사용이 금지 또는 제한된 부동산 해당 여부

○○○세무서장이 1997.5.1 청구법인에게 결정고지한 1992사 업연도 법인세 413,717,520원, 1993사업연도 법인세 897,453,060원, 1994사업연도 법인세 1,243,728,750원·동 농어 촌특별세 61,035,000원, 1995사업연도 법인세 839,661,290원·동 농어촌특별세 48,935,890원, 1996사업연도 법인세 797,902,400원의 처분 중

1. 1994사업연도, 1995사업연도 및 1996사업연도에 대한 처분 은 ○○○유통주식회사가 취득한 별지 목록 기재의 토 지 26필지 합계 32,319㎡를 비업무용 부동산에서 제외하여 과 세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

1996.11.30 청구법인에 흡수·합병된 ○○○유통주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)는 도·소매업, 주택건설 등을 사업목적으로 한 법인으로 1989년과 1990년 사이에 걸쳐 별지 기재 목록의 ○○○광역시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 외 25필지 합계 32,319㎡의 토지(이하 "쟁점토지"라 한다)를 취득하였다. 처분청은 청구외법인이 쟁점토지를 취득한 지 1년이 경과할 때까지 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 비업무용부동산에 해당된다 하여 관련 지급이자 등을 손금불산입하는 등 청구외법인의 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 산출된 1992사업연도 법인세 413,717,520원, 1993사업연도 법인세 897,453,060원, 1994사업연도 법인세 1,243,728,750원·동 농어촌특별세 61,035,000원, 1995사업연도 법인세 839,661,290원·동 농어촌특별세 48,935,890원, 1996사업연도 법인세 797,902,400원을 1997.5.1 합병법인인 청구법인에게 각각 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.6.30 심사청구를 거쳐 1997.10.20 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구주장 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 에서 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산의 경우에는 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있는 바, 쟁점토지의 경우 법령의 규정에 의해 제한된 토지는 아니더라도 법령의 규정에 의하여 권한있는 행정청이 그 행정작용의 일환으로 ○○○도시기본계획 및 재정비계획의 미확정과 ○○○광역시 서남부생활권 기본계획 및 상세계획 미수립 등을 이유로 건축허가 등을 하여주지 아니하여 당초의 취득 목적인 임대주택을 신축하지 못한 것이다. 위와 같이 행정청이 건축허가 등을 하지 아니하여 업무에 사용하지 못한 경우에는 전시 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 에서의 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 해당되므로 관할 지방자치단체가 건축허가를 하지 아니한 기간은 비업무용 부동산에서 제외하여야 한다. 또 국세청장은 쟁점토지에 대한 검인계약서상의 잔금지급약정일이 쟁점토지에 대한 주택건설사업계획 입지심의 신청이 최초로 반려된 1989.7.5 이후이므로, 청구법인이 지방자치단체로부터 입지심의 신청을 반려받은 후에 쟁점토지를 취득하였다고 보았으나, 실제매매계약서와 대금지급에 관한 증빙에 의해 1989.7.5 이전에 잔금청산되었음이 입증된다. 그러하다면 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전부터 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 제한되거나 금지된 부동산이라 하여 비업무용부동산에 해당한다고 본 처분청의 처분은 쟁점토지의 취득시기에 관한 조사를 소홀히 한 것이므로 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 주장과 같이 법령의 규정에 의하여 사용이 제한 또는 금지된 부동산은 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 의 규정에 의하여 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것이나, 이는 당해토지의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 제한되거나 금지된 부동산을 말하는 것으로, 쟁점토지는 ○○○광역시가 추진하고 있는 도시재정비계획의 진행에 따른 시가화조정구역 해제, 가로망 계획변경 등 주변여건변동요인을 내제하고 있는 도시계획(변경)이 미확정된 토지로 청구법인의 쟁점토지에 대한 주택건설사업계획 입지심의 신청이 1989.7.5자로 반려된 바 있음이 ○○○광역시장의 회신공문(주택 30420-3638, 1989.7.3)에 의하여 확인된다. 청구법인은 쟁점토지에 대한 주택건설사업계획 입지심의 신청이 반려된 1989.7.5 후인 1989.8.4부터 1990.12.4까지 4회에 걸쳐 쟁점토지를 취득하였음이 등기부등본 및 매매계약서(검인계약서)에 의해 확인되므로, 청구법인은 건축허가 등 그 사용이 제한되어 있음을 알고 취득한 것으로 인정되는 바, 비업무용부동산 해당여부를 판정함에 있어서 취득 전부터 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 제한되거나 금지된 부동산에 대하여는 위 법인세법시행규칙의 규정이 적용되지 아니하는 것(법인 46012-3115, 1994.11.14 외 다수 같은 뜻임)이므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 판정하여 그와 관련된 지급이자 등을 손금불산입하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점토지가 취득 후 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법(1990.12.31 법률 제4282호로 개정되기 전의 것임) 제18조의 3 제1항에서 "다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 다음 각호의 자산 합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다."고 규정하고, 제3호에서 "당해법인의 업무에 직접 관련없는 부동산"을 규정하고 있으며, 같은법시행령(1990.12.31 대통령령 제13195호로 개정되기 전의 것임) 제43조의 2 제5항에서 "법 제18조의 3 제1항 제3호에서 '당해법인의 업무에 직접 관련없는 부동산'이라 함은 당해부동산 취득 후 경과한 기간, 당해부동산으로부터 발생하는 수입금액, 건물 등의 면적, 당해법인의 업무와의 관련 정도 등을 감안하여 재무부령이 정하는 부동산(이하 "비업무용부동산"이라 한다)을 말한다."라고 규정하고 있다. 같은법시행규칙(1990.4.4 재무부령 제1818호로 개정되기 전의 것임) 제18조 제3항은 "영 제43조의 2 제5항에서 '비업무용부동산'이라함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다."고 규정하면서, 그 제1호에서 "취득 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지는 2년)이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(매매사업용 부동산을 포함한다)"을 규정하고 있고, 같은조 제4항에서는 "다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다."고 규정하면서, 그 제1호에서 "당해부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것"을 규정하고 있다. 또한 1994.3.12 재무부령 제1968호로 개정된 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 은 비업무용 부동산의 범위를 정하면서 그 제1호에서 "부동산(제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산. 다만, 기술개발촉진법 제8조 의 3 제1항 제2호에 규정된 기업부설연구소용 부지와 지방세법 시행령 제84조 의 4 제1항에 규정된 공장용 부지의 경우에는 취득한 후 2년, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 취득한 후 1년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산"을 규정하고 있고, 같은항 제12호에서 "매매용 부동산. 다만, 부동산매매업을 주업으로 하거나 주택신축판매업을 하는 법인이 취득한 매매용 부동산(주택신축판매업의 경우에는 주택신축용 토지에 한한다)으로서 취득 후 2년이 경과되지 아니한 것(도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 2년이 경과한 것과 주택 등 건물의 신축판매사업용 부동산을 취득한 후 2년 이내에 공사를 착공하고 공사가 진행중에 있는 것을 포함한다)을 제외한다."라고 규정하고 있으며, 위 개정된 시행규칙 부칙 제2조에서 "이 규칙은 1994.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다"고 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 청구외법인은 주업인 도·소매업 외에 주택건설사업 등 15개 업종을 사업목적으로 하고 1989.4.24 주택건설사업자로 등록한 사실이 동 법인의 정관과 주택건설사업자등록증에 의해 확인되고 있으며, 쟁점토지 26필지 중 23필지는 국토이용관리법상 토지거래허가지역내의 토지로서 청구외법인이 임대주택건설 목적으로 1989.5월 토지거래계약허가 신청을 하여 1989.7.19 ○○○직할시 ○○○구청장의 허가를 받은 사실이 토지거래계약허가증에 의해 확인되고 있다.

(2) 청구외법인은 1989.6월부터 1995.6월까지 7차에 걸쳐 ○○○직할시에 주택건설사업계획 입지심의신청 및 동 사업계획승인 신청을 하였으나, 1989.6월 신청당시에는 쟁점토지 중 대부분이 시가화조정구역에 포함되어 있었고 시가화조정구역의 지정이 1989.11.14 해제된 후에도 도시재정비계획이 진행중이라는 이유와 서남부생활권 개발기본계획 및 상세계획 미수립 등의 이유로 계속 보류 내지 반려되다가, 1995.7.31 청구외법인이 행정심판청구를 제기하여 1995.6.17자 ○○○직할시장의 반려처분이 위법·부당하므로 동 처분을 취소한다는 1996.2.23자 건설교통부장관의 재결이 있은 후, 1997.2.19 사업계획에 대한 승인을 얻어 1997.4.22 비로소 쟁점토지상에 주택건설공사를 착공하게 된 사실이 ○○○직할시 공문 등 관련자료에 의해 확인되고 있다.

(3) 먼저 비업무용부동산의 범위에서 제외되는 경우의 하나로서 전시한 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 의 적용과 관련하여 청구법인과 처분청 간에 다툼이 되고 있는 이 건 청구외법인의 쟁점토지 취득시기에 대하여 살펴본다. 처분청은 쟁점토지의 소유권이전등기 신청시 부본으로 제출된 검인계약서상의 잔금지급약정일을 취득일로 보고 있는 반면에, 청구법인은 일반계약서에 의거한 실제잔금지급일을 취득일로 주장하고 있다. 위 검인계약서에 의하면 청구외법인은 당해 주택건설사업계획 입지심의신청이 최초로 반려된 1989.7.5 후인 1989.8.4부터 1990.12.10까지 4회에 걸쳐 잔금지급을 한 것으로 나타나고 있어 처분청은 이에 근거하여 청구외법인이 위 ○○○직할시장의 반려처분에 의해 주택건설을 위한 토지의 사용이 제한되어 있음을 알고 쟁점토지를 취득한 것으로 보았다. 그러나 청구법인이 심판청구시 제출한 일반계약서 및 금융자료에 의하면 쟁점토지 26필지 중 ○○○동 ○○○ 토지와 ○○○동 ○○○ 토지는 1989.8.16과 1990.12.10 잔금청산되고 나머지 24필지는 1989.7.5 이전에 잔금이 청산된 것(잔금청산일: 1989.5.10 21필지, 1989.5.11, 1989.5.13, 1989.6.5 각 1필지)으로 되어 있고, 청구인은 이에 근거하여 쟁점토지 취득 후에 사용이 제한된 경우라고 주장하고 있다. 살피건대, 국세청 심사청구시에는 일반계약서가 제시되지 아니하였고, 이에 따라 처분청도 실제잔금청산일에 대하여는 확인하지 아니한 것으로 보인다. 그러나 우리심판소의 요청에 의하여 청구법인이 제시한 근거서류로서 쟁점토지 중 ○○○동 ○○○ 토지 계약서를 제외한 모든 토지의 매매계약서 원본 13매와 함께 대금지급에 관한 증빙으로 청구외법인의 당좌예금 원장의 출금내역과 동 법인의 거래은행(○○○은행 ○○○동지점·○○○은행 ○○○지점)이 확인한 쟁점토지 취득당시에 발행된 당좌수표 사본 32매 및 매도인이 발행한 영수증 등에 의할 때 이 건 토지매매는 잔금청산일이 확인되므로 그 취득시기는 구 소득세법시행령 제53조 제1항 의 규정에 의하여 청구법인이 주장하는 실제잔금청산일로 보아야 할 것이다. 또 쟁점토지의 대부분이 토지거래허가지역 내의 토지이나 토지거래계약허가일 전에 잔금청산된 사실이 확인되므로 그 취득시기는 잔금청산일이 되는 것인 바, 국토이용관리법 제21조 의 3 제7항의 규정에 의하여 비록 토지거래계약허가를 받을 때까지는 당해 토지의 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 잔금 청산 후에 토지거래계약허가를 받은 쟁점토지의 경우는 매매대금을 청산한 날이 취득시기가 된다 할 것이다(대법원 97누5145, 1997.6.27, 재경원예규 재산46014-2198, 1998.1.20 같은 뜻, 1999.1.29 이 건 합동회의 의결사항임).

(4) 다음에는 쟁점토지의 비업무용 부동산 해당여부를 판정함에 있어서 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 에 규정하는 "법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된" 사실이 있는지를 살펴보기로 한다. 청구법인과 처분청은 청구외법인이 ○○○직할시장에게 한 쟁점토지에 대한 주택건설사업계획 입지심의신청이 최초로 반려된 날인 1989.7.5을 "법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된" 날로 보는 데는 이견이 없으나, 비업무용 부동산 판정의 유예기간 기산일이 되는 청구외법인의 쟁점토지 취득시기를 달리 봄으로써 상이한 결론에 이르게 되었다고 할 것이다. 그러나 우리심판소의 도시계획변경사항 조회요청에 대한 ○○○광역시장의 회신(도계58400-162, 1999.2.12)에 의하면, 쟁점토지 26필지 중 4필지를 제외한 모든 토지가 1986.9.22 건설부 고시 제422호에 의하여 시가화조정구역으로 지정되었다가 1989.11.4 건설부 고시 제672호로 동 지정이 해제된 사실이 확인되고 있다. 시가화조정구역이라 함은 도시계획법상 도시의 무질서한 시가화를 방지하고 도시의 계획적·단계적인 개발을 도모하기 위하여 일정기간 시가화를 유보할 필요에서 지정되는 구역으로서(도시계획법 제21조 의 2 제1항), 시가화조정구역 안에서는 도시계획사업 중 국방상 또는 공익상 당해 구역 안에서의 사업시행이 불가피한 것에 한정하고 있는 점에서(도시계획법 시행령 제19조 의 3) 동 구역내의 토지는 법령의 규정에 의하여 사용이 제한된 토지라고 할 수 있다. 그러하다면 쟁점토지가 시가화조정구역으로 지정된 1986.9.22을 법령상 사용이 제한된 날로 보아야 할 것이고, 청구외법인은 1989.5.10 쟁점토지를 취득하기 전에 시가화조정구역의 지정이 해제되지 아니하는 한 동 토지에는 주택을 신축할 수 없다는 사실을 알 수 있었다고 할 것이므로 취득 후에 법령상 사용제한이 있었다는 청구주장은 타당성을 갖지 못한다. 그렇지만 쟁점토지 취득 후 6개월이 채되기 전에 시가화조정구역의 지정이 해제되었으므로 쟁점토지 취득시점(1989.5.10)부터 시가화조정구역 지정 해제일(1989.11.4)까지의 기간은 비업무용 부동산에 해당된다 하더라도 시가화조정구역의 지정이 해제된 이후에는 쟁점토지 상황이 어떠하였는지를 살펴 이 건 비업무용 부동산 해당 여부를 판정하여야 할 것이다.

(5) 1994.3.12 재무부령 제1968호로 개정된 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제1호 및 제12호는 법인의 비업무용 부동산 판정의 유예기간을 종전에는 나대지의 경우 취득 후 1년, 주택신축용 토지의 경우는 취득 후 2년으로 정하여 동 기간이 경과할 때까지 업무에 사용하지 아니하면 취득일로부터 소급하여 비업무용으로 보아 지급이자 손금불산입 등 세제상 불이익이 주어졌으나, 위 개정에 의하여 1994.1.1이후 최초로 개시하는 사업연도분부터는 "도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유"로 인하여 기한 내에 건설에 착공하지 못한 경우에는 예외를 인정하여 비업무용으로 보지 아니하도록 하였다. 위 "정당한 사유"의 개념에 대하여 법령에서는 구체적으로 언급하고 있지 아니하나, 일반적으로 당해토지를 업무에 사용하지 못한 귀책사유가 경영상 이유 등 기업내부적인 사정에 있는 것이 아니라 천재지변이나 법령상·행정상의 각종 규제 등 기업외부적인 사정으로 소정기한 내에 업무용으로 사용할 수 없는 경우를 가리키는 것으로 해석된다(재정경제원 세제실 발간 《간추린 개정세법 1994》 참조). 이러한 "정당한 사유"가 인정되는 경우에 비업무용 부동산으로 보지 아니한다는 규정은 비록 1994.3.12자 개정에 의해 법인세법 시행규칙에 명문화된 것이기는 하나, "정당한 사유"가 있는 경우에 예외를 인정하도록 한 것은 종래 지방세법과 토지초과이득세법 및 관련대법원 판례 등에서 사용해 오던 개념을 법인세법에서 수용한 것이라고 볼 수 있으며, 또한 위 법인세법 시행규칙의 개정 이후 도시설계지구 내의 토지로서 도시설계세부지침 미확정으로 건설에 착공할 수 없어 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제1호 및 제12호의 유예기간 이내에 당해 토지를 업무에 직접 사용할 수 없게 된 기간은 "정당한 사유"에 해당하는 것으로 보아 도시설계세부지침이 확정된 날로부터 유예기간을 계산하도록 한 사례(국세청 예규: 법인 46012-42 7, 1996.2.6)가 확인되고 있다.

(6) 청구외법인이 쟁점토지의 취득 후 행한 7차에 걸친 주택건설사업계획 입지심의 및 승인신청을 ○○○직할시장이 도시재정비계획 및 서남부생활권 개발계획을 이유로 보류 내지 반려함으로써 법정 유예기간(2년) 내에 당해 토지를 업무에 사용할 수 없었던 것을 위 "정당한 사유"로 보아 사실상 토지사용이 제한된 기간을 비업무용 부동산판정의 유예기간에서 제외할 수 있는지를 살펴본다. (가) 먼저 우리 심판소의 요청에 의하여 ○○○광역시장이 회신한 쟁점토지 소재지의 시가화조정구역 해제일(1989.11.4) 이후의 도시재정비계획 및 서남부생활권 개발계획의 추진상황을 보면, 과거 ○○○직할시는 1989.8.23 ○○○도시기본계획 변경 및 재정비계획에 착수하여 공청회와 지방도시계획위원회의 자문을 거쳐 1990.9.27 ○○○도시기본계획변경 승인신청(○○○시→건설부장관)을 하였고, 중앙도시계획위원회의 심의를 거쳐 1991.1.15 건설부장관의 동 계획변경 승인을 받았으며, 이후 1단계 도시재정비계획 결정고시(1991.7.6)와 2단계 도시재정비계획 결정고시(1992.6.19)를 거쳐 1994.9.1 ○○○도시계획시설 결정 및 지적승인된 사실을 알 수 있다. 또한 쟁점토지 소재지를 포함하는 ○○○시의 장래 성장잠재력을 극대화하고 중부권 신질서를 구축할 국제적 첨단 미래 신시가지 건설을 목적으로 하는 ○○○ 서남부생활권 개발기본계획이 1991.7.2 착수되어 1992.12.9 확정되었으며, 동 개발기본계획의 토목설계가 1994.5월 착수되어 1995.3.22 확정된 사실을 알 수 있다. (나) 위와 같은 ○○○직할시의 도시재정비계획 및 서남부생활권 개발계획이 시행됨으로써 쟁점토지상에 민영주택을 건설하려는 청구외법인의 사업계획은 다년간 지연될 수밖에 없는 상황에 처하게 되었는데, 실제로 청구외법인의 주택건설사업계획 입지심의 및 승인신청이 ○○○직할시로부터 보류 또는 반려된 현황을 보면 다음과 같다. 1989.5.10 쟁점토지 취득 후 동 사업계획 입지심의 신청을 하였으나, 신청지 일부가 시가화조정구역에 포함되어 있고 ○○○직할시가 추진 중인 도시재정비계획이 진행 중에 있음을 이유로 주변 도시계획(변경)이 확정된 후 재신청하라는 통보가 1989.7.5 있었고, 시가화조정구역의 지정이 1989.11.4 해제된 후에 있은 동 사업계획 입지심의 신청도 유사한 이유로 도시계획(변경)이 확정된 후에 재신청하도록 1989.12.19 통보되었으며, 그로부터 1년 후인 1990.12.20 청구외 법인의 같은 신청에 대하여 ○○○직할시장은 신청지가 시가화조정구역에서 해제된 자연녹지지역으로 개발을 자제할 필요성과 추진중인 도시재정비계획 수립과정에서 동 신청부지를 포함한 서부지역에 대하여 기존의 간선도로망 체계와 연계하여 간선도로를 계획 중에 있다는 이유로 여전히 도시재정비계획 확정시 재신청하라는 통보가 1991.2.4 있었음이 관련공문에 나타나고 있다. 그 이후에 청구외법인은 1993.11월 주택건설사업계획 승인신청을 하였으나 주택건설기준 등에 관한 규정 제25조에 의한 도로미확보를 이유로 1994.1.15 반려되었고, 동 반려요건 충족 후 1994.2월 재신청하였으나 ○○○ 서남부지역 개발기본계획상 가로망과 연결되어야 하고 건축규모와 주변여건을 감안하여 교통수요 예측에 따른 원활한 교통소통 개선대책이 강구되어야 한다는 이유 등으로 1994.3.29 위 신청이 반려되었으며, 그로부터 1년 후인 1995.3.28 청구외법인의 주택건설사업계획 사전결정 신청에 대하여 ○○○직할시장은 도시기능과 미관 및 환경적인 측면에 대한 서남부생활권 상세계획을 수립하여 계획적인 개발원칙이 수립된 후 토지이용계획에 맞게 사업시행을 할 것이 요구되고 당해 사업계획이 초고층 소형주택으로 ○○○관광특구 조성과 주변학교 교육환경을 저해할 우려가 있다는 이유 등으로 1995.5.25 위 신청을 부결하였고, 1995.6.5자 같은 신청에 대하여도 같은 이유로 1996.6.17 반려 통보하였음이 관련공문에 나타나고 있다. 이에 청구외법인은 1995.7.31 행정심판청구를 제기하여 1995.6.17자 주택건설사업 승인신청서 반려처분의 취소를 구한 바, 이에 대한 1996.2.23자 건설교통부장관의 결정요지는 청구외법인의 주택건설사업이 도시계획법·주택건설촉진법 및 국토이용관리법 등에 위반된다고 볼 수 없으므로 법적 구속력이 전혀 없는 구상단계에 머무는 서남부생활권 기본설계와 상세계획 등을 이유로 반려처분한 것은 위법·부당하다는 내용이었다. 위 재결에 따라 1995.6.17자 반려처분이 취소되자 청구외법인은 다시 1996.11.23 당해 주택건설사업계획 승인 신청을 하였고, 1997.2.19 동 사업계획의 승인을 얻어 1997.4.22 비로소 주택건설공사를 착공하게 되었음이 관련서류에 의해 확인되고 있다. (다) 상기 사업추진 경위를 두고 볼 때, 청구외법인은 ○○○직할시가 주도하는 도시재정비계획 및 서남부생활권 개발계획의 시행으로 인하여 민영주택건설을 위한 쟁점토지의 사용이 제한된 기간 중에도 당해 사업계획의 승인을 얻기 위해 계속적으로 노력한 사실이 인정되는 반면, 1989.11.4 쟁점토지 소재지에 대한 시가화조정구역의 지정이 해제된 이후 1996.2.23 행정심판청구의 재결이 있기까지 청구외법인이 쟁점토지를 사업목적에 사용할 수 없었던 것은 ○○○직할시가 추진 중인 도시재정비계획 및 서남부생활권 개발계획의 미확정에 따라 당해 주택건설사업계획 승인이 지연된 데 기인한 것으로 판단되고, 또한 이에 관한 건설교통부장관의 행정심판 재결서(법무61240-306, 1996.2.23)의 내용에 따르면 위 도시재정비계획 등이 확정된 후에 행정관청의 귀책사유로 당해 주택건설사업계획의 승인이 지연된 면도 지적되고 있으므로 1989.11.4∼1996.2.23 기간 동안 청구외법인이 쟁점토지를 업무에 사용하지 못한 데는 "정당한 사유"가 있었다고 할 것이다. (라) 이 건 당초 조사관서인 ○○○지방국세청은 『청구법인이 주장하는 사유가 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 의 "법령에 의한 사용 금지·제한"보다는 제3항 제12호의 "정당한 사유"로 보는 것이 합당할 것이나 법개정 이전으로서 동 규칙 제18조 제3항 제12호 단서에 규정하는 유예기간도 이미 경과되어 "정당한 사유"로 인정받을 수 없다』는 의견(징세46830-2542, 97.11.5)인 바, 1994.3.12 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 개정시 삽입된 "도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유"가 법정 유예기간(2년) 이내에 발생하여 1994.1.1 이후 연도에까지 계속된 이 건의 경우 당해 토지의 취득 후 전기간에 걸쳐 비업무용으로 보아야 한다는 주장은 타당하지 아니하고, 위 개정된 시행규칙이 적용되는 1994.1.1 이후 개시하는 사업연도에 있어서는 "정당한 사유"가 인정되는 기간을 비업무용 부동산 해당기간에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.