[요지] 쟁점토지중 1,682㎡는 90.3.28에 27.5㎡는 ’92.8.18에 각각 잔금이 지급된 사실이 확인되므로 이를 양도시기로 보아야 하며 나머지 697.5㎡는 존치부지로서 사실상 양도되지 아니한 것으로 판단됨
[요지] 쟁점토지중 1,682㎡는 90.3.28에 27.5㎡는 ’92.8.18에 각각 잔금이 지급된 사실이 확인되므로 이를 양도시기로 보아야 하며 나머지 697.5㎡는 존치부지로서 사실상 양도되지 아니한 것으로 판단됨
[주 문] 용산세무서장이 97.1.30 청구인에게 납입 고지한 양도소득세 209,877,010원의 부과처분은 성남시 중원구 OO동 OOO 및 OOOOOOO 소재 토지 2,407㎡중 1,682㎡는 90.3.28에 양도되었고 27.5㎡는 92.8.18 양도되었으며 이를 제 외한 나머지 부분(697.5㎡)은 과세대상에서 제외하여 그 과세 표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구인은 경기도 성남시 중원구 OO동 OOOOOOO 소재 토지 2,407㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 90.3.28 토지공사에게 협의 양도하고 소유권을 이전한 후 92.9.15 위 토지중 2,391㎡에 대하여 계약해지를 원인으로 토지공사의 소유권을 소멸시켰다가 같은 날 토지공사에게 재차 양도하여 소유권이전등기하고 94.8.25 위 토지중 697.5㎡를 환매를 원인으로 하여 취득하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지 전체를 92.9.15 양도한 것으로 보아 양도소득세 감면세액중 감면한도액 300,000,000원을 초과하는 부분의 감면을 배제하여 97.1.15 청구인에게 양도소득세 209,877,010원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.4.30 이의신청과 97.6.28 심사청구를 거쳐 97.9.29 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점토지는 한국토지공사에 협의 양도한 이후 90.3.28 잔금을 청산하여 소유권 이전등기하였고 92.8.18 토지개발공사는 사업시행상의 편의를 위하여 형식상 토지공사의 소유권을 말소하였다가 동 일자로 다시 토지공사에 소유권을 이전 등기하였으므로 실질적인 양도일은 90.3.28이고 따라서, 90.12.31 신설된 조세감면규제법 보칙 제88조의 2 규정에 의하여 양도소득세 종합감면한도액 300,000,000을 초과하는 부분에 대해 감면을 배제한 것은 부당하다.
(2) 위 부동산의 양도시기를 92.8.18로 본다 하더라도 그 일부(존치지구)는 환매특약으로 매매대금이 치루어지지 않은 상태에서 94.8.24 청구인에게 소유권이 재이전되었으므로 이에 대하여는 양도소득세를 과세하여서는 아니된다.
(1) 청구인과 한국토지공사간에 90.3.30 체결한 부동산 매매계약서에 의하면 쟁점토지를 319,367,000원에 양도하되 대금중 사업지구 경계에 걸쳐있는 토지분 155,875,000원은 지급을 유예하고 토지의 편입면적이 확정되는 때에 정산하여 지급하는 것으로 되어 있으며 계약조건 제5조 제1항과 제2항에 의하면 계약체결후 한국토지공사는 1～7호의 경우에는 계약을 해제할 수 있고, 이 경우 청구인은 이의를 제기할 수 없으며, 계약을 해제한 때에는 지체없이 수령한 목적토지 등의 매매대금을 반환하도록 되어 있다.
(2) 쟁점토지는 90.3.28 공공용지협의 취득을 원인으로 90.3.30 한국토지공사에 소유권이전등기를 경료한 후 92.8.18 계약해제를 원인으로 92.9.15 소유권말소등기를 하였다가 쟁점토지중 697㎡는 92.8.18부터 5년간 환매특약조건으로 92.9.15 위 한국토지공사에 소유권을 이전한 사실이 해당 등기부 등본에 의하여 확인되며, 92.8월 청구인과 청구외 한국토지공사 분당도시직할사업단장간에 체결된 매매계약서의 계약조건 제1조와 제2조에 의하면 매매대금 165,964,500원을 토지 등의 소유권 이전등에 필요한 제반서류를 구비하여 소유권 이전 등이 가능하다고 인정될 때에는 그 매매대금을 일시불로 지급하는 것으로 되어있다.
(3) 이러한 사실관계를 종합하여 볼 때 청구인은 쟁점토지를 위 한국토지공사에 90.3.30 양도하여 소유권이전등기를 하였다가 92.8.18 계약을 해제한 후 92.9.15 소유권이전등기를 말소하여 소유권을 환원하였고, 92.8.18 매매를 원인으로 하여 92.9.15 다시 소유권이전등기를 경료하였던 사실이 관련자료에 의하여 확인되며, 사실이 이러하다면 90.3.30자 양도는 계약을 해제하여 소유권이전등기를 환원하였으므로 없었던 것으로 보아야 할 것이고 92.9.15 소유권 이전등기가 이루어졌으므로 92.9.15을 양도시기로 본 처분은 정당하다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
② 쟁점토지중 일부(존치부지)를 양도한 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다.
2. ～ 5. (생 략)」이라고 규정하고 있다. 또한, 구 조세감면규제법 제88조의 2【양도소득세 감면의 종합한도】에는 개인이 제57조 내지 제60조·제62조·제67조의 4의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다라고 규정되어 있다.
(1) 쟁점토지 2,407㎡는 90.3.28 협의취득을 원인으로 하여 90.3.30 소유권이 청구인으로부터 토지공사로 이전된 후 이중 16㎡는 91.11.7 분할되었고 나머지 2,391㎡는 92.9.15 계약해지에 의하여 소유권이 소멸되었다가 같은 날 존치지구 697.5㎡에 대한 환매특약과 함께 다시 토지공사로 소유권이 이전되었으며 이중 697.5㎡는 94.8.25 환매를 원인으로 청구인 명의로 소유권이 이전된 사실이 쟁점토지의 등기부 등본에 의하여 확인된다.
(2) 처분청은 쟁점토지 전체가 92.8.18 매매를 원인으로 소유권 이전등기가 접수된 92.9.15 양도된 것으로 보아 같은 해에 양도된 쟁점토지이외의 부동산 양도소득세액과 합산하여 양도소득세 감면 한도액 300,000,000원을 초과하는 부분에 대하여 양도소득세 감면을 배제하여 과세하였음이 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다.
(3) 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 재차 소유권이 이전된 92.9.15로 보았으나 청구인이 당초 쟁점토지를 92.3.30 토지공사 명의로 소유권 이전하였다가 92.9.15 계약해지를 원인으로 소유권을 소멸한 후 같은 날 존치지구에 대한 환매특약과 함께 소유권을 토지공사 명의로 다시 이전한 것은 토지공사의 내부규정인 존치건축물의 처리에 관한 예규 제11조 제1항 및 제2항에 토지공사는 존치부지를 취득하되 반환을 전제로 대금을 지급하지 아니하고 소유권이전등기시 소유자를 환매권자로 하는 환매특약등기를 하여야 한다고 규정되어 있어 당초 소유권이전시기인 90.3.30 당시 존치부지가 확정되지 않아 환매특약을 등기하지 못하다가 92.9.15 환매특약등기를 위해 소유권을 재이전한 것으로 이는 토지공사의 사업시행상의 편의에 따른 것임을 한국토지공사 분당직할사업단의 사실확인서에 의해 알 수 있다. 또한 쟁점토지 양도에 관한 보상금지급에 관하여 보면, 쟁점토지중 1,682㎡에 대한 보상금 163,492,000원은 90.3.28에 지급하고 나머지 725㎡에 대해서는 존치부지 계약시 정산하기로 한 후 92.8.18 27.5㎡에 대한 보상금 5,912,500원이 존치부담금과 상계되고 나머지 존치부지 697.5㎡에 대해서는 보상금이 지급되지 아니한 사실이 쟁점토지의 매매계약서 및 매수인의 사실확인서 등에 의하여 확인된다. 전시한 사실을 모두어 보면 쟁점토지중 1,682㎡는 90.3.28에 27.5㎡는 ’92.8.18에 각각 잔금이 지급된 사실이 확인되므로 이를 양도시기로 보아야 하며 나머지 697.5㎡는 존치부지로서 사실상 양도되지 아니한 것으로 판단된다.