세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 상당액을 불공제한 처분의 당부(취소)

[주 문] 보령세무서장이 96.9.16 청구법인에게 한 96년 제1기분 부가가치세 69,190,990원의 부과처분은 이를 취소하고, 96년 제1기 확정분 부가가치세 환급신청세액 104,710,190원은 이를 환급한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 OOOOO협동조합(이하 “본점”이라 한다)으로부터 배합사료의 제조 및 판매목적으로 96.1.1 분리, 설립된 법인으로서 청구법인이 96년 제1기(96.1.1 ～ 96.6.30) 기간중 배합사료의 제조용 원료 등의 구입에 따른 세금계산서 및 계산서를 교부받아 96년 제1기분 부가가치세 예정 및 확정신고시 매입세액을 공제하여 188,012,934원(예정: 83,302,739원, 확정: 104,710,195원)을 환급세액으로 신고한 사실이 있다. 처분청은 청구법인이 96년 제1기 기간에 교부받은 세금계산서 및 계산서 중 매입세액(의제매입세액 포함) 156,780,121원 상당액의 세금계산서 및 계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 상의 공급받는 자 란에 청구법인의 사업자등록번호(OOOOOOOOOOOO)가 아닌 본점의 사업자등록번호(OOOOOOOOOOOO)가 기재되어 있다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이미 환급받거나(예정분 83,302,739원) 공제신고(확정분 104,710,195원)한 매입세액 중 위 쟁점세금계산서 매입세액 상당액 156,780,121원을 불공제하여 96.9.16 청구법인 에게 96년 제1기분 부가가치세 69,190,990원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.11.14 이의신청, 97.2.11 심사청구를 거쳐 97.6.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인이 본점으로부터 분리된 96.1.1부터 청구법인의 사업자등록번호가 기재된 세금계산서를 교부받았어야 하나, 사업장이 본점과 동일하고 매입처도 대부분 종전과 동일하여 회계담당자가 단순착오를 일으킨 것이며, 쟁점세금계산서상에 청구법인의 사업자등록번호를 착오기재한 것 외에는 재화의 구입, 대금지급, 부가가치세 신고 등 청구법인이 이행한 모든 사항들이 실제거래와 일치하고, 96년 제1기분 부가가치세 신고시 제출한 매입처별 세금계산서 합계표 및 의제매입세액공제신고서에도 청구법인이 이를 매입한 것으로 기재되어 있으므로 단순히 사업자등록번호를 착오기재한 것만으로 이 건 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 단순착오라 하나, 위 같은 과세기간(96.1.1 ～ 96.6.30)중 공급받는 자를 청구법인으로 맞게 기재한 것들도 많아 단순착오로 보기 어려우므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액 상당액(156,780,121원)을 불공제한 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 상당액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 제1항에 의하면, 납세의무자로 등록된 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조 제1항 및 제2항이 규정하는 시기에 세금계산서를 공급받는 자에게 교부하도록 규정하고 있고, 같은법 제17조 제2항 제1의 2호에 의하면, 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(필요적기재사항)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은호 단서에는 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 있고, 대통령령이 정하는 경우로서 같은법시행령 제60조 제2항 제2호에서는 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나, 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적기재사항 또는 임의적기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 배합사료 제조업을 영위하기 위하여 본점인 OOOOO협동조합(76.1.1 개업)으로부터 분리하여 96.1.1을 개업일로 사업자등록을 함으로써 이 건 과세기간(96.1.1 ～ 96.6.30)이 사업개시후 첫 과세기간임이 위 법인들의 사업자등록증 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인이 이 건 과세기간 중에 교부받은 세금계산서 및 계산서를 보면 그 중 약 70여장에 해당하는 쟁점세금계산서에 공급받는 자의 사업자등록번호가 청구법인의 사업자등록번호(OOOOOOOOOOOO) 아닌 본점의 사업자등록번호(OOOOOOOOOOOO)가 기재되어 있는 바, 청구법인이 이 건 부가가치세 예정 및 확정신고시 쟁점세금계산서와 함께 제출한 매입처별 세금계산서 합계표 및 의제매입세액 공제신고서를 보면, 각 거래처(매입처) 별로 공급가액과 세액을 기재한 명세서에 청구법인을 매입자로 하여 사업자등록번호를 기재하였음이 청구법인이 처분청으로부터 발급받은 사실증명원 등에 의하여 확인된다.

(3) 또한, 이 건 매입거래의 실지 구입처 역시 청구법인인 사실이 청구법인의 각 매입처별 미지급원장, 매입대금의 지급에 관한 내부 지급결의서, 무통장 입금의뢰 확인증 등에 의하여 확인되고, 처분청의 조사복명서에도 청구법인이 재화의 실지구입자라고 기재되어 있는 바, 이 건 거래사실이 명백히 확인된다는 사실에는 다툼이 없다.

(4) 청구법인의 이 건 관련 세무회계담당자의 확인서에 의하면, 청구법인이 새로 사업을 시작한 96.1.1 전에는 본점의 사업자등록증을 여러장 복사하여 매입처에 계속하여 제출하는 과정에서 업무미숙으로 착오를 일으켰다고 진술하고 있고, 청구외 (주)OOOO 등 매입처들 역시 종전에 거래하던 본점과 청구법인이 같은 사업장에 소재하고 있고 같은 장소에서 거래가 이루어져 사업자등록번호가 바뀐 줄 모르고 당초부터 사용하던 본점의 사업자등록번호로 착오하여 기재한 세금계산서를 교부하였다고 확인하고 있다.

(5) 위 관계법령 및 사실관계를 종합하여 보면, 이 건 과세기간이 청구법인이 본점으로부터 분리하여 사업을 개시한 첫 과세기간으로서 청구법인의 세무회계담당자가 착오를 일으킬 소지가 있어 보이고, 거래상대방인 매입처도 착오하여 교부하였다고 확인하고 있는 점, 청구법인이 이 건 과세기간의 부가가치세 신고시에 제출한 매입처별 세금계산서 집계표 및 의제매입세액 공제신고서 기타 대금지급에 관한 금융자료 등에 의하여 실제 거래관계가 확인되며, 청구법인이 이 건 관련 재화의 실지 매입처라는 사실에 다툼도 없는 점 등으로 미루어 쟁점세금계산서를 위 법령에 의한 사실과 다른 세금계산서로 보기는 어렵다고 판단되므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제한 처분은 관련법령의 무리한 해석에 기인한 부당한 처분이라고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.