[요지] 청구법인이 주무관청인 문화체육부에 제출한 “가매매계약서”에 의한 잔금지급일은 90.8.15이나 등기이전시 제출한 관인계약서에는 잔금지급일이 91.9.4로 명시되어 있으며 토지등 거래계약신고필증, 대체토지구입시 등의 정황 등으로 미루어 잔금지급일은 91.9.2 이후이므로 이 날을 기준으로하면 이 건 처분은 국세부과제척기간내의 적법한 처분임
[요지] 청구법인이 주무관청인 문화체육부에 제출한 “가매매계약서”에 의한 잔금지급일은 90.8.15이나 등기이전시 제출한 관인계약서에는 잔금지급일이 91.9.4로 명시되어 있으며 토지등 거래계약신고필증, 대체토지구입시 등의 정황 등으로 미루어 잔금지급일은 91.9.2 이후이므로 이 날을 기준으로하면 이 건 처분은 국세부과제척기간내의 적법한 처분임
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 종교법인인 청구법인은 서울특별시 마포구 OO동 OOOOOO 대지 398.3㎡, 건물 348.07㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 OOO외 1인에게 91.9.13 소유권이전등기하고 법인세 신고를 하지 아니하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도한 후 조세감면규제법 제67조의 14 규정에 의한 세액면제신청을 하지 아니하였다 하여 쟁점부동산의 양도로 인한 특별부가세의 감면을 배제하고 91사업년도 법인세 224,830,590원을 97.2.27 청구법인에게 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.4.25 심사청구를 거쳐 97.8.16 심판청구를 하였다.
2. 청구법인주장 및 국세청장 의견
(1) 처분청의 법인세특별부가세 부과처분일인 97.2.14 이전인 96.8.16 세액감면신청을 하였으므로 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 제2호의 규정에 의하여 법인세특별부가세가 면제되어야 한다.
(2) 설령 법인세특별부가세가 면제되지 아니한다 할지라도 청구법인이 주무관청인 문화체육부에 제출한 “가매매계약서”에 표시된 잔금 지급일이 90.8.15이므로, 국세기본법 제26조의 2 제1항 제1호의 국세부과 제척기간(96.3.16)이 지난 97.2.27에 부과한 이건 처분은 부적법한 처분이다.
(1) 89.12.30 신설된 조세감면규제법 제67조의 14 제4항은 임의규정이 아닌 강제규정이므로 세액감면신청은 같은법시행령 제55조의 12 제4항의 규정에 의하여 92.3.16 이전에 제출되어야 유효하고,
(2) 청구법인이 주무관청인 문화체육부에 제출한 “가매매계약서”에 의한 잔금지급일은 90.8.15이나 등기이전시 제출한 관인계약서에는 잔금지급일이 91.9.4로 명시되어 있으며 토지등 거래계약신고필증, 대체토지구입시 등의 정황 등으로 미루어 잔금지급일은 91.9.2 이후이므로 이 날을 기준으로하면 이 건 처분은 국세부과제척기간내의 적법한 처분이다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인이 양도한 쟁점부동산의 양도로 인한 소득에 대한 법인세특별부가세가 면제되는지 여부와
(2) 청구법인이 주장하는 쟁점부동산의 양도시기 90.8.15을 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
(1) 관련법령 구 조세감면규제법 제67조의 14 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해법인의 고유사업목적에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다”고 규정하면서, 그 제2호에서 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적사업에 직접 사용하는 토지”로 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제55조의 12 제4항에서 “법 제67조의 14의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 청구법인은 쟁점토지를 91.9.13 청구외 OOO외 1인에게 이전등기하고 세액면제신청서를 제출하지 아니하고 96.8.16 세액감면신청서를 처분청에 제출하였음이 인정되고 있다. 전시 조세감면규제법령에 의하여 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지 등을 양도함으로서 발생하는 소득에 대한 특별부가세를 면제받기 위하여는 토지등의 양도일이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 하는바 청구법인은 이러한 면제신청을 하지 아니하다가 처분청이 이 건 과세처분을 하기(97.2.16) 전인 96.8.16 면제신청서를 처분청에 제출하였으므로 쟁점부동산의 양도로 인한 소득에 대한 법인세특별부가세는 면제되지 아니한다.
(1) 관련법령 법인세법 제59조의 2 제4항과 동 시행령 제124조의 2 제13항을 종합하여 보면 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용한다고 정하고 있고, 소득세법시행령 제53조 제1항 제1호에서 취득 및 양도시기는 대금을 청산한 날로하되 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다 라고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 첫째 청구법인은 96.8.16 처분청에 제출한 세액감면신청에 91.9.13을 양도일로 신고하고 있고 청구법인은 문화체육부에 제출된 가 계약서의 90.8.15 잔금지급일자에 매매대금이 청산되었다고 주장하면서 90.6.8 체결된 계약서를 제시하고 있다. 둘째 쟁점부동산이 소재한 토지는 토지거래신고지역으로서 마포구청장이 91.9.2 토지거래신고필증을 매수인 OOO외 1인에게 교부하고 검인계약서(마포구청)상에는 계약금지급일이 91.9.2이고 잔금지급일이 91.9.4로 되어 있다. 또한 등기부등본상에는 매매원인일이 91.9.2로 되어 있고 접수일이 91.9.13로 되어 있다. 위와 같이 문화체육부에 제출한 가계약서, 토지거래신고필증, 검인계약서상의 잔금지급일이 서로 상이하고 청구인이 주장하는 90.8.15에 잔금이 실제 청산되었다는 금융자료 등의 객관적인 증빙을 제출한 바 없으므로 쟁점부동산의 양도시기는 전시 관련법령의 규정에 의하여 등기접수일인 91.9.13이라 하겠으므로 이를 기준으로 하면 97.2.27에 한 이 건 처분은 부과제척기간(97.3.16)내의 처분이라 하겠다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.