국민주택건설용지에 대한 감면규정을 적용함에 있어 감면신청기한이 경과한 이후에 세액감면신청을 하였을 경우 감면이 가능한지의 여부(기각)

[참조결정] 국심1991중0179

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 서초구 OO동 OOOO 대지 670.8㎡의 3분의 1 지분(이하 “쟁점토지”라 한다)을 83.11.26 취득하여 94.10.17 OOO지역 주택조합(이하 “쟁점주택조합”이라 한다)에 양도하고, 94.10.22 자산양도차익예정신고 및 자진납부를 이행하였으나, 그 후 주택조합도 등록된 주택건설사업자에 해당된다는 대법원 판결을 근거로 96.9.2 관할세무서장에게 양도소득세 54,445,173원의 세액감면신청을 하였으며, 감면결정이 없자 97.2.17 경정청구를 하였고, 처분청은 97.4.28 과세표준 및 세액의 경정청구에 대한 회신에서 청구인의 경정청구는 이유없다고 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.6.4 심사청구를 거쳐 97.9.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인이 쟁점토지를 양도하고 과세표준신고를 할 시점에는 주택조합을 등록된 주택건설등록업자로 보지 아니할 때이므로 그 당시에는 감면신청을 하지 아니하였으나, 그 후 주택조합도 주택건설등록업자로 보아 감면이 가능하다는 대법원 판결이 있어 96.9.2 감면신청을 하였고, 이 때에는 청구인이 신고한 양도차익예정신고에 대한 결정을 하지 아니한 상태였으므로 결정당시를 기준으로 감면요건을 검토하여 감면함이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 주택조합과 관련된 대법원 판례는 종전에는 주택조합을 등록된 주택건설사업자로 보지 아니하였으나 주택건설사업자에 해당된다는 취지로 해석하여야 할 것이며, 주택조합에 양도할 경우에는 조세감면규제법 제66조에서 규정한 감면요건을 준수하지 아니하여도 감면된다는 의미는 아니라 할 것이고, 쟁점토지가 관련법령에서 규정하고 있는 감면대상의 토지가 될려면 토지를 매입한 주택조합이 과세표준신고기한 내에 세액감면신청을 하여야 하나, 주택조합은 94.10.17 쟁점토지를 매입하고 확정신고기한이 지난 96.9.2에 세액감면신청을 하였으므로 적법한 감면신청이 있었다고 볼 수 없다. 또한, 감면요건을 갖추었는지의 여부 판정은 법령에서 특별히 정한 경우가 아니면 양도당시를 기준으로 요건충족 여부를 판정하여야 할 것인바, 앞에서 본 바와 같이 쟁점토지는 양도당시 감면요건을 갖추지 아니한 경우이므로 처분청이 세액감면을 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 국민주택건설용지에 대한 감면규정을 적용함에 있어 감면신청기한이 경과한 이후에 세액감면신청을 하였을 경우 감면이 가능한 지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제66조 【국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면】제1항에서 『내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다. 1.주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이조에서“주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지

2. ～ 3. 생략』라고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자 등이 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제63조 제9항에서는 “법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자 등은 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서를 주소지 관할세무서장에게 제출하여야 한다”라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 쟁점주택조합에 94.10.17 양도하고 94.10.22 자산양도차익예정신고와 함께 양도소득세 110,394,814원을 납부하였으며, 쟁점주택조합은 조세감면규제법 제66조 제4항에 규정하는 과세표준신고기한내에 세액감면신청을 하지 아니하고 96.9.2 세액감면신청을 한 사실이 관련서류에 의하여 확인되고, 청구인은 위 세액감면신청에 대하여 감면결정이 없자 97.2.17 경정청구를 하였으며, 처분청은 이에 대하여 경정청구는 이유없다고 통지하였음이 자산양도차익예정신고서, 감면신청서, 경정청구서 및 경정청구에 대한 회신등 관련서류에 의하여 확인되고 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 과세표준확정신고를 할 당시까지는 주택조합을 주택건설등록업자로 보지 아니하여 감면신청을 하지 아니하였으나, 그 후 대법원 판결에 의하여 주택조합도 주택건설등록업자로 보아 주택조합에 양도한 경우에도 감면이 가능한 것으로 하였으므로 이에 근거하여 감면신청을 한 것은 정당하고, 또한 이 건 결정당시에 적용되던 당해 감면규정에 의하면 결정일 이전에 감면신청을 하면 가능하도록 되어 있으므로 감면을 거부한 것은 부당하다는 주장이나, 주택조합과 관련된 대법원 판례(95누9419, 95.11.28외 다수)는 종전에는 주택조합을 등록된 주택건설사업자로 보지 아니하였으나 주택건설사업자와 동일한 지위를 갖는다는 취지로 해석한 것이며, 주택조합에 양도할 경우에는 조세감면규제법 제66조에서 규정한 감면요건을 준수하지 아니하여도 감면된다는 의미는 아니라 할 것이고, 쟁점토지가 전시 조감법에 규정한 감면대상의 토지가 되려면 토지를 매입한 주택조합이 과세표준확정신고기한 내에 세액감면신청을 하여야 하나, 주택조합은 94.10.17 쟁점토지를 매입하고 확정신고기한이 지난 96.9.2에 세액감면신청을 하였으므로 적법한 감면신청이 있었다고 볼 수 없을 것이며, 한편 감면신청기한에 있어 과세표준 및 세액의 결정일 이전까지 신청하면 할 수 있도록 한 조세감면규제법시행령 제63조 제9항의 단서규정은 94.12.31 개정되어 94.12.31이후에 양도하는 분부터 적용하도록 하고 있으므로 당해 규정의 적용여지도 없다 할 것이다.

(3) 그러하다면 국민주택건설용지 양도에 대한 양도소득세의 면제를 받기 위하여는 반드시 그 매입자가 소정기한내에 면제신청을 하여야 하고 위 기한내에 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세를 면제받을 수 없다 할 것인바(같은뜻: 국심 91중179, 91.4.2외), 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 소정기한내에 감면신청을 하지 아니하였으므로 감면요건을 갖추지 아니한 것으로 보아 세액감면을 거부한 처분은 적법하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.