건물중 청구법인이 과세사업으로 신고한 면적 일부를 건물준공후 면세사업에 사용하였다 하여 기 공제된 당해 매입세액을 공제하지 아니한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 1993.7.1 사업자등록을 하고 1995.1.15 경기도 OOO시 OOO동 OOO 소재 OOOOOOO빌딩(대지 1,009.8㎡·건물 4,482.5㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하면서 이에 따른 매입세액을 공제받았으나 쟁점건물의 사용면적이 확정되는 과세기간에 이를 정산하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 당초 과세사업용도로 신고하였다가 면세사업용도로 사용한 면적(2층 479.09㎡ 및 5층 479.09㎡)에 대하여 납부세액을 정산하여 1997.5.22 청구법인이 과다공제받은 부가가치세 1994.1기분 110,000원, 1995.1기분 104,820,250원, 1995.2기분 1,129,330원 등 합계 106,059,580원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1997.7.15 심사청구를 거쳐 1997.10.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청은 청구법인이 쟁점건물 2층과 5층을 면세대상인 고유목적으로 사용하였다 하여 청구법인이 이미 공제받은 매입세액을 추징하였는 바, 2층의 경우 1995.3월 청구외 OOO에게 예식장용도로 임대하고 동인은 일정기간 영업을 하였으나 불법용도에 사용하였다 하여 OOO시가 검찰에 고발하므로써 사용이 불가능해지자 동인은 해약을 요구하게 되었고, 2년간의 임대기간이 끝났으므로 1997.7.14 청구법인은 동인에게 전세보증금을 반환하겠다는 지급보증서를 교부한 후 타인에게 재임대하기 위하여 노력하고 있는 중이며, 청구법인이 가끔 소정의 사용료를 받고 결혼식장으로 임대하는 것은 고유목적 사용이 아니라 재임대시까지 일시적으로 하는 영업행위인 것이다. 또한, 5층은 당초 임대목적으로 신고하였으나 임대가 어려워 대신 3층의 사무실을 5층으로 옮기고 3층을 임대하고자 노력하고 있는 바, 이 역시 임대가 어려운 실정으로서, 청구법인이 2층의 재임대와 3층의 임대를 위하여 노력중에 있고, 이를 면세사업으로 전용한 것이 아니므로 매출세액에서 해당 매입세액을 공제하지 아니한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 2층을 예식장으로 임대한 후 2년간의 계약기간이 끝나 재임대를 위하여 노력중에 있다고 주장하며 2층의 임대계약서 및 임대보증금반환 관련 지급보증서를 제시하고 있으나, 청구주장을 뒷받침할 수 있는 사업자등록증, 과세표준신고서 등을 제시하지 못하고 있고, 청구인제시 위 계약서 및 지급보증서는 처분청의 이 건 조사(1997.3.19) 당시에는 제시된 사실이 없음은 물론, 지급보증서는 무슨 명목의 대금을 지급보증하는지 분명하지도 아니할 뿐만 아니라 작성자의 날인이 없고, 작성일자도 이 건 심사청구 직전인 1997.7.14자인 것으로 보아 이 건 심사청구를 위하여 급조한 것으로 보여져 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이며, 설사 일시 임대사실이 있다 하더라도 면세로 전용되었으므로 재계산하여 추징할 대상이라 할 것이다. 또한, 5층의 경우 청구법인이 당초 신고한 내용과 같이 면세용도(운동시설)로 사용되고 있어 다툼이 없는 반면, 3층의 경우 처분청이 조사일(1997.3.19) 현재 청구법인의 고유목적(사무실)으로 사용하고 있음을 확인하고 있고, 청구인 제시 임대계약서는 1997.3.21 작성된 것으로서 계약기간이 개관후 2년간으로 되어 있을 뿐 아니라 입주일 등도 명시되지 아니하여 그 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이며, 설사 1997.3.21 이후 과세사업에 전용되었다 하더라도 면세면적이 증가한 경우가 아니어서 재계산 대상이 아니므로 청구주장은 이유없다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점건물중 청구법인이 과세사업으로 신고한 면적 일부를 건물준공후 면세사업에 사용하였다 하여 기 공제된 당해 매입세액을 공제하지 아니한 처분의 당부에 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항에는 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』고 규정하면서 그 제4호에서 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』을 열거하고 있고, 같은법시행령 제61조 제1항에는 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액』을 규정하고 있고, 같은조 제4항에는 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.』고 하면서 그 제3호에서 『총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율』을 열거하고 있으며, 같은법시행령 제61조의 2에는 『사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다.(단서 및 산식 생략)』라고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제17조 제5항에는 『제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산할 수 있다.』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제63조 제1항에는 『법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다.』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구주장과 처분청의 과세자료에 의하면, 처분청은 당초 청구법인이 과세사업용도로 신고한 면적 중 2층 479.09㎡와 5층 479.09㎡를 건물준공후 면세사업용도로 사용하였다 하여 이미 공제받은 매입세액을 추징한 반면, 청구법인은 2층은 신고내용과 같이 임대를 하였고, 당초 면세용도로 신고한 3층 479.09㎡를 5층 대신 임대하기 위하여 노력중이라고 주장하고 있음을 알 수 있다.

(2) 먼저, 청구법인이 쟁점건물 2층을 2년간 임대하였다고 주장하며 청구법인과 청구외 OOO간에 1995.3월 체결한 임대계약서 및 임대보증금 반환과 관련하여 청구법인이 청구외 OOO에게 1997.7.14 교부한 지급보증서 등을 제시하고 있는 바, 청구주장이 확인되는지에 대하여 살펴본다. (가) 건물 2층의 임대계약서에 의하면 임대기간을 2년, 임대보증금을 150,000,000원, 업종을 예식업으로 하여 1995.3월 계약을 체결하였고, 이 때 임대기간중에 해약하는 경우 임대보증금의 70%만 환금하도록 특약하고 있으며, 처분청의 과세자료에 의하면 청구법인은 처분청의 당초 조사시(1997.3.19)에는 이를 제시하지 아니하였음을 알 수 있다. (나) 청구법인이 1997.7.14 임차인 청구외 OOO에게 교부한 임대보증금반환 관련 지급보증서에 의하면, 청구법인은 청구외 OOO에게 1997.12.31까지 금134,187,500원을 변제하기로 하고 있고, 동 금액은 청구법인이 변제할 금110,000,000원에 대한 이자(1997.1.1부터 5.30까지의 기간에는 연13.5%, 6.1부터 12.31까지의 기간에는 연18%)를 가산하여 산출한 것으로 되어 있으나, 이 지급보증서에는 무슨 명목의 대금을 지급보증하는지에 대한 내용은 물론 만약 계약기간 만료후의 임대보증금 반환에 대한 것이라면 왜 당초의 임대보증금 150,000,000원을 반환하지 아니하고 110,000,000원만을 반환하는지, 또한 당초의 임대계약서 내용대로 중도해약을 이유로 임대보증금의 70%(150,000,000원×0.7=105,000,000원)에 상당하는 금액만 반환하는 것이라면 1997.1.1 이후의 이자만 계산하고 중도해약일로부터 1996.12.31까지의 이자를 계산하지 않은 이유 등에 관한 내용이 나타나지 않고 있을 뿐 아니라, 동 지급보증서는 처분청의 조사(1997.3.19) 당시에는 제시되지 아니하였다가 심사청구일(1997.7.15) 직전에 작성된 것으로 미루어 볼 때 그 신빙성을 인정하기 어렵다 할 것이다. (다) 서울지방법원 OOO지원 약식명령(95고약 12807, 건축법위반)에 의하면 청구법인은 쟁점건물이 근린생활시설 및 일반업무시설임에도 불구하고 행정관청의 허가없이 예식장으로 용도변경하여 사용함으로써 1995.3.26 행정관청의 고발에 의하여 벌금 1,000,000원에 처하여진 사실이 확인되고 있다. (라) 따라서, 청구법인제시 임대계약서 및 지급보증서는 그 신빙성이 인정되지 아니할 뿐 아니라, 설사 청구법인이 1995.3월경 쟁점건물 2층을 일시 임대하였다 하더라도 1995.3.26 행정관청의 고발에 따라 검찰에 의하여 기소되는 등 이를 예식장용도로 계속 임대하였다고 보기는 어렵다 할 것이며, 청구법인은 사업자등록증 및 과세표준신고서 등 임대(예식장영업)를 계속하였음을 입증할 수 있는 증빙을 달리 제시하지 못하고 있어 쟁점건물 2층을 과세사업에 계속 사용하였다는 청구주장은 확인되지 않는다 하겠다.

(3) 다음으로, 청구법인은 쟁점건물 3층을 임대하기 위하여 노력중에 있다고 주장하며 1996.10.21과 1997.3.21에 작성된 임대계약서 3매를 제시하고 있으나, 당초 신고시에도 청구법인의 면세사업(고유목적)으로 사용하는 것으로 신고하였을 뿐 아니라, 처분청의 과세자료에 의하면 이 건 처분청의 조사(1997.3.19) 당시에도 청구법인의 고유목적(사무실)로 사용중임이 확인되고 있고, 설사 청구주장대로 과세사업에 사용되었다 하더라도 부가가치세법시행령 제63조 제1항의 규정에 의거 취득일(1995.1.15)이 속한 과세기간후에 증가된 면세사업면적에 대하여만 세액을 재계산할 수 있는 것이므로 청구주장은 이유없다 하겠다.

(4) 위 사실을 종합하여 볼 때, 쟁점건물 2층 및 3층은 청구법인이 당초 과세사업(2층) 및 면세사업(3층)으로 신고하였다가 모두 면세사업(고유목적)에 사용한 사실이 인정되고 있고, 5층의 경우 당초 신고(과세사업)와는 달리 면세사업(고유목적)에 사용하는 데 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으므로 처분청이 청구법인의 면세사업 전용면적(2층 479.09㎡ 및 5층 479.09㎡)에 대하여 매입세액 공제를 배제하고 기 공제받은 매입세액을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.