학교법인의 기본재산인 토지를 양도하고 특별부가세 면제받았으나 3년이내에 교육사업에 사용않고 연장승인 신청도 기한경과로 추징됨(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 청구법인이 기본재산으로 보유하고 있던 경기도 OO시 OO동 O OOO외 5필지 임야 195,074㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 90.6.7 감독관청인 교육부장관으로부터 처분허가와 함께 학생회관 건축비와 교육용부지 매입비로 용도를 지정받아 93.3.12(잔금청산일) 청구외 학교법인 OO학원에 2,550,000,000원에 양도하고 이에 대한 특별부가세 578,628,729원을 면제신청하여 면제받았으며, 쟁점토지 양도금액은 학교부지(원주)매입대금으로 1,122,913,000원(94.5.26 1,054,200,000원, 95.10.25 68,713,000원)을 사용하고 나머지 양도금액은 96.9.2부터 학생회관 신축대금(신축예정금액 1,407,572,000원)으로 사용하였다. 이에 대하여 처분청은 특별부가세를 면제받은 쟁점토지의 양도금액을 3년이내에 교육사업에 사용하지 않았고, 또한 3년이내에 사용기한 연장승인도 받지 않았다하여 96.12.16 특별부가세분 법인세 736,710,000원을 추징고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.11 심사청구를 거쳐 97.5.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 학생회관 신축공사가 부득이한 사유로 지연됨으로써 쟁점토지 양도후 3년이내에 교육사업에 사용하지 못하였으나 당해 감면을 규정하고 있는 조세감면규제법의 법 취지로 볼 때 비록 3년이 경과한 이후라 하더라도 사용기한연장승인신청을 하였었고, 그 후 학생회관신축대금으로 사용하였으므로 쟁점토지의 양도금액중 교육사업에 실제 사용된 금액에 대하여 특별부가세를 추징한 것은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인의 경우 학교부지용으로 매입한 원주부지는 교육사업에 사용하지 아니하고 있으며, 또한 학생회관신축비는 3년이내에 사용하지도 아니하고 3년이내에 사용기한연장승인을 얻지도 아니하였으므로 처분청이 면제받은 특별부가세 상당액을 추징한 당초처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 기본재산인 토지의 양도금액을 3년이내에 교육사업에 사용하지 못하였으나 소유권이전등기 시점을 기준으로 3년이내에 사용기한 연장신청을 하고 사용한 금액에 대하여도 당초 감면받은 특별부가세를 추징할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법(94.12.22 개정전의 것) 제67조의3【학교법인의 토지등에 대한 특별부가세의 면제】제1항에서 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인의 다음 각호의 1에 해당하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “학교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득”으로 규정하고 있으며, 같은조 제2항에서는 “제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 학교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용 재산을 취득하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제55조의3【학교법인의 토지등에 대한 특별부가세 면제】제2항에서 “법 제67조의3 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징할 수 있는 경우는 다음과 같다.

1. 양도금액을 3년이내에 교육사업에 사용하지 아니하거나 교육사업외의 목적에 사용한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위안에서 소관세무서장의 사용기한연장승인을 얻은 경우를 제외한다”고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로서 청구법인이 보유하고 있던 쟁점토지를 90.6.7 감독관청인 문교부장관으로부터 처분허가와 함께 학생회관 건축 및 교육용부지 매입용으로 용도를 지정받아 93.3.12 쟁점토지를 2,550,000,000원에 양도하고, 이에 대한 특별부가세 578,628,729원을 면제신청하여 면제받고, 위 양도금액중 1,122,913,000원은 94.5.26 학교부지(원주) 취득에 사용하였으며, 나머지 1,427,087,000원으로는 학생회관 신축비용으로 사용코자 계획하여 96.9.12부터 설계비, 지질검사비 및 공사도급비 등으로 지출사용하고 있음이 학생회관 도급공사계약서 등 관련서류에 의하여 확인되고 있고, 한편, 청구법인은 특별부가세를 면제받은 쟁점토지의 양도금액을 부득이한 사유로 3년이내에 교육사업에 사용할 수 없다는 이유로 96.10.23 관할세무서에 사용기한연장승인신청을 하였으나, 처분청은 쟁점토지 양도일(잔금청산일)로부터 3년을 경과하여 사용기한연장승인신청을 하였다는 이유로 연장승인 불가통지를 함과 동시에 당초 면제받은 특별부가세를 전액 추징하였음이 사용기한연장승인신청서, 처분청의 불허통지서 및 결정결의서 등에 의하여 확인되고 있다.

(2) 쟁점토지 양도금액의 잔금은 93.3.12 청산되었고, 따라서 그 양도일이 93.3.12임에는 다툼이 없는 사항이며, 한편, 청구법인은 쟁점토지 양도금액을 양도일로부터 3년이 되는 날까지 교육사업에 사용하지 아니하였고, 그때까지 관할세무서장으로부터 사용기한연장승인을 받지 않았음도 사실로 인정되고 있다.

(3) 청구법인은 90.5.4 쟁점토지를 양도하여 그 금액을 학교이전부지구입 및 교사증개축에 사용하기로 이사회에서 결의한 후 90.6.7 교육부로부터 쟁점토지에 대한 처분허가와 함께 학생회관건축비 및 부지 매입비 등으로 사용하도록 그 용도를 지정받았음이 이사회 회의록, 문교부의 처분허가서등에 의하여 확인되며, 이후 93.3.12 쟁점토지를 2,550,000,000원에 양도하여 그 중 1,122,913,000원은 94.5.26 교육용부지구입에 사용하였으나 심판청구일 현재까지도 교육사업에 사용하지 않고 있음이 확인되고, 나머지 금액으로는 쟁점토지 양도일로부터 3년이 경과한 이후인 96.10.21 OO건설(주)와 건축도급계약을 체결하여 학생회관 신축비용으로 사용하였음이 공사도급계약서, 건축물준공필증등 관련서류에 의하여 확인되고 있다.

(4) 그러하다면, 쟁점토지 양도금액중 위 교육용 부지구입비는 교육사업에 사용된 것이 아니라 할 것이고, 학생회관 신축에 소요된 금액도 비록 교육사업에 사용된 것일지라도 쟁점토지 양도일로부터 3년이내에 사용한 것이 아니며 3년이내에 사용할 수 없는 부득이한 사유도 없었음은 물론 사용기한 연장승인을 받아 사용한 것이 아니므로 처분청이 당초 감면받은 특별부가세에 대하여 그 감면요건을 이행하지 아니한 것으로 보아 이 건 특별부가세분 법인세를 추징한 처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.