[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 구인은 경기도 의정부시 OO동 O OOOOO 임야 332.11㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다), 같은동 O OOOOO 임야 900.6㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다), 같은동 O OOOO 임야 212.45㎡(이하 “쟁점토지③”이라 한다)를 85.4.25 취득하여 국민주택용지로 쟁점토지①, ②는 91.8.14 및 91.10.14 청구외 주식회사 OO종합건업에, 쟁점토지③은 91.10.14 청구외 OO주택조합에 각각 양도하고, 91.9.6 양도소득세 4,296,220원을 자진납부 한 후, 91.9.30 쟁점토지①에 대한 자산양도차익예정신고를 하면서 동 신고서상에 쟁점토지①, ②, ③에 대한 감면세액 52,454,440원을 기재하여 신고를 하였다. 한편, 쟁점토지①, ②의 매수자인 주식회사 OO종합건업은 91.9.30 쟁점토지①에 대한 세액감면신청서를 처분청에 제출하였다. 처분청은 청구인이 쟁점토지①, ②, ③을 양도한 후, 쟁점토지①에 대하여는 양도소득세 신고·납부를 하였으나, 쟁점토지 매수자인 주식회사 OO종합건업이 쟁점토지①에 대하여만 감면신청을 하였고, 나머지 쟁점토지②, ③에 대하여는 감면신청을 하지 아니하였다 하여 감면적용을 배제하고 96.12.16 청구인에게 91년 귀속분 양도소득세 117,388,720원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.3 심사청구를 거쳐 97.5.13 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 처분청은 당초 청구인이 예정신고한 감면세액 52,454,440원과 자진납부세액 51,977,080원을 5년 이상이 지나 시효마감 직전에 위 기납부세액을 인정하면서 감면세액은 감면신청서에 의한 3,919,321원만을 인정하고 당초 예정신고서에 기재된 쟁점토지 전체에 상당하는 감면세액 52,454,440원을 받아들이지 아니한 것은 부당하다.
- 나. 국세청장 의견 91.9.30 청구인 명의로 처분청에 신고·접수된 양도소득세 신고서 및 세액감면신청서는 쟁점토지①에 대한 것임이 처분청 제시자료에 의하여 확인되고 있고, 처분청이 비치·보관하고 있는 91～92년도분 양도소득세 자진신고납부자 관리대장에 의하면, 달리 쟁점토지②, ③에 대한 신고서나 세액감면신청서가 접수된 사실이 없음이 확인되고 있어 쟁점토지②, ③에 대한 양도소득세 신고서와 세액감면신청서가 적법하게 제출되었다는 청구주장은 이를 인정키가 어렵다 할 것인 바, 구조세감면규제법제62조 제4항 규정에서는 국민주택건설용지를 매수한 주택건설등록업자가 과세표준신고기한내에 감면신청을 하는 경우에 한하여 국민주택건설용지에 대한 양도소득세를 감면토록 규정하고 있어 쟁점토지②, ③과 같이 매수자가 소정기한내에 감면신청을 한 사실이 없는 경우에 대해서는 감면규정을 적용할 수 없다(동지:대법원 88누 1462, 88.5.24 및 국심 91중 179, 91.4.2)할 것이므로 처분청이 이 건 양도소득세 결정시 쟁점토지②, ③에 대 감면적용을 배제한 당초 처분에는 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점토지②, ③에 대한 감면신청이 없는 것으로 보아 감면을 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령 조세감면규제법 제62조 제1항에서 “내국인이 토지를 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 “주택건설등록업자”라 한다)에게 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제50조 제6항에서 “법 제62조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자는 당해토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서에 주택건설업등록증사본 등의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계 및 판단 이 건은 처분청이 쟁점토지①, ②, ③을 매수한 주택건설등록업자가 쟁점토지에 대하여만 감면신청을 하고, 나머지 쟁점토지②, ③에 대하여는 이를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준확정신고기한내에 감면신청을 한 사실이 양도소득세 자진신고납부자 관리대장 등에 의하여 확인되지 아니한다 하여 위 관련법령의 규정에 의한 감면신청을 하지 아니한 것으로 보아 감면을 배제하고 과세한 이 건 처분에 대하여, 청구인은 91.9.30 처분청에 접수시킨 자산양도차익예정신고 및 자진납부계산서상에 쟁점토지①, ②, ③에 대한 감면세액 52,454,440원이 기재되어 있으므로 위 금액을 전부 감면하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점토지①, ②, ③의 양도와 관련하여 91.9.6 양도소득세4,296,220원을 자진 납부한 후, 91.9.30 쟁점토지①에 대한 자산양도차익예정신고를 하면서 그 신고서상에 쟁점토지①, ②, ③에 대한 양도소득금액을 누계로 기재하여 과세표준을 계산하고, 쟁점토지①, ②, ③에 대한 감면세액 52,454,440원을 기재하여 신고한 사실은 확인되나, 쟁점토지①, ②의 매수자인 청구외 주식회사 OO종합건업이 91.9.30 쟁점토지①에 대한 세액감면신청서만을 처분청에 제출하였을 뿐, 나머지 쟁점토지②, ③에 대한 세액감면신청서를 제출한 사실은 없음이 확인된다. 위 조세감면규제법은 국민주택건설용지를 매수한 주택건설등록업자가 과세표준신고기한내에 감면신청을 하는 경우에 한하여 국민주택건설용지에 대한 양도소득세를 감면토록 규정하고 있어 쟁점토지②, ③과 같이 매수자가 소정기한내에 감면신청을 한 사실이 없는 이 건의 경우에 대해서는 감면규정을 적용할 수 없다 할 것이다. 그렇다면 처분청이 쟁점토지②, ③에 대한 감면신청이 없는 것으로 보아 감면을 배제하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 할것이다.
- 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.