다. 위 사실을 종합하여 볼 때 쟁점건물의 건축주는 청구법인으로 봄이 타당하므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 관련법령 소득세법 제21조【근로소득】① 근로소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
1. 갑종 (가) 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여 (나) ～ (라) (생략) (나) 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점임대료에 대하여 수입금액 누락한 것으로 보아 익금산입하고 대표이사 OOO의 상여로 보아 근로소득세를 과세하였으며, 익금산입한 처분에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없고, 다만 청구법인은 대표이사의 상여로 보아 과세한 처분에 대하여 상여처분은 위헌 결정이 난 법인세법의 규정에 의한 처분이며, 또한 처분청이 소득금액변동통지서를 통지하지 아니하고 직접 과세한 처분이므로 이는 절차상 하자가 있는 처분이며, 설령 소득세법의 규정에 의하여 근로소득으로 볼 수 있다 하여도 처분청이 쟁점임대료의 귀속자를 확인하지도 아니하고 대표이사 OOO의 근로소득으로 간주한 것은 귀속자가 불분명한 소득에 대하여 귀속자를 추정하여 과세한 위법한 처분이라는 주장인 바 이에 대하여 살펴보면, 원천세결정결의서 및 고지서를 보면 쟁점임대료를 근로소득으로 본 법률의 근거규정이 기재되어 있지 아니하며, 결정전조사결과통지서 및 소득금액조정합계표를 보면 쟁점임대료에 대하여 인정상여라는 법인세법상의 용어를 사용한 사실이 있는 것으로 보아 청구법인의 입장에서는 이 건 처분이 법인세법에 근거한 상여처분으로 받아들일 수 밖에 없게된 점은 인정이 되나, 처분청이 당심에 제출한 의견서에서 이 건 과세근거를 구소득세법(94.12.22 개정전 이전의 것) 제21조 및 동법 시행령 제43조에 의한 것이라고 주장하고 있는 것으로 보아 설령 당초 처분이 위헌 결정이 내린 법인세법에 의한 처분이었다 하여도 처분청으로서는 불복청구 심리중에라도 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있다고 보므로(97.10.24 대법원 447외 다수 같은 뜻), 이 건 처분이 위헌 결정이 난 법인세법(94.12.22 개정전 이전의 것)에 의한 처분이고 소득금액통지 절차상 하자가 있는 위법한 처분이라는 청구주장은 이유가 없다 할 것이다. 다만, 쟁점임대료가 구소득세법(94.12.22 개정전 이전의 것) 제21조 제1항 제1호 (가)목의 규정에 의해 대표이사 OOO의 소득으로 볼 수 있느냐에 대하여 보면, 처분청은 쟁점임대료에 대하여 위 소득세법의 규정에 의하여 실귀속자인 대표이사 OOO의 근로소득으로 보아 과세하였으므로 본 처분이 정당하다는 의견이고, 이에 대하여 청구법인은 쟁점임대료를 근로소득으로 대표이사에게 지급한 사실이 없으며 처분청이 귀속자가 누구인지를 확인하지도 아니하고 대표이사의 소득으로 처분하였으므로 이는 위법한 처분이라는 주장인 바, 쟁점임대료를 대표이사 OOO의 근로소득으로 보려면 쟁점임대료가 대표이사 OOO에게 귀속된 사실이 분명하든지 아니면 쟁점임대료가 OOO의 귀속으로 밖에 볼 수 없는 간접적인 사실관계가 존재하여야만 한다고 할 것이다. 처분청의 과세자료를 보면 쟁점임대료를 근로의 대가로 OOO에게 지급하였거나 쟁점임대료가 OOO에게 귀속된 사실이 있음을 확인한 것이 아니라 OOO이 청구법인의 대표이사의 위치에 있었기 때문에 쟁점임대료의 귀속자를 OOO으로 간주 또는 추정한 것으로 보인다. 청구법인의 출자지분(95.5월 이전)을 보면 OOO 30%(청구법인의 이사), OOO 30%(청구법인의 이사), OOO 28%, OOO 12%로 되어있으며, 처분청의 조사당시 청구법인은 OO산 임대업만 영위한 것으로 볼 때 OOO은 주주가 아닌 단순한 건물관리 사장인 위치에 있었다 할 것이므로 처분청에서 청구법인의 실질적인 대표자를 재조사 확인하여 쟁점임대료상당액을 그의 근로소득으로 보아 과세하는 것은 별론으로 하고 OOO이 법인의 경영 및 자금을 실질적으로 지배한 위치에 있었던 자가 아니었음에도 쟁점임대료의 실지 귀속자를 구체적인 증빙과 자금흐름에 의해 확인하지 아니하고 단지 OOO이 청구법인의 대표이사라는 이유만으로 쟁점임대료를 OOO의 근로소득으로 보아 과세한 처분은 실질과세의 원칙에 위배되는 것으로 판단된다.
(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 관련법령 법인세법 제8조【과세표준】① 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각호에 규정하는 소득과 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. (이하 생략)
1. 각 사업년도개시일전 5년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 소득금액 또는 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액
2. ～ 3.(생략) (나) 사실관계 및 판단 전시한 법령에 의하면 법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 각 사업년도개시일전 5년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로 그 후의 각 사업년도의 소득금액 또는 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 소득금액 또는 과세표준계산상 공제되지 아니하는 금액을 공제하도록 규정하고 있고, 92사업년도 법인세 신고시 청구법인이 제출한 세무조정계산서상 자본금과 적립금 조정명세서의 이월결손금 발생액을 보면 89사업년도 102,174,129원, 90사업년도 88,868,885원, 91사업년도 5,748,037원이 있음에도, 처분청은 92사업년도 및 93사업년도의 법인세 과세표준을 산정함에 있어 이를 공제하지 않았음이 법인세결정결의서에 의하여 확인되므로 쟁점이월결손금을 공제하지 아니하고 법인세과세표준을 산정한 처분청의 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.