[요지] 판매장의 수입금액과 제조장의 수입금액을 합하여 면세매출과 과세매출의 공급가액 비율로 공통매입세액을 안분계산하였다는 것이고 청구법인도 위와 같은 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 이 부분 처분도 적법한 것으로 판단됨
[요지] 판매장의 수입금액과 제조장의 수입금액을 합하여 면세매출과 과세매출의 공급가액 비율로 공통매입세액을 안분계산하였다는 것이고 청구법인도 위와 같은 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 이 부분 처분도 적법한 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분개요 청구법인은 인삼업협동조합법에 의하여 설립한 인삼협동조합으로서 부가가치세법 제12조 제1항 제17호, 같은법 시행령 제38조, 같은법 시행규칙 제11조의 5관련 별표5의 제8호에 규정한 정부업무대행단체로 경기도 포천군 포천읍 OO리에 소재하면서 금융서비스업을 영위하던 중 경기도 포천군 포천읍 OO리에 94년1월부터 인삼제조공장 및 창고등의 용도로 공장을 신축하면서 동 신축공사와 관련하여 94년 제1기부터 96년 제2기까지 부가가치세 환급신청을 하여 처분청으로부터 과세사업 시설투자분으로 환급을 받았다. 처분청은 97년2월 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사를 함에 있어 청구법인의 94년 제2기～96년 제1기 공장신축 시설투자 환급분 127,870,080원에 대하여 면세사업과 관련된 투자임이 확인되어 이를 면세관련 매입세액으로 하고 96년 제2기 매입세액 21,235,519원에 대하여는 면세관련 공통매입세액으로서 매입세액 불공제하였으며 96년 제1기 37,222,942원 및 96년 제2기 53,295,148원의 매출누락이 확인되어 97.5.19 청구법인에게 94년 제2기～96년 제2기분 부가가치세 5건에 총 169,878,600원(94년 제2기분 46,292,840원, 95년 제1기분 50,250,430원, 95년 제2기분 33,127,060원, 96년 제1기분 10,986,740원, 96년 제2기분 29,221,530원)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.7.21 심사청구를 거쳐 1997.11.7 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
(1) 청구법인은 94.1.1～96.12.31 사이에 공장시설투자 매입세액을 환급받음에 있어서 관할세무서장으로부터 조사를 받은 후 시설투자분 조기환급을 받았는 바 처분청은 공장을 준공하여 제품생산을 시작한 후인 97.5.21자에 경정결정하면서 면세관련 시설투자분이라 하여 환급분 전부를 소급하여 일시에 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 것으로서 부당한 처분이다.
(2) 공장시설투자분에 대한 매입세액 추징처분이 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다 하더라도 위 시설투자분은 과세 사업장으로 사용할 공장신축에 관련된 것이므로 환급함이 적법하다. 즉, 청구법인은 과세와 면세 공통사업자이고 이 건 신축공장은 과세해당 제품을 생산하기 위하여 신축한 것으로서 공장신축이 완료된 후에 과세해당 제품을 생산하고 있으므로 처분청의 당초 환급은 적법한 것이며, 이를 소급하여 추징하는 것은 잘못된 것이다.
(3) 청구법인이 96년 제2기 중 취득한 자산에 대한 매입세액계산시 과세사업과 면세사업의 매출분 안분계산은 사실과 달리 잘못된 것이다. 처분청은 안분계산을 하면서 판매장매출분과 공장제조매출분을 합계하여 전체를 기준으로 안분계산을 하였으나, 판매장에서 판매되고 있는 수삼의 경우만 보더라도 수삼은 조합원이 생산하여 생산자가 보관하거나, 판매장의 저온창고에서 보관하다가 판매되므로 공장의 제조시설과는 전혀 관계가 없으며, 또 다른 곳에서 매입하여 판매하고 있는 담배, 농산물, 백삼등도 제조시설과는 전혀 관계가 없는바, 처분청이 이러한 매출액을 모두 포함하여 공통매입세액을 안분계산한 것은 부당하다.
(1) 부가가치세는 국세기본법 제22조 제1항 및 같은법 시행령 제10조의 2 제1호에서 규정한 바와 같이 과세표준과 세액을 납세의무자가 신고한 때에 일차적으로 납세의무자의 신고에 의하여 확정되는 것이나, 납세의무자의 신고확정은 어디까지나 제1차적인 것일뿐 종국적인 확정의 권한은 정부에 유보되어 있으므로 신고가 없거나 신고내용에 오류나 탈루등 소정의 사유가 있을 때에는 정부가 정확한 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있을 뿐만 아니라 과세권자는 종국적인 확정권한이 있는 자이므로 당초 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견될 때에는 즉시 이를 경정 또는 재경정 할 수 있다고 할 것인바, 처분청이 청구법인의 이 건 신고내용에 아무런 하자가 없는 정당한 신고로 알고 환급결정을 하였다 하더라도 그 후 신고내용에 오류가 있음을 발견하여 부가가치세법 제21조 제1항 제2호에 따라 이 건 경정결정을 한 것은 정당하다. (대법원 87누 1095, 88.4.12 같은 뜻임)
(2) 청구법인은 정부업무대행단체인 인삼협동조합으로 청구법인이 영위하는 사업은 부가가치세법 시행규칙 별표 5의 제8호가 96.7.11 개정되기 전에는 면세사업에 해당하고, 개정후에는 과세사업 및 면세사업에 해당됨을 알 수 있는바, 청구법인이 신축한 공장은 인삼협동조합법에 의한 인삼제조를 위한 시설이므로 96.7.11 법규정이 개정되기 전에는 그 전부가 면세사업과 관련된 시설임을 알 수 있고, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액 (투자에 관련된 매입세액 포함)은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로 공장신축 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이 없다.
(3) 청구법인은 직영판매장의 판매분 중 수삼, 담배, 각종 매매 판매분은 판매장에서 매입하고, 판매장내의 매장건물내에 진열되었다가 판매되고 있으므로 이들은 공장의 시설투자와는 전혀 관련이 없음에도 직영판매장 매출을 포함한 매출수입금액 전부를 가지고 매입세액을 안분계산함은 부당하다고 주장하고 있으나, 처분청의 조사에 의하면 청구법인은 판매장에서 판매하는 제품 및 상품(면세인 백삼을 포함)을 공장의 설비를 이용하여 성분시험 및 건조, 보관하고 있음이 확인되고 있으므로 이 건 취득자산에 대한 매입세액을 공통매입세액으로 보아 법규정에 따라 공급가액을 기준으로 공통매입세액 안분계산하여 면세해당분에 대하여 매입세액 불공제한 처분은 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 이 건 부가가치세 경정처분이 신의성실의 원칙에 위배되는 것인지 여부
(2) 청구법인의 신축공장과 관련된 매입세액(94년 제2기～96년 제1기)을 면세관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분이 적법한 것인지 여부
(3) 96년 제2기 취득자산(96.7.11 시행규칙 개정이후)에 대한 매입세액을 공통매입세액으로 보아 면세관련 매입세액을 안분 계산하여 불공제한 처분이 적법한 것인지 여부
(1) 국세기본법 제15조【신의성실】에서는 “납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의를 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다”라고 규정하고 있고, 같은법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】에서는 “① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조합의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다”라고 규정하고 있다. 또한, 부가가치세법 제21조【경정】제1항 제3호에서는 “사업장 관할세무서장은 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.”고 규정하고 같은조 제3항에서 “사업장 관할세무서장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액 오류 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 재경정한다”고 규정하고 있다.
(2) 부가가치세법 제12조【면세】제1항 제17호에 의하면 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역과 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제38조【정부업무대행단체의 범위】제1항 제8호에서는 “인삼협동조합 및 중앙회는 법 제12조 제1항 제17호에서 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체에 해당된다”고 규정하고, 제2항에서 “법 제12조 제1항 제17호의 규정에 의하여 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 부가가치세를 면제하는 재화 또는 용역은 제1항 각 호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 총리령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 용역으로 한다”고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제11조의 5【정부업무대행단체의 면세사업의 범위】에서 “영 제38조 제2항에서 총리령이 정하는 사업이라 함은 별표 5에 규정된 사업을 말한다”고 규정하고, 별표 5에서 “정부업무대행단체인 인삼협동조합법에 의한 인삼협동조합 및 중앙회의 면세사업의 범위를 〔인삼협동조합법 제23조 및 제38조에 규정된 사업. 다만, 인삼제조업(백삼제조업을 제외한다) 및 인삼·홍삼제품제조업을 제외한다(96.7.11 단서 신설)〕”고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제17조【납부세액】제2항 제4호에서 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있다.
(3) 부가가치세법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】제1항에 의하면 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. =공통매입세액×』이라고 규정하고 있다
(1) 청구법인이 공장신축과 관련하여 94년 제2기부터 96년 제1기까지 공장신축시설투자분으로 환급받은 부가가치세 총 127,870,080원을 추징한 것이 신의성실의 원칙에 위배되는 것인지 여부를 살펴본다. 청구법인이 설립당시 부가가치세법 제12조 제1항 제17호의 규정에 의하여 정부업무를 대행하는 단체로서 부가가치세 면세사업자로 고유번호만 지정받은후 고유목적외에 부가가치세 과세사업을 위하여 93.2.5 처분청으로부터 부가가치세 과세사업자로서 사업자등록증을 교부받았으며, 94.1부터 홍삼제품 가공생산공장을 신축하면서 공장신축시설투자분에 대하여 94년 제2기분부터 96년 제1기분까지 부가가치세를 환급받았고 처분청은 부가가치세 조사를 하면서 홍삼제품제조업이 부가가치세 면세사업이므로 위 공장신축과 관련하여 환급받은 부가가치세를 추징한 것으로 밝혀지고 있다. 청구법인은 처분청이 94년 공장착공이후 공장시설완료시까지 청구법인이 매월 신청한 시설투자에 대한 조기환급신청서를 검토하여 환급하여 준후 이 건 처분시 일시에 환급분 전체를 소급하여 추징하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장인 바 처분청의 과세처분이 신의성실의 원칙에 반하기 위해서는 처분청의 공적인 견해표명 있어야 하고 이를 신뢰한 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 처분청의 공적인 견해가 위법하지 않아야 할 것이 전제되어야 할 것이다(대법원 90누 202, 90.6.26자등 같은 뜻임) 이 건의 경우를 보면 처분청은 단지 청구인의 부가가치세환급신청을 받아 환급을 해주었을뿐 청구법인이 부가가치세 과세사업자로서 위 공장신축관련 매입세액이 부가가치세 환급대상이라는 공적견해를 표명한 바는 없으며 청구법인의 경우 96.7.11 부가가치세법 시행규칙이 개정되어 홍삼제품제조업등이 과세사업으로 전환되기 전까지는 청구법인이 생산하는 인삼제조업등이 부가가치세면세사업이었으므로 동기간중에는 부가가치세 환급대상이 아니었음을 알 수 있다. 따라서, 처분청이 부가가치세 부과제척기간내에 당초 환급세액결정이 잘못된 사실을 발견하고 이 건 부가가치세 환급세액을 추징한 것은 적법한 것으로 판단되고 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 이를 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.
(2) 청구법인은 부가가치세법 시행규칙 제11조의 5의 단서규정이 96.7.11 신설되어 현재 청구법인이 위 공장에서 생산하는 인삼제품등이 부가가치세과세대상이 되고 있으므로 공장신축과 관련된 시설투자분에 대하여 부가가치세를 환급할 수 있다는 주장이나 세금을 부과하거나 환급하기 위하여 세법을 적용할 때는 각 과세기간이나 납세의무성립당시의 세법을 적용하여야 하는 것이므로 청구주장과 같이 쟁점환급세액 추징과세기간(94년 제2기～96년 제1기)이후의 개정법령을 근거로 환급여부를 결정할 수는 없다할 것이고 쟁점환급세액 해당 과세기간 당시 청구법인이 생산하는 인삼제품제조업이 부가가치세 면세사업에 해당되는 사실 및 위 신축공장이 홍삼등 인삼제품제조공장이라는 사실에 대하여 다툼이 없으므로 홍삼제품제조 공장신축과 관련되어 청구법인이 환급받은 세액을 추징한 처분은 적법한 것으로 판단된다.
(3) 청구법인이 제조하는 인삼제품이 과세대상으로 전환(96.7.11 부가가치세법 시행규칙 개정)된 이후 취득한 비품이나 기구 등 취득자산에 대한 공통매입세액 불공제 처분이 적법한 것인지 여부를 살펴본다. 부가가치세법 시행규칙 제11조의 5의 규정이 개정됨에 따라 청구법인이 제조하는 인삼제품중에서 과세사업에 해당되는 품목이 생기게 되었고 따라서 96년 제2기부터는 청구법인이 취득한 자산에 대한 매입세액은 공통매입세액에 해당되어 위 부가가치세법시행령 제61조의 규정에 따라 공급가액의 비율대로 안분 계산하여 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함을 알 수 있다. 청구법인은 직영판매장의 판매중 수삼, 담배, 각종매매 판매분은 판매장에서 매입하고 판매장내의 매장건물내에 진열되었다가 판매되고 있으므로 이들은 공장의 시설투자와는 전혀 관계가 없음에도 직영판매장 매출을 포함한 매출수입금액 전부를 가지고 안분계산함은 부당하다고 주장하고 있으나 처분청의 조사내용에 의하면 청구주장내용과는 달리 판매장에서 판매하는 제품 및 상품(면세인 백삼을 포함)도 공장의 설비(비품이나 기구)를 이용하여 성분 시험 및 건조, 보관등을 하고 있으므로 판매장의 수입금액과 제조장의 수입금액을 합하여 면세매출과 과세매출의 공급가액 비율로 공통매입세액을 안분계산하였다는 것이고 청구법인도 위와 같은 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 이 부분 처분도 적법한 것으로 판단된다. 그러므로 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.