대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세등 감면에 있어서 공장용지와 공장건물 중 일부를 임대하다가 양도한 경우 임대부분에 대하여 특별부가세 감면을 배제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 충청북도 진천군 만승면 OO리 OOOOOOO에 본점 및 제조장을 둔 법인으로서 89.8.5. 충청북도 진천군 덕산면 OO리 O OOOOO 공장용지 15,933㎡, 공장건물 2,157.75㎡(이하 “신공장”이라 한다.)를 취득하여 이전하고 91.6.28 경기도 성남시 중원구 OOO동 OOOOOOO 공장용지 3,822㎡, 공장건물 874.37㎡(74.10.18. 취득, 이하 “구공장”이라 한다)를 양도한 후 90.10.1～91.9.30 사업연도 법인세 신고시 구공장의 양도차익에 대한 법인세 및 특별부가세 338,843,153원을 감면신청하였다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 임대에 공하던 구공장건물 120㎡가 구공장건물 전체면적 874.74㎡에서 차지하는 비율에 대하여 특별부가세의 감면을 배제하여 96.11.16청구법인에게 90.10.1～91.9.30 사업연도 법인세 74,694,320원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.1.14 심사청구를 거쳐 97.5.12 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 구조세감면규제법 시행령 제36조 제6항(88.12.31 대통령령 제12566호로 개정되어 91.12.31 대통령령 제13545호로 개정되기 전의 것)에서『거주자가 공장을 지방으로 이전하기 위하여 양도하는 구공장의 대지중 공장배치법 제11조의 규정에 의한 기준초과용지가 있는 경우 그 기준초과용지에 대하여는 법 제42조 제2항의 규정을 적용하지 아니한다』고 규정되어 있는 바, 이는 거주자에 적용되는 규정이고 청구법인의 경우에는 해당되지 아니하며, 법인이 양도한 구공장건물중 일부분을 임대하다가 대도시안에서 지방으로 이전하기 위하여 양도한 경우 임대부분에 대하여 특별부가세 감면을 배제하는 규정이 없음에도 임대부분에 대하여 감면을 배제한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장의견 대도시안 공장의 지방이전을 위한 구공장의 양도에 따른 조세감면은 대도시안에 있는 공장의 지방이전을 촉진하는 한편 공장시설을 이전한 이후에도 계속적인 공장운영을 지속할 수 있도록 공장시설의 이전을 지원하려는 데 그 입법취지가 있으므로 구공장건물을 일부 임대하다가 지방으로 이전할 경우 임대부분에 대하여는 법인세등의 감면이 배제되어야 할 것이므로 청구법인이 직접 제조업에 사용하지 아니하고 임대하던 부분에 대하여 특별부가세 감면을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다.(같은 뜻 ; 국심 96전 1102, 97.1.17외 다수)

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 대도시안의 공장 지방이전에 따른 법인세등 감면에 있어서 공장용지와 공장건물 중 일부를 임대하다가 양도한 경우 임대부분에 대하여 특별부가세 감면을 배제할 수 있는지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 구조세감면규제법 제42조 제2항에서 『대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제36조 제1항에서 『① 법 제42조의 규정에 의하여 면제하는 세액은 다음 각호의 1에 해당하는 금액으로 한다. 이 경우 이전전의 공장(이하 이 조에서 “구공장”이라 한다)의 가액은 구공장의 토지·건물 및 기계장치의 양도가액과 공장의 이전과 관련하여 국가 또는 지방자치단체로부터 지급받는 이전보상금의 합계액으로 하고, 이전후의 공장(이하 이 조에서 “신공장”이라 한다)의 가액은 그 공장시설의 이전비용과 토지·건물 및 기계장치의 장부가액의 합계액으로 한다.

1. 구공장의 대지면적이상의 공장으로 이전하거나 구공장의 가액이상의 공장으로 이전하는 경우에는 당해자산의 양도차익에 해당하는 법인세·양도소득세 및 특별부가세의 산출세액 전액』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 구공장의 건물중 일부인 120㎡를 임대하다가 신공장으로 이전한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 대도시안의 공장의 지방이전을 위한 구공장의 양도에 따른 조세감면은 대도시안에 있는 공장의 지방으로의 이전을 지원하려는데 그 입법취지가 있고, 조세감면에 관한 규정은 조세형평의 원칙상 엄격히 해석해야 할 것이므로 위 구조세감면규제법 제42조 제2항에 규정된 『대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인』이라 함은 이전하는 당해공장시설의 소유자로서 그 공장시설을 이용한 사업을 자기의 계산아래 직접 영위한 사업자를 말하는 것이므로 당해 공장시설의 소유자라 하더라도 그 공장시설을 이용한 사업을 자기의 계산아래 직접 영위하지 아니한 공장시설의 임대인은 여기에 포함되지 아니한다고 할 것이다.(같은 뜻 ; 대법원 87누 745, 88.3.8 선고)

(3) 그렇다면, 구공장건물의 일부를 임대하였을 경우 임대부분에 대하여는 대도시안의 공장 지방이전에 따른 특별부가세의 감면이 배제되어야 할 것이므로 이 건의 경우와 같이 청구법인이 직접 제조업에 사용하지 아니하고 임대하던 부분에 대하여 구건물 총면적에서 임대부분의 건물면적을 안분하여 특별부가세의 감면을 배제한 처분은 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.