수용토지의 양도소득세 감면한도

심판청구를 기각합니다.

청구인은 서울특별시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대지 101.2㎡, 건물 85.02㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 91.6.24 ○○○의 수용재결 결정으로 91.8.8 양도(수용)하고 92.6.1 이 건 양도에 대하여 조세감면규제법 제57조 및 부칙 제14조에 의해 양도소득세 전액 감면신청을 한 바 있다. 처분청은 이건 신고에 대하여 양도소득세 종합한도액 3억원을 초과하는 세액에 대하여는 양도소득세 감면을 배제하여 96.7.15 청구인에게 91년 귀속 양도소득세 212,874,040원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.8.30 이의신청과 96.11.14 심사청구를 거쳐 97.2.17 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 조세감면규제법(1990.12.31 개정 제4285호) 부칙 제14조를 규정함에 있어서 그 규정목적이 같은 법 제57조의 개정규정에 불구하고(이는제57조의 개정규정을 적용하지 아니하고와 같은 뜻이다) 수용토지 등의 양도소득에 대한 양도소득세를 면제(양도소득세 납세의무 자체가 없다)하는데 있기 때문에 그 개정규정에 불구하고 조문에 같은 법 제57조 감면규정의 적용을 전제로 하는 제88조의 2의 규정을 포함시킬 수는 없으며 같은 법 부칙규정중 제14조(양도소득세 면제에 관한 적용례)와 제20조(제88조의 2 감면한도액 규정의 적용례)는 상호 관련이 없이 적용되어야 하는 것이다. 다시 말하여 같은 법 부칙 제20조에 의하면 완전면제된 본 건 양도소득에 대한 면제세액은 납세의무 자체가 없는 것이므로 납세의무를 전제로 하여 감면의 한도를 정하는 규정인 부칙 제20조는 적용될 여지가 없는 것이기 때문이다. 따라서 부칙 제20조는 본문의 규정에 의하여 납세의무의 존재를 전제로 하는 감면에 대하여만 그 한도를 규제하는 것이다. 따라서 같은 법 부칙 제14조는 양도소득세를 면제하는 규정이며 이는 본문 제57조(양도소득세 감면규정)보다 우선하여 적용해야 하고 제57조의 부칙인 법 부칙 제14조의 규정에 의하여 양도소득세가 전액 면제될 때에는 부칙 제20조에 의한 제88조의 2(3억원의 감면한도)의 규정이 적용되어서는 아니 되는 것이다. 이는 1991.12.27 개정된 조세감면규제법(법률 제4451호) 부칙 제19조(양도소득세 감면에 관한 특례)의 제목을 법률 제4285호 부칙 제14조(양도소득세 등의 면제에 관한 적용례)와 틀리게 확실히감면에 관한 특례로 변경한 것을 보아도 명백하다 아니할 수 없고, 이것은 1990.12.17 국회재무위원회 세법심사소위원회의 입법취지에서도 명확히 나타나고 있고 세법학자도 같은 취지의 의견을 제시하고 있으므로 당초 처분은 취소되어야 하는 것이다. 또한 처분청은 세법을 적용함에 있어서 양도당시의 시행중인 법을 적용할 때 전액면제하는 조항들인 90년 이전의 세법흐름을 보지 아니하고 개정된 법(1991.12.27 개정, 제4451호)을 소급하여 적용한 것으로 보이므로 이건 과세를 취소하여야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 조세감면규제법 부칙 제14조의 규정을 들어 제57조가 규정하는 감면의 경우 중 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되거나 대규모개발사업에 필요한 토지를 91.12.31 이전에 양도하는 경우에 한하여 양도소득세를 전액 면제하여야 한다고 주장하고 있으나, 같은 법 제57조 제1항과 부칙 제14조는 공공사업용 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 양도소득세의 감면비율에 관한 규정들이고 제88조의 2는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서 각기 입법목적과 규율하는 사항을 달리하므로 양자는 일반법과 특별법의 관계 또는 우선적용 관계에 있는 것이 아니라 각기 별도로 적용되는 것이라 할 것이고, 한편 같은법 부칙 제14조는 그 내용이나 규정방식, 체제등으로 보아 법 제57조 제1항에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 제57조 제1항에 의한 감면의 한 모습에 불과하고 제88조의 2 소정의 양도소득세 감면종합한도의 적용대상으로 제57조의 감면의 경우가 포함되어 있는 이상 부칙 제14조에 의한 면제의 경우도 양도소득세 감면종합한도의 적용대상이 된다 할 것인 바, 위 각 규정들을 종합하여 보면 대규모 개발사업 등에 필요한 토지 등의 양도로 발생하는 소득에 대하여 1991.1.1부터는 종전과 달리 양도소득세를 일부만 감면하나(법 제57조 제1항), 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되거나 대규모 개발사업에 필요한 토지를 1991.12.31 이전에 양도하는 경우에는 양도소득세를 전액 면제하되(법 부칙 제14조), 다만 이와 같이 감면될 양도소득세액의 합계가 연간 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과부분은 감면되지 아니하는 것으로 (법 제88조의2)풀이 된다 할 것이다. 그렇다면 같은 법 부칙 제20조에 의하여 1991.1.1 법 시행후 최초로 종료하는 과세기간분부터 적용되는 법 제88조의 2에 따라 법 시행후 그 과세기간이 종료한 1991년도분 양도소득세액중 3억원을 초과하는 부분에 대하여 청구인에게 과세한 처분은 관련규정의 취지에 부합하는 적법한 처분이라고 판단되고, 양도소득세를 전액 면제하여 달라는 청구주장은 양도소득세 감면의 종합한도에 관한 법규정을 간과한 것으로 보여진다 하겠다(대법원 93누 18761, 94.4.15 같은 뜻).

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도에 대해 조세감면규제법 제88조의 2에 규정된 양도소득세 감면의 종합한도 3억원이 적용되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법(1990.12.31 법률 제4285호로 개정되고 1991.12.27 법률 제4451호로 개정되기 전의 것 이하 "법"이라 한다) 제57조 제1항에서 "다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분에 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제2호에 해당하거나 대통령령이 정하는 대규모의 택지개발사업 또는 댐건설사업 등(이하 "대규모개발사업"이라 한다)에 필요한 토지등으로서 당해 토지등이 속한 지구에 대한 사업인정고시일(대규모개발사업의 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면한다"고 규정하고 그 제2호에서 "토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득"으로 규정하고 있고, 부칙 제14조에서 "제57조 제1항 제2호에 해당하거나 대규모개발사업에 필요한 토지등을 1991.12.31이전에 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제60조 제1항의 개정규정과 제66조의 3 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다"고 규정하고 있고, 같은법 제88조의 2에서 "개인이 제57조내지 제60조·제62조·제67조의 4 및 제72조의 4의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다"고 규정하면서 부칙 제20조에서 "제88조의 2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 종료하는 과세기간분부터 적용한다"고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 63.5.20 쟁점부동산을 취득(56.10.29과 63.5.20 각각 2분지1씩 취득)하여 91.6.24 ○○○의 수용재결 결정으로 91.8.8 사업시행자인 ○○○산업(주)에 쟁점부동산을 양도하고 92.6.1 제57조 및 부칙 제14조에 의해 양도소득세 전액 감면신청을 하였으나 처분청은 이건 신고에 대하여 양도소득세 종합한도액 3억원을 초과하는 세액에 대하여는 양도소득세 감면을 배제하여 청구인에게 과세하였는 바, 청구인은 법 부칙 제14조의 규정에 의해 양도소득세가 전액 면제되는 경우에는 동 부칙 제20조에 의한 감면한도가 적용되지 않는 것이므로 이 건 양도소득세가 전액 면제되어야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(2) 조세감면을 규정하고 있는 법 제57조 제1항과 부칙 제14조는 공공사업용 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 양도소득세의 감면비율에 관한 규정들이고 법 제88조의 2는 양도소득세 감면의 종합한도액을 설정한 규정으로서 각기 입법목적과 규율하는 사항을 달리하므로 양자는 일반법과 특별법의 관계 또는 우선적용 관계에 있는 것이 아니라 각기 별도로 적용되는 것이라 할 것이고, 한편 법 부칙 제14조는 그 내용이나 규정방식, 체제등으로 보아 법 제57조 제1항에 의하여 감면되는 경우 중 일정한 요건에 해당하는 경우에 있어서의 감면비율에 관한 적용례를 규정한 것으로서 근본적으로는 공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면을 규정한 법 제57조 제1항에 의한 감면의 한 모습에 불과하고 그것이 제57조 제1항등과는 별도의 양도소득세등의 면제에 관한 근거규정이 되는 것이 아니라 할 것이어서 법 제88조의 2 소정의 양도소득세 감면종합한도의 적용대상으로 법 제57조의 감면경우가 포함되어 있는 이 상 법 부칙 제14조에 의한 면제의 경우도 양도소득세 감면종합한도의 적용대상이 된다 할 것인 바, 위 각 규정들을 종합하여 보면 대규모 개발사업 등에 필요한 토지 등의 양도로 발생하는 소득에 대하여 1991.1.1부터는 종전과 달리 양도소득세를 일부만 감면하나(법 제57조 제1항), 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되거나 대규모 개발사업에 필요한 토지를 1991.12.31 이전에 양도하는 경우에는 양도소득세를 전액 면제하되(법 부칙 제14조), 다만 이와 같이 감면될 양도소득세액의 합계가 연간 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과부분은 감면되지 아니하는 것으로 인정된다(대법원 판례 93누18761, 94.4.15, 국심 94서5877, 95.3.27 같은 뜻임).

(3) 따라서 청구인이 91.8.8 쟁점토지를 공공용지로 양도한데 대하여 처분청이 법 부칙 제20조에 의하여 1991.1.1 법 시행후 최초로 종료하는 과세기간분부터 적용되는 법 제88조의 2에 따라 법 시행후 그 과세기간이 종료한 1991년도분 양도소득세액중 3억원을 초과하는 부분에 대하여 청구인에게 과세한 처분은 양도당시에 시행된 조세감면규제법 관련규정의 취지에 부합하는 적법한 처분이라고 판단되므로 이 건 양도소득세가 전액 면제되어야 한다는 청구주장은 인정할 수 없다 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.