비영리법인인 청구법인이 "88.12.31 이전에 취득하여 양도한 쟁점부동산(수익사업용 고정자산)의 처분이익을 산정함에 있어 그 취득가액("89.1.1 현재의 시가)을 얼마로 결정한 것인지의 여부(경정)

[주 문] 홍성세무서장이 ’97.7.10 청구법인에게 한 ’95.3.1～’96.2.29 사업년도분 법인세 1,687,375,450원 및 동 농어촌특별세 88,739,2OO원의 부과처분은 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 4,595.9㎡ 및 건물 2,527.61㎡의 처분이익을 산정함에 있어 그 취득가액을 4,266,438,600원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구법인은 비영리학교법인으로서 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOOO 소재 대지 4,595.9㎡ 및 건물 2,527.61㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 ’74.10.31 청구외 OOO(청구법인의 이사장)으로부터 무상으로 취득하여 이를 수익사업인 부동산임대업에 공하다가 ’95.12.28 청구외 OO동 OOOO주택조합에게 양도한 후 ’96.5월 ’95.3.1～’96.2.29 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점부동산의 취득가액은 법인세법 제1조 제1항 제6호 및 동법 부칙(’88.12.26 법률 제4020호로 개정된 것) 제14조의 규정취지에 따라 ’89.1.1 현재의 감정가액인 5,433,051,OO0원으로 하고 양도가액은 실지거래가액인 8,619,550,000원으로 하여 수익사업용 고정자산의 처분이익에 관련한 해당 법인세를 납부하였다. 처분청은 청구법인이 신고한 쟁점부동산의 취득가액의 경우 6년 9개월을 소급감정한 가액으로서 이를 ’89.1.1 현재의 시가로 볼 수 없다 하여 당시의 기준시가인 900,648,867원으로 결정하고, 양도가액은 청구법인이 신고한 실지거래가액인 8,619,550,000원으로 결정하여 ’97.7.10 청구법인에게 ’95.3.1～’96.2.29 사업년도분 법인세 1,687,375,450원 및 동 농어촌특별세 88,739,2OO원을 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 ’97.7.30 심사청구를 거쳐 ’97.11.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 쟁점부동산은 청구법인이 ’74.10.31 청구법인의 이사장인 청구외 OOO의 출연으로 취득하여 이를 수익사업용 재산으로 사용하다가 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 ’95.12.28 청구외 OO동 OOOO주택조합에게 8,619,550,000원에 양도하였는 바, 청구법인은 ’95.3.1～’96.2.29 사업년도의 법인세 신고시 쟁점부동산의 양도가액은 실지거래가액인 8,619,550,000원으로 하고, 취득가액은 법인세법 부칙(’88.12.26 법률 제4020호로 개정된 것) 제14조의 규정에 의하여 ’89.1.1 현재의 시가로 볼 수 있는 감정가액 5,433,051,OO0원으로 하여 해당 법인세를 납부하였는데 처분청에서 위 감정가액이 ’89.1.1부터 6년 9개월이 경과한 후인 ’95.9.13에 소급하여 감정평가하였다는 이유로 이를 시가로 인정하지 아니하고 기준시가를 적용하여 과세한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 ’89.1.1 이전에 취득한 비영리법인의 수익사업용 고정자산에 대하여 법인세를 부과할 경우에는 ’89.1.1 현재의 현황에 따른 시가에 의하는 것이고, 이 경우 시가란 상속개시일 전후 6개월내에 상속재산에 대한 공신력 있는 감정기관의 감정가액이 있는 경우에만 그 가액을 상속세법 시행령 제5조 제1항에서 규정하는 시가로 볼 수 있는 것(상속세법 기본통칙 39⋯9)인 바, 청구법인이 쟁점부동산을 6년 9개월이 경과된 뒤 소급하여 감정한 가액은 시가로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 기준시가로 결정하여 과세한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건의 쟁점은 비영리법인인 청구법인이 ’88.12.31 이전에 취득하여 양도한 쟁점부동산(수익사업용 고정자산)의 처분이익을 산정함에 있어 그 취득가액(’89.1.1 현재의 시가)을 얼마로 결정할 것인지 밝히는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 법인세법 제1조 제1항에서 『국내에 본점 또는 주 사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다』고 규정하고, 그 제6호에서 『고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인한 수입』이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제2항(’95.12.30 개정전의 것)에서 『법 제1조 제1항 제6호에서 “고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 고정자산의 처분일 현재 2년이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(법 제1조 제1항 제1호의 규정에 의한 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 고정자산을 말한다』고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제14조(’88.12.26 법률 제4020호로 개정된 것)에서 『제1조 제1항 제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988.12.31 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득 가액은 장부가액과 1989.1.1 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다』고 규정하고 있다.

(2) 상속세법 제9조(’96.12.30 전면 개정전의 것) 제1항에서 『상속재산의 가액, 상속재산의 가액에 가산할 증여의 가액 및 상속재산의 가액중에서 공제할 공과 또는 채무는 상속개시 당시의 현황에 의한다. 다만, 실종선고로 인한 상속의 경우에는 실종선고일 당시의 현황에 의한다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제5조(’96.12.31 전면 개정전의 것) 제1항에서 『법 제9조에 규정한 상속개시 당시의 현황에 의한 가액 또는 상속세 부과 당시의 가액은 각각 그 당시의 시가에 의하되, 시가를 산정하기 어려울 때에는 제2항 내지 제5항에 규정하는 방법에 의한다』고 규정하고, 같은 조 제2항에서 『유형재산(유가증권을 제외한다)의 평가는 다음 각호에 의한다.

1. 토지·건물의 평가(’90.5.1 개정전의 것) (가) 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의한다. (나) (가)이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점부동산을 취득·양도한 경위를 보면, 쟁점부동산은 당초 청구법인의 이사장인 청구외 OOO의 개인소유였는데 청구법인이 ’74.10.31 쟁점부동산을 동인으로부터 기부받아 이를 수익사업인 부동산임대업에 공하다가 쟁점부동산 소재지가 택지개발사업지구로 지정됨에 따라 ’95.12.28 청구외 OO동 OOOO주택조합에 양도하게 된 것임이 쟁점부동산의 등기부등본 등 관계서류에 의해 알 수 있다.

(2) 청구법인이 쟁점부동산의 취득가액을 소급감정가액으로 신고한 이유를 보면, 청구법인과 같은 비영리법인이 수익사업용 고정자산을 처분한 경우 그 처분이익에 대하여 ’88.12.31 이전에는 법인세 과세대상이 아니었으나, ’88.12.26 법률 제4020호로 법인세법 제1조 제1항 제6호의 규정이 신설되어 ’89.1.1 이후부터는 과세대상으로 되었는데, 같은법 부칙 제14조에서 ’88.12.31 이전에 취득한 토지, 건물의 경우 그 취득가액의 산정은 『장부가액과 ’89.1.1 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다』는 특례규정의 취지에 따라 청구법인은 쟁점부동산을 양도하기 전인 ’95.9.13 OO감정평가법인(서울특별시 종로구 OO동 OO)에서 쟁점부동산에 대하여 ’89.1.1을 가격시점으로 소급감정한 가액 5,433,051,OO0원과 쟁점부동산의 장부가액 34,231,988원중 높은 금액인 감정가액 5,433,051,OO0원을 쟁점부동산의 취득가액으로 신고하였는 바, 이와 같이 청구법인이 쟁점부동산의 취득가액을 소급감정가액으로 신고한 것은 쟁점부동산이 ’88.12.31 이전에 취득하여 ’95.12.28 양도한 자산인 관계로 ’89.1.1 현재의 시가를 산정함에 있어 위 감정가액이 장부가액보다는 시가를 더 반영한 가액으로 본 것이고, 또한 ’89.1.1 현재의 시가로 볼만한 별도의 증빙이 없어 불가피하게 소급감정하였던 것으로 보인다.

(3) 처분청에서 청구법인이 신고한 쟁점부동산의 감정가액 5,433,051,OO0원을 취득가액(’89.1.1 현재 시가)으로 인정하지 아니한 이유 등에 대하여 보면, 동 감정가액의 경우 OO감정평가법인이 ’95.9.13 감정평가를 하면서 ’89.1.1을 가격시점으로 평가한 관계로 6년 9개월을 소급감정한 것이 되어 상속세법 기본통칙 39⋯9에서 정한 소급감정기간이 6개월을 초과한다 하여 이를 시가로 인정하지 아니한 것이고, 쟁점부동산의 경우 ’89.1.1 현재의 시가를 알 수 없는 경우로 보아 당시의 기준시가 900,648,867원(국세청 배율방법에 의한 기준시가)을 쟁점부동산의 취득가액으로 결정한 것임이 이 건 법인세 경정결의서 등 과세근거서류에 의해 확인된다. 한편, 쟁점부동산중 토지의 ’90.1.1 현재의 개별공시지가는 750,000원(㎡당)으로 되어 있는데 이를 처분청에서 ’89.1.1 현재의 가격으로 적용한 배율방법에 의한 기준시가 190,322원(㎡당)과 단순 비교할 경우 처분청의 적용가격은 개별공시지가의 약 4분의 1 수준에 불과할 뿐 아니라, 여기에 ’89.1.1～’89.12.31 기간중 쟁점부동산 소재지 지역(서울특별시 OO구 공업지역)의 지가상승률 38.77%(건설교통부 발표)를 감안한다 하더라도 현저히 낮은 수준임을 알 수 있으며, 또한 위 감정평가시 평가기준으로 삼은 쟁점부동산과 연접한 토지(서울특별시 OO구 OO동 OOOOO)에 대한 ’89.6.27 현재의 매매가격이 ㎡당 1,270,000원으로 되어 있는 사실들을 종합해볼 때, 처분청이 ’89.1.1 현재의 쟁점부동산의 가격으로 적용한 기준시가는 현격히 낮은 수준이어서 이를 ’89.1.1 현재의 시가를 반영한 합리적인 가격으로 볼 수는 없다 하겠다.

(4) 청구법인이 쟁점부동산에 대한 ’89.1.1 현재의 시가 입증자료로서 추가로 제시한 한국감정원 OO지점의 감정평가서(’98.6.17 가격시점을 ’89.1.1로 하여 소급작성)에 의하면 ’89.1.1 현재의 쟁점부동산 가액을 4,266,438,600원으로 평가하고 있는 바, 당심에서 위 감정가액에 대한 타당성 조회(국심 46830-719, ’98.6.22)를 한 결과, 한국감정원(감사실)에서는 동 감정가액이 관련법규와 감정평가 관련 제반자료를 근거로 적정하게 산정된 것으로 회신(한감 500-29, ’98.7.6)하여 온 바, 이를 앞에서 본 OO감정평가법인이 감정평가한 내용과 비교하여 보면 다음과 같다. 구 분 한국감정원 OO감정평가법인 설 립 일 ’69. 4.25 ’89. 7. 1 쟁점부동산 평가가격시점 ’89. 1. 1 ’89. 1. 1 감 정 가 액 단가(원/㎡) 전체(원) 단가(원/㎡) 전체(원)

○토지

○건물 900,000

• 4,136,310,000 130,128,600 1,100,000

• 5,055,490,000 377,561,OO0 계

• 4,266,438,600

• 5,433,051,OO0 평 가 방 법 자체평가전례, 매매사례, 공시지가를 기준으로 가격조정 매매사례, 공시지가를 기준으로 가격조정 위에 나타난 바와 같이 OO감정평가법인은 쟁점부동산에 대한 감정평가를 하면서 동 평가법인의 설립일인 ’89.7.1 이전의 가격시점(’89.1.1)으로 소급하여 평가하였을 뿐만 아니라, 평가방법도 한국감정원의 경우와는 달리 자체평가전례가 없어 매매사례와 공시지가만을 기준으로 평가한 것임이 확인될 뿐 아니라 한국감정원과 OO감정평가법인이 이 건 감정평가의 기준으로 삼은 매매사례토지(서울특별시 OO구 OO동 OOOOO)의 가액(㎡당 1,270,000원)을 건설교통부가 발표한 지가상승률을 적용하여 ’89.1.1 현재시점으로 환산하여 보면 997,956원(㎡당)으로 산정되는데, 위 감정가액들을 동 환산가액과 비교하면 한국감정원의 감정가액이 OO감정평가법인의 감정가액보다는 동 환산가액에 근접되어 있는 점 등을 종합해 볼 때 한국감정원의 감정가액이 쟁점부동산의 ’89.1.1 현재의 시가를 보다 적정하게 반영한 가액으로 판단된다. 살피건대, 재산의 가액평가방법을 규정한 상속세법 제9조 제1항 및 같은법 시행령 제5조 제1항에서 규정한 시가란 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여 달라진다고 볼 수는 없다 할 것인 바,(대법원 90누 4761, ’90.9.28, 국심 93부 1731, ’93.12.30 합동회의 같은 뜻임) 이 건의 경우, 청구법인이 쟁점부동산에 대한 ’89.1.1 현재의 시가를 알아보기 위해 소급감정평가를 의뢰한 것은 수익사업용 고정자산의 취득가액산정에 관한 특례규정인 법인세법 부칙(’88.12.26 법률 제4020호로 개정된 것) 제14조(’88.12.31 이전 취득자산에 대한 ’89.1.1 현재의 시가인정)의 규정취지에 따른 불가피성이 있었고, 처분청이 쟁점부동산의 취득가액으로 결정한 기준시가 900,648,867원은 앞에서 살펴본 쟁점부동산의 감정가액 및 개별공시지가와 기타 매매사례가액에 비추어 볼 때, ’89.1.1 당시의 시가보다는 현저히 낮은 수준이어서 동 가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 결정할 경우 위 법인세법 부칙 제14조에서 규정한 입법취지에 맞지 않는다 할 것이므로 ’89.1.1 현재의 시가를 적정하게 반영한 한국감정원의 감정가액 4,266,438,600원을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.