[참조결정] 국심1996서4108
[주 문] 영등포세무서장이 97.3.16 청구인에게 결정고지한 95년귀속 양도소득세 263,540,630원은 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 과세표준과 세액을 경정한다
[이 유]
1. 원처분개요 청구인은 91.11.11 법원의 경락에 의하여 청구외 OOOO(주)로부터 서울특별시 OO구 OO동 OOO 공장용지 7,507㎡의 10/20 지분인 3,753.5㎡, 같은동 OOOOOO 대지 377㎡의 10/20 지분인 188.5㎡ 및 동 지상공장건물 6,096.7㎡의 10/20 지분인 3,048.3㎡(위 토지와 건물을 합하여 이하“쟁점부동산”이라 한다)를 취득하여 95.12.5 청구외 예수교 OOOOOO교회 OOOO교회에 양도하고 96.4.16 실지거래가액에 의하여 양도소득세 과세표준확정신고를 처분청에 하였으며, 96.11.16부터 96.12.30까지 서울지방국세청 부동산조사담당관실에서 이 건 양도소득세 실지조사중인 96.12.18 기준시가에 의하여 양도소득세 과세표준수정신고를 처분청에 하였다. 처분청은 위 수정신고가 세법에 정한 과세표준 및 세액에 관한 것이 아니고 양도차익 계산방법에 관한 것으로서 국세기본법 제45조에 규정된 수정신고대상이 아니라 하여 조사된 실지거래가액으로 그 양도차익을 계산하여 97.3.16 청구인에게 95년귀속 양도소득세 263,540,630원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.4.1 심사청구를 거쳐 97.6.3 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 쟁점부동산을 양도하고 그 양도차익을 사실과 다른 실지거래가액으로 계산하여 과세표준확정신고(결손신고)를 하였다가 그 후 국세기본법에 따라 적법한 수정신고기한내에 기준시가에 의하여 과세표준을 수정신고하였으므로 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하여 양도소득세를 과세하여야 할 것이므로 처분청의 이 건 양도소득세를 조사에 의하여 확인된 실지거래가액으로 과세처분함은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점부동산의 양도에 대한 실지조사 진행중에 기준시가로 과세표준과 세액을 계산하여 양도소득세 수정신고서를 96.12.18 제출하였는 바, 국세청예규(징세 46101-2865, 93.7.9)에서는 신고방법을 변경하는 것은 수정신고의 대상이 아니라고 해석하고 있고, 경정이 있을 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 자에 대해서는 가산세 면제 또는 경감혜택을 박탈하는 것과 같이 실지조사중에 신고방법을 달리하는 수정신고는 납세자가 그 의무를 이행함에 있어 신의에 따라 성실히 하여야 한다는 신의측에도 위배되므로 수정신고한 내용대로 결정하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구인이 실지거래가액에 의하여 양도소득세 신고를 한 후 양도소득세실지조사 기간중에 기준시가로 수정신고를 한 경우 처분청이 동 수정신고를 배제하고 실지거래가액에 의하여 그 양도차익을 결정한 처분의 당부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 국세기본법 제45조 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할 세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다고 규정하면서 그 제1호에서 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때와 그 제2호에서 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때라고 규정하고 있다. 같은법 부칙(법률제4810호, 94.12.22개정) 제1조에서는 이 법은 95.1.1부터 시행한다고 규정하고 있으며. 제4조에서는 제45조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 수정신고하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 청구인이 96.4.16 처분청에 제출한 95년귀속 양도소득세 과세표준확정신고서를 보면, 91.11.11 청구외 OOOO(주)소유의 쟁점부동산을 법원의 경락에 의하여 3,255,000,000원에 취득하여 95.12.6 청구외 예수교 OOOOOO교회 OOOO교회에 2,847,092,100원에 양도하고 실지거래가액에 의하여 그 과세표준을 △223,120,400원으로 신고하였음이 심리자료에 의하여 확인되며, 청구인이 96.12.18 처분청에 제출한 95년귀속 양도소득세 과세표준 수정신고서를 보면, 기준시가에 의하여 양도가액을 3,134,172,500원, 취득가액을 3,034,088,500원으로 하여 그 양도차익을 57,240,875원, 과세표준은 0로 하여 신고하였음이 제출된 심리자료에 의하여 확인된다. 청구인이 국세기본법상 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고를 한 것은 적법한 수정신고이므로 청구인이 기준시가에 의하여 과세표준수정신고한대로 결정하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보건대, 첫째, 청구인이 한 이 건 과세표준수정신고가 수정신고기한내의 적법한 수정신고인지를 보면, 쟁점부동산의 양도일자는 95.12.6이며 청구인이 한 이 건 과세표준확정신고는 96.4.16로서 법정신고기한인 96.5.31이내에 과세표준확정신고를 하였으며, 국세기본법상 과세표준의 수정신고는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지는 할 수 있는 것으로 규정하고 있는 바 위 수정신고는 적법한 수정신고라고 판단되며, 둘째, 청구인이 한 이 건 과세표준수정신고가 수정신고의 대상인지를 보면, 청구인은 당초 과세표준확정신고시 과세표준을 부(負)로 신고하였다가 과세표준수정신고시는 과세표준을 0으로 신고하였음이 확인되므로 국세기본법 제45조 제1항 제2호에 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 경우 수정신고대상이라고 규정하고 있는 바 이는 적법한 수정신고라고 판단되며, 셋째, 당초 과세표준확정신고시 실지거래가액으로 신고한 것을 과세표준결정기한 내에 과세표준수정신고를 하면서 기준시가에 의한 방법으로 신고방법을 바꾸어 신고한 것이 적법한 수정신고인지에 대하여 보면, 소득세처럼 정부가 과세표준과 세액을 결정하는 때에 납세의무가 확정되는 조세에 있어서는 납세자의 신고내용에 따라 조세채권이 확정되는 것이 아니므로 양도소득세의 경우 자산양도차익 예정신고나 과세표준확정신고 또는 과세표준수정신고는 모두 법적으로는 납세자의 의사표시에 불과한 것으로 볼 수 있고, 또한 국세기본법상 소득세의 경우에도 수정신고를 할 수 있도록 명문규정을 두고있는 점등에 비추어 볼 때 수정신고는 납세자의 당초 신고당시 의사표시를 정정할 수 있는 기회를 부여해 준 것으로 볼 수 있으므로, 이 건과 같이 과세표준수정신고를 하면서 당초 신고시의 의사표시를 정정하여 기준시가에 의하여 양도차익을 결정받겠다는 의사표시를 명백히 표명한 납세자에게 수정신고대상이 아니라고 제한적으로 해석하는 것은 수정신고제도의 취지에 어긋나는 불합리한 점이 있다 할 것이며, 소득세법상 양도소득세의 경우 기준시가에 의한 양도차익 결정을 과세원칙으로 규정하면서 기준시가에 의한 과세방법과 실지거래가액에 의한 과세방법을 납세자가 선택할 수 있도록 규정하고 있는 상황에서 납세자가 과세표준확정신고시 실지거래가액으로 신고하였다는 이유만으로 수정신고에 의하여 밝혀진 납세자의 의사에 반하여 실지거래가액으로 과세하는 것은 과세형평상 타당치 아니하다 할 것이므로 양도소득세의 경우 납세자의 선택사항으로 되어있는 과세방법의 변경은 수정신고대상으로 보는 것이 합당하다 하겠다(국심96부 2077, 97.1.3, 국심 96서4108, 97.5.6 같은뜻) 위 법령 및 사실을 종합하여 볼 때 청구인이 96.12.18 기준시가로 신고한 수정신고는 적법한 수정신고에 해당되므로 수정신고내용 대로 기준시가에 의하여 그 양도차익을 계산하여 과세표준과 세액을 결정함이 타당하며, 처분청이 청구인이 한 과세표준수정신고를 배제하고 조사에 의하여 확인된 실지거래가액에 의하여 과세표준과 세액을 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
- 라. 따라서, 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.