쟁점토지가 장기보유특별공제 대상토지인지 여부(경정)

[주 문] 세 71,125,380원의 부과처분은 경기도 화성군 태안면 OO 리 OOO 대지 1,012㎡를 장기보유특별공제 대상토지로 하 여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구인은 71.4.26 취득한 경기도 화성군 태안면 OO리 OOO 전 289㎡, 동 OOOOO 전 805㎡, 동 OOOOO 전 702㎡, 동 OOOOO 전 396㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)와 동 OOO 대지 1,012㎡, 동 OOOOO 대지 451㎡(이하 “쟁점대지”라 한다)를 91.6.27 양도하고 91.7.25 쟁점대지에 대하여만 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점농지와 쟁점대지를 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 97.3.25 청구인에게 91년 귀속 양도소득세 71.125,380원을 결정고지하였다가 쟁점대지에 대하여는 신고·납부한 사실이 확인된다는 심사결정에 의하여 97.7.28 신고내역중 장기보유특별공제는 배제하고 자진납부세액 등을 공제하여 위 양도소득세를 31,326,650원으로 경정감하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.5.23 심사청구를 거쳐 97.9.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점농지를 취득한 79년부터 농지소재지에서 거주하면서 관리인 청구외 OOO과 함께 13여년간 농사를 지어 왔으며 쟁점농지는 양도당시 농지로서 8년이상 자경한 농지에 해당되므로 양도소득세가 비과세되어야 하고, 쟁점대지 지상에 주택이 있었음에도 쟁점대지의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인이 쟁점농지소재지에서 8년이상 거주한 사실이 주민등록상 확인되고 있으나, 청구인이 쟁점농지를 자경하였음을 입증할 수 있는 시·구·읍·면장이 발급하는 농지원부 등 구체적이고 객관적인 증빙의 제시가 없으므로 쟁점농지를 8년이상 자경하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 쟁점대지는 나대지상태로 양도하였으므로 장기보유특별공제를 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점농지를 8년이상 자경한 비과세 대상 농지로 볼 수 있는지와 쟁점토지가 장기보유특별공제 대상토지인지 여부에 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제5조 제6호 (라)목에는『양도할 때까지 8년이상 계속하여 자기가 경작한 토지로서 농지세의 과세 대상(비과세, 감면과 소액부징수의 경우를 O함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제14조 제3항에는『법 제5조 제6호 (라)에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때로부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있는 양도일 현재의 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다』라고 규정하고 있다. 한편, 소득세법 제23조 제2항 제2호 나목에서 『대통령령이 정하는 토지를 제외하고 당해자산의 보유기간이 10년이상인 것에 대하여는 양도차익의 100분의 30에 해당하는 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 총수입금액에서 공제한다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제46조의 3에서 『법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 O함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 기준면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점농지를 8년이상 자경한 비과세 대상 농지로 볼 수 있는지 여부에 대하여 보면, 청구인은 쟁점농지를 71.4.26 취득하여 8년이상 소유하다가 91.6.27 양도하였고, 83.3.3부터 94.4.29까지 8년이상 쟁점농지의 인근에 소재하고 있는 쟁점대지 지상의 주택에서 거주하였으며, 쟁점농지는 양도일 현재 농지이었음이 등기부등본, 주민등록표, 토지특성조사표, 쟁점농지의 전용허가서 등에 의하여 확인되고 있으나, 청구인은 쟁점농지뿐만 아니라 현재까지 양도되지 아니한 다른 농지(21,262㎡)를 소유하고 있음에도 쟁점농지를 8년이상 자경하였음을 입증할 수 있는 자료로 이 건 과세일 이후에 작성된 청구외 OOO의 확인서, 이장의 경작확인서외에는 농지세 과세증명, 종자류·비료 구입증명 등 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있고, 쟁점농지 양도일 이전에 작성된 농지원부(91.4.20 작성)에 쟁점농지 인근에 소재하고 있는 농지 21,262㎡만 등재되어 있을 뿐 쟁점농지는 등재되어 있지 아니한 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점농지를 8년이상 자경하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점농지를 8년이상 자경한 비과세 대상 농지로 인정 하지 아니하고 쟁점농지의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점대지가 장기보유특별공제 대상토지인지 여부를 보면, 청구인은 쟁점대지를 71.4.26 취득하여 10년이상 보유하다가 91.6.27 양도하였음이 등기부등본에 의하여 확인된다. 쟁점대지 중 경기도 화성군 O리 OOO 대지 1,012㎡ 지상에 쟁점대지 양도일 현재까지 아래와 같은 주택이 있었음이 건축물관리대장에 의하여 확인되고 있고, 청구인 또한 위 토지를 양도한 후 장기보유특별공제액을 20,572,782원으로 하여 신고하였음이 자산양도차익 예정신고서 및 양도소득세 자진신고납부 접수부에 의하여 확인되므로 위 토지는 장기보유특별공제 대상토지라고 판단된다. 건축물관리대장 내역 지 번 구 조 용 도 면적(㎡) 소유자 비 고 경기도 화성군 태안면 OO리 OOO 목조스레트 주 택 30.84 OOO 91.12.4 멸실 상 동 부럭스레트 주 택 18.84 상 동 상 동 상 동 연와조기와 주 택 89.14 OOO 상 동 상 동 벽돌스라브 지하실 21.06 상 동 상 동 계 159.88

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.