[요지] 법정수정신고기한 후 토지관련 차입금지급이자를 손금산입함에 따라 발생한 결손금을 이후 사업연도의 이월결손금으로 공제하고 감액수정신고 및 법인세과세표준과 세액의 환급신고로 기납부원천징수세액을 환급한 경우 이월결손금증가액을 조정하여 경정한 처분으로 보아야 함
[요지] 법정수정신고기한 후 토지관련 차입금지급이자를 손금산입함에 따라 발생한 결손금을 이후 사업연도의 이월결손금으로 공제하고 감액수정신고 및 법인세과세표준과 세액의 환급신고로 기납부원천징수세액을 환급한 경우 이월결손금증가액을 조정하여 경정한 처분으로 보아야 함
[참조결정] 국심1992중4209
[주 문] 종로세무서장이 96.12.16 청구법인에게 결정고지한 94사업년도 법인세 4,068,364,260원 및 농어촌특별세 197,086,340원 합계 4,265,450,600원의 부과처분은 89～90사업년도 중 서울특별시 중구 OO동 OOOOOOO 대지 5,327.10㎡ 및 같은동 대지 138.40㎡ 합계 대지 5,465.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 업무용부동산으로 보아 쟁점토지 관련 차입금지급이자를 손금에 산입함으로서 발생한 이월결손금증가액 7,263,145,834원(89사업년도 결손금증가액 2,898,416,335원, 90사업년도 결손금증가액 4,364,729,499원)을 94사업년도의 이월결손금으로 공제하여 과세표준과 세액을 각각 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 서울특별시 중구 OO동 OOOOOOO 대지 5,327.10㎡ 및 같은동 대지 138.40㎡ 합계 대지 5,465.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 84.2.22 취득하여 보유하고 있는 가운데 87～88사업년도 중 쟁점토지가 법인세법상 업무용부동산에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지 관련 차입금지급이자를 손금산입하여 법인세 과세표준과 세액을 신고납부하였으나, 처분청이 87～88사업년도중 쟁점토지가 법인세법상 비업무용부동산에 해당되는 것으로 보아 쟁점토지 관련 차입금지급이자를 손금불산입하여 법인세과세표준과 세액을 경정결정고지함에 따라 89～91사업년도 중에 쟁점토지를 비업무용부동산으로 신고하였고, 처분청의 위 경정결정고지처분(87～88사업년도)에 대하여 불복청구하여 92.10.27 청구법인 승소의 대법원확정판결을 받았다. 처분청은 청구법인이 92.10.27자 청구법인 승소의 대법원 확정판결에 의하여 89～91사업년도 중에도 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되지 않은 것으로 보아 각사업년도별 관련 차입금지급이자를 손금에 산입하여 법정수정신고기한이 경과한 후 감액수정신고함에 따라 발생한 89사업년도 결손금증가액2,898,416,335원과 90사업년도 결손금증가액 4,364,729,499원 합계 7,263,145,834원(이하 “쟁점이월결손금증가액”이라 한다), 91사업년도 결손금증가액 6,740,302,529원 중 96.12.16 현재 국세부과제척기간이 도과되지 않은 91사업년도 중 이월결손금증가액 6,740,302,529원은 94사업년도 법인세과세표준 및 세액계산상 이를 이월결손금에서 공제한 반면 국세부과제척기간이 도과된 쟁점이월결손금증가액은 94사업년도 법인세과세표준 및 세액계산상 이를 이월결손금에서 공제배제하고, 가지급금인정이자 계산 및 가공원가등 부인액 합계 1,537,529,930원을 익금에 가산한 후 96.12.16 청구법인에게 94사업년도분 법인세 4,068,364,260원과 동 농어촌특별세 197,086,340원 합계 4,265,450,600원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.14 심사청구를 거쳐 97.5.21 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
(1) 구 국세기본법 제45조(과세표준수정신고) 제1항 제1호에서 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 법인세의 경우 법정신고기한경과 후 6월내 과세표준수정신고서를 제출할 수 있음을 규정하고 있다.
(2) 구 국세기본법 제26조의 2(국세부과의 제척기간) 제1항 제2호 및 같은법시행령 제12조의 3(국세부과제척기간의 기산일) 제1항 제1호를 모아보면 법인세는 당해 국세의 과세표준신고기한의 다음날로부터 5년이 된 날 후에는 부과할 수 없는 것으로 규정하고 있다.
(3) 법인세법 제26조(과세표준의 신고) 제1항 및 제3항에서 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일(외부세무조정계산서 첨부법인의 경우는 30일)이내에 당해사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 하되 다만, 내국법인이 각 사업년도 종료일로부터 60일이내에 당해사업년도의 결산을 확정하지 아니한 때에는 당해 사업년도종료일로부터 60일이 되는 날을 결산확정일로 보도록 규정하고 있다.
(4) 86.3.31 재무부령 제1671호로 신설된 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 의하면 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 해제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 90.4.4 재무부령 제1818호로 개정된 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에서는 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하면서 같은법시행규칙 부칙 제5조(법령에 의한 사용금지 부동산등에 관한 경과조치)에서 이 규칙시행일전에 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 관하여는 1991년 12월 31일까지는 종전의 제18조 제4항의 규정을 적용하도록 규정하고 있으며, 90.10.22 재무부령 제1835호로 개정된 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 대한 부칙 제4조(법령에 의한 사용제한 부동산에 관한 특례)에서는 1991년 12월 31일 현재 법령에 의하여 그 사용이 제한 또는 금지된 날로부터 3년이 경과된 부동산에 대하여는 1991년 12월 31일을 사용이 제한 또는 금지된 날로부터 3년이 되는 날로 보아 제18조 제4항 제1호의 개정규정을 적용하는 것으로 규정하고 있다.
(5) 법인세법 제8조(과세표준) 제1항 제1호에서 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 각 사업년도개시일전 5년이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 소득금액 또는 과세표준상 공제되지 아니한 금액과 소득등을 순차로 공제하는 금액으로 하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제9조(이월결손금)제1항·제2항에서 “이월결손금”이라 함은 법 제9조 제4항의 규정에 의한 결손금으로서 그 후의 사업년도의 소득금액계산상 손금에 산입하지 아니하거나 법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의하여 과세표준계산상 공제되지 아니하는 금액을 말하고 위 이월결손금은 먼저 발생한 사업년도의 결손금부터 순차로 공제하는 것으로 규정하고 있다.
(6) 국세기본법 제51조(국세환급금의 충당과 환급) 제1항에서 세무서장은 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있다.
(7) 법인세법시행령 제100조 제1항에서 “세무서장은 법 제30조·법 제36조 또는 법 제39조의 규정에 의하여 중간예납·수시부과 또는 원천징수한 법인세액이 결정된 각 사업년도의 법인세액(가산세액 및 특별부가세를 포함한다)을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 국세기본법 제51조의 규정에 의하여 다른 미납의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하는 경우 이외에는 이를 환급하여야 한다”고 규정하고 있다.
(1) 청구법인은 84.2.22 재개발사업용토지로 사용하기 위하여 쟁점토지를 취득하여 87～88사업년도 법인세과세표준 및 세액신고시 쟁점토지를 업무용 부동산으로 신고하였는 바,
(2) 90.1.3 처분청이 87～88사업년도중 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는 것으로 보아 관련 차입금지급이자를 손금불산입한 후 경정결정고지처분한 것에 대하여 청구법인은 이에 대하여 불복하고 92.10.27 대법원에서 청구법인 승소의 확정판결을 얻어 92.12월 처분청으로부터 87～88사업년도의 법인세 감액경정결정을 받았으며,
(3) 위 불복청구에 대한 대법원의 확정판결이 있기 전인 89～91사업년도에 대하여 청구법인은 처분청이 87～88사업년도 중 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 경정결정고지함에 따라 쟁점토지를 비업무용부동산으로 계속 신고하였다가 위 대법원의 87～88사업년도에 대한 대법원확정판결 및 법인세법상 비업무용부동산 관련규정에 근거하여 89～91사업년도의 법정수정신고기한이 경과한 뒤인 93.1.12 87～88사업년도와 마찬가지로 89～91사업년도중에도 쟁점토지가 업무용부동산에 해당되므로 관련 차입금지급이자를 손금에 산입하여 줄 것을 서면요청하였고, 93.12.11에는 같은 취지로 쟁점토지 관련 차입금지급이자를 손금에 산입함에 따라 발생한 결손금증가액을 89～91사업년도의 법인세과세표준 및 세액신고서의 자본금과 적립금조정명세서(갑)중 이월결손금 계산서에 각각 반영한 후 89～91사업년도의 결손금 누계액 59,630,649,500원 중 21,466,135,555원은 92사업년도의 이월결손금으로, 13,766,324,766원은 93사업년도의 이월결손금으로 각각 공제하는 과세표준수정신고서를 처분청에 제출하였으며,
(4) 95.3.30 청구법인은 위 과세표준수정신고서를 기초로 하여 89～91사업년도의 결손금 누계액 59,630,649,500원 중 92～93사업년도에서 이월결손금으로 공제하고 남은 금액 중 24,367,565,833원(쟁점이월결손금증가액 포함)을 94사업년도 법인세과세표준 및 세액신고시 이월결손금으로 신고하였고, 95.3.31 처분청은 이로 인하여 발생한 환급세액 1,924,829,275원(기납부원천징수세액, 이하 “이 건 환급세액”이라 한다)에 대한 환급결정을 한 후 청구법인에게 위 금액을 계좌이체하고 국세환급금송금통지한 사실이 쟁점토지 관련 법인세등부과처분취소에 관한 대법원 판결문(91누OOOOO, 92.10.27 선고), 과세표준수정신고서등, 법인세환급결정결의서(부표), 국세환급금송금통지서(송금통지번호 OOOOO) 및 청구법인이 위 환급금을 수령한 OO은행통장(계좌번호 OOOOOOOOOOOOOOO)에 의하여 각각 확인된다.
(1) 먼저 대법원(법인세등부과처분취소, 91누OOOOO, 92.10.27 선고)에서 쟁점토지를 업무용부동산으로 판정한 87～88사업년도와 마찬가지로 89～91사업년도 중에도 쟁점토지가 업무용부동산에 해당되는지를 살펴보면, (가) 84.2.22 청구법인이 취득한 쟁점토지의 경우 84.4.28 도시재개발구역으로 지정되어 91.12.31 현재 3년이 경과되었으나, 쟁점토지는 취득후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 90.4.4 재무부령 제1818호의 법인세법시행규칙 부칙 제5조의 규정과 90.10.22 재무부령 제1835호의 법인세법시행규칙 부칙 제4조의 규정에 의하여 91.12.31까지는 비업무용부동산에 해당되지 아니하므로, (나) 쟁점이월결손금증가액이 추가로 발생한 89～90사업년도중 쟁점토지 또한 업무용부동산인 것으로 판단된다(대법원 91누OOOOO, 92.10.27 선고, 같은 뜻).
(2) 전시한 국세부과제척기간 관련법령에 의하면, 청구법인의 89사업년도 법인세에 대한 부과제척기간은 95.3.31(89사업년도의 법인세과세표준신고기한일인 90.3.31의 다음날로부터 5년이 되는 날)로, 90사업년도 법인세에 대한 부과제척기간은 96.3.30로 각각 만료되는 바, 법인세 부과제척기간이 만료한 후에는 각 사업년도의 결손금을 조정할 수 없다 할 것이나(재경원 기법46101-138, 96.7.11 같은뜻), 처분청이 청구법인에게 이 건 환급세액을 계좌이체한 95.3.31 현재 89사업년도의 법인세에 대한 부과제척기간은 도과되지 아니한 것으로 판단된다.
(3) 95.3.30 청구법인은 법정수정신고기한이 지난 뒤에 제출한 위 과세표준수정신고서를 기초로 하여 89～91사업년도 중에 발생한 결손금 누계액 59,630,649,500원 중 92～93사업년도에서 이월결손금으로 각각 공제하고 남은 금액 중 24,367,565,833원(쟁점이월결손금증가액 포함)을 전시한 법인세법 제8조(과세표준) 제1항 제1호의 규정에 의하여 94사업년도 법인세과세표준 및 세액신고시 이월결손금으로 신고한 것에 대하여 처분청은 원천징수세액 1,924,829,275원을 환급할 세액으로 결정을 한 후 95.3.31 청구법인의 OO은행통장에 이 건 환급세액을 계좌이체하는 동시에 청구법인에게 국세환급금송금통지를 하였는 바, 이와 같은 경우 처분청이 청구법인의 쟁점이월결손금증가액을 조정한 것으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴보면, (가) 법인세와 같이 납세의무자의 자진신고납부에 의하여 납세의무가 확정되는 경우 그 신고내용에 오류나 탈루가 있을 때는 법정신고기한 경과후 6월이내에 과세표준수정신고서를 제출하여 구제를 받을 수 있도록 구 국세기본법 제45조에서 규정하고 있으나, 법인세를 과다신고납부한 납세자가 구 국세기본법 제45조 제1항에 의한 기한내에 감액수정신고를 하지 아니한 경우에도 과다납부한 사실이 법인세법의 규정에 의하여 확인되면 과세관청은 같은법 제26조의 2에 규정된 부과제척기간내(5년)에는 이를 경정할 수 있다 할 것인 바(재경원 기법46019-326, 95.10.12·재무부 세조46068-45, 93.4.23, 같은뜻), 이는 결손금을 조정하여 경정할 수 있는 시기에 대하여 처분청에게 자의를 허용하는 것이 아니라 납세자의 과표준수정신고일로부터 상당한 기간 또는 적어도 부과제척기간내에는 이를 조정하여 경정하여야 하는 기속재량적인 취지로 해석하는 것이 조세법의 기본원칙으로서의 자의의 금지를 의미하는 조세평등주의와 실질과세원칙 및 납세자의 재산권보장에도 부합한다 할 것이고, 이와 같은 취지는 94.12.22 법률 제4810호로 신설된 국세기본법 제45조의 2(경정등의 청구)의 규정에 의하여 뒷받침된다 할 것이다. (나) 국세기본법 제51조에서는 납세의무자가 국세, 가산금, 체납처분비 등으로 납부한 금액중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급할 세액이 있는 때에는 즉시 과오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 결정하여야 하는 것으로 규정하고 있음에도 이를 심판청구의 대상인 처분으로 보지 않는다면, 국세등의 환급과 관련하여 국가에게 의무를 부과하고 있는 국세기본법 관련규정이 국가에게 재량을 허용하고 있는 것처럼 해석될 소지가 있어 불합리할 뿐 만 아니라 권리구제의 측면에서 납세자에게 심히 불이익한 결과를 초래하게 되므로 국세기본법 제51조에서 규정하고 있는 국세환급금의 결정 또는 거부처분은 심판청구 대상으로서의 행정처분으로 보아야 할 것이다(국심 제92중4209, 93.3.23 합동회의, 같은뜻). (다) 국세기본법 소정의 국세환급금중 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액으로서 이 건 환급세액은 처분청이 전시한 법인세법시행령 제100조 제1항에 근거하여 기납부원천징수세액이 결정된 각 사업년도의 법인세액을 공제초과함에 따라 환급하여주는 금액으로서 이는 처분청이 93.12.11 청구법인의 과세표준수정신고로 인하여 발생한 쟁점이월결손금증가액을 시인하고 이를 법인세법 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 이월결손금으로 공제하는 경우에 한하여 비로소 확정되고 또 처분청의 청구법인에 대한 이 건 환급세액의 결정 및 통지는 심판청구의 대상으로서의 행정처분이라 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 과세표준수정신고서에 기초한 94사업년도 법인세과세표준 및 세액신고에 대하여 청구법인에게 이 건 환급세액인 국세환급금을 결정한 후 통지하였다면, 이 건 환급세액에 대한 국세환급금결정 및 통지에 관한 과세처분속에는 그 전제로서 처분청이 쟁점이월결손금증가액을 법인세법의 규정에 의하여 조정하여 경정하였다는 의사까지 포함되었다고 봄이 상당하다고 할 것이다.
(4) 따라서 95.3.31 처분청이 청구법인에게 이 건 환급세액에 대한 국세환급금을 결정 및 통지할 당시 부과제척기간이 도과되지 아니한 쟁점이월결손금증가액을 적법한 이월결손금으로 조정하였다가 이 건 과세처분일인 96.12.16 현재 부과제척기간이 도과되었다 하여 쟁점이월결손금증가액을 94사업년도 법인세과세표준 및 세액계산시 이월결손금에서 공제배제한 당초 처분은 국세기본법 제15조에 규정하고 있는 신의성실의 원칙에도 위배된다 할 것이므로 94사업년도 법인세과세표준 및 세액계산상 쟁점이월결손금증가액을 이월결손금으로 공제하여야 한다는 청구주장은 그 이유가 있는 것으로 판단된다.