협의양도된 토지가 ‘92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지에 해당되는지 여부(취소)

[주 문] 마포세무서장이 ‘97.3.7 청구인에게 결정고지한 ’95년 귀속 양도소득세 32,842,330원 및 동 농어촌특별세 15,326,420원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구인은 ‘69.10.13 취득한 경기도 파주군 문상읍 OO리 OOOOO 전 2,281㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ’95.9.6 육군에 협의 양도하고 ‘95.10.31 양도소득세 감면비율 100% 적용하여 자산양도차익을 예정신고하였다. 처분청은 이에 대하여 양도소득세 감면비율을 70%로 적용하여 ‘95년 귀속 양도소득세 32,842,330원 및 동 농어촌특별세 15,326,420원을 ’97.3.6 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ‘97.3.27 이의신청과 ’97.5.15 심사청구를 거쳐 ‘97.9.5 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 ‘69.10 청구인이 취득한 쟁점토지는 청구외 OOO 명의로 ’71.2월 징발재산정리에 관한 특별조치법에 따라 군부대에 수용되어 현재까지 군용시설로 이용되고 있으며, 청구인이 소유권회복 소송에서 승소, ‘95.6.7 소유권을 회복함에 따라 ’95.10 국방부로부터 협의매수금을 수령하였으므로 쟁점토지는 ‘92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역내에 있는 토지에 해당되어 양도소득세 감면비율을 100% 적용해야 한다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지를 ‘95.10.7에 이르러 공공사업시행자인 육군 OOOO부대장에게 양도한 것이므로 국방부장관이 고시한 날이 ’95.8.19을 사업인정고시일로 보는 것이 타당하다고 보여지는 반면, ‘71.2.12부터 위 부대장이 쟁점토지를 사용한 것은 이미 당연무효로 판결된 OOO을 피징발자로 하여 징발하여 사용한 것이지 청구인에게 사용대가를 지불하는 문제는 양도소득세 감면대상이 되는 토지에 대한 사업인정고시일이 언제인지와는 별개이므로 ’71.2.12부터 수용하여 사용하였다는 사실을 기초로 당연무효로 판시된 징발매수결정일을 사업인정고시일로 보아 양도소득세 감면비율 100%를 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건의 다툼은 협의양도된 쟁점토지가 ‘92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법 및 농어촌특별세법 구조세감면규제법(’93.12.31 개정전) 제57조 제1항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도한 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』라고 규정하고 있고, ’93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호에서 『’92.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 ’93.1.1 이후 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』라고 규정하고 있다. 또, 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항에는 『이 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호(’93.12.31) 조세감면규제법 개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다』라고 규정하고 있다.

(2) 국방·군사시설사업에 관한 법률 제3조【사업시행자】 국방·군사시설사업을 시행할 수 있는 자는 국방부장관·국방부 소속기관장(국방부 직할부대장을 포함한다)·육군참모총장·해군참모총장 및 공군참모총장과 다른 법률의 규정에 의하여 국방·군사시설사업을 행하는 자 등 제5조【협의 및 고시 등】

② 국방부장관은 실시계획을 승인한 때에는 지체없이 이를 고시하여야 한다. 제6조【수용 및 사용】

① 사업시행자는 실시계획의 고시구역안에서 국방·군사시설사업에 필요한 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 수용 또는 사용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 토지수용법을 적용한다.

(3) 징발재산정리에 관한 특별조치법 제1조【목적】 이 법은 징발법 시행당시 징발된 재산(이하 “징발재산”이라 한다)을 1973년 12월 31일까지 매수보상 및 징발해제를 하기 위하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. <개정 ’70.10.7> 제6조【징발재산의 매수결정】

① 제4조의 규정에 의한 통지를 받고도 피징발자가 징발재산을 국가에 매도하지 아니할 때에는 제3조 제1항의 규정에 의하여 결정한 가격으로 국방부장관이 이를 매수한다. 제18조의2【특례】 법령에 의하여 군이 사용하고 있는 재산중 사유재산에 대하여는 이 법에 의하여 1973년 12월 31일까지 매수보상하거나 징발을 해제하여야 한다. <본조신설 ’72.10.7>

(4) 징발법 제1조【목적】 이 법은 전시·사변 또는 이에 준하는 비상사태하에서 군작전수행을 위하여 필요로 하는 토지·물자와 시설 또는 권리의 징발과 그 보상에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다. <개정 ’81.12.31> <전문개정 ’72.12.26> 제7조【징발집행절차】

① 징발관이 징발을 하고자 할 때에는 징발영장을 발행하여 징발집행관에게 교부하고 이를 집행하게 한다.

② 제1항의 규정에 의한 징발영장을 받은 징발집행관은 징발집행통지서를 징발목적물의 소유자·점유자 또는 관리자(이하 “피징발자”라 한다)에게 교부하여야 한다. 제8조의 규정에 의한 전신을 받은 때에도 또한 같다.

③ 제2항의 규정에 의하여 징발집행통지서의 교부를 받은 자는 징발목적물의 표시가 사실과 다른 때에는 당해 징발목적물에 대한 징발증이 교부될 때까지 징발집행관을 경유하여 징발관에게 그 정정을 요구할 수 있다. <신설 ’72.12.26> 제22조【보상시행공고 등】

① 국방부장관은 징발물에 대한 보상을 행하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 보상의 범위와 일시, 보상의 청구절차 기타 필요한 사항을 미리 공고하여야 한다. 다만, 공고기간은 10일 이상으로 하여야 한다. <개정 ’66.10.5>

② 국방부장관은 징발보상금의 지급을 결정한 때에는 즉시 피징발자에게 징발보상금지급통지서를 송부하여야 한다. <신설 ’72.12.26>

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 쟁점토지는 ’69.3.25 국가명의로 소유권 보존등기(접수번호 OOOOOO)되었다가 같은날 청구외 OOO 명의로 소유권이전된 후 매매를 원인으로 ’79.3.27 청구외 OOO에게 다시 소유권이 이전되었고, ’69.10.13 매매를 원인으로 하여 청구인 앞으로 소유권이전된 후 ’95.9.6 공공용지협의취득을 원인으로 하여 국방부 명의로 소유권이전등기되었다. 한편, 청구인이 위 OOO을 상대로 제기한 소유권이전등기 말소의 소(OOO O OOOO)에 대한 서울민사지방법원의 판결문(’77.5.17)에 의하면 위 소유권이전에 관한 등기와 달리 쟁점토지에 대해 ’69.12.2 국가명의로 소유권보존등기된 다음 ’69.12.5 청구외 OOO 명의로 소유권이전등기된 사실에 대해 청구인과 청구외 OOO 사이에 다툼이 없다고 확인하면서 이는 같은 부동산에 대하여 이중으로 소유권보존등기가 경료된 것이므로 원인무효의 등기이고, 피고 명의의 소유권이전등기도 원인무효임을 판결한 사실이 확인된다.

(2) 국방부의 『매수결정통지서(매매계약서) 발행대장(서울, 의정부, 평택)』 및 『징발보상증권교부대장』에 의하면 쟁점토지는 청구인의 또다른 소유토지인 파주군 문상읍 OO리 OOO 전 282평과 제3자 소유인 서울, 경기지역 소재 토지 등 수개필지의 토지와 함께 ’71.2.12 매수결정되었으며, ’71.4.12 등기명의자인 청구외 OOO에게 매수대금 207,000원을 보상증권으로 교부한 사실이 확인된다.

(3) 또한, 법무부장관이 청구인과 청구외 OOO, 청구외 OOO를 상대로 제기한 소유권이전등기 말소 청구소송에 대한 서울민사지방법원의 판결문(92가단 OOOOOO, ’94.7.7) 내용에 의하면, ’69.12.2자로 경료된 원고(국가) 명의의 소유권보존등기와 ’69.12.5자 OOO 명의의 소유권이전등기는 원인무효의 등기이며, 쟁점토지의 적법한 등기명의인인 청구인이 아닌 청구외 OOO을 피징발자로 한 징발매수결정도 당연무효임을 판결한 사실이 확인된다.

(4) 육군 제OOOO부대장이 ’95.10.26 청구인에게 회신한 공문(군수 OOOOOOOOO)에 의하면 위 부대는 쟁점토지를 ’71.2.12 『징발재산정리에 관한 특별조치법』에 따라 수용하여 사용중임을 확인하고 있고, 청구인에 대한 쟁점토지의 협의매수가 ’95.8.19 국방부의 『군사용 민유지 매수사업』(국방부 고시 OOOOOOOOO)에 근거한 것이며, 이에 따라 쟁점토지는 ’95.9.6 국방부 명의로 소유권이전되었고, ’95.10.7 청구인이 보상금을 수령한 사실이 확인된다.

(5) 전시한 사실관계를 종합하면, 쟁점토지는 징발재산정리에 관한 특별조치법 등에 근거하여 ’71.2.12 국방부의 징발매수결정에 따라 피징발자를 청구외 OOO으로 하여 보상금을 지급하여 육군 제OOOO 부대장이 ’71.2.12부터 이 건 심판청구일까지 수용하여 사용하여 왔는 바, 이는 조세감면규제법 제57조에서 규정하는 양도소득세 등이 감면대상이 되는 공공사업의 시행자에게 양도된 경우에 해당된다 하겠고, 사업시행자인 국방부장관이 ’71.2.12 쟁점토지를 매수결정한 사실이 확인되는 이 건에 있어서 국방·군사시설사업에 관한 법률 및 징발법 등 관계규정을 종합하여보면, 동 사업의 인가는 매수결정 이전에 있었다고 보아야 할 것이다.

(6) 한편, 청구인이 청구외 OOO을 상대로 제기한 소유권이전등기 말소의 소(OOOO OOOO, ’77.5.17 판결) 및 법무부장관이 제기한 소유권이전등기 말소 청구소송(OOOO OOOOOO, ’94.7.7 판결)에서 서울민사지방법원이 청구외 OOO 명의 소유권이전등기와 청구외 OOO을 피징발자로 한 징발매수결정이 무효임을 판결한 것은 위 OOO을 대상으로 매수한 행위를 부인하는 것일 뿐, 육군 제OOOO부대가 위 매수결정일로부터 26년간 사용해오고 있는 쟁점토지를 수용한 근거가 된 국방부장관의 당초 사업인정이 무효임을 의미하는 것은 아니라 하겠고, ’95.8.19 국방부에서 사업인정고시한 것은 청구인이 쟁점토지의 소유권을 소급하여 회복함에 따라 청구인에 대해 보상금 지급근거를 마련하고 ’71.2에 징발된 사실을 사후에 추인한 데 불과한 것으로 보는 것이 상당하다 하겠다. 그렇다면 쟁점토지의 협의양도는 당초 국방부의 ’71.12.12 매수결정에 근거한 것으로 보아야 하고 동 사업인가는 ’71.2.12 이전에 성립되었다고 하겠으므로, 청구인이 쟁점토지를 국방부에 양도한 것은 구 조세감면규제법(’93.12.31 개정) 부칙 제16조 제3항 제1호에 규정된 “’92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 ’93.1.1 이후 양도하는 경우”에 해당되어 양도소득세를 면제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.