공단 부지 매입대금과 구분되어 지급되는 관리비가 실질적으로 부지매입대금에 해당되므로 그 매입세액은 불공제하나 그 가산세 부과는 부당함(경정)

[참조결정] 국심1994서4635

[주 문] 대방세무서장이 1997.6.18 청구법인에게 부과한 1996년 제1기분 부가가치세 107,965,150원과 1996년 제2기분 부가가치세 49,784,420원의 과세처분은 1996년 제1기분 부가가치세 신고불성실가산세 9,051,714원과 1996년 제2기분 부가가치세 신고불성실가산세 4,525,857원을 배제하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 석유화학제품을 제조·판매하는 청구법인은 한국수자원공사로부터 동 공사가 조성중인 “OO국가공업단지 확장단지”(이하 “OO공단확장단지”라 한다)의 분양업무를 위탁받은 청구외 OO지역공업단지관리공단(이하 “관리공단”이라 한다)과 1995.12.16 아래와 같은 입주(분양)계약을 체결하면서 계약금이외의 부지대금은 사업진척도에 따라서 지급하지만 관리비는 계약시 및 3개월마다 4회에 걸쳐서 지급하도록 하였다. 분양면적 (㎡) 분 양 대 금 (원) 계 부지가격 관 리 비 부가가치세 (관리비의 10%) 983,198 115,635,647,350 113,146,426,000 2,262,928,500 226,292,850 청구법인은 1996년 1기 부가가치세 과세기간에 905,171,400원의 관리비와 이에 대한 부가가치세 90,517,140원 및 1996년 2기 부가가치세 과세기간에 452,585,700원의 관리비와 이에 대한 부가가치세 45,258,570원을 관리공단에 지급하고 동 관리공단으로부터 세금계산서를 교부 받아 이를 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 처분청에 신고하고 이에 따른 매입세액을 공제 받았다. 청구외 관리공단은 관리비 징수 근거법률인 “공업배치 및 공장설립에 관한 법률”이 1996.12.31 개정되어 기징수한 관리비를 반환하도록 규정함에 따라 1997.3.29 기징수한 관리비를 청구법인에게 반환하면서 동 일자로 수정세금계산서를 청구법인에게 교부하였고, 청구법인은 수정세금계산서를 교부 받은 날이 속하는 1997년 1기 부가가치세 신고시 교부 받은 위 수정세금계산서를 처분청에 제출하면서 기 공제 받은 관리비에 대한 매입세액에 상당하는 금액을 1997.4.25 납부하였다. 처분청은 이 건 관리비 관련 매입세액은 토지관련 매입세액으로써 매출세액에서 공제되는 매입세액이 아닌데도 청구법인이 매입세액으로 공제하였다 하여 동 관리비에 대한 매입세액을 불공제하고 이에 따른 신고불성실 가산세를 부가하여 1996년 1기분 부가가치세 107,965,150원과 1996년 2기분 부가가치세 49,784,420원을 경정고지(1996년 1기분은 매출누락분에 대한 부가가치세도 포함되어 있음)하면서 청구법인이 1997년 1기 부가가치세 신고시 수정세금계산서의 제출과 함께 납부한 관리비 관련 세액을 환급하여 1996년 1기 및 2기의 고지세액에 충당하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.8.12 심사청구를 거쳐 1997.11.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 관리공단과 1995.12.16 입주(분양)계약을 체결하고 분양대금을 납부하면서, 동 계약에 의거 관리공단에 납부하는 관리비분 부가가치세를 국세청 예규(부가22601-1204, 1991.9.13, 부가 46015-1864, 1995.10.10)에 따라 1996년 1기 및 2기 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제해 왔는데, 관리비 징수 근거규정이 1996.12.31 폐지(공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제37조 제1항)되어 기납부한 관리비(부가가치세 포함)를 동 관리공단으로부터 1997.3.29 반환 받음에 따라 기 매입세액 공제에 따른 환급액을 1997년 1기분 부가가치세 신고시 자진신고 납부하였다. 처분청에서는 관리비관련 매입세액이 토지관련 매입세액이므로 당초부터 매입세액 공제대상이 아니라고 하여 가산세를 부과하였으나, 동 관리비는 공업단지 입주업체로부터 징수하는 관리용역의 대가에 해당되고 공사진척에 따라 지급받는 토지대금과는 별개이며, 또한 그 동안의 국세청 예규도 이에 대하여 부가가치세 과세대상이라고 해왔으므로 소급하여 가산세를 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인이 관리공단에 지급한 관리비분 부가가치세가 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 대하여 살펴보면,

(1) 청구법인이 제출한 입주(분양)계약서를 보면 청구법인이 분양받기로 한 토지는 OO공단 확장단지 내 있는 토지로서 토지조성 건설기간이 1999.1월～2003.12월로 되어있고, 쟁점이 된 관리비도 분양대금중 부지가격과 구분하여 표시되어 있기는 하지만 관리비에 대한 구체적인 내용은 없다.

(2) 한국수자원공사와 관리공단 사이에 체결된 OO공단 확장단지 분양업무위수탁협약서 제2조에 의하면 한국수자원공사가 관리공단에 위탁한 업무의 범위는 ① 분양계약, ② 분양대금의 수납 및 정산, ③ 분양용지 소유권 이전, ④ 기타분양에 관한 제반업무 등 임을 알 수 있으며,

(3) 관리공단의 정관 제4조는 동 공단의 목적사업으로서 산업단지의 개발·조성 및 분양·임대에 관한 사업, 입주업체의 선정 및 입주계약에 관한 사업, 공장설립 및 등록에 관한 사업 등을 열거하고 있다. 위의 사실내용을 검토하여 보면, 청구법인은 현재까지 공업단지에 입주한 것이 아님을 알 수 있고, 쟁점이 된 관리비는 청구법인의 공장부지 구입과 관련된 금액임을 알 수 있으며, 더군다나 위 관리비는 공장부지 입주(분양)계약서에서도 부지가격과 구분하여 표시되어 있을 뿐, 특정의 토지관리업무와 관련이 없으므로 순수한 관리비라고 보기는 어렵다 할 것이고, 일반적으로 토지와 관련있는 관리비라고 하면 토지를 구입한 이후부터 토지의 관리·보수 또는 경비 등에 대한 비용을 약정에 의하여 지급하는 것을 의미하는 것이라고 보아야 할 것이므로 이 건과 같이 토지를 구입하기 전에 토지관련 관리비를 토지분양대금과 함께 지급하였다면 이는 토지와 관련된 자본적 지출금액에 해당한다고 보는 것이 보다 합리적인 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 이 건 토지구입과 관련하여 지급한 관리비에 대한 매입세액은 토지관련 매입세액으로서 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항의 규정에 의거 매입세액이 불공제되어야 할 금액인데, 청구법인이 당초 부당하게 부가가치세를 환급받은 것이라 할 것이므로 처분청이 동 부가가치세에 대해 100분의 10에 해당하는 가산세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 관리공단에 지급한 관리비분 부가가치세를 처분청이 매입세액으로 공제하여 오다가 동 관리비분 부가가치세는 매입세액이 공제되지 아니하는 토지관련 매입세액이라하여 매입세액 불공제하면서 이에 가산세를 부가(附加)하여 과세한 처분이 타당한지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 본문은 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 그 제4호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(…생략…)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제6항은 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제22조 제5항 본문은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(…생략…), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(…생략…)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다(단서 생략)고 규정하고 있으며, 그 제1호는 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때를 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 1995.12.16 관리공단과 체결한 입주(분양)계약서 및 관리공단과 청구외 한국수자원공사간의 OO공단확장단지 분양업무위수탁협약서에 의하면, 한국수자원공사는 1999.1월부터 2003.12월의 기간에 조성하려는 OO공단확장단지의 분양업무를 관리공단에 위탁하였으며 이를 위탁받은 관리공단은 1995.12.16 청구법인과 983,198㎡의 입주(분양) 계약을 하면서 부지가격 113,146,426,000원, 관리비 2,262,928,500원 및 관리비에 대한 부가가치세 226,292,850원 합계 115,635,647,350원을 분양대금으로 하고 이의 지급방법에 있어서는 계약금이외의 부지대금은 사업의 진척도에 따라 지급하지만 부가가치세가 포함된 관리비는 계약시에 20%에 상당하는 금액을 지급하고 나머지는 1996.3.15부터 1996.12.16 사이에 3개월마다 4회에 걸쳐서 지급하기로 약정하였음이 인정된다.

(2) 위와 같은 사실에 의하면, 청구법인이 관리공단과 계약을 체결할 당시OO공단확장단지는 그 조성공사를 하기 전으로써 청구법인이 조성공사 전에 부지를 취득하는 계약을 체결한 것은 당해 부지에 대한 조성공사가 완료되어 사용이 가능한 때에 이를 그의 소유로 하기 위함이라고 보인다. 한편 토지에 대한 관리비라 함은 토지의 보수·유지를 위하여 지출하는 비용이라고 할 때에 이 건과 같이 부지조성을 위한 공사가 행해지기 전에는 위와 같은 성질의 관리비는 소요될 여지가 없으므로 계약서에 관리비를 지급하도록 약정하고 이에 따라 지급하였다고 할지라도 실제는 관리비가 아닌 다른 대가를 관리비 명목으로 지급하였다고 보아야 할 것이다. 그러하다면 청구법인과 관리공단이 OO공단확장단지 내 부지의 분양계약을 체결하면서 부지가액과 관리비로 구분하여 분양대금을 정하였다고 할지라도 그 관리비는 실질에 있어서는 부가가치세 면세재화인 토지의 구입을 위한 비용으로서 취득할 부지의 원가에 해당한다고 하여야 할 것이므로 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다 하겠다.

(3) 청구법인이 관리공단에 분양대금이외에 관리비 명목으로 지급한 대금이 면세재화인 토지의 대금으로 보아야 할 것이므로 이에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는데도 청구법인이 이를 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고하여 과다환급을 받았다 하여 이건 신고불성실가산세를 부과하였음은 처분개요에서 본 바와 같은데 이와 같이 청구법인이 매입세액공제되지 아니하는 세액을 매출세액에서 공제함으로써 과다 환급 받은 것에 대하여 가산세가 부과되어야 하는지를 본다. (가) 국세기본법 제2조 제4호에서 “가산세”라 함은 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 그 세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다고 하면서, 같은 법 제47조 제1항은 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 세법에 의하여 가산세를 부과할 수 있다라고 규정하고 있다. (나) 세법상의 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라 할 것이다. 그러나 세법이 정한 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(국심 94서4635, 95.8.5 및 대법원 92누2936, 92.10.23 등 다수의 국세심판결정례와 대법원판례도 같은 뜻임). (다) 이 건 관리공단과 같이 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제31조에 의하여 설립되어 산업자원부장관의 감독을 받는 비영리법인인 공단관리법인이 질의한 “공단으로 조성된 토지 분양시에 토지원가의 일정율을 관리비로 징수하는 경우 동 관리비가 부가가치세 과세대상인지” 여부에 대하여 국세청장이 “관리공단이 공단입주계약에 의하여 입주기업으로부터 관리비 명목으로 받는 것은 부가가치세가 과세되는 것(부가 46015-1864, 95.10.10)”이라고 회신하였고, 이러한 국세청장의 회신에 의거 관리공단은 청구법인과 입주(분양)계약을 하면서 부지대금과는 별도로 관리비 명목으로 대금을 받으면서 관리비에 따른 부가가치세도 지급하도록 요구하였다면 청구법인으로서는 관리비는 분양 받은 토지의 대금과는 별도라고 인정하고 관리비에 따른 부가가치세를 거래상대방인 관리공단에 지급할 수밖에 없었다고 보인다. 이와 같이 관리공단에 부가가치세 과세대상인 관리비를 지급한 청구법인이 관리공단으로부터 관리비에 대한 세금계산서를 교부받았다면 동 교부받은 세금계산서를 관할세무서장에게 제출하고 매입세액으로 공제 받을 수밖에 없었다고 하겠다. (라) 위와 같은 사정이라면 청구법인이 관리공단에 분양대금을 지급하면서 입주(분양)계약서에 표기된 관리비가 그 명칭과는 관계없이 실질적으로는 토지의 대금이므로 동 관리비에 대한 부가가치세를 지급하지 아니하는 것을 기대하는 것은 무리라고 보인다. 즉 청구법인이 입주(분양)계약서에 기재된 관리비에 대한 부가가치세는 징수 당하지 아니하는 것을 기대하기 어렵다고 하겠다. 그리고 이와 같이 부가가치세로 징수 당한 금액을 매입세액으로 매출세액에서 공제하지 아니하고 신고하는 것도 기대할 수 없다고 하겠다. 그러하다면 청구법인이 이 건 관리비와 관련하여 매입세액을 공제 받은 것에 대하여 가산세를 부과한 것은 전시 세법이 가산세에 관한 규정을 둔 취지에 반한다 하겠다.

• 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.