이자소득만 있는 청구법인이 과세표준 신고기한내에 법인세 신고를 하지 않은데 대하여 이자소득을 원천징수방법에 의하여 과세종결된 것으로 보아 기납부된 원천징수 납부세액을 환급하지 아니한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분 내용 OO카드(주) 사내근로복지기금(이하 “청구법인”이라 한다)은 사내근로복지기금법에 의하여 설립된 비영리법인으로서 95사업년도 이자소득에 대한 원천징수세액 16,041,650원을 납부하였는 바, 동 이자소득에 대하여 과세표준 신고기한인 96.3.15까지 법인세 신고를 하지 않고 있다가 법인세 신고기한이 경과된 이후인 96.6.4 법인세 신고시 위 원천징수 납부세액을 환급신청하였다. 처분청은 청구법인이 신고기한내에 법인세 신고를 하지 않음에 따라 법인세법 제27조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 이자소득에 대하여 원천징수방법에 의하여 과세종결된 것으로 보아 기납부된 원천징수세액을 환급할 수 없다는 사실을 96.11.18 청구법인에게 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.1.15 심사청구를 거쳐 97.4.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인 직원의 인사이동에 따라 신규담당자가 업무상 착오를 일으켜 과세표준 신고기한내에 법인세 신고를 하지 못하였으나, 청구법인은 이자소득만 있으므로 법인세 과세표준과 세액을 정부가 조사결정하여 기납부된 원천징수세액을 환급하는 것이 타당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인과 같이 이자소득만 있는 비영리 내국법인의 경우 법인세법 제27조에서 과세방법(종합과세 내지 분리과세)의 선택을 납세자에게 일임하고 있는 바, 청구법인은 이자소득만 있음에도 불구하고 법정신고기한내에 과세표준 신고를 하지 않음으로써 법인세법 제27조 제2항에 의하여 원천징수의 방법에 의하여 과세절차가 종결되었다고 보아야 할 것이므로 처분청의 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이자소득만 있는 청구법인이 과세표준 신고기한내에 법인세 신고를 하지 않은데 대하여 이자소득을 원천징수방법에 의하여 과세종결된 것으로 보아 기납부된 원천징수 납부세액을 환급하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제26조 제1항에서는 납세의무 있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다고 규정하고 있고, 동법 동조 제3항에서는 내국법인이 각 사업년도 종료일로부터 60일 이내에 당해 사업년도의 결산을 확정하지 아니한 경우에는 그 60일이 되는 날을 결산을 확정한 날로 보고 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고 있다.

(2) 동법 제27조 제1항에 의하면, 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자소득에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있으며, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 동법 동조 제2항에서는 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수방법에 의하여 과세한다고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 관련법령에 의하면, 납세의무가 있는 내국법인은 신고기한내에 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하도록 되어 있으나 다만, 비영리내국법인은 이자소득에 대하여 법인세의 과세표준 신고를 하지 않을 수 있는 바, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득에 대하여는 원천징수방법에 의하여 과세하도록 규정하고 있다. 따라서 법인세법상 이자소득이 있는 비영리법인의 경우 납세자에게 법인세 과세표준의 신고여부에 대한 선택적인 권리를 부여하고 있으므로 만일 신고기한내에 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 소득금액 계산시 이를 포함하지 않고, 원천징수방법에 의하여 과세하도록 규정되어 있음을 알 수 있다.

(2) 이 건의 경우 청구법인은 95사업년도의 이자소득에 대하여 신고기한내에 법인세의 과세표준 신고를 하지 아니한 사실에 대하여 다툼이 없으므로 위 관련법령에서 살펴 본 바와 같이 법인세법 제27조 제2항의 규정에 따라 동법 제39조의 규정의 원천징수방법에 의하여 과세한 처분청의 당초처분은 정당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.