부동산의 양도에 대하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부(경정)

[주 문] 강남세무서장이 97.1.16 청구인에게 한 95년도 귀속분 양도소 득세 278,281,650원의 부과처분은 서울특별시 강남구 OO 동 OOOOO, 같은동 OOOOO 대지 719.1㎡ 및 위 양지상 근린생활시설 건물 1,721.1㎡의 양도당시 실지거래가액은 청 구인이 신고한 1,900,000,000원으로 하고, 취득당시 실지거래 가액은 이를 재조사하여 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 및 같은동 OOOOO 대지(합계면적 719.1㎡)와 그 지상건물을 82.3.30 및 89.6.27 취득하여 종전건물을 멸실하고, 90.2.6 및 92.5.18 근린생활시설 1,721.1㎡(부속토지 719.1㎡를 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축, 보존등기하여 소유하다가 95.8.18 서울특별시 강남구 OO동 OOO 소재 대한예수교장로회 OO교회(이하 “OO교회”라 한다)에 양도하고 95.10.28 쟁점부동산 중 건물을 제외한 토지에 대하여 실지양도가액을 1,500,000,000원으로 하고, 실지취득가액을 812,000,000원으로 하여 자산양도차익 예정신고를 한 후, 쟁점부동산 중 건물에 대하여는 96년 8월 실지취득가액(신축비)을 540,000,000원, 실지양도가액을 400,000,000원으로 기재한 증빙서류(건축도급계약서 및 매매계약서 등)를 처분청에 제출하였다. 처분청은 청구인이 쟁점부동산 전부를 양도하고도 토지만 양도한 것으로 신고하였고, 매매계약서에 임대보증금에 관한 내용이 언급되어 있지 아니한 점등으로 보아 청구인이 신고한 실지거래가액을 신빙성 없는 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산출하고 97.1.16 청구인에게 95년도 귀속분 양도소득세 278,281,650원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.3.12 심사청구를 거쳐 97.6.30 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대한 자산양도차익 예정신고시 매수인인 OO교회가 교회법상 수익사업을 할 수 없어 추후 건물분 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 없음을 알고 토지와 건물을 분리하여 우선 토지에 대하여만 자산양도차익 예정신고를 하였고, 처분청의 이 건 결정일(97.1.16) 전인 96년 8월에 건물에 대한 실지거래가액에 관한 증빙서류를 제출하였는 바, 청구인이 신고 및 제출한 실지취득 및 양도가액이 모두 사실임을 서울지방국세청의 이 건 조사당시 확인하였음에도 쟁점부동산의 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점부동산을 OO교회에 일괄양도하고도 대지만 15억원에 양도한 것으로 은폐하기 위하여 OO교회의 지출장부를 변조한 사실이 확인되고, 토지와 건물을 모두 포함한 실제 매매계약서를 제시하지 아니하였으며, 쟁점부동산에 대한 임대보증금이 양도가액에 포함되는지 여부가 불분명하고, 쟁점부동산 중 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 소재 토지 및 건물의 취득당시(82.3.30) 매매계약서 원본을 제시하지 아니하는 등 청구인이 신고한 실지거래가액을 믿을 수 없으므로 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인이 신고한 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제23조 제1항에서 양도소득은 당해년도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다고 규정하고, 그 제1호에는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득이라고 규정하고 있으며, 위 같은조 제2항에서는 양도소득금액은 당해자산의 양도차익으로 한다고 규정하고 있고, 93.12.31 개정전의 위 같은법 시행령 제170조 제1항에 의하면, 법 제23조 제2항에 규정하는 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여 결정하고, 어느 하나를 기준시가에 의하여 결정하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여 결정하여야 하고, 같은조 제4항에 의하면, 법 제23조 제4항 제1호 단서 및 법 제45조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제3호에는 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 실지거래가액에 의하여 신고한 경우를 열거하여 규정하고 있다. 한편, 위 같은법 시행령 제170조 제4항 제3호의 규정은 93.12.31 개정되어 “양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의하여 취득 또는 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우”에는 동령 부칙 제3조의 규정에 의하여 개정령의 시행일(94.1.1) 이후 최초로 양도하는 분부터 취득 및 양도가액을 실지거래가액에 의하여 과세받을 수 있는 것으로 개정되었고, 위 규정은 95.12.30 다시 개정되어 “양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우”에는 동령 부칙 제8조 제2항의 규정에 의하여 개정령의 시행일(96.1.1) 이후 양도소득금액을 결정하는 것부터 취득 및 양도가액을 실지거래가액에 의하여 과세받을 수 있는 것으로 개정되었다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 95.8.18 쟁점부동산을 OO교회에 양도하고, 95.10.28 자산양도차익 예정신고 및 96년 8월 당시, 취득가액에 관한 증빙으로서 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 소재 대지 및 지상건물을 332,000,000원에 취득한 것으로 기재된 매매계약서 사본을, 89.6.27 위 같은동 OOOOO 소재 대지 및 지상건물을 480,000,000원에 취득한 것으로 기재된 매매계약서 원본을 각각 제출하고, 위 2동의 지상건물을 멸실하고 90.2.6 및 92.5.18 양 지상에 근린생활시설 1,721.1㎡를 신축, 보존등기한데 대하여 건축비 540,000,000원의 공사도급계약서를 제출하였으며, 양도가액에 관한 증빙으로서 쟁점부동산 중 토지와 건물부분을 분리하여 토지에 대하여는 1,500,000,000원으로 하고, 건물에 대하여는 400,000,000원으로 하여 각각 작성된 매매계약서 2매를 제출하였는 바, 위 사실에는 다툼이 없다.

(2) 이 건 양도소득세 결정일(97.1.16) 전에 제출된 위 쟁점부동산 중 토지에 대하여 94.8.18 청구인과 OO교회 사이에 작성한 매매계약서의 특약사항란을 보면, 쟁점부동산 중 “지상건물은 잔금지불이후 별도계약에 의거 매매하기로 한다”고 기재되어 있고, 동 지상건물에 대하여 95.6.1 위 당사자 사이에 작성한 매매계약서의 특약사항란을 보면, “건물명도는 교회의 신축 또는 개축계획이 확정된 때에 하되 99.6.30을 넘지 아니한다. 다만, 그때까지의 임대권은 매도인이 갖는다”고 기재되어 있는 바, 거래당사자 사이에 토지와 건물을 분리하여 토지대금은 1,500,000,000원으로 하고, 건물대금은 400,000,000원으로 하여 따로 계약함에 따라 토지와 건물이 일괄하여 매매되었음에도 통상적인 매매계약의 형태를 갖추지 못한 것은 사실이나, 교회가 교회법상 수익사업을 할 수 없어 부가가치세 과세사업용 건물을 취득하는 경우 기 부담한 매입세액을 공제받지 못하므로서 쟁점부동산중 우선 토지만의 매매계약서를 작성하였다 하더라도, 매매목적물의 대상이나 매매금액은 계약당사자의 합의에 따라 임의로 정할 수 있는 것이며, 위 매매계약서에서 보는 바와 같이 매수인인 OO교회가 수익사업을 영위할 수 없는 관계로 교회신축 및 개축계획이 확정될 때까지 임대중이던 지상건물을 청구인이 계속하여 임대하고자 하였다면 이 건 거래와 같이 토지와 건물을 따로 분리하여 매매계약을 체결할 수 있다 할 것이다.

(3) 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인과 매수인인 OO교회 사이에 직접 수수된 대금은 위 토지대금과 건물대금을 합한 1,900,000,000원임이 처분청(서울지방국세청)의 이 건 거래상대방(OO교회)의 장부 및 양도대금에 대한 금융추적조사 결과에 의하여 확인되고, 처분청의 쟁점부동산중 건물분에 대한 부가가치세 결정결의서 및 조사서를 보면, 쟁점부동산의 시가를 1,900,000,000원으로 보고 이 금액에 토지와 건물의 지방세 과세시가표준액에 의하여 건물의 시가를 안분계산하여 건물분 부가가치세를 부과하면서 청구인이 제시한 건물분 매매계약서 특약사항에 근거하여 99.6.30 임대권만료시까지 사후관리 하여 매매확정된 건물가액에 의하여 재계산 경정결정할 것임을 기재한 사실이 확인되는 바, 처분청 역시 청구인이 제시한 쟁점부동산의 매매계약서와 동 부동산의 양도당시(95.8.18)의 실지거래가액을 1,900,000,000원으로 인정한 것이라 믿어진다.

(4) 우리심판소에서 쟁점부동산을 매수한 OO교회의 장부, 지출결의서, 영수증 및 관련 금융자료 등에 의하여 보면, 처분청이 이미 조사한 바와 같이 쟁점부동산의 매매대금이 1,900,000,000원임이 인정되는 바, 매매계약서를 토지와 건물로 분리하여 작성하였다 하여 이를 실지거래가액이 아니라고 할 수 없다 할 것이고, 청구인은 OO교회와 쟁점부동산의 매매계약을 체결(94.8.18)함과 동시에 같은 날 쟁점부동산에 입주한 임차인의 임대보증금을 추후 건물명도시 청구인의 책임하에 동 보증금을 반환하겠다는 각서를 작성하여 매수인인 OO교회에 제출한 사실이 OO교회가 보관중인 위 각서에 의하여 확인되고 있는 바, 매매계약서에 임대보증금에 관한 언급이 없다하여 청구인이 신고한 가액이 실지거래가액이 아니라 할 수는 없다 할 것이다.

(5) 처분청은 청구인의 이 건 신고시 332,000,000원에 취득하였다는 증빙서류로 제출한 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO(대지 366.1㎡, 주택 209.05㎡)의 매매(취득)계약서가 원본이 아닌 사본임을 이유로 실지취득가액이 아닌 것으로 보았으나, 위 부동산의 매매계약일(82.3.30)로부터 양도일(95.8.18)까지 13년이상 매매계약서 원본을 보관하는 것이 용이하지 아니할 뿐만 아니라, 이 부동산에 연접하여 있고 멸실후 쟁점부동산을 신축하여 이 부동산과 함께 양도한 같은동 OOOOO(대지 353㎡, 임대건물 230.38㎡)의 취득시기(89.6.30)와 토지, 건물의 규모 및 매매대금(480,000,000원)등으로 미루어 일응 사실과 달리 신고하였다고 보기는 어렵다 할 것이고, 또한, 처분청은 종전건물들을 멸실하고 신축한 건물의 건축비(540,000,000원)에 관한 증빙서류가 공사도급계약서 뿐인 점을 이유로 실지건축비로 믿을 수 없다 하였으나, 위 공사도급계약서 외에도 서울특별시 중구 OO동 OOOOOO 소재 OO건축사사무소(건축사 OOO)에서 쟁점부동산중 건물의 설계를 하고, 건물 평당 950,000원 선에 시공하도록 건축업자 OOO을 청구인에게 소개한 사실과, 위 OOO이 540,000,000원에 공사한 사실과 관련하여 위 OOO 및 OOO의 확인서를 제출하고 있다.

(6) 살피건대, 토지와 건물을 합하여 1건의 부동산이라 하더라도 그 거래는 따로 분리하여 거래할 수 있는 것이고, 소득세법상 양도차익의 계산에 있어서도 별도의 자산으로 취급하고 있는 점과, 위에 설시한 바와 같이 청구인이 쟁점부동산의 양도와 관련하여 신고한 실지거래가액 1,900,000,000원(토지가액 1,500,000,000원, 건물가액 400,000,000원)이 사실임이 인정되고, 취득과 관련하여 신고한 실지거래가액 1,352,000,000원(종전토지 및 건물취득가액 812,000,000원, 건물신축가액 540,000,000원) 역시 사실로 보이는 바, 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액이 사실인지 여부를 조사함에 있어서 양도가액에 대하여만 상세한 조사를 실시하여 청구인의 이 건 양도소득세 신고를 부인하였을 뿐이지, 취득가액에 대하여는 그 가액면에서 진실여부를 조사한 바 없으므로 부당한 처분이라고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인이 신고한 실지거래가액중 취득가액을 재조사하여 경정하여야 하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.