사업의 포괄양수도 방법에 의하여 법인전환하면서 부동산을 신설법인에 양도한 이 건의 경우 양도소득세 면제요건에 해당하는지 여부(취소)

[주 문] 삼성세무서장이 97.4.16 청구인에게 결정고지한 92년 귀속분 양도소득세 329,855,790원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 1986년부터 인천광역시 남구 OO동 OOOOO 토지 3,183.6㎡ 및 지상건물 2,288.8㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 OO프레스라는 상호로 공작기계(프레스) 제조업을 영위하던중 동 개인사업을 사업양수도방식에 의한 법인전환목적으로 92.4.1 쟁점부동산을 포함한 사업전부를 (주)OO프레스(이하 “신설법인”이라 한다)에 양도하고, 93.5.25 양도소득세 확정신고와 함께 조세감면규제법 제45조의 규정에 따라 양도소득세 면제신청서를 제출하였다. 처분청은 청구인의 양도소득세 면제신청에 대하여 조세감면규제법상의 양도소득세 면제요건을 충족시키지 못한다 하여 97.4.16 청구인에게 92년 귀속분 양도소득세 329,855,790원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.6.14 심사청구를 거쳐 97.9.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 법인전환 전의 개인사업장중 쟁점부동산과 일부 고정자산은 감정가액에 의하고, 나머지 자산 및 부채등은 장부가액으로 평가하여 사업전부를 신설법인에 포괄 양도하였으며, 장부가액에 의하여 계산한 개인사업장의 1년간 평균순자산가액은 65,378,566원이고, 청구인이 발기인으로서 신설법인에 출자한 가액은 90,000,000원이므로 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세의 면제를 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장의견 법인전환전 사업장의 92.3.31 현재 자산총액은 1,510,909,234원에 불과한데 신설법인이 청구인으로부터 인수받은 금액은 3,465,548,921원으로 무려 2배이상 높은 금액으로 평가하여 인수하였고, 신설법인은 청구인에 대한 양수대금 자산과 부채의 차액 1,701,671,425원을 부채로 계상하였음을 알 수 있으며, 청구인은 신설법인에 90,000,000원만을 현금으로 출자하였으며 청구인의 자(子)들이 대주주가 되었음을 볼 때, 결과적으로는 청구인은 쟁점사업장 양도에 따른 대가를 법인으로부터 받고, 사업체를 청구인의 아들들에게 물려준 결과가 되었는바, 이는 청구인이 개인사업을 법인으로 전환하기 위하여 사업을 포괄적으로 양도양수 하였다기보다는 법인에 순자산을 매각하고 매각대금의 일부분인 90,000,000원만을 신설법인에 출자한 것으로 보는 것이 거래의 실질에 부합된다고 판단되므로 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세의 면제를 배제한 처분에 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 사업의 포괄양수도 방법에 의하여 법인전환하면서 쟁점부동산을 신설법인에 양도한 이 건의 경우 양도소득세 면제요건에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제45조 제1항 내지 제3항과 같은 법 시행령 제39조 제1항 내지 제4항을 종합하여 보면 『제조업ㆍ광업ㆍ건설업ㆍ운수업 또는 수산업을 법인설립일로부터 소급하여 1년이상 영위하던 거주자가 발기인으로서 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 법인설립일로부터 3월이내에 당해 법인에게 포괄적으로 양도하는 경우에 당해 사업에 1년이상 사용한 사업용자산의 사업양수도에 따라 발생한 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이때 양도소득세 면제는 새로이 설립되는 법인의 자본금이 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액 이상인 경우에 한하며, 양도소득세를 면제받고자 하는 자는 사업양수도를 한날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(자산양도차익 예정신고를 포함함)와 함께 세액면제신청서를 제출하여야 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건은 위 관련법령에서 규정하고 있는 사업양수도방법에 의하여 법인전환하는 경우의 양도소득세 면제요건 즉, ① 법인전환전에 영위하던 사업이 제조업에 해당하고, ② 법인설립일로부터 소급하여 1년이상 당해 사업을 영위하여야 하며, ③ 법인설립일로부터 3월이내에 신설법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하여야 하고, ④ 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서를 제출하며, ⑤ 법인전환전의 사업자가 신설법인의 발기인으로서 사업양수도에 따라 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액 이상을 출자하여야 하는 바, 위 ⑤요건을 제외한 나머지 ①～④에 대하여는 청구인의 법인전환전 사업자등록증, 신설법인의 정관 및 주주명부, 사업양수도계약서, 양도소득세 면제신청서 등 관련증빙에 의하여 확인되고, 다툼도 없다.

(2) 본 건에서 다툼이 있는 것은 양도소득세 면제를 위한 법령상의 요건 중당해 사업을 영위하던 자가 발기인으로 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액이상을 출자하여야 한다』는 법령상의 요건을 이 건이 충족하고 있는지에 있는 바, 여기에 대하여 살펴보면, 법인으로 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액이라 함은 소득세법시행령 제104조의 규정에 의하여 계산한 금액을 말하는 것이고(재정경제원 재산22601-470, 92.12.24, 국세청 재일46014-2044, 94.7.23), 사업양수도에 의한 법인전환의 경우에는 개인사업자가 발기인으로서 정관을 작성하고 기존 사업장의 사업용 자산을 양도하여 주식을 인수하면 이로써 개인사업체는 사실상 소멸하고 사업양수도일 이후에는 순자산가액 평가의 대상물이 존재하지 않는다는 점에 비추어 볼 때, 사업양수도일이 속하는 전월의 말일부터 소급하여 1년간 매월 말일 현재의 사업용 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함)의 합계액을 공제한 다음 이를 12로 나누어 산출한 금액을 말한다(대법원 93누20160, 94.11.18) 할 것인데, 위와 같이 『법인으로 전환하는 사업장의 1년간 평균순자산가액』의 계산은 사업양수도일이 속하는 전월의 말일부터 소급하여 1년간 매월 말일 현재의 『장부가액』에 의하여 계산하여야 할 것이다(국세청 재산01254-126, 88.1.19, 재일46014-1400, 96.6.5).

(2) 이 건 법인전환전 사업장의 1년간 평균순자산가액을 동 사업장의 매월말 합계잔액시산표, 재고관리대장등 관련 재무제표에 의하여 계산하면, 66,014,402원(청구인은 65,378,566원으로 계산하여 신고하였으나, 우리심판소에서 다시 계산한 결과 66,014,402원임이 확인됨)임이 확인되고, 장부가액에 의하여 계산하는 한, 1년간 평균순자산가액이 위와 같이 산출된다는 사실은 청구인이 처분청에 제기한 과세적부심사청구시 97.1.29 작성된 처분청 조사담당과의 의견등에 의하여도 확인되며, 청구인은 위 금액(66,014,402원) 이상인 90,000,000원을 신설법인에 출자하였으므로 사업양수도에 의한 법인전환에 있어서 쟁점부동산을 신설법인에 양도한데 대한 양도소득세 면제의 요건을 충족한 것으로 보아야 할 것이다.

(3) 처분청 및 국세청은 청구인이 부동산등 일부 사업용고정자산의 가액을 감정받아 평가증(增)하여 장부가액과의 차액을 양도대금으로 지급받은 사실(신설법인의 청구인에 대한 차입금으로 처리)과, 신설법인에는 자본금의 30%만 출자하여 결과적으로 대주주인 자(子)와 자부(子婦)에게 신설법인의 경영권을 물려준 결과라 하여 사업을 포괄적으로 양도양수한 것이 아니라는 의견이나, 이 건이 위 조세감면규제법령상의 양도소득세 면제요건을 충족하고 있음에도 불구하고, 법정요건과 관련없는 사유를 들어 양도소득세 면제대상이 아니라고 하는 것은 타당치 아니하다 할 것이며, 한편, 사업양수도에 의한 법인전환시의 양도소득세 면제관련규정은 97.12.31 개정되어 『사업양도일 현재의 “시가”로 평가한 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액의 합계액 이상을 출자하여야 한다』고 규정하고 있는 바, 98.1.1 이후 최초로 양도하는 분부터는 이 건과 같이 법인전환전 사업자에게 양도차익이 발생한 경우 이 금액 이상을 출자하지 아니하면, 양도소득세 면제대상에 해당하지 아니한다 할 것이나, 이 건은 92.4.1 양도분이므로 97.12.31 개정된 위 신법령의 취지를 따라 양도소득세의 면제를 배제할 수도 없다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구구장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.