[주 문]
1. 노원세무서장이 97.5.16 청구법인에게 경정고지한 96년 제2 경정한다.
2. 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 OO중앙회가 서울특별시와 공동투자하여 농산물유통구조개선을 목적으로 서울특별시 도봉구 O동 OOOOOO 및 OOOOOO에 건립중인 OOOO물류센타(이하 “물류센타”라 함)로서, 96년 제2기 매입세액 1,364,363,637원 중 978,319,006원을 공제대상으로 하여 부가가치세신고를 하고 이를 환급받았다. 청구법인은 공제대상 매입세액을 계산함에 있어 물류센타의 지하주차장을 과세사업용으로 분류하였고, 공통매입세액을 안분계산함에 있어 물류센타의 과세사업 관련 예정사용면적과 면세사업 관련 예정사용면적에 의하여 안분계산하였는데, 처분청은 지하주차장을 과세사업과 면세사업 공용으로 보고, 공통매입세액을 안분계산함에 있어 물류센타의 과세물품과 면세물품의 예정비율에 의하여 매입세액 공제비율을 20%로 하여 97.5.16 청구법인에게 96년 제2기분 부가가치세 572,835,120원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.6.20 심사청구를 거쳐 97.9.26 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장
- 가. 96년 제2기 매입세액은 안분계산대상이 아니라 전부가 공제대상이다. 청구법인은 당초 물류센타를 과세사업과 면세사업에 제공할 예정이어서 96년 제2기 부가가치세신고시 그 매입세액을 과세사업 관련 예정사용면적과 면세사업 관련 예정사용면적에 의하여 안분계산하여 총매입세액 1,364,363,637원중 978,319,006원을 공제대상으로 신고하였으나, 청구법인은 97.6.20 물류센타 전체를 청구외 (주)OO유통에 임대(과세사업)하기로 당초의 계획을 변경하여 97년 제1기 부가가치세신고시는 그 매입세액 전부를 공제대상으로 하여 환급받았는 바, 이와 같이 당초의 계획을 변경하여 물류센타 전부를 과세사업에 제공하기로 하였으므로 96년 제2기분의 매입세액도 전부를 공제대상으로 하여 경정하여야 한다.
- 나. 지하주차장은 과세사업용이다. 설사 96년 제2기분의 매입세액이 안분계산대상이라 하더라도, 물류센타의 지하주차장은 유료화(다만, 일정금액이상을 구매하는 고객에게는 주차쿠폰을 발행하여 일정시간이내의 주차요금을 면제)할 예정인 바, 매입세액을 안분계산함에 있어 지하주차장 면적은 과세사업 관련 예정면적으로 보아야 한다.
- 다. 공통매입세액의 안분계산은 과세사업과 면세사업 관련 예정사용면적비율에 의하여야 한다. 또한 공통매입세액을 안분계산하는 방법은 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호에 의하여 과세사업 관련 예정사용면적과 면세사업 관련 예정사용면적의 비율에 의하여 안분계산하여야 한다.
3. 국세청장 의견
- 가. 96년 제2기 매입세액이 안분계산대상인지 여부 96년 제2기 매입세액은 그 당시의 사업계획에 의하여 안분계산함이 타당하다.
- 나. 지하주차장을 과세사업용으로 볼 것인지 공용으로 볼 것인지 여부 청구법인은 지하주차장 10,069.3㎡에 대하여 주차장사용계획서와 같이 이용고객으로부터 요금을 받기 때문에 과세사업에 해당하므로 공통면적에 포함하여 과세함은 부당하다고 주장하고 있으나, 그 근거로 제시하고 있는 주차장사용계획서는 물류센타개설준비반에서 작성한 것으로서 물류센타의 최고의결기관의 공식적인 결정사항인지는 분명치 않다. 주차장사용계획서의 내용을 보면, 물류센타의 고객에게는 구매금액 1만원당 1시간씩을 무료로 하고 있어 주차요금의 실지 수입은 극히 미약할 것이라 예견된다. 뿐만 아니라, 그 주차장에는 물류센타 자체차량이 상당수 주차공간을 차지할 것이므로 처분청이 지하주차장의 면적을 공통면적에 포함하여 매입세액을 안분계산한 데에는 잘못이 없다.
- 다. 공통면적에 대한 매입세액의 안분계산 방법 청구법인은 처분청이 주차장등 공통면적의 안분계산시 과세비율 20%를 적용한 것은 부가가치세법시행령 제61조 제4항 단서의 규정에 반한다는 주장이나, 면세 및 과세관련 사용비율이 확정된 것이 아니므로 물류센타건립운영기본계획서상의 면세물품(1차농·축·수산물) 및 과세물품(가공식품)의 구성비율 80: 20에 의하여 과세사용비율을 20%로 안분계산한 당초 처분은 합리적이라 하겠다.
4. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 ① 96년 제2기 매입세액이 안분계산 대상인지 여부, ② 물류센타 지하주차장을 과세사업용으로 볼 것인지 여부, ③ 공통매입세액의 안분계산 방법을 가리는데에 있다.
- 나. 관련법령 부가가치세법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다고 규정하고 있다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 같은 조 제4항은 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의하되, 다만 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다고 규정하고, 그 제1호에서 “총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율”을, 그 제2호에서 “총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율”을, 그 제3호에서 “총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”을 각각 규정하고 있다. 같은법시행령 제61조의 2(공통매입세액의 정산)는 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하도록 규정하고 있다.
- 다. 먼저 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 당초 과세사업(임대업 및 가공식품등 과세재화 판매업)과 면세사업(채소등 면세재화 판매업)에 공용할 예정으로 물류센타를 신축하면서, 96년 제2기 부가가치세신고시 부가가치세법시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 과세사업과 면세사업에 사용할 예정면적비율로 공제대상 매입세액을 안분계산하였다. 그후 97.6.20 물류센타 전체를 청구외 (주)OO유통에 임대(과세사업)하기로 계획을 변경하고 97년 제1기 부가가치세신고시는 매입세액 전부를 공제대상으로 신고하여 전액을 환급받았다. 청구법인은 96년 제2기분 매입세액에 대하여도 위와 변경된 사업계획을 소급적용하여야 한다는 주장이나, 부가가치세법시행령 제61조의 2에서 같은 시행령 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 정산하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 97.6.20(97년 제1기)에 물류센타의 과세사업관련 예정사용면적과 면세사업관련 예정사용면적을 변경하였다 하더라도, 이미 매입세액을 안분계산한 96년 제2기분의 매입세액은 물류센타가 완공되어 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 확정신고시 정산하여야 할 것이므로, 96년 제2기의 매입세액은 그 당시의 예정사용면적에 의하여 안분계산함이 타당하다 할 것이다.
- 라. 쟁점②에 대하여 본다. 처분청 및 청구법인의 예정사용면적의 구분은 아래 표와 같다. 단위:㎡ 처분청(A) 청구주장(B) A-B 비고 총면적 38,336.5 38,336.5 0 지하주차장(10,069.3)을 처분청은 공용면적으로, 청구법인은 과세면적으로 분류하였음 과세면적 8,623.4 18,692.7 -10,069.3 면세면적 8,546.4 8,546.4 0 공용면적 21,166.7 11,097.4 10,069.3 청구법인이 96년 제2기 매입세액의 안분계산과 관련하여 처분청에 제출한 당초 물류센타 건립운영 기본계획에는 지하주차장을 유료화한다는 내용이 없었으며, 청구법인은 97.4.경 물류센타개설준비반에서 작성한 주차장 사용계획서를 제시하면서 주차장은 과세사업 관련 예정사용면적에 포함되어야 한다고 주장하고 있으나, 이는 96년 제2기분 부가가치세신고 후인 97.4.경 작성된 것으로서 앞의 쟁점①에서 본 것과 같은 이유에서 96년 제2기 매입세액의 안분계산으로 인한 이건 처분에 있어서는 적용될 수 없다 할 것인 바, 그렇다면 96년 제2기분의 매입세액을 안분계산함에 있어서는 당초의 물류센타 건립운영 기본계획에 의하여야 할 것인데, 그 계획에는 주차장에 관하여 과세사업에 제공할 것인지를 명시한 바 없으므로 과세사업과 면세사업에 공용하는 물류센타의 지하주차장은 과세사업과 면세사업에 공통으로 관련되는 예정사용면적으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.
- 마. 쟁점③에 대하여 본다. 처분청은 위 쟁점②에서 본 바와 같이, 물류센타의 총면적 38,336.5㎡를 과세사업 관련 예정사용면적 8,623.4㎡, 면세사업 관련 예정사용면적 8,546.4㎡, 공통면적 21,166.7㎡로 구분한 다음 96년 제2기 물류센타건축 관련 총매입세액 1,364,363,637원을 위 면적비율로 1차 안분하여 과세사업 관련 예정사용면적에 상당하는 매입세액은 전액공제하고, 면세사업 관련 예정사용면적에 상당하는 매입세액은 전액불공제하였으며, 공통면적에 상당하는 매입세액은 2차 안분계산하였다. 공통면적에 상당하는 매입세액을 2차 안분계산함에 있어 처분청은 물류센타 건립운영 기본계획상 면세물품(1차 농·축·수산물) 취급비율 80% 및 과세물품(가공식품등) 취급비율 20%의 비율로 안분계산하여 공통면적에 상당하는 매입세액의 20%를 공제대상으로 계산한 반면, 청구법인은 공통면적에 상당하는 매입세액을 2차 안분계산함에 있어 위 1차 구분시의 과세예정면적 및 면세예정면적의 비율에 의하여 안분계산하여야 한다는 주장이다. 부가가치세법시행령 제61조 제4항 단서 및 그 제3호에서 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 의하여 공통매입세액을 안분계산하도록 규정하고 있으므로, 이 건 공통면적에 상당하는 공통매입세액은 위 규정에 따라 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적에 의하여 안분계산함이 타당한 것으로 판단된다.
- 바. 따라서 이 건 심판청구는 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.