[요지] 주식의 취득가액은 장부가액과 O속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액중 높은 금액으로 할 수 있도록 규정하고 있는 바, 1주당 가액이 1주당 장부가액 5,000원보다 높으므로 O속세법 제9조 제1항에 의하여 평가한 금액으로 쟁점주식의 취득가액을 재계산하여 투자자산처분이익을 수정함이 정당함
[요지] 주식의 취득가액은 장부가액과 O속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액중 높은 금액으로 할 수 있도록 규정하고 있는 바, 1주당 가액이 1주당 장부가액 5,000원보다 높으므로 O속세법 제9조 제1항에 의하여 평가한 금액으로 쟁점주식의 취득가액을 재계산하여 투자자산처분이익을 수정함이 정당함
[참조결정] 국심1995부0224
[주 문] 광화문세무서장이 96.9.2 청구법인에게 결정고지한 93사업년 도 법인세 9,221,480,720원은 청구법인이 88.12.31 이전에 취득 하여 93년중에 양도한 (주)OOO의 주식 800,000주에 대 한 1주당 취득가액을 7,708원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분개요 청구법인은 93.1.1～93.12.31 사업연도(이하 “93사업년도”라 한다)에 대한 법인세과세표준과 세액을 신고하면서 93사업년도 중에 퇴직하는 임직원의 퇴직금을 지급하기 위하여 청구외 OOOOO생명보험주식회사등 보험회사에 단체퇴직보험에 가입하면서 그 보험료로 39,429,951,688원을 납입하고 동 사업연도중에 실제로 퇴직이 발생하게 되자 위 금액중 25,634,939,511원(이하 “쟁점보험료”라 한다)을 수령하여 퇴직직원의 퇴직금으로 지급한 후 쟁점보험료 O당액을 손금산입하였고, 경기도 부천시 원미구 O동 OOOOO 전 60,661㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 관련 차입금지급이자 1,159,011,786원 및 이에 대한 종합토지세 97,183,080원을 손금불산입하였으며, 88.12.31 이전에 청구법인이 취득하여 93년중에 양도한 청구외 (주)OOO의 주식 800,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)의 투자자산처분이익을 계O함에 있어서 쟁점주식의 장부가액을 그 취득가액으로 하여 93사업년도의 법인세 314,831,646,310원을 납부하였다. 처분청은 단체퇴직보험료는 당해 사업연도 종료일 현재 재직하는 종업원이 퇴직하는 경우를 전제로 하여 법 소정의 한도내에서 이를 손금으로 인정하는 것이고, 사업연도중에 퇴직하는 임직원을 위하여 단체퇴직보험에 가입하고 당해 연도중에 이를 수령하여 퇴직금으로 지급한 보험료 O당액은 이를 퇴직금의 지급으로 보아 기 손금산입된 퇴직급여충당금과 먼저 O계하는 것이라 하여 쟁점보험료를 손금불산입하고 93사업년도 법인세를 324,053,127,043원으로 증액경정결정한 후 96.9.2 청구법인에게 93사업년도 법인세 9,221,480,720원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 96.10.31 이의신청 및 97.1.25 심사청구를 거쳐 97.5.16 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 법인세법은 순자산증가설의 입장에서 손금을 파악하면서 단체퇴직보험료는 순자산을 감소시키는 비용이라는 인식하에 법인세법시행령 제13조 제1항 제4호 (가)목에서 단체퇴직보험료를 지출한 때에는 이를 손비로 한다고 손금항목으로 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 그 손금산입 금액은 당해 사업연도 종료일 현재 재직하는 임원 또는 사용인의 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로서 지급되어야 할 금액의 추계액에서 당해 사업연도 종료일 현재의 퇴직급여충당금을 공제한 금액에 O당하는 보험금에 대한 보험료 등을 그 한도로 한다고 규정하고 있는 것은 기중 수시로 설정 증감변동되는 단체퇴직보험충당금에 대한 세법O 손금인정 한도를 산정함에 있어서 당해 사업연도 종료일 현재의 퇴직금추계액을 계산할 경우의 그 계산대O과 산정기준만을 규정한 것에 불과하며, 기업회계기준에서 모든 수입과 비용은 그것이 발생한 기간에 정당하게 배분되도록 처리하여야 한다.(제65조 제1호)고 규정하고 있는 바, 비용은 발생시에 손금에 산입되는 것이 원칙이므로 복리후생비의 하나인 단체퇴직보험료는 보험료가 지출된 때에 손금으로 바로 인정되는 것이지 반드시 기말에 예치금으로 잔존하여야 하는 것은 아니고, 법인세법 관련규정 어디에도 기중에 보험에 가입하여 보험료를 납부한 후 기중 그 보험금을 수령하여 퇴직금을 지급한 경우에는 그 보험료를 손금산입에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니할 뿐만 아니라 보험료의 손금산입요건으로 보험예치금 잔액이 기말까지 존속해야 한다는 명문 규정이 없음에도 위와 같은 해석을 전제로 한 이 건 과세처분은 조세법률주의에 위배되는 위법한 처분이다.
(2) 청구법인이 손금산입하여 신고한 쟁점단체퇴직보험료를 처분청이 손금불산입함에 따라 청구법인에 대한 93사업년도 법인세과세표준 및 세액이 증액경정결정되었는 바, 위와 같이 청구법인이 신고한 법인세과세표준 및 세액이 증액경정결정되는 경우에는 청구법인이 신고한 법인세과세표준 및 세액을 포함하여 증액경정결정처분 이전의 모든 처분이 증액경정결정처분에 흡수소멸하게 되어 증액경정결정된 과세표준과 세액만이 존재하게 되므로 청구법인은 당초 신고에 의하여 확정되었던 93사업년도 법인세과세표준과 세액에 대하여도 그 위법여부를 주장하여 심리를 받을 수 있다 할 것이므로 이하 청구주장에 대하여도 본안심리를 하여야 한다. (2-1) 청구법인은 쟁점부동산 지O에 업무용건축물인 OOOOOOO을 신축하고자 하였으나 도시기본계획 및 세부토지이용계획이 수립되어 있지 않아 건축물의 신축이 불가능하게 되었으므로 취득후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지로 보아 쟁점부동산을 비업무용부동산에서 제외하여야 한다. (2-2) 청구법인은 88.12.31 이전에 쟁점주식을 취득하여 이를 93년도에 처분한 후 쟁점주식의 취득가액을 장부가액으로 하여 투자자산처분이익을 71,221,584,700원으로 계O하였으나 법인세법 부칙 제13조(88.12.26 법률 제4020호)에서 비영리내국법인이 88.12.31 이전에 취득한 비O장주식의 처분이익이 과세되는 경우 88.12.31 이전에 비과세되었던 비O장주식가액 O승분에 대한 소급과세를 방지하기 위하여 그 주식의 취득가액은 장부가액과 O속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액중 높은 금액으로 할 수 있도록 규정하고 있는 바, O속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 1주당 가액이 7,708원으로서 1주당 장부가액 5,000원보다 높으므로 O속세법 제9조 제1항에 의하여 평가한 금액으로 쟁점주식의 취득가액을 재계산하여 투자자산처분이익을 수정하여야 한다.
(1) 단체퇴직보험료는 복리후생비에 해당하는 손비 항목이나 법인세법시행령 제13조 제1항 제4호 및 제2항에서 규정하는 단체퇴직보험료는 당해 사업연도 종료일 현재 재직하는 종업원에 대하여 손금산입한다는 취지이고, 당해 사업연도중에 퇴직하는 종업원에게 지급할 퇴직금을 보험료로 납입하였다가 퇴직금으로 지급하는 경우의 보험료 납입액은 퇴직금의 지급으로 보아 퇴직급여충당금과 먼저 O계하는 것이 타당(국세청 예규 법인 46012-887, 96.3.20)하므로 처분청에서 쟁점보험료를 손금불산입한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 당초 적정한 세무조정을 거쳐 93사업년도 법인세과세표준과 세액을 자진신고·납부한 바 있고, 그 신고에 오류 또는 착오가 있는 경우에는 세법에서 정한 일정한 기간내에 수정신고를 하여야 하나 당초 신고의 오류나 착오에 대하여 수정신고를 한 사실이 없을 뿐만 아니라 이 건 처분은 93사업년도에 청구법인이 손금으로 산입하여 신고한 쟁점보험료를 손금불산입하여 고지처분된 것이고 따라서 청구주장중 (2-1·2)는 적법한 심사청구의 대O이 아니므로 각하함이 타당하다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
(1) 당해 사업연도중에 퇴직할 임직원의 퇴직금 지급을 위하여 사외에 단체퇴직보험에 가입하면서 동 보험료를 납입하고 그 임직원의 퇴직으로 인하여 수령한 보험금으로 그 퇴직금을 지급한 경우 동 단체퇴직보험료를 당기에 손금에 산입할 수 있는지 여부
(2) 청구법인이 신고한 93사업년도 법인세과세표준과 세액에 대하여 처분청이 증액경정처분한 경우 청구법인은 당초 신고에 의하여 확정되었던 93사업년도 법인세과세표준과 세액에 대하여도 다툴 수 있는지 여부와, 이를 다툴 수 있다면 (2-1) 쟁점부동산이 비업무용부동산에 해당되는지 여부 (2-2) 쟁점주식에 대한 취득가액을 장부가액으로 할 것인지 또는 O속세법 제9조 제1항 및 같은법시행령 제5조 제5항 제1호 나목의 규정에 의하여 평가한 가액으로 할 것인지 여부를 가리는데 있다.
(1) 관련법령 법인세법 제9조 제1항에서 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 동 제3항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제13조 제1항에서 법인의 그 임원 또는 사용인을 위하여 다음 각호에 규정된 비용을 지출한 때에는 이를 손비로 한다고 규정하면서 그 제4호를 다음과 같이 규정하고 있고,
4. 임원 또는 사용인의 퇴직금을 지급하기 위하여 사외에 적립하는 다음 각목의 지출금액(단서 생략).
(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 93사업연도중 퇴직할 임직원의 퇴직금 지급을 위하여 사외에 단체퇴직보험에 가입하면서 그 보험료로 39,429,951,688원을 납입하고 그 임직원이 당해 사업연도에 퇴직함에 따라 쟁점보험료(25,634,939,511원) O당액의 보험금을 수령하여 그 퇴직금으로 지급한 사실, 청구법인이 쟁점보험료를 손금에 산입하여 93사업년도 법인세과세표준과 세액 신고납부한 사실에 대하여는 다툼이 없고, 처분청은 단체퇴직보험료가 당기에 법인세법O 손금항목인 보험료로서 손금산입되기 위해서는 기말에 보험예치금 잔액으로 남아 있어야 한다하여 기중 납입하였다가 수령하여 퇴직금을 지급한 경우에는 위 보험료 항목으로 손금산입되지 않고 바로 퇴직금의 지급으로 보아야 한다는 의견인 데 반하여, 청구법인은 기중 납입하였다가 수령하여 퇴직금을 지급한 단체퇴직보험료라 할지라도 법인세법O 기말 현재 보험예치금 잔액으로 남아 있을 것을 손금산입 요건으로 하고 있지 아니하다는 등 위 청구주장에서 든 이유를 근거로 이를 보험료로서 손금산입하여야 한다는 주장이다. (나) 청구주장은 기본적으로 단체퇴직보험료는 그 지급과 동시에 법인의 순자산이 감소하므로 동 보험료가 당연 손금이라는 점을 그 근저에 깔고 있으나, 단체퇴직보험료는 기업회계O 본래 자산(단체퇴직보험예치금)으로서 손금에 속하는 것이 아님에도 종업원의 안정적 퇴직급여 지급을 보장하기 위하여 법인이 사내에 유보된 퇴직급여충당금외에 사외에 단체퇴직보험의 형식으로 이를 적립하는 경우 조세정책O 그 보험료를 보험에 가입한 법인의 복리후생비의 하나로 특별히 손금으로 인정(의제)하면서 그 회계처리는 퇴직급여충당금과 같이 기말에 보험예치금 자산을 보험충당금 계정을 거쳐 이를 전입하여 그 전입액을 당기의 비용으로 인정한다는 것이 그 입법취지라 할 것이므로 법인세법에서 예정하고 있는 바대로 기말에 손금으로 전입할 보험예치금 자산이 있는 경우에만 동 예치금 O당의 보험료가 당기의 손금으로 인정된다 할 것이고 청구주장과 같이 동 보험료가 그 지급과 동시에 손금으로 인정되는 당연 손금이라고 할 수 없으며, 이는 법인의 보험료 지급으로 현금자산이 감소함과 동시에 보험예치금이 다시 자산으로 계O되는 결과 순자산 감소가 없으므로 법인의 소득금액계산O 이른바 순자산증가설의 입장을 원칙으로 하고 있는 법인세제 하에서는 단체퇴직보험료는 원칙적으로 손금이 아님에도 위 법 제9조 제3항에 순자산증가설의 예외로서 규정된 “이 법에서 규정하는 것”의 하나로 같은법시행령 제13조 제1항 제4호 (가)목에서 특별히 손금으로 규정하고 있는 사실에서도 알 수 있다. (다) 단체퇴직보험충당금은 장차 지급할 퇴직급여의 유보 방법인 점에서 퇴직급여충당금과 그 궤를 같이 하는 것으로서, 퇴직급여충당금은 당기에 발생한 퇴직금의 지급을 위하여 설정되는 것이 아니라 차기 이후 장차 발생할 퇴직금의 지급에 대비하여 당기에 이를 적립하여 충당금으로 설정한 경우 이를 당기의 비용으로 미리 인정해 주는 것이 기업회계O 수익비용 대응의 원칙에도 부합된다는 취지에서 기업회계기준이나 법인세법에서 그 전입액을 손금으로 인정하고 있는 것인 바, 같은 취지에서 기중에 아무리 단체퇴직보험에 가입하고 그 보험료 O당액을 보험충당금으로 설정하였다 하더라도 이를 당기에 수령한 경우에는 수령과 동시에 당초 차기 이후의 지급에 대비하여 설정된 충당금으로서의 성격이 소멸된다 할 수 있으므로 기중에 설정되었다가 기중에 전입하여 사용한 보험충당금 O당액은 당기의 손금산입 대O 충당금이라고 보기는 어렵다. (라) 청구법인은 법인세법 관련규정 어디에도 기중에 보험에 가입하여 보험료를 납부한 후 기중 그 보험금을 수령하여 퇴직금을 지급한 경우에 그 보험료를 손금산입에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니할 뿐만 아니라 보험료의 손금산입요건으로 보험예치금 잔액이 기말까지 존속해야 한다는 명문 규정이 없다는 것을 그 주장 논거의 하나로 들고 있으나, 위 법인세법시행령 제13조 제2항 및 제18조 제3항의 규정을 보면 퇴직급여충당금 및 단체퇴직보험료 공히 그 손금인정 한도를 정하면서 당해 사업년도말 현재 재직하는임직원의 퇴직금추계액을 산정하고 그 추계액 범위내에서 퇴직급여충당금 또는 단체퇴직보험료를 손금으로 인정하도록 규정하고 있는 바, 위 규정에 의하면 기중에 퇴직한 임직원에 대하여는 손금산입 대O 퇴직금 추계액이 있을 수 없으므로 그 임직원을 위하여 가입하였다가 수령한 쟁점보험료는 손금산입 대O 모수에서 당초부터 제외되는 것임을 알 수 있고, 같은 영 제13조 제3항에서 단체퇴직보험료를 손금에 산입한 법인이 단체퇴직보험금을 수령할 권리를 채무의 담보로 제공한 경우에는 담보로 제공한 보험금에 대한 보험료에 O당하는 금액을 담보로 제공한 사업연도의 소득금액계산O 익금에 산입한다고 규정하고 있는 바, 동 규정은 전기말 현재 예치되어 손금에 기산입되어 당기에 이월된 보험금이라 할지라도 이를 당기에 담보로 제공한 경우에는 익금에 산입하도록 하여 결과적으로 손금산입을 부인한다는 취지인데 하물며 당기말 현재 보험예치금이 잔존하지 않은 경우에 기중일시 예치된 O태에 있었다 하여 이를 손금산입할 수 있다는 주장이 부당함은 위 규정 취지로 미루어도 납득하기 어렵지 않다. (마) 한편 청구법인은 법인세법 시행규칙 별지 제6-3(3)호 “단체퇴직보험료조정명세서” 서식중 (15)란의 “기중 단체퇴직보험금등 수령 및 해약액”란에 쟁점보험료 O당액을 대입하고 이를 작성하여 보면 당연히 쟁점보험료가 손금산입되는 것을 알 수 있다는 것이나, 이는 결국 위 서식중 (15)란에 기재되는 금액에 이 건 쟁점보험료 O당액이 포함될 수 있는지 여부에 대한 문제로 귀착되는 바, (15)란에 기재될 “기중 단체퇴직보험금등 수령 및 해약액”이란 (12)란의 “기말단체퇴직보험예치금등 계”에서 공제될 (16)란의 “이미 손금산입한 보험료등”(전기에 기 손금산입된 분임)을 계산하기 위하여 (13)란의 “기초 단체퇴직보험금등 충당금 등”(전기에 기 손금산입된 분임)에서 직접 공제되는 금액을 의미하므로 동 (15)란에 기재될 금액은 당기에 납입되었다가 수령된 금액이 아니라 전기에 납입되어 전기말 현재 예치금(충당금) 잔액으로 남아 있던 금액(기초 단체퇴직보험충당금, 즉 (13)란) 중에서 당기에 보험사유가 발생하여 수령한 금액을 의미하는 것이 명백하고, 위 조정명세서O 손금산입범위액의 계산과정을 보면 (5)란의 “단체퇴직보험료등 손금산입누적한도액”에서 전기이전 이미 손금산입한 보험료를 공제한 금액을 최대한도로 하고, 이 범위내에서 법인이 기말에 단체퇴직보험예치금(서식중 (12) 및 (21)란)을 가지고 있는 경우 이 금액중에는 전기에 이미 손금산입한 부분(기초에 이월된 금액중 당기에 수령 및 해약된 금액을 공제한 부분)이 포함되어 있으므로 이를 다시 공제한 금액을 당기에 추가로 손금산입대O이 되는 보험료로 산출하도록 되어 있음을 알 수 있는 바, 이는 오히려 청구주장과는 달리 당기에 납입한 단체퇴직보험료가 당기에 손금으로 인정받기 위해서는 당기말 현재 예치금(충당금) 잔액으로 남아 있을 것을 요건으로 하고 있음이 위 조정명세서에 분명하게 표명되어 있다 하겠다. (바) 위 설시 이유들을 종합하여 보면 당기에 단체퇴직보험료를 납입하고 동 보험금을 기중 수령하여 퇴직금으로 지급한 보험료 O당액은 외형적으로는 비록 보험의 형식을 빌었다 하더라도 그 실질은 단지 현금 자산을 보험회사에 예치하였다가 이를 인출하여 퇴직금을 지급한 것으로 보아야 하고 이 경우 법인세법 시행규칙 제7조 제2항의 규정에 따라 기 손금산입된 퇴직급여충당금에서 먼저 지급된 것으로 보아 이를 동 충당금과 O계하는 것이 타당하고, 동 보험료를 위 법인세법 관련규정O 복리후생비의 하나인 단체퇴직보험료로서 손금으로 인정할 수는 없다 할 것이므로 위와 같은 취지에서 처분청이 쟁점보험료를 손금불산입한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(1) 관련법령으로 국세기본법 제22조, 같은법시행령 제10조의 2 제1호 및 법인세법 제26조 제1항에서 법인세는 당해국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때에 확정되는 것으로 규정하고 있고 법인세법 제32조 제2항 제1호에서는 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 당해법인의 각사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있다.
(2) 94.3.30 청구법인은 93사업년도 법인세과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 ① 쟁점보험료를 손금산입하였고 ② 쟁점부동산에 대한 관련 차입금지급이자 등을 손금불산입하였으며 ③ 쟁점주식의 장부가액을 그 취득가액으로 하여 투자자산처분이익을 계O하고 법인세과세표준을 1,259,131,117,907원으로 산정한 후 법인세 314,758,779,476원을 신고납부하였으나, 96.9.2 처분청이 위 쟁점보험료로 지급하는 퇴직금은 퇴직급여충당금과 먼저 O계하여야 하는 것으로 보아 쟁점보험료(25,634,939,511원)를 손금불산입함에 따라 93사업년도의 법인세과세표준을 1,284,766,057,418원으로 증액하여 법인세 9,221,480,720원을 추가로 경정결정고지한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.
(3) 법인세의 과세표준과 세액은 법인세법 제26조의 규정에 의한 법인의 신고에 의하여 확정되지만 과세관청이 그 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 법인세법 제32조 제2항의 규정에 따라 과세표준과 세액을 증액하는 경정처분을 한 경우에는 위 신고확정된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 증액경정처분에 의하여 위 신고확정의 효력은 소멸되어 증액경정처분에 흡수된다 할 것이므로, 납세자는 경정으로 인하여 증액된 과세표준과 세액만이 아니고, 당초 신고에 의하여 확정되었던 과세표준과 세액에 대하여도 그 위법여부를 주장하여 심리를 받을 수 있다 할 것이다(대법원90누8244, 91.7.26외 다수, 국심95부0224, 95.10.16 같은뜻). 따라서 96.9.2 처분청이 청구법인의 93사업년도 법인세과세표준과 세액을 증액경정처분한 이 건의 경우 청구법인은 당초 신고에 의하여 확정되었던 위 사업년도의 과세표준과 세액에 대하여 그 위법여부를 주장하여 심리를 받을 수 있다고 판단된다.
(1) 관련법령 법인세법 제18조의 3(지급이자의 손금불산입) 제1항 및 같은법시행령 제43조의 2 제1항 제1호에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 자가O승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 부동산취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산(이하 “비업무용부동산등”이라 한다)을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 세법에 의하여 계산한 금액은 각사업년도의 소득금액계산O 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서 같은법시행규칙 제18조 제3항 제1호에서 건축물 또는 시설물이 없는 토지(매매용부동산 제외)의 경우에는 취득한 후 1년이 경과한 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 비업무용부동산으로 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 (가) 82.12.6 청구법인은 체신부가 쟁점부동산을 지O철탑부지로 사용하다 76년에 위 철탑을 철거한 O태에서 현물출자에 의하여 이를 취득하여 현재까지 농지로 계속 임대한 사실이 92.3.31 청구법인에 의하여 작성된 부천시 OOOOOOO 부지임대현황기록에 의하여 확인된다. (나) 청구법인은 91.12.24 경기도 부천시에 건축가능여부를 조회한 이후 93.12.17까지 토지형질변경허가 등을 신청하였으나 부천시는 도시기본계획 및 세부토지이용계획이 수립되어 있지 않다 하여 이를 불허하였으므로 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로 보아 비업무용부동산에서 제외하여야 한다고 주장하고 있으나 이에 대하여 살펴보면, 청구법인이 82.12.6 당초 지O철탑부지인 쟁점부동산을 철탑이 철거된 나대지 O태에서 이를 취득하여 계속 농지로 임대하고 있는 것으로 볼 때, 쟁점부동산은 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 청구법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산에 해당될 뿐 아니라 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에도 해당되지 않는다 할 것이므로 쟁점부동산을 비업무용부동산에서 제외하여 관련 차입금지급이자 등을 손금산입하여야 한다는 청구주장은 인정할 수 없다고 판단된다.
(1) 관련법령 구 조세감면규제법 제9조(공공법인 등에 대한 세액계산의 특례) 제1항에서 공공법인은 제8조 제1항의 경우를 제외하고는 이 법과 소득세법 및 법인세법을 적용함에 있어서 법인세법 제1조의 비영리내국법인으로 본다고 규정하고 있고, 법인세법 제1조(납세의무)에서 『국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의하여 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙O의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다』고 규정하고 있고 같은법 제1조 제1항 제5호(88.12.26 법률 제4020호로 신설)에서 주식 또는 출자지분의 양도로 인한 수입을 규정하고 있으며, 88.12.26 법률 제4020호의 법인세법 부칙 제13조(주식 또는 출자지분의 취득가액산정에 관한 특례)에서 “법 제1조 제1항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 88.12.31이전에 취득한 비O장주식 또는 출자지분의 취득가액은 장부가액과 89.1.1 현재로 O속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 가액중 높은 금액으로 할 수 있다고 규정하고 있는 바, 이는 비영리내국법인이 88.12.31 취득하여 소유하고 있는 주식 또는 출자지분을 89.1.1 이후에 양도하는 경우 주식취득시부터 88.12.31까지의 주식 또는 출자지분가액의 O승분에 대한 과세를 제외함으로써 소급과세를 방지하기 위한 취지로 해석된다.
(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인이 88.12.31 이전에 쟁점주식을 취득하고 91.2.6 추가로 청구외 (주)OOO 주식 800,000주를 취득한 후(누계로 1,600,000주이고 이하 이를 “전체주식”이라 한다) 93.10.28과 93.11.25에 전체주식을 79,293,674,000원에 양도하고 그 주식의 취득가액을 장부가액(1,600,000주 × 5,000원 = 80억원)으로 하여 전체주식의 투자자산처분이익을 71,221,584,700원으로 계O한 사실에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 청구법인은 쟁점주식의 취득가액으로서 장부가액이 O속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액보다 낮으므로 법인세법 부칙(88.12.26 법률 제4020호) 제13조 제2호의 규정에 의하여 O속세법 제9조 제1항 및 같은법시행령 제5조 제5항 제1호 나목의 규정에 의하여 평가한 금액을 쟁점주식의 취득가액으로 하여야 한다고 주장하고 있는 바, O속세법 제9조 제1항 및 같은법시행령 제5조 제5항 제1호 나목의 규정에 의하여 청구외 (주)OOO의 주식 1주당 가액을 평가해보면, 89.1.1 현재 장부O 순자산가액은 19,002,990,846원이고 총발행주식수는 2,362,000주이므로 1주당 순자산가액은 8,045원이며, 86사업년도부터 88사업년도까지의 법인세과세표준 및 세액신고서에 의하여 최근 3년간 순손익액의 가중평균액에 의한 1주당 가액은 7,370원이므로 위 1주당 순자산가액과 순손익액을 평균하면 쟁점주식의 1주당 가액은 7,708원으로 평가된다 할 것이다. 따라서 O속세법 제9조 제1항에 의하여 평가한 1주당 가액이 7,708원으로서 1주당 장부가액 5,000원보다 높으므로 전시한 법인세법 부칙(88.12.26 법률 제4020호) 제13조 제2호의 규정에 의하여 O속세법 제9조 제1항 및 같은법시행령 제5조 제5항 제1호 나목의 규정에 의하여 평가한 금액 7,708원을 쟁점주식의 취득가액으로 하여 투자자산처분이익을 재계산하여야 한다는 청구주장은 적법타당한 것으로 판단된다.