양도당시 쟁점토지의 현황이 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부(취소)

[주 문] 노원세무서장이 96.6.16 청구인에게 결정고지한 92년 귀속분 양도소득세 17,433,440원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 청구외 OOO, OOO등과 함께 경기도 수원시 권선구 OO동 OOOOO 전 1,139㎡(공유자 지분은 균등, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 78.3.17 취득하여 92.10.15 양도하고, 장기보유특별공제 대상인 토지로 하여 양도소득세를 신고하였다. 처분청은 양도당시 쟁점토지의 사실상 용도가 나대지라 하여 청구인이 자산양도차익 예정신고시 공제한 장기보유특별공제 적용을 부인하고, 96.6.16 청구인에게 92년 귀속분 양도소득세 17,433,440원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.8.14 이의신청, 96.12.7 심사청구를 거쳐 97.3.27 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구 주장 청구인은 청구외 OOO, OOO과 공동으로 쟁점토지를 취득한 후 양도할 때까지 경기도 수원시 장안구 OO동 OOOOOO에 거주하는 OOO가 대리경작하였으므로 쟁점토지는 장기보유특별공제대상인 자산에 해당되고, 이러한 사실은 쟁점토지의 공동소유자였던 청구외 OOO, OOO이 신고한 대로 관할세무서에서 장기보유특별공제를 인정한 사실에 의하여서도 확인되므로 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 하지 아니한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 양도당시까지 청구외 OOO가 쟁점토지를 대리경작하고 있었으므로 쟁점토지는 장기보유특별공제 대상이라고 주장하면서 제시한 청구외 OOO의 확인서에는 청구외 OOO가 양도당시까지 쟁점토지를 경작한 것으로 되어 있는 반면에, 처분청이 심리자료로 제시한 경작확인서(청구인이 과세적부심사청구시 제출한 경작확인서)에는 청구외 OOO가 91년까지 쟁점토지를 경작한 것으로 되어 있으므로 청구인이 제시한 청구외 OOO의 확인서는 일관성이 결여되어 신빙성이 없는 것으로 보이고, 청구인은 쟁점토지가 전(田)이라고 주장하면서도 이를 입증할 농지원부, 농지세 과세증명서 등 경작사실에 대한 증빙제시가 없어 양도당시의 쟁점토지는 농지가 아닌 나대지라고 볼 수 있으며, 청구인은 쟁점토지의 취득후 양도일까지 서울특별시 송파구 OO동 OOOOOO OOO OOOOOOOO에 거주하고 있음이 주민등록등본에 의하여 확인되며 직접 자경하였다는 객관적인 증빙의 제시가 없어 유휴토지에 해당하므로 쟁점토지는 장기보유특별공제 대상인 토지로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 양도당시 쟁점토지의 현황이 나대지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 구소득세법 제23조(94.12.22 법률 제4803호로 전면개정되기 전의 것) 제2항 본문에는『양도소득금액은 당해 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 다시 다음 각호의 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 2년 미만인 것과 제70조 제7항에 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 다음 각호의 금액을 공제하지 아니한 금액으로 한다』라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제46조의 3에는 『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가건축물을 제외한다)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 토지는 그러하지 아니하다』라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 94.2.25자 청구외 OOO의 경작확인서에는 청구외 OOO가 79년 6월부터 쟁점토지의 소유권자(청구인등 3인)로부터 농사용 전용으로 사용승락을 받고 농작물인 콩, 옥수수등을 91년도까지 농사용으로 경작하였다는 내용을 근거로 하여 양도당시 쟁점토지의 현황을 나대지로 보아 장기보유특별공제를 하지 아니하였다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 취득하여 양도할 때까지 청구외 OOO가 대리경작하였다고 주장하면서 청구외 OOO의 경작확인서, 공동소유자인 청구외 OOO, OOO의 양도소득세 결정결의서사본 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 보면, 첫째, 청구인이 제시한 94.2.25자 청구외 OOO의 경작확인서(공동소유자인 청구외 OOO이 양도소득세를 신고하면서 관할 세무서에 제출한 자료)에 의하면 청구외 OOO는 79년 6월부터 쟁점토지의 소유권자(청구인등 3인)로부터 농사용 전용으로 사용승락을 받고 농작물인 콩, 옥수수등을 92.10.10(쟁점토지 양도당시)까지 농사용으로 경작하였기에 확인한다고 되어 있고, 둘째, 공동소유자인 청구외 OOO, OOO에 대한 관할세무서의 양도소득세 결정결의서사본에 의하면 94.1.27, 94.2.28에 각각 쟁점토지를 장기보유특별공제대상인 토지(10년 이상)로 하여 양도소득세를 결정하였음이 관할세무서의 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인되고 있으며, 셋째, 국세청 재산제세사무처리규정 제124조 제1항 제2호에는 “총괄과세자가 아닌 공동소유자에 해당되는 경우 총괄과세자 소관세무서장으로부터 수보한 양도소득세 결정결의서 내용과 자서내의 공동소유자의 상황(신고등)이 동일한 지의 여부를 확인하여 동일한 상황인 경우에는 즉시 총괄과세자의 결정대로 결정을 하여야 하며 다른 상황인 경우에는 당해 납세자의 상황에 따라 결정하여야 한다”라고 되어 있고, 그 제39조에는 “세무서장은 수동으로 재산제세 과세자료전(양도)(0206-072일)을 작성함에 있어서 당해 양도자가 공동소유자로 확인되는 경우로서 지분율이 서로 상이한 경우에는 그 중 가장 많은 자, 지분율이 균등한 경우에는 등기부상 초두에 기재된 소유자를 총괄과세자로 지정하여 공동소유자 또는 공동소유자-총괄과세자를 당해 자료전 우측 상단여백에 주서표시 하여야 한다”라고 되어 있는 바, 이는 행정편의에 의하여 납세자를 차별대우하는 것을 방지하고자 둔 규정으로서 이에 반하는 행정처분은 과세형평의 원칙에 반하는 위법·부당한 처분이라 할 것이다.

(3) 쟁점토지의 양도에 대하여 공동소유자인 청구외 OOO(재산재세사무처리규정 제39조에 의한 총괄납세자), OOO을 관할하는 세무서에서는 장기보유특별공제를 한 반면에, 처분청은 장기보유특별공제를 하지 아니하였는 바, 쟁점토지의 양도에 대하여 공동소유자인 청구외 OOO, OOO을 관할하는 세무서의 처분이 당연 무효가 아닌한 처분청의 처분도 이와 동일하게 처리되어야 할 것임에도 이와 달리 처분한 것은 재산제세사무처리규정 제39조 및 제124조 제1항 제2호의 규정에 반할 뿐만 아니라 국세기본법 제18조 제1항에서 규정하고 있는 과세형평의 원칙에도 반하는 부당한 처분으로 판단된다.

• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.