심판청구인의 다툼은 청구법인이 과세사업과 면세사업을 겸영한 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부(경정)

[주 문] 영동세무서장이 97.2.5 청구법인의 96년 제2기 매입세액 중 12,242,545원을 불공제하여 청구법인에게 환급세액을 110,924,550원으로 통지한 처분은 위 매입세액을 공제하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구법인은 부가가치세 면세재화인 단미사료(옥수수, 소맥, 호밀 등)를 원료로 과세재화인 배합사료를 제조·판매하는 사업자로서, 필요에 따라 다른 배합사료 제조업체와 단미사료의 소비대차 거래를 하고 있으며, 96년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액 488,577,769원(예정신고분 265,807,522원 및 확정신고분 222,770,247원)을 공제대상으로 하여 124,391,358원을 환급신청하였다. 처분청은 청구법인이 과세사업(배합사료 제조·판매 등)과 면세사업(단미사료 소비대차)을 겸영하는 사업자에 해당하며 위 매입세액 중 87,064,442원(예정신고분 36,141,488원 및 확정신고분 50,922,954원)은 공통매입세액에 해당하는 것으로 보아 이를 과세공급가액(배합사료 매출액 등)과 면세공급가액(단미사료 소비대차액)의 비율에 의하여 안분계산하여 청구법인의 96년 제2기 매입세액 중 12,242,545원을 불공제하고 97.2.5 청구법인에게 110,924,550원을 환급통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.4.7 심사청구를 거쳐 97.7.21 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 배합사료제조업체가 OOO협회의 승인을 얻어 소비대차 계약에 따라 일시적으로 대여하는 단미사료에 대한 계산서발행분은 다음과 같은 이유로 거래행위에는 해당된다고 하더라도 면세사업에는 해당되지 아니하므로 쟁점매입세액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 간주하여 불공제한 처분은 부당하다.

• 가. 타용도에 전용할 수 없다. 옥수수 등 단미사료(사료관리법 제2조 12호)는 관세법 제16조상의 할당관세 적용품목으로서 그 사용용도는 농수산부의 감독하에 본래의 수입목적인 배합사료의 제조에 국한되어야 하며 직접매출등 타용도에 전용될 수 없다. 또한, 사료관리법 제7조 역시 단미사료의 타용도 전용을 금지하고 있다.
• 나. 타 사료제조업체에 대여시는 농수산부(위임자 포함)로부터 승인을 받아야 한다. 단미사료의 수입에는 장기간이 소요되므로, 단미사료의 부족이 발생했을 경우 그 수급조절을 위해 일시적으로 타 사료제조업체로부터 차용한 후, 다시 반환하고 있다(소비대차가 허용되지 않을 경우 각 제조업체가 과다한 원료재고를 확보하여야 하므로 국가적인 손실임). 이러한 단미사료 소비대차행위는 사료관리법 제5조(사료의 수급조절 등) 및 동법시행령 제11조(사료조절단체)에 의하여 단미사료 사용 감독기관인 농수산부로부터 위임받은 사료조절단체인 OOO협회의 승인을 필요로 한다.
• 다. 면세사업을 행한 것은 아니다. 부가가치세법 기본통칙 2-1-1···6(원료등을 차용하여 사용·소비하고 반환하는 재화)에서〔···소비대차의 경우에 당해 재화를 차용하거나 반환하는 것은 각각 재화의 공급에 해당된다〕고 규정하고 있는 취지는 과세·면세를 불문하고 사업자인 경우에 한하여 과세물품인 경우에는 세금계산서를, 면세물품인 경우에는 계산서를 발행하도록 하는 규정이고 면세사업을 전혀 하지 아니하는 과세사업자가 법률의 규정에 의거 관계당국의 승인하에 일시적으로 단미사료를 대여하였다 하여 면세사업을 영위하는 것으로 해석할 수는 없기 때문이다.
• 라. 일시적인 대여행위이지 판매행위가 아니며 대여에 따른 소득이 없으므로 사업에 해당되지 아니한다. 대법원판례 93누1053(93.5.11)에 의하면 “사업상 독립하여 재화 또는 용역을 공급하는 자”라 함은 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 사업자를 가르킨다라고 판결하고 있으며, 부가가치세법시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항에서 『사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에···』면세사업에 관련된 매입세액은 공제하지 않고 있는 바 청구법인은 면세사업을 사업목적으로 나타낸 적도 없으며 면세물품을 판매한 적도 없고 오로지 과세사업만 영위하는 자로서 일시적으로 타사료업체의 편의를 위하여(국가적인 면에서도 사료수급을 위하여 필요하다고 봄) 소비대차한 행위는 사업성이 없으므로 면세사업을 겸영 한다고 할 수 없다고 보기 때문이다.

3. 국세청장 의견 첫째, 청구법인이 제조한 사료의 공급처는 주로 축산농가이며, 단미사료의 공급처는 동종업체인 사료제조회사로서 소비대차에 의한 매매방법으로 거래를 하고 있음이 확인되며, 둘째, 96년 2기 부가가치세 신고시 단미사료 매출을 면세수입금액으로 신고(예정: 455,000천원, 확정: 937,600천원)하였으며, 의제매입세액 공제신청시 면세매출 신고분에 대한 매입세액은 의제매입세액 공제신청에서 제외하여 신고하였음이 확인되고 있다. 위 사실관계 및 부가가치세법시행령 제3조의 규정에 의하여 보면, 청구법인의 면세매출은 주된 사업인 사료 제조공급과 관련하여 통상적·필수적으로 부수되는 재화의 공급 또는 우발적·일시적으로 공급되는 재화의 범위에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 청구법인이 96년 제2기 부가가치세 신고시에 단미사료 매출을 면세수입금액으로 신고한 것은 단미사료 매출을 면세매출로 인정한 것으로 보여진다. 또한 청구법인이 면세매출 신고분에 대한 매입세액은 의제매입세액 공제신청에서 제외하여 신고하였으므로 부가가치세법시행령 제62조 제2항의 규정에 의한 의제매입세액 재계산 규정을 적용할 수는 없다 할 것이다. 따라서 청구법인의 96년 제2기 부가가치세 신고분의 공통매입세액을 안분계산하여 면세수입금액과 관련한 쟁점매입세액을 불공제하여 환급을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구인의 다툼은 청구법인이 과세사업과 면세사업을 겸영한 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 처분이 정당한지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항 제4호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고, 같은법 시행령 제61조(매입세액의 안분계산) 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 다음 산식에 의하여 계산한다고 규정하고 있다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액×면세공급가액/총공급가액
• 다. 사실 관계 청구법인은 면세재화인 단미사료를 원료로 과세재화인 배합사료를 제조·판매하는 법인으로서 96년 제2기의 배합사료매출 등의 과세공급가액 및 수입 단미사료(옥수수, 소맥, 호밀, 타피오카)의 소비대차가액인 면세공급가액은 다음 표와 같으며, 수입단미사료의 소비대차에 있어서는 사단법인 OOO협회의 승인을 받아 이를 시행하고 있다. 구 분 과세공급가액 면세공급가액 총공급가액 예정분 4,700,828,578 455,000,000 5,155,828,578 확정분 3,810,225,663 937,600,000 4,747,825,663 합 계 8,511,054,241 1,392,600,000 9,903,654,241 수입 단미사료의 소비대차 과정은 대여자가 수입하여 하역, 통관의 절차를 마친 후 차용자에게 인도하며(상환시는 상환자가 통관절차를 마친 후 당초 대여자에게 인도함), 처분청은 청구법인의 96년 제2기 매입세액 중 수입단미사료 의 항만하역비, 방역비 등 통관절차이전의 비용에 대한 매입세액을 공통매입세액으로 보고 공통매입세액에 96년 제2기의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율을 곱하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하였다.
• 라. 판단

(1) 매입세액 중 면세사업에 사용되어 궁극적으로 매출세액과 관련이 없는 매입세액은 불공제하는 것이 전단계 세액공제 방법을 채택하고 있는 부가가치세법 체계에 맞는 것이고, 그러한 취지에서 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제61조 제1항에서 면세사업에 관련된 매입세액은 불공제하도록 규정하고 있다 할 것인 바, 이 건과 같이 수입단미사료를 동업자간에 일시적으로 소비대차하는 경우에는 그 수입단미사료는 궁극적으로는 면세사업에 사용하는 것이 아니라 배합사료의 제조원료로서 과세사업에 사용되는 것이므로 그 수입시의 매입세액 중 소비대차분에 대한 매입세액을 불공제하면 결국 매출세액과 관련되는 매입세액을 불공제하는 결과가 되어 오히려 부가가치세 체계에 맞지 않게 된다 할 것이다.

(2) 또한 부가가치세법시행령 제61조 제1항은 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에” 그 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하도록 규정하고 있는 바, 사회통념상 과세사업인 배합사료 제조업을 영위하는 업체간에 일시적인 필요에 의하여 면세재화인 수입단미사료를 소비 대차하는 것을 면세사업을 영위한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

(3) 그렇다면 청구법인의 수입단미사료의 소비대차 행위를 청구법인이 면세사업을 영위한 것으로 보아 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라 할 것이다.

• 마. 따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.