[주 문] 부가가치세 268,146,600원의 부과처분은 강원도 속초시 OO동 OOO외 4필지 토지(4,800㎡) 위 건물(연면적 과세표준과 세액(환급세액)을 경정하고,
2. 나머지 청구주장은 이를 각하한다.
[이 유]
1. 원처분개요 청구법인은 비영리재단법인으로서 강원도 속초시 OO동 OOO외 4필지 토지(4,800㎡)상에 숙박시설용 건물 2,798.17㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축(1995년 9월 착공, 1997.2.O 준공)하고 건물신축공사와 관련 공사도급업자로부터 교부받은 세금계산서(매입세액: 24O,769,642원)를 부가가치세 신고시 제출하여 위 매입세액 일부(2O9,100,000원)에 대하여는 건물신축에 따른 시설투자로 조기환급 받았으나 처분청은 쟁점부동산의 경우 종교인(宗敎人) 교육시설에 부수된 숙박시설로 종교단체가 고유목적사업을 위하여 실비로 공급하는 재화 및 용역의 공급으로서 부가가치세가 면제되는 사업으로 보아 쟁점부동산 신축관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 1996년 2기분 부가가치세 268,140,600원을 1997.O.15 청구법인에게 결정고지하였고(위 처분을 이하 “제1차처분”이라 한다), 청구법인이 1997.4.17 조기환급신고한 부가가치세 4O,072,O16원에 대하여도 1997.5.10 환급 결정 및 충당조치하였다가 제1차처분과 동일한 이유로 가산세를 포함한 1997년 1기분 부가가치세 47,O79,540원을 1997.6.16 청구법인에게 결정고지하였으며, 1997.6.1O 조기환급신고한 부가가치세 51,0OO,000원에 대하여도 같은 사유로 1997.6.2O 환급결정을 보류(1997년 1기분 부가가치세 고지처분과 환급결정 보류처분을 이하 “제2차처분”이라 한다)하였다. 청구법인은 선행처분이 부당하다는 이유로 1997.4.17 심사청구를 제기하였다가 청구법인의 심사청구가 기각결정되자 1997.7.2O 청구법인은 선행처분 및 후행처분 모두가 부당하다는 취지의 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구법인은 비영리 재단법인으로서 주무감독관청인 문화체육부장관으로부터 수익사업승인을 받고 속초세무서장으로부터는 음식·숙박업등에 대한 사업자등록증을 교부받아 쟁점부동산으로 숙박업등 수익사업을 영위하고 있는데, 처분청에서는 청구법인의 쟁점건물 신축공사 관련 매입세액공제(조기환급)신청에 대하여 청구법인이 영위하는 숙박업등의 사업이 종교단체가 고유목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역으로서 부가가치세가 면제되는 사업에 해당한다는 등의 이유로 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세(환급결정보류처분을 포함하며, 이하 같다)하였는 바, 쟁점부동산은 자연공원법상 집단시설지구중 “숙박시설지역”에 속해 있는 관계로 공원입장자의 편의제공을 위한 숙박시설이 아닌 다른 목적의 시설신축은 일체 허용되지 아니하여 청구법인도 불특정다수인을 상대로 일반 다른 숙박업소와 비슷한 수준의 요금을 받고 계속적으로 숙박업등을 영위하고 있으므로 청구법인의 위 숙박업등의 사업은 순수한 수익사업으로서 부가가치세법상 부가가치세 면제사업에 해당하지 아니하고, 따라서 청구법인이 영위하는 위 사업을 부가가치세 면제사업으로 보아 쟁점부동산 신축관련 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 취소하여야 하고, 환급결정기한이 도과된 조기환급신고에 대하여는 즉시 환급결정하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 쟁점부동산은 건축허가서상 숙박시설로 되어 있으나 청구법인의 정관, 법인설립허가증, 수익사업운영계획서 등에 의하면 청구법인은 주무관청에 등록된 종교단체로서 쟁점부동산은 청구법인의 목적사업인 선교사 지원을 위한 교육 및 숙소제공과 선교지원자 훈련을 위한 숙박시설 이용이 주된 사용목적이고 기타 일반인상대 객실수입등은 실비로 공급하여 고유목적사업을 위한 부수사업으로 판단되는 바, 이는 종교단체가 고유목적사업을 위하여 실비로 공급하는 재화 또는 용역으로서 부가가치세가 면제되는 사업에 해당한다 할 것이므로 쟁점부동산 신축과 관련하여 환급받은 매입세액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분에 달리 잘못이 없다. O. 심리 및 판단
- 가. 쟁점
① 전심(심사청구)절차를 거치지 아니한 제2차처분의 경우 본안심리 대상인지 여부
② 쟁점부동산 신축관련 매입세액을 매출세액에서 공제(환급)하여 과세할 수 있는지 여부
(1) 국세기본법 제55조 제1항에서 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로서 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다(단서생략)고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서는 제1항의 규정에 의하여 심사청구를 한 자는 그 청구에 대한 결정에 이의가 있거나 결정을 받지 못한 경우에는 이 장의 규정에 의한 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 청구법인의 경우 제1차처분(1996년 2기분 부가가치세 고지처분)이 부당하다 하여 1997.4.17 심사청구를 국세청장에게 제기하였고 국세청장은 청구주장이 이유없다는 사유로 청구법인이 제기한 이 건 심사청구를 1997.5.2O 기각결정 하였으며, 이 건 심사청구에 대한 기각결정 이후에 이루어진 제2차처분의 경우는 심사청구를 거치지 아니하였고, 이와 같은 일련의 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다. 살피건대, 청구법인은 제1차처분이 전심절차를 거쳤으므로 청구내용이 같은 제2차처분은 별도의 심사청구절차를 거치지 않았지만 위법·부당한 제1차처분과 제2차처분 모두를 취소(환급결정)하여야 한다는 내용으로 이 건 심판청구를 제기하였으나, 위 사실관계에서 알 수 있는 바와 같이 제2차 처분의 경우 필요한 전심(심사청구)절차를 거치지 아니한 부적합한 청구에 해당하므로 제2차 처분은 본안심리 대상이 아니라고 판단된다.
(1) 관련법령 부가가치세법 제12조 제1항 본문에서 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하면서, 그 제16호에서는 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것을 열거하고 있고, 같은법 시행령 제O7조에서는 「법 제12조 제1항 제16호에서 “재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.
1. 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 공급하는 재화 및 용역 2.～O. 생략」이라고 규정하고 있다. 한편, 매입세액공제와 관련하여 부가가치세법 제17조 제1항에서는 「사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. (생략)」이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항 본문에서는 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 그 제4호에서는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 열거하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단
- 가) 청구법인은 세계기독교선교사업등을 목적으로 설립된 비영리법인으로서 선교사의 안식년휴양 및 재훈련지원과 선교지망자의 영성훈련 지원사업등을 목적사업으로 하고 있으며(정관 제4조), 목적사업의 경비를 충당하기 위하여 필요한 때에는 그 본질에 반하지 아니하는 범위 안에서 수익사업을 할 수 있고(정관 제5조 제1항), 수익사업을 하고자 할 때에는 미리 문화체육부장관의 승인을 얻도록 정관에서 규정하고 있다.
- 나) 청구법인은 OOO국립공원 제O집단시설지구내에 위치한 강원도 속초시 OO동 OOOOO외 4필지 토지에 속초시장으로부터 1995.7.21 숙박시설(여관)용 건축허가(허가면적: 1,O28.4㎡)를 받고 1996.7.8 청구외 OO건설주식회사와 신축도급계약을 체결(도급금액 2,6O0,100,000원, 부가가치세 포함)하고, 1996.10.2O 문화체육부장관으로부터 수익사업승인을 받았고, 1997.4.26 숙박업 영업신고(속초시장)를 필한 후 1997년 6월부터 “OOOOO”라는 상호로 숙박업등 영업을 영위하고 있는 사실이 청구인이 제시한 건축허가서등 각종 자료에 의해 확인된다.
- 다) 청구법인이 1996.10.27 속초세무서장으로부터 교부받은 법인과세사업자용 사업자등록증(등록번호: OOO-OO-OOOOO)의 업태란에는 서비스음숙, 종목란에는 음숙욕탕업이라 기재되어 있다.
- 라) 청구법인은 쟁점부동산 신축관련 매입세액중 2O9,100,000원은 1996.12.24, 4,669,642원은 1997.1.24 각각 환급신고를 하였고, 처분청은 2O9,100,000원에 대하여는 1996.12.O0 환급조치하였다가 쟁점부동산에서 영위하는 숙박업등이 부가가치세법상 부가가치세 면제사업에 해당된다는 이유로 기환급받은 매입세액등을 매출세액에 불공제하여 부가가치세(1996년 2기분)를 과세한 사실이 이 건 과세기록에 의해 확인된다.
- 마) 청구법인은 쟁점부동산의 신축과 관련하여 취득세 47,OO0,000원, 등록세 19,128,000원, 농어촌특별세 4,7OO,000원, 교육세 O,OO5,600원 등의 지방세를 1997.2.26 납부한 사실이 있으며, 지방세법 제107조 등에서는 종교사업등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 등을 부과하지 아니하나 당해 부동산을 수익사업 등에 사용하는 경우에는 취득세 등을 부과하도록 규정되어 있다.
- 바) 쟁점부동산(OOOOO)의 이용현황을 선교사와 일반인들로 구분하여 살펴보면, 1997년 6월부터 1997.9.O1까지의 기간중 수입금액 기준으로는 총매출액 10,860,600원중 선교사 이용관련 매출액이 1,001,000원으로서 그 점유비가 9.2%이고, 대여객실수 기준으로는 선교사 이용객실수가 연 O4개로서 같은 기간중 총 대여객실수 195개의 17.4%에 해당한다는 사실이 청구법인이 제출한 장부등에 의해 확인된다.
- 사) OOOOO의 비성수기(연휴 및 단풍철등 제외) 일반객실 숙박요금은 44,000원이고, 청구법인은 인근 유사업소(OOOOO모텔등)에서도 비슷한 요금을 받고 있다 하여 숙박요금이 기재된 프랑카드를 전면에 부착한 업소전경사진을 제시하고 있다. 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산(OOOOO)으로 영위하고 있는 음숙업등을 부가가치세 면제사업으로 보아 쟁점부동산 신축관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였으나, 첫째, 자연공원법상 집단시설지구로 지정고시(건설부 고시 제186호, 1991.4.15)된 지역으로서 공원입장자인 블특정다수인의 편의제공을 위한 숙박시설 이외의 다른 목적시설의 설치가 불가능한 지역에 숙박시설로 건축허가를 받고, 수익사업을 하기 위해 정관에서 정하는 바에 따라 문화체육부장관의 승인을 얻어 쟁점부동산을 신축, 속초시장에게 숙박업 영업신고를 필하였으며 과세사업자용 사업자등록증을 교부받아 음숙업을 영위하고 있고, 둘째, 위 사실관계에 나타나고 있는 바와 같이 OOOOO(쟁점부동산)의 대여객실수 및 매출액등의 구성비를 살펴볼 때 이용고객이 대부분이 불특정일반인들인 것으로 나타나고 있으며, OOOOO의 숙박요금 또한 무상이나 실비가 아닌 유사 다른 업소와의 경쟁요금으로 볼 수 있으며, 셋째, 해당 지방자치단체에서 쟁점부동산을 수익사업에 사용하는 것으로 보아 취득세등을 부과 고지한 사실등을 종합해 볼 때 쟁점부동산은 수익사업을 위하여 사용되는 것으로 확인되고, 청구법인이 쟁점부동산에서 영위하는 사업(음숙업등)관련 재화 및 용역공급의 경우 그 고유사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 것이 아니라는 청구주장을 받아들이지 아니하기는 어렵다 할 것이므로 앞에서 살펴본 법령의 규정에 의거 쟁점부동산 신축관련 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.
- 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장 중 그 일부가 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제O호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.