검찰청으로부터 통보된 과세자료에 의해 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] 춘천세무서장이 97.6.14 청구법인에게 한 95년도 1기분 부가 가치세 14,099,760원과 95년도 2기분 부가가치세 14,630,470원 및 95.1.1～95.12.31 사업년도 법인세 52,517,870원의 부과처분 은 동 과세기간중의 청구법인의 매출누락액등을 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 처분청은 청구법인이 95.1.1부터 95.12.31까지의 기간중 241,532,028원을 매출누락하였다는 춘천지방검찰청의 과세자료 통보에 따라 이에 근거하여 97.6.14 청구법인에게 95년도 1기분 부가가치세 14,099,760원과 95년도 2기분 부가가치세 14,630,470원 합계 28,730,230원 및 95.1.1～95.12.31 사업년도 법인세 52,517,870원을 결정고지 하였다 청구인은 이에 불복하여 97.8.12 심사청구를 거쳐 97.11.11 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 실지조사한 바도 없이 검찰통보자료만을 근거로 하여 과세한 이 건 처분은 근거과세 및 실질과세원칙에 위배되므로 청구법인 또는 거래처가 보관하고 있는 세금계산서·장부·기타증빙을 근거로 재경정하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 증빙으로 제출한 “세금계산서 발행율 메모, 거래장으로 실제 거래가 확인되는 내역, 세금계산서 및 거래명세표(약국보관)로 실제거래금액이 확인된 경우등”은 약50여개 거래처중 일부거래처와 거래한 증빙에 불과하여 제출된 위의 자료만으로는 전체 거래처의 실제 거래내역을 산정하기 어렵다고 보여지고, 매출처 원장의 경우 이건 95년도의 과세기간 것이 아닌 96년도의 기간에 해당하므로 이건과 관련한 95년도의 거래내역을 파악할 수 없다 할 것이므로 처분청이 당초 검찰조사시 청구법인의 임직원의 진술 및 세금계산서 발행율 메모등 원시자료를 기초로 산정하여 통보된 과세자료에 의하여 이 건 과세한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 검찰청으로부터 통보된 과세자료에 의해 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제14조 제2항에서 『세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.』고 규정하고, 같은법 제16조(근거과세) 제1항에서 『납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치 기장한 장부와 이에 관계되는 증빙서류에 의하여야 한다.』고 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있을 때에는 그부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.』고 규정하고, 제3항에서 『정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.』고 규정하고 있다. 또한 부가가치세법 제21조 제1항에서 『정부는 사업자가 한 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.』고 규정하면서, 같은조 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다. 제1호. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부·기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때(이하생략)』라고 규정하고 있다. 또한, 법인세법 제32조 제2항에서 『정부는 제26조(과세표준의 신고)의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 제1호. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(이하생략)』로 규정하고 있으며, 같은법 제3항에서 『정부는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정 또는 결정하는 경우에는 장부·기타증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부·기타증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저 이건 처분청의 처분경위 및 처분근거를 살펴본다. (가) 청구법인은 춘천 및 강원 영서지역(OO, OO등)약국에 약품을 공급하는 의약품 도매업체인 바, 처분청의 이건 부가가치세 결정결의서와 청구법인의 부가가치세 신고서에 의하면 다음과 같이 95년도 1기 및 2기분 부가가치세 신고를 하였고, 처분청은 춘천지방검찰청이 청구법인에 대한 조사결과 처분청에 통보한 95년도 1, 2기 및 96년도 1, 2기분 부가가치세 신고누락내역자료에 따라 이 건 과세기간 동안의 부가가치세를 다음과 같이 경정결정하였다. (단위:원) 기 별 매 출 액 매 입 액 납부세액 경정매출액 추징세액 95.1기 669,891,014 639,569,895 3,032,112 778,349,666 14,099,760 95.2기 741,591,291 709,348,752 3,224,258 852,535,401 14,630,470 계 1,411,482,305 1,348,918,647 6,256,370 1,630,885,067 28,730,230

• 주) 매출액 및 매입액, 납부세액은 청구법인의 신고납부내역이며 경정매 출액은 검찰청의 통보자료내용에 의해 경정한 금액, 추징세액은 가산세가 포함된 금액임 매출액 증감내역 및 매출세액 산출내역 기 별 신고매출액 경정매출액 매출액증가 매출세액증가 추징세액 95.1기 669,891,014 778,349,666 108,458,652 10,845,997 14,099,760 95.2기 741,591,291 852,535,401 110,944,110 11,283,269 14,630,470 계 1,411,482,305 1,630,885,067 219,402,762 22,129,266 28,730,230 (나) 춘천지방검찰청이 청구법인에 대한 조사결과 처분청에 통보한 95년도 과세기간중 청구법인과의 거래업체인 59개 약국에 대한 청구법인의 매출신고누락내역은 다음과 같다. 다 음 (단위:원) 기 별 실공급액 신고가액 누락액 포탈세액 95.1기 465,013,937 345,709,288 119,304,649 10,845,997 95.2기 495,420,318 373,192,939 122,227,379 11,283,269 계 960,434,255 718,902,227 241,532,028 22,129,266
• 주) 실공급액, 신고가액, 누락액은 부가가치세가 포함된 금액임 (다) 위의 사실관계에 비추어 보면 처분청은 춘천지방검찰청에서 통보한 청구법인의 과세자료중 “포탈세액”란의 부가가치세액에 상당하는 매출금액을 산출하여 이를 청구법인의 당초 신고매출금액과 합한 후 경정 매출액을 산출하고 경정매출액에서 신고매출액을 감하여 매출신고누락액을 산정한 후 춘천지방검찰청이 통보한 “포탈세액”과 동일하게 매출세액의 증가분을 산출, 경정결정하였음이 확인된다.

(2) 위와같은 처분내용에 대하여 청구법인은 춘천지방검찰청이 처분청에 과세자료로 통보한 내용은 청구법인의 경리여직원이 청구법인의 실질적 경영자인 청구외 OOO(청구법인 대표이사인 청구인의 남편)의 지시에 의하여 96년 2기 부가가치세 확정신고분에 대한 잠정적인 매출누락율을 기입한 메모장에 근거하여 이를 95년 1기분부터 일률적으로 적용한 후 매출누락분을 산출한 것으로서 사실과 다른 내용이며, 처분청은 실지조사등의 절차없이 이를 그대로 적용하여 95년도 부가가치세와 법인세를 경정하였으므로 이 건 과세는 근거과세와 실질과세원칙을 위배한 위법·부당한 처분이고, 이와같은 사실은 청구외 OOO를 피고로 한 판결문이나 공판조서등에서와 같이 95년도 조세포탈분이 공소내용에서 제외된 사실을 보아도 알 수 있으므로, 처분청은 청구법인이나 거래처등에서 일부 보관하고 있는 장부나 증빙에 근거하여 다시 실지조사경정하여야 한다고 주장하고 있는 바, 이에대하여 살펴본다. (가) 춘천지방검찰청이 처분청에 통보한 청구법인의 매출누락분 산출내역을 살펴보면, 청구법인의 여직원이 작성한 메모에 기초하고 있음을 알 수 있는 바, 동 메모장의 내용은 청구법인과 거래관계에 있는 개별약국에 각각 특정비율(50%～70%)로 표시되거나 각각 특정금액(30만～190만)이 표시되어 있으며 춘천지방검찰청이 처분청에 통보한 과세자료내역(신고누락내역)에 의하면 청구법인과의 거래약국별로 부가가치세를 포함한 실공급액, 신고가액, 누락액등이 포함되어 있는 바, 청구법인의 주장과 제시증빙인 메모장 및 춘천지방검찰청의 통보자료내용을 비교 검토한 바에 의하면, 메모장에 특정비율로 표시된 약국에 대한 신고매출액은 실제매출액에서 메모장에 기록된 비율분만 세금계산서를 발행하여 매출액으로 신고한 것으로 보고 실제매출액을 산출(예 ; 메모장에 60%로 기재된 약국의 경우 신고매출액=실제매출액×0.6)하였으며, 메모장에 특정금액으로 표시된 약국에 대한 신고매출액은 표시금액과 관계없이 일률적으로 실제 매출액의 80%만 세금계산서를 발행하여 신고한 것으로 보고 실제 매출액을 산출(예 ; 메모장에 50만으로 기재된 약국의 경우 신고매출액=실제매출액×0.8)한 것으로 확인되는 바, 위와같은 누락비율의 산출 및 적용근거에 대한 구체적인 설명이나 타당성있는 보충증빙등은 제출되거나 달리 확인되는 바가 없고, (나) 춘천지방검찰청(검사 OOO)이 97.4.16 청구법인의 실질 경영자인 청구외 OOO를 피고로 하여 춘천지방법원에 제출한 공소장(97형3562, 3980, 3981, 4064호)내용중 조세범처벌법 위반내용을 보면 청구외 OOO는 94.9.30경부터 처인 OOO(청구법인의 대표이사)명의로 OO약품 주식회사(청구법인)를 경영하는 자로서 OO약품의 업무에 관하여 별지 1. “95년도 1기 매출누락내역”과 같이 합계 119,304,949원을 누락시켜 신고함으로써 부가가치세 10,845,997원을 포탈하고, 별지 2. “95년도 2기분 매출누락내역”과 같이 합계 122,227,379원을 누락신고하여 부가가치세 11,283,269원을 포탈하고, 위와같이 매출을 누락하여 95년도분 법인세 40,446,752원을 포탈하고, “96년도 1기분 매출누락내역”과 같이 합계 112,226,828원을 누락신고하여 부가가치세 10,302,427원을 포탈하고, 별지 4. “96년도 2기분 매출누락내역”과 같이 합계 107,675,826원을 누락신고하여 부가가치세 9,788,713원을 포탈하고, 위와같이 매출을 누락하여 96년도분 법인세 53,103,403원을 포탈한 것으로 하여 공소 제기한 것으로 확인되고 있고, 공소장에 첨부된 별지1. 2. 3. 4는 각각 춘천지방검찰청이 처분청에 과세자료로 통보한 95년도 1, 2기분 매출누락내역과 96년도 1, 2기분 매출누락내역과 동일한 자료임을 확인할 수 있으나, 이와 달리 (다) 위 공소장과 관련하여 청구외 OOO를 피고인으로 하여 판결확정된 춘천지방법원 판결문(사건번호: 97고단 270, 선고일: 98.3.18)의 내용은 피고인 OOO가 청구법인의 실질적인 경영자임을 인정하면서 춘천지방검찰청의 공소내용으로서 96년도 2기분 신고누락내역상의 부가가치세 10,095,071원의 포탈사실과 이에따른 96년도분 법인세 25,393,336원의 포탈 사실만을 범죄사실로 인정하여 판결한 것으로 나타나고 있어 이 건 95년 1, 2기분 부가가치세 및 95년도 법인세의 포탈부분에 대하여는 춘천지방검찰청이 처분청에 통보한 바와 같은 내용을 사실인정하여 판결한 바 없으며, (라) 위 재판사건(97고단 270)에 대한 춘천지방법원의 공판조서(공판일자: 98.2.18, 출석자: 피고 OOO, 검사 OOO, 변호사 OOO, 판사: OOO)에 의하면 원고인 검사 OOO은 당초 공소장의 공소사실중 별지 1. 95년 1기 매출누락내역, 별지 2. 95년 2기 매출누락내역, 별지 3. 96년 1기 매출누락내역을 공소내용에서 삭제하고 별지 4. 96년도 매출누락내역을 일부 정정하여 공소장을 변경하겠다고 진술하고 있으며 동 사건 담당판사는 검사의 공소장 변경을 허가하였음을 알 수 있어, 당초 춘천지방검찰청이 처분청에 통보하여 처분청이 이를 근거로 과세한 이건 95년도 1, 2기분 매출누락내역에 대하여는 청구법인을 조사한 검사 스스로가 공소를 포기한 사실을 알 수 있다. (마) 위와같은 사실에 비추어 보면 이 건 과세기간분에 해당하는 검찰청 통보 과세자료의 내용은 그 산출근거가 불확실할 뿐만 아니라 그 내용역시 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이며, 청구법인이 주장하는 바인 “당초 춘천지방검찰청에서 95년도 1기 및 2기와 96년도 1기 및 2기의 매출누락에 대해 공소장을 작성 제출하였으나 검찰측에서 95년 1, 2기 및 96년 1기의 매출누락에 대해서는 증거능력의 부족 및 무리한 과세자료의 산출임을 인정하여 이를 공소장에서 삭제하였으며, 동 소의 판결내용도 이건 과세처분기간인 95년도분에 대해서는 공소제기사실이 없어 공소제기된 96년 2기분에 대해서만 조세포탈을 인정하였다”는 내용이 위와같은 사실에 비추어 신빙성이 있는 것으로 보여지는 점과 동 사건의 담당검사도 위와같은 청구법인의 주장내용을 부인하고 있지 않은 점등에 비추어 처분청에 통보된 95년1기 및 2기분 매출누락내역과 부가가치세 및 법인세의 포탈내역등 과세자료는 사실에 부합하는 증거력을 갖추지 못하고 있는 것으로 판단된다. 위와같은 사실관계를 종합하여 보면, 처분청이 이건 과세처분의 근거로 삼은 자료는 춘천지방검찰청이 청구법인에 대한 향정신성의약품관리법위반 및 조세포탈사건을 수사하여 통보한 조세포탈내역으로서, 수사기관의 통보자료를 근거로 하여 과세처분을 하려면 이에 대한 사실확인이나 실지조사를 한 후 사실과 일치하는 매출누락액을 기초로 하여 부과처분을 하여야 함에도 처분청은 이에대한 사실확인이나 동 내역에 대한 실지조사없이 검찰청의 통보내용에 따라 이와같은 과세처분에 이른 사실이 인정되는 바, 이는 근거과세의 원칙에 합당하지 않은 처분으로 판단되므로(같은뜻 ; 대법85누680, 87.12.8), 처분청에서 이건 과세기간중 청구법인이 매출누락등 조세포탈의 개연성이 있다고 보여진다면 실지조사나 합리적인 추계 방법등에 따라 청구법인의 매출누락사실등을 재조사하여 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.