[요지] 과세사업을 위해 지출한 부가가치세매입세액은 면세되는 재화 또는 용역에 관련된 것이라 할지라도 매출세액에서 공제하여야 하므로, 과세사업인 골프장토지조성과 관련한 부가가치 세매입세액으로서 적법한 신고기한 내에 수정신고를 한 경우 부가가치세 매출세액에서 환급하는 것이 적법함
[요지] 과세사업을 위해 지출한 부가가치세매입세액은 면세되는 재화 또는 용역에 관련된 것이라 할지라도 매출세액에서 공제하여야 하므로, 과세사업인 골프장토지조성과 관련한 부가가치 세매입세액으로서 적법한 신고기한 내에 수정신고를 한 경우 부가가치세 매출세액에서 환급하는 것이 적법함
[참조결정] 국심1989중2026
[주 문] 원주세무서장은 1997.1.8 청구법인이 수정신고한 1992/1기～ 1994/2기 부가가치세 2,272,211,000원(1992/1기 확정분 200,000,000원 ; 1992/2기 예정분 578,060,000원 ; 1992/2기 확 정분 287,250,000원 ; 1993/1기 예정분 315,150,000원 ; 1993/1 기 확정분 353,396,000원 ; 1993/2기 예정분 233,800,000원 ; 1993/2기 확정분 304,555,000원)에 대하여 부가가치세법시행령 제60조 제6항에서 규정하고 있는 토지의 조성 등을 위한 자 본적 지출에 관련된 매입세액을 공제하여 그 과세표준과 세 액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 강원도 원주시 소초면 OOO리 OOO에서 골프장을 조성하면서 92/1기 확정분부터 93/2기 확정분 과세기간까지의 매입금액 22,722,211,000원과 관련한 매입세액 2,272,211,000원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 세금계산서를 수취하여 당초 신고시 매입세액이 공제되지 아니하는 것으로 하여 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한 다음, 국세기본법 제45조 제1항에서 규정하고 있는 법정수정신고 기한내인 1992.12.21부터 1994.3.14 사이에 쟁점매입세액을 환급세액으로 하는 과세표준수정신고서를 ＜다음＞과 같이 제출하였다. ＜ 다 음 ＞ (금액단위, 천원) 구 분 92/1기 확정 92/2기 예정 92/2기 확정 93/1기 예정 93/1기 확정 93/2기 예정 93/2기 확정 계 매입금액 2,000,000 5,780,600 2,872,500 3,151,500 3,533,960 2,338,000 3,045,550 22,722,110 매입세액 200,000 578,060 287,250 315,150 353,396 233,800 304,555 2,272,211 수정신고 200,000 578,060 287,250 315,150 353,396 233,800 304,555 2,272,211 처분청은 위 청구법인이 수정신고한 쟁점매입세액은 토지조성에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 공제대상이 아닌 것으로 보아 청구법인이 당초 신고한 내용대로 쟁점매입세액을 불공제하기로 1994.3 내부적으로 결정하고 청구법인에게 그 결과를 통지하지 아니하였다. 처분청은, 청구법인이 1996.12.9 쟁점매입세액을 환급하여 달라는 탄원서를 처분청에 제출하자, 골프장 신설에 따른 토지조성 등과 관련한 쟁점매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항에서 규정하는 불공제대상에 해당하여 1994.3월에 당초 신고내용대로 기결정한 사실이 있으므로 이를 환급할 수 없다고 1997.1.8 청구법인에게 공문(직세 46220-8, 97.1.3)으로 통지하였다. 청구법인은 이에 불복, 1997.1.9 심사청구를 하여 1997.2.28 심사결정서를 받은 후 1997.3.11 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청․국세청장 의견
(1) 국세기본법 제61조 제1항에서 심사청구는 처분의 통지를 받은 날로부터 60일 이내에 하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 수정신고에 대한 거부통지를 받은 날(1997.1.8)이 심사청구의 불복청구기산일이 된다 할 것이므로 1997.1.9 청구법인의 심사청구는 법정기한내의 적법한 청구이다.
(2) 쟁점매입세액은 과세사업인 골프장 건설을 위한 토목공사와 관련한 매입세액이며, 청구법인이 법정신고기한내에 쟁점매입세액에 대한 과세표준수정신고서를 제출하였으므로 환급되어야 한다.
(1) 국세기본법 제45조 제2항의 규정에 의한 감액수정신고분에 대하여 처분청이 수정신고일로부터 60일 이내에 결정을 하여 그 결과를 통지하지 아니한 경우에는 수정신고일로부터 60일이 경과한 날로부터 60일 이내에 심사청구를 하여야 함에도 3여년이 경과한 1997.1.9 심사청구를 하였으므로 이는 불복청구기간을 경과한 부적법한 청구이다.(본안심리대상이 아니다)
(2) 쟁점매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항에서 불공제 대상으로 규정하고 있는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이므로 공제대상이 아니다.
(1) 국세기본법 제45조 제1항, 제2항, 동법시행령 제25조 제2항, 제10조의 2 제1호의 각 규정에 의하면, 납세자가 법정신고기간내에 부가가치세 과세표준신고를 한 다음 그 신고사항에 누락․오류가 있음을 발견한 경우 이를 수정할 기회를 주고 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우(감액수정신고)에는 과세관청은 이를 조사하여 그 결과를 법정기한인 60일 이내에 그 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정할 의무가 있음을 밝히고 있으므로, 만약 과세관청이 위 법정기간내에 조사․결정이나 통지를 하지 아니하는 경우에는 납세자는 위 법조항에 의한 경정청구를 과세관청이 거부한 처분으로 보아 이에 대한 불복청구를 할 수 있다 할 것이다.(국심 89중2026, 1990.3.31 및 대법원 85누883, 1989.1.31 같은 뜻) 그러나 1997.1.8 처분청의 통지는 사실행위에 지나지 아니하며, 또한 처분청이 수정신고에 대하여 법정기한인 60일내에 경정하지 아니한 경우에 필요한 처분을 구할 수 있는 부작위가 동 경정기한이 경과한 후에도 계속 존재하는 것으로 보아 언제든지 그 처분을 구하는 불복청구를 할 수 있는 것은 아니라 할 것이며, 동 법정기한내에 거부처분이 있는 경우에는 그 날로부터, 동 법정기한내에 경정 및 통지가 없는 경우에는 그 기한이 경과한 때에 거부처분이 있는 것으로 보아 그 날로부터 각각 기산하여 동법 제55조의 규정에 의한 불복을 제기할 수 있다 할 것이다. 따라서 청구법인은 과세표준수정신고를 한 후 3여년이 경과하여 1997.1.9 이 건 심사청구를 하였으므로 이 건 심사청구는 국세기본법 제61조에서 규정하고 있는 불복청구기한을 경과한 부적법한 청구이다.
(2) 이 건 심사청구는 본안심리대상이 아니므로 쟁점매입세액이 매입세액 공제대상인지 여부에 대하여는 심리를 생략한다.
3. 심리 및 판단
(1) 이 건 심판청구가 적법한 전심절차를 거친 청구로서 본안심리의 대상에 해당하는지 여부(적법한 기한내에 심사청구를 하였는지 여부)
(2) 과세사업인 골프장 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액(쟁점매입세액)은 공제대상이 아닌지 여부
(1) 관계법령 (가) 국세기본법[1994.12.22, 법률 제4810호로 개정되기 전의 것] 제45조(과세표준수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락․오류가 있는 때에는 다음 각호에 게기하는 기한내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한경과후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한경과후 3월)내
② 과세표준수정신고서의 기재사항 중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 한다. (나) 국세기본법 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. (다) 국세기본법 제61조(청구기간) ① 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 90일)내에 하여야 한다. (라) 국세기본법시행령[1994.12.31, 대통령령 제14076호로 개정되기 전의 것] 제25조(과세표준수정신고) ② 법 제45조 제2항에서 “대통령령이 정하는 국세”라 함은 제10조의 2 제1호에 게기하는 국세를 말한다. (마) 국세기본법시행령[1995.12.30, 대통령령 제14473호로 개정되기 전의 것] 제10조의 2(납세의무의 확정) 법 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각호와 같다.
1. 법인세․부가가치세․특별소비세․주세․증권거래세 또는 교육세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때(단서 생략) (바) 행정심판법 제18조(심판청구기간) ① 심판청구는 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
⑦ 제1항 내지 제6항의 규정은 무효등확인심판청구와 부작위에 대한 의무이행심판청구에는 이를 적용하지 아니한다. (사) 행정심판법 제43조(다른 법률과의 관계) ② 행정심판에 관하여 다른 법률에서 특례를 정한 경우에도 그 법률에서 규정하지 아니한 사항에 관하여는 이 법이 정하는 바에 의한다.
(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 당초 이 건 골프장 조성 등과 관련한 쟁점매입세액의 세금계산서를 수취하여 당초 신고시 매입세액이 공제되지 아니하는 것으로 하여 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출한 다음, 국세기본법 제45조 제1항에서 규정하고 있는 법정수정신고 기한내인 1992.12.21부터 1994.3.14 사이에 쟁점매입세액을 환급세액으로 하는 과세표준수정신고서를 제출하였으며, 처분청은 위 청구법인이 수정신고한 쟁점매입세액은 토지조성에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항에 의하여 공제대상이 아닌 것으로 보아 청구법인이 당초 신고한 내용대로 쟁점매입세액을 불공제하기로 1994.3월 내부적으로 결정하고 청구법인에게 그 결과를 통지하지 아니하였으며, 이에 청구법인이 1996.12.9 쟁점매입세액을 환급하여 달라는 탄원서를 처분청에 제출하자, 그때서야 “토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항에서 공제대상에서 제외하고 있으므로 쟁점매입세액은 골프장 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 공제대상이 아니므로 당초 신고내용대로 1994.3월 기결정(내부결정)한 사실이 있어 환급할 수 없다”는 내용의 청구법인의 감액수정신고에 대한 처리결과를 1997.1.8 청구법인에게 공문(직세 46220-8, 97.1.3)으로 통지하였음이 제출된 과세자료 등에서 확인되며, 이러한 사실관계에 대하여는 처분청과 다툼이 없다. (나) 관련법령의 입법취지 등을 정리해 본다. 국세기본법 제45조 제1항에서 부가가치세 등 신고로서 납세의무가 구체적으로 확정되는 신고납세제도를 채택하고 있는 국세의 경우, 법정신고기한내에 과세표준신고를 제출한 납세자는 그 신고사항에 누락․오류가 있는 때에는 법정신고기한 경과후 6월내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있도록 하여 납세자 스스로 이를 수정할 수 있도록 기회를 부여하고 있으며, 같은조 제2항에서 과세표준수정신고서의 기재사항중 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우(이하 “감액수정신고”라 한다)에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일(이하 “법정기한”이라 한다) 내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하도록 규정하고 있는 바, 동 조항에서 그 반대의 경우인 증액수정신고에 대하여는 별도의 처리기한을 규정하고 있지 않은 점 등으로 미루어 보아, 과세관청이 납세자의 감액수정신고에 대하여 신속․적정한 처분을 하지 아니하고 방치함으로써 환급이 지연되는 등 사실상 납세자의 권익을 침해하는 위법․부당한 상황이 존재할 경우(환급지연 등)를 예상하여 납세자의 권익보호를 위하여 납세자의 감액수정신고에 대하여 법정기한내에 처리하도록 과세관청에 대한 의무를 부여한 것이라 할 것이므로, 과세관청에서 법정기한내에 감액수정신고에 대하여 조사․통지를 하지 아니할 경우에는 신고자는 법정기한이 경과한 날로부터 과세관청의 부작위로 인한 권익침해를 이유로 이를 다툴 수 있다 할 것이다. 만약 국세기본법 제45조 제2항의 규정을 이와 같이 해석하지 아니한다면, 납세자의 감액수정신고에 대하여 정부가 조사․통지를 하지 아니하고 방치할 경우 납세자의 권리구제가 불가능하게 될 것이므로 정부가 감액수정신고에 대하여 조사․결정하여 법정기한내에 납세자에게 통지하도록 한 동 규정의 존재의의가 상실하게 될 것이다.(대법원판례 85누883, 1989.1.31외 다수 같은 뜻) 한편, 행정심판법 제18조 제7항에서 행정청이 법률상 해야 할 의무가 있음에도 이를 하지 아니하는 처분청의 부작위에 대하여는 불복청구기간에 제한을 두지 아니하고 있으며, 동법 제43조 제2항에서 행정심판에 관하여 다른 법률에서 특례를 정한 경우에도 그 법률에서 규정하지 아니한 사항에 관하여는 이 법(행정심판법)이 정하는 바에 의한다고 규정하고 있고, 국세기본법 제55조 제1항에서 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심사청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있도록 규정하여 과세관청의 부작위로 인하여 권익의 침해를 당한 경우에는 불복청구가 가능하도록 하고 규정하고 있으며, 국세기본법 제61조에서 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일내에 하도록 규정하고 있으나, 부작위에 대한 청구기한은 별도로 규정하지 않고 있다. 따라서 부작위에 대한 불복청구기간은 행정심판법이 정하는 바에 따라야 할 것이고, 행정심판법에서 행정청의 부작위로 인한 권익의 침해에 대하여는 그 불복청구기간에 제한을 두지 않으므로, 처분청의 부작위 상태로 권익의 침해가 계속되는 한 그 불복청구기한에는 제한이 없다 할 것이다. (다) 위의 사실관계 및 관련법령의 입법취지 등을 종합하여 본다. 청구법인은 국세기본법 제45조에 의거 법정수정신고기한내인 1992.12.21부터 1994.3.14까지 쟁점매입세액을 환급세액으로 하는 감액수정신고서를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 국세기본법 제45조 제2항의 규정에 따라 이를 조사하여 그 결과를 법정기한내에 신고인에게 통보하는 동시에 경정할 사항은 경정해야 할 법률상 의무가 있음에도 불구하고 이를 하지 아니하였으며, 1996.12.9 청구법인이 쟁점매입세액에 대하여 환급을 해 달라고 처분청에 요청하자, 그때서야 “토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법시행령 제60조 제6항에서 공제대상에서 제외하고 있으므로 쟁점매입세액은 골프장 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 공제대상이 아니므로 당초 신고내용대로 1994.3월 기결정(내부결정)한 사실이 있어 환급할 수 없다”는 내용의 청구법인의 감액수정신고에 대한 처리결과를 1997.1.8 청구법인에게 통지하였는 바, 이와 같이 처분청은 1994.3월 청구법인의 감액수정신고를 불인용하기로 내부적으로 결정하였을 뿐 그 내용을 청구법인에게 고지한 사실이 없었으므로 작위든 부작위든 처분이 있었다고 볼 만한 근거를 찾을 수 없고, 또한 청구법인의 감액수정신고에 대하여 이를 조사․통지하고 경정할 사항이 있으면 경정할 법률상의 의무가 있음에도 불구하고 부작위상태로 계속 방치하고 있었으므로, 청구법인은 처분청의 부작위로 인하여 위법․부당한 상태(환급 지연등)가 존속하는 한 그 불복청구기한에 제한을 받지 않고 심사청구를 할 수 있다 할 것이다(행정심판법 제18조 제7항). 따라서 처분청 및 국세청장의 의견에서 본 바와 같이, 국세기본법 제45조 제2항에 규정하는 법정기한이 경과한 날로부터 심사청구의 불복청구기간을 기산하는 것은 부적법하다 할 것이다. 한편 신고납세제도를 채택하고 있는 부가가치세의 경우에는 별도의 경정처분이 없는 한 신고한 부가가치세의 신고내용의 효력 자체에는 아무런 변동이 없다 할 것인 바, 국세기본법 제45조 제2항에서 청구법인의 감액수정신고에 대하여 처분청은 이를 조사하여 그 결과를 법정기한내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하도록 의무를 규정하고 있음에도 불구하고, 처분청은 법정기한이 경과할 때까지 청구법인의 감액수정신고에 대하여 이를 조사․통지 또는 경정처분을 하지 아니하였는 바, 이 경우에는 납세자는 과세관청이 신고내용을 그대로 인정한 것으로 인식하든지, 아니면 추후 처분청이 조사하여 그 결과를 통지할 것으로 인식하여 처분청의 처분을 기다리는 것이 일반적인 납세관행이라 할 것이다. 또한 국세기본법 제61조 등에서 규정하고 있는 불복청구권은 납세자의 재산권 보호를 위한 가장 기본적인 권리로서 이를 제한하려면 엄격한 법적근거를 필요로 한다 할 것인 바, 법령에서 일정한 상태의 부작위를 거부처분으로 의제한다는 명시규정(예컨데, 구국세기본법 제65조 제5항에서 심사청구를 받은 날로부터 60일 내에 그 결정의 통지가 없는 때에는 심사청구는 기각된 것으로 본다: 1993.12.31 삭제)이 없음에도 불구하고, 아무런 법적근거도 없이 법정기한이 경과한 날로부터 국세기본법 제61조에 규정하고 있는 심사청구기간을 기산한다고 확대해석하여 불복청구권을 제한하는 것은 부적법하다 할 것이며, 납세자의 권익보호를 위하여 마련한 국세기본법 제45조 제2항 규정의 입법취지를 간과한 불합리한 해석이라 할 것이다. 요컨데, 제61조 제1항에서 심사청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 60일내에 하도록 규정하고 있는 바, 당해 처분은 고지되어 외부에 표시되어야만 그 효력이 발생한다 할 것이고, 처분청은 국세기본법 제45조 제2항에서 청구법인의 감액수정신고에 대하여 법정기한내에 이를 조사하여 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 할 의무가 있음에도 불구하고 이를 하지 아니하여 부작위 상태로 방치하고 있었으므로, 청구법인은 법정기한이 경과한 날로부터, 또는 구체적으로 행정처분을 받은 날로부터 60일내에 선택적으로 심사청구를 할 수 있다 할 것이다. 따라서 처분청이 1997.1.8 감액수정신고에 대한 처리결과를 청구법인에게 통지한 날을 처분일로 보아 이 날로부터 60일내인 1997.1.9 심사청구를 하였으므로 이 건 심판청구는 적법한 전심절차를 거친 것으로 본안심리의 대상이 된다 할 것이다.
(1) 관련법령 (가) 부가가치세법[1993.12.31 법률 제4663호로 개정되기전의 것] 제17조(납부세액) ① 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다) (나) 부가가치세법시행령 제60조[1993.12.31 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것] ⑥ 법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다.
(2) 사실관계 및 판단 (가) 이 건 쟁점매입세액은 ‘과세사업’인 골프장 토지조성과 관련한 지출로써 적법한 신고기한내에 수정신고를 하였음은 제출된 과세자료 등에서 확인되며, 이에 대하여는 다툼이 없다. 청구인은 쟁점매입세액은 과세사업인 골프장 건설을 위한 토목공사와 관련한 매입세액이며, 청구법인이 법정신고기한내에 쟁점매입세액에 대한 과세표준수정신고서를 제출하였으므로 이를 환급하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 쟁점매입세액이 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 동법 시행령 제60조 제6항에서 규정하고 있는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이므로 공제대상이 아니라고 주장하고 있다. (나) 관련법령을 정리해 보면, 부가가치세법 제17조 제1항에서 부가가치세의 과세방법은 매출세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액을 공제하는 전단계 세액공제방식을 채택하고 있으며, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 부가가치세가 면제되는 재화나 용역 등을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 이를 면제하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으며, 이에 따라 동법시행령 제60조 제6항에서 법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다고 규정하고 있다. (다) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 부가가치세법 제17조 제1항에서 납부세액을 결정함에 있어서 매출세액에서 과세사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당하는 매입세액 등을 공제하도록 규정하여 그 기준을 사업관련성에 두고 있으며, 또한 같은 조 제2항 제4호에서 매입세액 불공제 대상으로 “법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액”을 규정하여 매입세액의 공제여부는 면세되는 재화 또는 용역 자체를 기준으로 하고 있는 것이 아니라 그 재화 또는 용역을 공급하는 ‘사업’을 기준으로 하도록 규정하고 있다. 따라서 과세사업을 위하여 지출한 매입세액은 그것이 설사 면세되는 재화 또는 용역에 관련된 것이라 할지라도 부가가치세법 제17조 제1항의 매입세액 공제에 관한 원칙적 규정에 근거하여 당연히 이를 매출세액에서 공제하여야 할 것이다. 또한 동법시행령 제60조 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”는 규정도 토지의 조성 등이 부가가치세 면세사업을 영위하기 위한 목적으로 이루어 졌을 때 그 토지조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 이를 공제하지 아니한다는 의미이지, 토지조성 등을 할 경우 토지가 면세재화라는 이유로 그를 통하여 영위하려는 사업의 종류를 불문하고 이에 관련된 매입세액이 공제되지 아니한다는 의미로 받아들일 수는 없다 할 것이다.(대법원 94누 1449, 1995.12.21 전원합의체 등 다수 같은 뜻) 따라서 이 건 쟁점매입세액은 1992/1기 확정분부터 93/2기 확정분 까지 과세사업인 골프장 토지조성과 관련한 지출로써 적법한 신고기한내에 수정신고를 하였므로 이를 매출세액에서 공제하여 환급하는 것이 적법하다 할 것이다.