[주 문] 강동세무서장이 97.2.10 청구인에게 결정고지한 96귀속 양도소득세 10,588,790원은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 강동구 O동 OOOOOO 대지 163.2㎡ 및 위 지상 상가 182.69㎡, 주택 162.94㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 90.5.17 취득하여 96.2.20 양도하고 96.4월 자산양도차익예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 계산한 토지에 대한 취득당시의 기준시가에 대하여 양도일 후에 신설된 소득세법시행규칙 제80조 제6항의 규정에 의한 한도액을 적용하여 계산한 가액으로 하여 쟁점부동산의 자산양도차익을 계산하여 97.2.10 청구인에게 96귀속 양도소득세 10,588,790원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.4.12 이의신청과 97.7.1 심사청구를 거쳐 97.10.21 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 쟁점부동산중 토지의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 처분청이 양도당시 법률인 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정에 의하여 계산한 가액으로 하지 아니하고 양도일 후에 신설된 같은법 시행규칙 제80조 제6항(96.3.30 총리령 제562호)의 규정을 적용하여 계산함은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정은 95.12.30 신설되었으며, 동 시행령은 96.1.1부터 시행하되 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으며, 비록 위 시행령에 같은법 시행규칙 제80조 제6항의 내용과 같이 세부적인 계산방법에 대하여 규정한 바는 없으나 문리해석 측면에서 볼 때 위 시행규칙을 적용하여야 하며, 또한 위 시행규칙은 시행령의 세부적 사항을 구체적으로 명시한 것으로 보아야 할 것이므로 토지의 취득당시의 기준시가를 산정함에 있어 양도일 이후에 신설된 동 시행규칙을 적용한 처분청의 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점부동산의 토지의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 소득세법시행규칙 제80조 제6항의 규정을 적용한 처분의 당부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 소득세법시행령 제164조【토지·건물의 기준시가 산정】 제10항 규정에서 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의하여 90.8.30 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 다음 산식중 과세시가표준액은 법률 제499호로 개정되기 전의 지방세법상 과세시가표준액을 말한다(95.12.30 신설)고 규정하고 있고, 【산식: 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액 / 1990년 8월 30일 현재의 과세시가표준액과 그 직전에 결정된 과세시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액】 같은법시행령 부칙(95.12.30 대통령령 제14860호) 제8조【양도소득에 관한 적용예】 제1항에서 “이 영중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 시행하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있다. 한편 위 시행령과 관련하여 같은법 시행규칙 제80조【토지·건물의 기준시가 산정】 제6항에서 “영 제164조 제10항의 규정을 적용함에 있어 동항 산식중 분모의 가액은 1990년 8월 30일 현재의 과세시가표준액을 초과하지 못하며, 1990년 8월 30일 직전에 결정된 과세시가표준액과 취득일 직전에 결정된 과세시가표준액이 동일한 경우로서 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가에 곱하는 그 비율이 100분의 100을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 이를 없는 것으로 한다(96.3.30 신설)”고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점부동산을 90.5.17 취득하여 96.2.20 양도하였고, 쟁점부동산중 토지의 개별공시지가는 90.8.30 최초로 고시되었으며, 쟁점부동산중 토지의 취득당시 기준시가를 산정함에 있어 청구인이 적용한 소득세법시행령 제164조 제10항의 규정은 95.12.30 신설하면서 같은법 부칙 제1조 및 제8조에서 이 영은 96.1.1부터 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였고, 처분청이 적용한 같은법 시행규칙 제80조 제6항의 규정은 96.3.30 신설하면서 같은법 부칙 제1조 및 제3조에서 이 규칙은 공포한 날인 96.3.30부터 시행하되, 양도소득에 관한 개정규정은 이 규칙 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 처분청은 위 소득세법시행규칙 제80조 제6항은 소득세법시행령 제164조 제10항의 시행에 관한 세부사항을 규정한 것으로서, 90.8.30 이전에 취득한 토지의 기준시가를 산정함에 있어 동 시행령 제16조 제10항의 규정에 의하여 토지의 취득당시의 기준시가를 환산하면 이 기준시가가 90.8.30 고시된 90.1.1 기준 개별공시지가 보다 높게 산정되는 경우가 발생하므로 소득세법시행규칙 제80조 제6항의 규정을 적용하여야 한다는 주장이나, 국세기본법 제18조의 규정에 의하면 국세를 납부할 의무가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다는 소급과세금지를 규정하고 있으므로 쟁점부동산의 양도일 이후에 신설된 소득세법시행규칙 제80조 제6항의 규정을 적용하여 쟁점부동산의 취득당시의 기준시가를 산정하여 자산양도차익을 계산한 처분청의 처분은 위법 부당한 것으로 판단된다.
- 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.