청구법인의 전산사업(특별회계)이 법인세법상 비영리법인의 수익사업에 해당하는지, 아니면 비수익사업에 해당하는지 여부(경정)

[주 문]

1. ’97.3.17 반포세무서장이 청구법인에게 한 ’94.1.1～’94.12.31사업년도분 법인세 335,981,810원 및 동 농어촌특별세 14,915,290원과 ’95.1.1～’95.12.31 사업년도분 법인세 112,738,060원 및 동 농어촌특별세 3,198,400원의 부과처분은 각 사업년도의 소득금액을 계산함에 있어 청구법인의 전산사업과 관련하여 발생된 아래 소득금액은 이를 과세대상에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. (단위: 원) 구 분 ’94 ’95

○ 익금산입액 (①)

○ 손금산입액 (②) 1,717,635,494 1,223,882,507 2,071,956,835 1,405,847,724

○ 소득금액 (①-②) 493,752,987 666,109,111

2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 OO협동조합법에 의하여 ’73.6.13 설립된 비영리법인으로서 금융업 등 수익사업과 OO협동조합 업무지도 및 계몽 등 비수익사업을 겸영하고 있으며, ’91년～’95년 사업년도의 법인세 신고시 금융업 등 수익사업에서 발생된 소득에 대하여만 해당 법인세를 납부하였고, OO협동조합업무와 관련된 전산망 구축과 전산프로그램 등을 개발하여 회원조합에게 보급하는 사업인 전산사업(전산사업회계)에 대해서는 이를 비수익사업으로 보아 동 사업에서 발생된 소득에 대해서는 법인세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 수행한 전산사업중 특별회계(이하 “전산사업 특별회계”라 한다)를 설치하여 사업을 수행한 ’94 사업년도 및 ’95 사업년도의 경우 정보처리 및 기타 컴퓨터 운영관련업을 영위한 것이라 하여 이를 수익사업으로 보아 동 사업에서 발생된 수익 및 비용을 아래와 같이 익금산입·손금산입하고, (단위: 원) 구 분 ’94 ’95

○ 익금산입 (A)

○ 손금산입 (B) 1,717,635,494 1,223,882,507 2,071,956,835 1,405,847,724

○ 소 득 (A-B) 493,752,987 666,109,111 또한, 청구법인이 수익사업(금융업 등)의 손금으로 계상한 총무부서의 인건비(수익사업 및 비수익사업의 공통비용)중 일부를 비수익사업의 인건비에 해당하는 것으로 보아, 동 인건비의 경우 수익사업에서 생긴 소득을 비수익사업에 지출한 지정기부금에 해당한다 하여 동 지정기부금 등의 한도액을 계산, 아래와 같이 그 초과분을 손금불산입하여 (단위: 원) 구 분 ’91 ’92 ’93 손금불산입금액 290,292,024 376,492,027 259,758,263 ’97.3.17 청구법인에게 각 사업년도의 법인세 및 농어촌특별세를 다음과 같이 부과처분하였다. 구 분 ’91 ’92 ’93 ’94 ’95 계 법 인 세 농어촌특별세 147,686,650

• 76,050

• 338,655,310

• 335,981,810 14,915,290 112,738,060 3,198,400 935,137,880 18,113,690 계 147,686,650 76,050 338,655,310 350,897,100 115,936,460 953,251,570 청구법인은 이에 불복하여 ’97.5.15 심사청구를 거쳐 ’97.9.1 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장

(1) 처분청은 청구법인이 ’94 사업년도와 ’95 사업년도에 비영리법인의 비수익사업으로 계상한 전산사업 특별회계를 수익사업으로 보아 이 건 법인세를 과세하였으나, 전산사업비는 OO협동조합의 조직이 공동으로 사용할 전산망구축과 전산시스템 개발에 소요되는 비용을 사용법인에게 계약에 의하지 아니하고 의무적으로 납입토록 한 공동분담금이고, 서비스제공 등에 대한 대가성도 없어 전산사업 자체가 수익목적을 가진 것으로 볼 수 없으므로 이 건 처분은 부당하며,

(2) 전산사업회계를 수익사업으로 볼 경우, 일반회계(비수익사업)의 비용으로 계상한 ’91, ’92, ’93 사업년도의 전산부서 인건비 773,179,895원(’91년 140,397,860원, ’92년 225,206,950원, ’93년 407,575,085원)을 수익사업의 손금으로 인정하여야 하며, 일반회계에서 부담한 동 금액은 자본의 원입으로서 수익으로 볼 수 없으며,

(3) 처분청은 인건비를 수익사업 해당인건비와 비수익사업 해당인건비로 구분하면서 비수익사업인건비로 분류한 총무부의 인건비중 136,136,756원(’91년 34,439,650원, ’92년 38,998,640원, ’93년 62,698,475원)은 청구법인의 전체인원중 수익사업부문에 종사하는 인원이 비수익사업에 종사하는 인원보다 많으므로 청구법인이 당초 계상한 바와 같이 수익사업의 인건비로 분류함이 타당하다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 비영리법인이지만 수익사업인 공제사업 등을 영위하여 오고 있고, 산하조합을 통하여 동 사업을 대행하게 하여오고 있는 바, 청구법인의 전산사업특별회계는 조합의 수익사업인 OO사업과 공제사업의 업무를 효율적으로 운영관리하기 위하여 청구법인이 운영의 주체가 되어 청구법인인 중앙회, 연합회 및 조합간의 전산망 구축과 프로그램의 개발 및 전산장비의 운용·유지·보수용역 등을 제공하고 이에 대한 대가로 연합회 및 조합의 수익사업용 자산을 기준으로 일정율의 사용료를 받는 것이며, 이에 따라 ’94 사업년도와 ’95 사업년도에는 상당한 이익이 발생하였으므로 처분청이 청구법인의 전산사업 특별회계를 한국표준산업분류표상 정보처리 및 기타 컴퓨터 운영 관련업에 해당되는 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 것은 정당하며,

(2) 전산사업을 수익사업으로 볼 경우 청구법인이 주장하는 바와 같이 ’91, ’92, ’93 사업년도에 일반회계의 비수익사업으로 계상한 전산사업 관련 인건비는 수익사업의 손금으로 산입함이 타당하다 할 것이나, 서울지방국세청의 조사자료에 의하여 ’91～’93 사업년도중 전산사업과 관련된 수익과 이에 대응하는 비용의 차액이 거의 없었던 것으로 조사되어 청구주장의 실익이 없으며, 또한 수익에 대하여는 익금에 산입하지 않고 비용(인건비)만을 손금으로 인정하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려우며,

(3) 비영리법인이 수익사업과 비수익사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여 상당액은 근로의 제공내용을 기준으로 구분하고, 이 경우 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고, 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 경우에는 비수익사업의 비용으로 처리하도록(같은 뜻: 법인세법 기본통칙 1-1-12…1) 해석하고 있는 바, 청구법인의 총무부서의 인건비는 주로 비영리사업에 주로 종사하는 직원의 인건비로 비수익사업의 비용으로 분류하여야 함이 타당하다 할 것이고, 따라서 처분청이 총무부서의 인건비에 대하여 근로의 제공내용을 기준으로 수익사업과 비수익사업의 인건비를 구분 계산한 것은 잘못이 없으며, 청구법인의 전체직원의 수를 가지고 수익사업에 종사하는 인원이 많으므로 수익사업의 비용으로 인정하여 달라는 청구주장은 타당성이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 청구법인의 전산사업(특별회계)이 법인세법상 비영리법인의 수익사업에 해당하는지, 아니면 비수익사업에 해당하는지 여부 (’94～’95 사업년도)

② 청구법인의 전산사업을 수익사업으로 볼 경우 비수익사업(일반회계)으로 계상된 전산부서 인건비를 수익사업의 손금으로 인정하여 줄 수 있는지 여부 (’91～’93사업년도)

③ 청구법인의 수익·비수익사업 공통비용인 총무부서 인건비에 대하여 수익사업(금융업) 해당분과 비수익사업(업무지도 등) 해당분의 구분계산을 적정하게 하였는지 여부 (’91～’93 사업년도)

• 나. 쟁점①에 대하여

(1) 관련법령 법인세법 제1조 제1항에서 『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 설립목적 및 그와 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)은 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호의 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 납부할 의무가 있다』고 규정하고, 그 제1호에서 『농업·수렵업 및 임업, 어업, 광업, 제조업, 전기·가스 및 수도사업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 숙박 및 음식점업, 운수·창고 및 통신업, 금융 및 보험업, 부동산·임대 및 사업서비스업, 교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업, 가사서비스업으로서 대통령령이 정하는 것』이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제2조 제1항 본문에서 『법 제1조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표에 의한 사업중 수익이 발생하는 것으로 한다』고 규정하고 있다. 한편, 한국표준산업분류표(통계청 고시 제 91-1호, ’91.9.9)에 의하면, 컴퓨터설비자문업, 소프트웨어자문·개발 및 공급업, 자료처리업, 데이터 베이스업, 사무·회계·계산기기 유지 및 수리업은 정보처리 및 기타 컴퓨터 운용 관련업으로 분류하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 첫째, 청구법인의 설립목적 등에 대하여 보면, 청구법인은 ’73.6.13 OO협동조합법에 의해 설립된 비영리법인으로서 OO협동조합 및 OO협동조합연합회의 업무를 지도·감독하며 그 공동이익의 증진과 건전한 발전을 도모함을 목적으로 하여 전국 15개 시도의 OO협동조합연합회(이하 “연합회”라 한다)를 그 회원으로 두고 있고, 또한 연합회는 전국 1,657개의 OO협동조합(이하 “조합”이라 한다)을 회원으로 두고 있다. 한편, 청구법인의 업무내용 등에 대하여 보면, 조합 및 연합회의 지도·계몽·조사연구의 비수익사업과 연합회로부터의 예탁금 수납 및 대출과 공제사업의 운영 등 수익사업(금융업 등)을 함께 영위하고 있고, 대의원총회의 결의에 의하여 연합회로 하여금 회비를 납부하게 할 수 있으며, 또한 연합회도 총회의 결의에 의하여 조합으로 하여금 회비를 납부하게 할 수 있으며, 회계는 일반회계와 특별회계로 구분하고 있음이 OO협동조합법 및 청구법인의 정관 등에 의해 알 수 있다. 둘째, 이 건 쟁점이 된 전산사업 특별회계의 설치경위 등에 대하여 보면, 청구법인은 ’91년부터 전산사업을 운영하면서 사업초기년도인 ’91～’93사업년도 중에는 연합회로부터 받는 일반회원수입 등을 일반회계에 계상하여 전산사업비용에 충당하여 왔으나, OO협동조합 전산망 구축사업과 관련하여 전산사업비의 규모가 점차 커짐에 따라 특별회비의 징수 및 지출의 투명성 등을 제고하기 위해 일반회계와 분리하여야 할 필요성이 대두되어 ’94 사업년도에 특별회계를 설치한 것이며, 동 전산사업 특별회계를 관리하기 위해 ’94.2.7 청구법인 내규로 전산사업 운영관리규정을 제정하였는 바, 동 규정내용에 의하면 특별회계 설치목적은 조합, 연합회, 중앙회(청구법인, 이하 같다)간의 전산망 구축과 관련된 전산사업의 효율적인 추진을 위한 자금의 조성과 운영에 필요한 사항을 정하기 위한 것으로 되어 있고, 전산사업금은 연합회 분담금, 중앙회의 타 회계 분담금, 기타 수익금으로 조성하도록 되어 있으며, 연합회에 부과하는 분담금은 중앙회의 예산심의위원회에서 각 시도별 연합회에 부과율이 결정되면 회계년도 개시전까지 연합회에 전산분담금액을 통보하도록 되어있다. 셋째, 청구법인이 위 전산사업 운영 관리규정에 근거하여 수립한 ’94 및 ’95 사업년도의 전산분담금 산정기준을 보면 다음과 같다. 구 분 ’94 ’95

• 중앙회 대 연합회 전산분담금 부담비율 4:6 5:5

• 각 연합회 일반회비 분담 기준 관내 조합의 수익자산 평잔총액(예금+대출금+투자금)의 1000분의 0.55 관내 조합의 수익자산 평잔총액의 1000분의 0.5

• 각 연합회 전산분담금 기준 위 일반회비부담 기준에 1000분의 0.271 추가부담 위 일반회비부담 기준에 1000분의 0.24 추가부담 위와 같이 전산분담금은 전산사업특별회계의 전산사업비 조성을 위해 각 연합회가 중앙회에 납부하는 일반회비에 추가하여 부담하는 금액임을 알 수 있고, ’94 및 ’95 사업년도의 전산사업 특별회계의 손익상황은 아래와 같으며, (단위: 원) 구 분 ’94 ’95 비 고

○ 사업수익 (A)

○ 사업외수익 (B)

○ 사업비용 (C) 1,692,712,000 24,923,494 1,223,882,507 1,876,400,000 195,556,835 1,405,847,724 회원분담금 개발비, 인건비

○ 사업잉여금 (A+B-C) 493,752,987 666,109,111 각 사업년도중에 발생한 사업잉여금은 특별회계에서 생긴 이익금으로서 OO협동조합법 제80조 제1항 및 제83조의 26의 규정에 의하여 법정적립금 및 임의적립금으로 계상하였음이 청구법인의 재무제표에 의해 확인되며, 한편 특별회계에 손실금이 발생하였을 때에는 이월이익금 및 적립금으로 보전하는 것으로 OO협동조합법 제80조 제3항 및 제83조의 26에 규정되어 있다. 넷째, 청구법인이 수행한 전산사업 업무내용을 보면, OO협동조합 전산망 구축의 기본계획에 따라 조합·연합회 업무의 일괄처리 전산망 운용에 관련된 소프트웨어 개발, 중앙회의 OO사업, 공제관리 등을 위한 적용 프로그램의 개발, 연합회의 예산, 회계처리, OO사업 업무의 효율화와 사무생산성 향상을 위한 신 시스템 도입, 조합의 OO사업 효율화 및 사무개선을 위한 표준프로그램의 개선·보급·운용지도사업 등을 하였음이 청구법인의 각 사업년도 부문별 주요사업 실적자료에 의해 알 수 있고, 청구법인은 각 조합 및 연합회에 신 시스템 및 표준프로그램 등을 보급하면서 사전계약 등에 의한 별도의 대가는 받지 않고 있으며, 개발비용 등은 앞에서 본 바와 같이 각 시도 연합회 등에서 사전에 납부한 전산분담금으로 충당하였음이 청구법인의 전산사업 특별회계 결산서류 등에 의해 확인된다. 다섯째, 처분청이 이 건 전산사업을 수익사업으로 본 이유를 보면, 청구법인이 수행한 업무가 한국표준산업분류표상 “정보처리 및 기타 컴퓨터 운용 관련업”(소프트웨어 자문, 개발 및 공급업 등)에 해당되고 전산분담금을 수익사업용 자산(OO사업 관련자산)을 기준으로 납부하였다고 하여 이를 수익사업으로 보아야 한다는 것이나, 앞에서 본 바와 같이 청구법인이 수행한 전산사업은 당초 수익을 목적으로 한 것이라고 보기보다는 조합, 연합회, 중앙회간의 효율적인 전산업무추진에 목적이 있었던 것으로 보이고 전산분담금도 사전계약이나 제공받은 서비스 등의 양에 관련없이 일정한 부과기준에 따라 일반회비에 추가하여 사전에 납부한 점등으로 볼 때 이 건 전산분담금은 서비스제공의 대가로 받는 수수료 등의 성질이 아닌 회원상호간의 공동사업 수행을 위한 일종의 특별회비 성격으로서 비수익성의 분담금으로 인정된다. 살피건대, 비영리법인이 영위하는 사업이 수익사업에 해당하려면 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것인 바, (대법원 95누 14435, ’96.6.14 같은 뜻임) 청구법인이 전산사업 특별회계를 설치하여 전산사업을 수행한 목적이 조합, 연합회, 중앙회의 회원상호간에 업무효율화 및 사무개선 등의 확대를 위한 전산망 구축과 표준프로그램의 개발 보급 등에 있고, 전산분담금은 이와 같은 공동사업 수행을 위하여 사전에 일정한 부과기준에 따라 일반회비에 추가하여 연합회 등으로부터 받는 금액으로서 사전계약에 의한 것이거나 서비스 제공을 받는 양에 따라 부담하는 수수료 등과 같은 대가적 성격도 없어서 일종의 특별회비 성질의 분담금으로 인정되는 점으로 미루어 볼 때 청구법인이 수행한 전산사업의 경우 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 사업으로 볼 수는 없으므로 처분청이 이 건 전산사업을 수익사업으로 보아 사업잉여금(소득)에 대하여 법인세를 과세한 것은 잘못이라고 판단된다.

• 다. 쟁점②에 대하여 청구법인은 예비적 청구로서 전산사업을 수익사업으로 볼 경우 ’91～’93 사업년도중 비수익사업(일반회계)으로 계상된 전산부서 인건비를 수익사업의 손금으로 인정하여 달라는 주장인 바, 앞의 쟁점①에서 심리한 바와 같이 청구법인의 전산사업을 비수익사업으로 판단하여 청구법인의 주 청구가 받아들여졌으므로 그 심리를 생략한다.
• 라. 쟁점③에 대하여

(1) 관련법령 법인세법 제18조 제1항에서 『내국법인이 각 사업년도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다)중 다음 각 호의 금액의 합계액을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 사업년도의 소득금액에서 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금을 차감한 금액에 100분의 7(조세감면규제법 제8조의 규정에 의한 공공법인외의 비영리내국법인의 경우에는 100분의 20)을 곱하여 산출한 금액

2. 당해 사업년도의 매월 말일 현재의 주식발행자본금액 또는 출자금액(50억원을 한도로 한다)의 합계액을 12로 나눈 금액에 100분의 2를 곱하여 산출한 금액』이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제42조에서 『법 제18조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각호에 게기하는 것을 말한다』고 규정하고, 그 제16호에서 『비영리법인이 정관에 규정된 고유의 목적을 달성하기 위하여 당해 수익사업에서 생긴 소득을 그 법인의 고유의 목적에 지출하는 금액』이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제2조 제4항 본문에서 『비영리내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업 또는 수입의 원천에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다』고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 첫째, 청구법인의 ’91～’93 사업년도의 법인세 신고내용을 보면, 청구법인은 ’91～’93 사업년도의 총무부서 근무인원(18～19인)에 대한 인건비 840,176,326원(’91년 185,751,310원, ’92년 271,169,800원, ’93년 383,255,216원)을 모두 수익사업(금융업 등)에 해당하는 인건비로 보아 동 금액 전액을 수익사업의 손금으로 신고하여 해당세액을 납부하였다. 둘째, 처분청은 청구법인이 수익사업의 손금으로 계상한 위 총무부서의 인건비 840,176,326원중 165,449,765원(’91년 34,439,650원, ’92년 38,998,640원, ’93년 92,011,475원)은 다음과 같이 비수익사업(업무지도 등)에 종사하는 인원(3～5인)에 대한 인건비로서 이를 비수익사업에 해당하는 것으로 보아 동 금액의 경우 법인세법 제18조 및 같은법 시행령 제42조의 규정에 의한 지정기부금(수익사업에서 생긴 소득을 비수익사업에 지출한 금액)에 해당한다 하여 수익사업과 관련된 기부금 한도초과액을 손금불산입하였음이 법인세경정결의서 등 이 건 과세관련서류에 의해 확인되며, ※ 처분청이 확인한 총무부서의 비수익사업 종사인원 현황 ’91 (4인) ’92 (3인) ’93 (5인) 성 명 담당업무 성 명 담당업무 성 명 담당업무 OOO OOO OOO OOO 부속실 기 사 교 환 식 당 OOO OOO OOO 부속실 기 사 교 환 OOO OOO OOO OOO OOO 부속실 기 사 교 환 식 당 연수원파견 주/ 처분청은 실제 담당업무(근로의 제공내용)를 기준으로 수익, 비수익사업 종사인원을 구분함. 청구법인은 처분청에서 총무부서의 비수익사업 인건비로 분류한 165,449,765원중 136,136,765원 상당액은 총무부서 전체인원(18～19인)중 수익사업부문에 종사하는 인원(13～16인)이 비수익사업에 종사하는 인원(3～5인)보다 더 많으므로 모두 수익사업의 인건비로 보아야 한다고 주장하고 있다. ※ 총무부서 인건비 구분 비교 (단위: 원) ’91 (18인) ’92 (18인) ’93 (19인) 계

○ 전체 인건비 185,751,310 271,169,800 383,255,216 840,176,326

○ 처분청 부인액 (비수익사업) 34,439,650 (4인) 38,998,640 (3인) 92,011,475 (5인) 165,449,765

○ 청구주장금액 (수익사업) 34,439,650 (4인) 38,998,640 (3인) 62,698,475 (4인) 136,136,765 살피건대, 법인이 수익사업과 비수익사업을 겸영하는 경우 종업원의 급여액에 대한 수익·비수익의 구분계산은 실제 근로제공의 내용에 따라 계산하는 것이 타당하다 할 것이나, 근로제공내용에 대한 정확한 구분이 어려울 때에는 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고 근로의 제공이 주로 비수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 비수익사업에 속한 비용으로 계산하여야 할 것인 바, (법인세법 기본통칙 1-1-12…1 같은 뜻임) 이 건의 경우 위 사실관계에서 본 바와 같이 처분청에서 청구법인의 총무부서 인건비에 대한 수익·비수익의 구분계산을 한 내용을 보면 근로제공의 주 내용에 따라 계산한 것이므로 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.