[요지] 비업무용부동산에 해당되지 않는다고 판단되므로 손금불산입한 쟁점토지 관련지급이자 94사업연도분 및 95사업연도분은 손금산입하는 것이 타당함
[요지] 비업무용부동산에 해당되지 않는다고 판단되므로 손금불산입한 쟁점토지 관련지급이자 94사업연도분 및 95사업연도분은 손금산입하는 것이 타당함
[주 문] 강남세무서장이 96.10.16 청구법인에게 결정고지한 91.1.1 ～95.12.31사업연도분 법인세, 특별부가세 및 농어촌특별세 합 계 69,765,955,900원(사업연도별, 세목별고지세액명세는 별첨 참조)은
1. 91～95사업연도분 해당세목의 과세표준 및 세액을 다음과 같이 경정한다.
(1) 익금 산입한 수탁관리잉여금 3,139,173,356원중 157,245,464원을 익금불산입하고,
(2) 비업무용부동산에 대한 지급이자로 손금불산입한 금액중 서울특별시 은평구 OOO동 OOO외 352필지 토지 43,510.50㎡에 관련된 지급이자 1,211,611,345원을 손금산입하 며,
(3) 고양 OOO, OOO, OOO, OOO블럭 합동개발용지 외 4개처에 대한 매출손익을 계산함에 있어서 매출원가를 144,505,310,418원으로 하여 경정
○ 지구별 매출원가등의 내용 (단위: 원) 지 구 별 처 분 청 경 정 심판청구결정 매출액 매출원가 매출원가 고양. OOO OOO, OOO, OOO, OOO블럭 109,080,774,000 44,651,256,674 75,629,762,438 구리. OOO OOO, OOO블럭 56,186,073,500 27,479,001,629 40,473,155,601 부천. OOO OOO, OOO블럭 45,030,547,000 27,291,645,647 27,418,006,579 군포. OOO (OOO 부지) 774,000,000 748,856,658 748,856,618 부천 OOO (OOO 부지) 276,430,000 235,529,182 235,529,182 합 계 211,347,824,500 100,406,289,700 144,505,310,418
- 마. 94사업연도 특별부가세 고양 OOO, OOO, OOO, OOO 합동개발용지외 4 개처에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 취득가액을 144,505,310,418원으로 하여 경정
○ 지구별 매출원가 등의 내용 (단위:원) 지 구 별 처 분 청 결 정 심판청구결정 양도가액 취득가액 취득가액 고양. OOO OOO, OOO, OOO, OOO블럭 109,080,774,000 47,685,211,987 75,629,762,438 구리. OOO OOO, OOO블럭 56,186,073,500 30,628,838,909 20,473,155,601 부천. OOO OOO, OOO블럭 45,030,547,000 27,291,645,647 27,418,006,579 군포. OOO (OOO 부지) 774,000,000 748,856,618 748,856,618 부천 OOO (OOO 부지) 276,430,000 235,529,182 235,529,182 합 계 211,347,824,500 106,590,082,343 144,505,310,418
- 바. 95사업연도 법인세
(1) 수탁관리잉여금 익금산입액 3,993,431,123원(익금산입 4,183,261,229원, 손금산입 189,830,106원)을 4,183,261,229원으 로 경정하고,
(2) 비업무용부동산에 대한 지급이자 손금불산입금액 중 서 울특별시 은평구 OOO동 OOO외 310필지 토지 37,977.3㎡에 관련된 지급이자 889,655,400원을 손금산입하며,
(3) 고양 OOO블럭 합동개발용지외 1개처에 대한 매출 손익을 계산함에 있어서 매출원가를 34,121,783,080원으로 경 정
○ 지구별 취득가액등의 내용 (단위: 원) 지 구 별 처 분 청 경 정 심판청구결정 매출액 매출원가 매출원가 고양. OOO블럭 18,923,000,000 11,815,378,481 17,606,477,921 대전OOO지구 25,383,338,000 11,251,170,783 16,515,305,159 합 계 44,306,338,000 23,066,549,264 34,121,783,080
- 사. 95사업년도 특별부가세 고양 OOO 합동개발용지외 1개처에 대한 양도차익 을 계산함에 있어서 취득가액은 34,121,783,080원으로 하여 경 정
○ 지구별 취득가액등의 내용 (단위: 원) 지 구 별 처 분 청 경 정 심판청구결정 양도가액 취득가액 취득가액 고양. OOO블럭 18,923,000,000 11,815,378,481 17,606,477,921 대전OOO지구 25,383,338,000 11,251,170,783 16,515,305,159 합 계 44,306,338,000 23,066,549,264 34,121,783,080
- 아. 94사업연도 및 95사업연도의 농어촌특별세 위 94～95사업연도의 법인세 및 특별부가세의 경정에 따라 과세표준 및 세액을 경정
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분 개요 청구법인은 대한주택공사법에 의하여 설립된 100%정부가 출자한 법인으로 주택의 건설·개량 및 관리의 수탁, 주택건설 자재의 생산 및 공급, 대지의 조성 및 공급, 도시의 조성·정비 등 도시계획사업시행 등의 업무를 하는 법인이다. 처분청은 청구법인의 91.1.1-12.31～95.1.1-12.31사업연도의 법인세 및 특별부가세 경정조사를 실시하여 청구법인이 민간건설업자에게 분양한 합동개발용지등에 대한 매출원가의 차이, 손익의 귀속년도 차이, 부채로 계상한 수탁관리잉여금을 해당사업연도의 익금에 산입, 택지개발사업시행후 남은 자투리토지를 비업무용토지로 보아 관련지급이자를 손금불산입, 면세되는 특별부가세의 과세표준신고누락에 대한 과소신고가산세부과 등으로 하여 96.10.16 청구법인에게 91～95사업연도분 법인세, 특별부가세 및 농어촌특별세 합계 69,765,955,900원을 경정고지하였다.(사업연도별, 세목별 고지세액은 별첨 참조) 청구법인은 이에 불복하여 1996.12.12 심사청구를 거쳐 1997.4.7 심판청구를 하였다.
2. 청구법인의 주장 및 국세청장의견
(1) 94사업연도에 손익이 귀속된 것으로 보아 과세한 합동개발용지등(이이하 “쟁점①매각용지”라 한다)에 대하여 (가) 쟁점① 매각용지(합계 322,859㎡)의 내역을 보면 다음과 같다.
○고양 OOO 택지개발지구 중 OOO, OOO, OOO, OOO블럭 합동개발용지 157,661㎡
○ 구리 OOO택지개발지구 중 OOO, OOO블럭 합동개발용지 74,453㎡
○ 부천OOO 택지개발지구 중 OOO, OOO블럭 합동개발용지87,975㎡
○ 군포OOO 택지개발지구 중 OOO 용지2,000㎡
○ 부천OOO 택지개발지구 중 OOO용지770㎡ (나) 처분청의 과세경위 청구법인은 쟁점①매각용지를 민간건설회사에 분양함에 있어서 94사업연도중에 매매대금을 전액 수령하고, 분양한 대지에 대해 민간건설회사가 아파트 신축공사를 착공할 수 있도록 사용승락(인도)하였으나, 청구법인이 시행하여야 하는 도시기반 시설공사가 94년중에 완성되지 않았고, 수용토지(취득토지)의 용지대금도 정산되지 않는 등으로 하여 매출액에 대응되는 매출원가가 확정되지 아니하였으므로 정부투자기관회계규정에 의거 장부 및 결산보고서상에는 94사업연도 중에 손익을 인식하지 않았으나, 94사업연도에 대한 법인세, 특별부가세 등에 대한 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서는 법인세법 제17조의 규정에 의하여 쟁점①매각용지의 수익이 실현된 것으로 보고, 그에 대응되는 원가는 예정원가를 추정하여 신고하였는 바, 이에 대해 처분청은 쟁점①매각용지의 수입금액은 청구법인이 신고한 내용대로 인정하면서도 그에 대응되는 원가는 94사업연도(일부는 95사업연도)까지 실제로 투입된 원가만을 인정하여 이건 과세 하였다. (다) 불복의 사유
1. 법인세 청구법인은 정부투자기관 회계규정에 따라 수익과 그 대응원가를 비용이 확정되는 시점(쟁점①매각용지의 경우는 95～96사업연도)에 장부상에 계상하였으며, 94사업연도의 법인세 및 특별부가세 신고시의 세무조정에서는 수익은 확정되었으나, 비용이 확정되지 아니하였으므로 그 대응원가는 수익·비용대응원칙에 따라 예정공사원가로 신고할 수밖에 없었는데, 처분청은 수익은 청구법인의 신고내용대로 전액을 94사업연도에 귀속시키고 그 원가는 94년도(일부는 95년도)까지 투입된 원가만을 인정하였는 바, 이는 법인세법상의 수익·비용대응원칙에 어긋날 뿐만 아니라 처분청 논리대로라면 94년도에 인식된 수익에 대응되는 원가를 그 사업연도에 인정받지 못함으로써 발생되지도 아니한 가공의소득에 대하여 과세하는 결과가 된다. 따라서 이 건의 경우와 같이 수익확정시점에 대응원가가 확정되지 못하는 상황에서는 예정공사원가로 대응원가를 계상하는 것이 법인세법이나 기업회계기준에 적합한 것이다.
(2) 특별부가세
- 가) 토지등의 양도차익에 부과되는 특별부가세에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용하도록 되어 있고, 소득세법시행령 제53조 제2항의 규정에 의하면 대금청산일에 불구하고 목적물이 완성되지 아니한 경우에는 완성 또는 확정된 날이 양도시기가 되는 것이므로 쟁점매각①용지는 잔금청산된 94년이 양도시기가 아니고, 도시기반시설공사등이 완공된 95～96년도에 양도시기가 도래한 것으로 보아야 한다.
- 나) 만일 94년에 양도된 것으로 보아 과세한다면 취득원가는 법인세와 같이 청구법인이 세무조정하여 신고한 예정공사 원가를 취득원가로 인정하여 과세하여야 한다.
(2) 95사업연도에 손익이 귀속된 것으로 보아 과세한 합동개발용지등(이하 “쟁점②매각용지”라 한다)에 대하여 (가) 쟁점② 매각용지(합계 95,644㎡)의 내용을 보면 다음과 같다.
○ 고양 OOO 택지개발지구 중 OOO블럭 합동개발용지 36,540㎡
○ 대전 OOO지구 택지개발지구 OOO블럭 합동개발용지 59,104㎡ (나) 처분청의 과세내용 쟁점②매각용지의 매매대금은 95년도중에 전액 수령하였다 하더라도 도시기반 시설공사등이 95년도 중에 준공되지 아니하고 96년도 및 97년도에 준공되어 원가가 확정되었으므로, 청구법인은 정부투자기관회계규정에 의하여 준공된 시점에 손익을 인식하여 회계처리하였다. 또한, 95.1.1부터 시행되는 개정법인세법 제17조의 규정에 의하면 손익의 귀속사업연도는 기업회계규정을 존중하게 되어 있으므로 청구법인은 94사업연도에 손익을 인식하여 세무조정신고한 쟁점①매각용지의 경우와는 달리 세무조정을 하지 아니하였다. 그러나, 처분청은 쟁점①매각용지가 95사업연도에 수익이 실현된것으로 보아 매출액은 전액 95사업연도에 귀속시키고, 그에 대응되는 매출원가는95사업연도까지 발생한 원가만을 인정하여 법인세 및 특별부가세를 과세하였다. (다) 불복사유
1. 법인세 95.1.1부터 시행되는 법인세법 제17조 제1항에서는 익금과손금의 귀속사업연도는 익금과 손금이 확정된 사업연도로 한다고 규정하면서 동조 제3항에서는 내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도 등에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준과 관행에 의한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 경우 정부투자기관 회계규정에 준거하여 회계처리를 해 왔고, 특히 이 건과 관련된 손익의 인식은 정부투자기관 회계규정 시행세칙 제113조 제4항의 규정에 따라 원가가 확정되는 때에 수익을 인식하는 것인바, 쟁점②매각용지는 95사업연도에는 원가가 확정되지 아니하였으므로 처분청이 95사업연도에 수익이 실현된 것으로 본 것은 부당하다.
2. 특별부가세
- 가) 쟁점①매각용지에 대한 주장과 같이 당해 목적물이 완성되지 아니한 경우에는 매매대금청산여부에 불구하고 그 목적물이 완성된 날을 양도일로 보아야 하므로 95년도 중에 완성되지 아니한 쟁점②매각용지의 경우 95사업연도에 특별부가세를 과세할 수 없다.
- 나) 처분청의 주장대로 당해 토지의 양도시기를 95사업연도로 본다면 그 취득가액은 쟁점②매각용지의 도시기반시설 준공시까지 투입된 원가가 전부 인정되어야 한다.
(3) 수탁관리잉여금을 익금으로 본 것에 대하여 (가) 처분청의 과세내용 처분청은 청구법인이 91～95사업연도에 부채로 계상한 수탁관리잉여금 합계 13,377백만원(이하 “쟁점③수탁관리잉여금”이라 한다)을 해당사업연도의 익금으로 보아 법인세등을 부과하였다. (나) 상가임대수익에서 발생한 수탁관리잉여금에 대하여
1. 불복사유 청구법인은 정부의 시책에 따라 1989년부터 1995년까지 전국적으로 영구임대주택 189, 746호를 건설하여 임대관리하고 있으며, 영구임대주택 입주자 선정기준 및 관리지침(건설부 주관 30415-10780호 90.5.8) 제13조에 의거 영구임대주택 단지내 상가의 임대보증금 예치이자와 상가임대료 수입에서 건물의 특별수선충당금등 필요경비를 공제하고 남은 잔액으로 저소득 영세민을 위하여 영구임대주택(아파트)의 관리비를 보전하도록 함에 따라, 상가임대수익이 영구임대주택에 입주한 법정 영세민의 실제 아파트관리비 보전액보다 많은 경우에는 그 잔액은 차기년도 이후의 관리비에 충당하고, 상가 임대수익이 실제 관리비 보전액보다 적을 경우에 발생하는 결손금은 차기년도 이후의 임대수익에서 보전되는 것이므로 상가임대수익에서 발생하는 수탁관리잉여금은 청구법인의 수익으로 볼 수는 없는 것이다.
2. 아파트 수탁관리에서 발생한 수탁관리 잉여금에 대하여 청구법인은 분양주택인 경우 수탁관리기간인 1년동안 아파트를 관리한 후 입주자에 관리권을 인계하고, 장기 임대주택은 5년간 임대시행후 분양전환하여 입주자에게 관리권을 인계하여 주고 있으며, 영구임대주택은 50년간 임대하여야 하므로 계속관리를 하여 주고 있는바, 주택관리규정 시행세칙 제63조에서는 청구법인이 수탁관리를 하면서 잉여금이 발생한 경우(실제 지출된 비용보다 입주자로부터 징수한 금액이 많은 경우)에는 당해 단지의 전년도 이월부족금을 보전하고, 잔액에 대하여는 결산시 부채계정인 입주자 부담계정(수탁관리 잉여금계정)으로 계상하여 입주자 대표에게 관리업무를 인계할 때에 그 잔액을 환불하여야 하는 것이므로 이는 청구법인의 부채로서 익금에 해당되지 아니한다.
(4) 청구법인이 택지개발사업을 시행하여 주택건설분양을 한 후 남아 있는 자투리 토지(94사업연도 353필지 43,510.50㎡, 95사업연도 311필지 37,977.3㎡, 이하 “쟁점④토지”라 한다)를 비업무용부동산으로 본 것에 대하여 처분청은 쟁점④토지를 비업무용부동산으로 보아 법인세법 제18조의 3의 규정에 의거 94사업연도 및 95사업연도에 각각 관련지급이자 1,211백만원 및 889백만원을 손금불산입하였으나, 쟁점④토지는 토지수용법, 주택건설촉진법, 택지개발촉진법 등 관련법령에 의해 주택건설 및 택지개발사업을 시행하면서 분양대지로서의 이용도가 낮은 축대, 구거, 우물, 공동화장실 등의 부지로서 관리처분이 어렵거나 소유권이전 등기등의 처리가 곤란하여 현재까지 청구법인의 소유로 되어 있는 소규모 필지로서 청구법인은 지방자치단체에 기부채납 등을 통한 노력을 기울였으나, 토지의 효용가치가 극히 미약하거나 자연환경을 고려한 개발제한구역 등으로 기부가 반려되고 점유자 이외의 매수자가 없음을 악용하여 현재 점유자 또는 인접지 소유자가 시효취득 등 목적으로 이용만 하고, 매수에 비협조적인 토지로서 이용가치가 없는 자투리 토지이므로 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제8호 및 조세감면규제법 제64조 제1항 제7호의 규정에 의하여 비업무용부동산에서 제외되어야 한다.
(5) 93사업연도 특별부가세과세표준 신고누락한 서울특별시 용산구 OOO동 소재 토지 및 건물(이하 “쟁점⑤부동산”이라 한다)의 양도차익에 대하여 과소신고 가산세를 부과한 것에 대하여 (가) 쟁점⑤부동산의 내역을 보면 다음과 같다.
○ 토지: 용산구 OOO동 OOO외 29필지 102,367㎡,
○ 건물: 같은동 OOO외22필지 지상 아파트 2동 59,598.12㎡ 및 용산구 OOO동 OOO외 2필지 지상 단독주택 50동8,429㎡ (나) 처분청의 과세내용 청구법인은 쟁점⑤부동산을 양도하고, 양도일 (1차 중도금 납부일 93.3.30)이 속하는 93사업연도 특별부가세 신고시에 그 양도차익이 100% 감면되는 소득이라는 이유로 과세표준을 신고하지 아니하였으며, 이에 대해 처분청은 과소신고가산세(1,397백만원)를 부과하였다. (다) 불복사유 쟁점⑤부동산은 구 조세감면규제법 제57조의 규정에 의하여 그 양도에 따른 소득에 대하여는 감면신청여부에 관계없이 특별부가세가 100% 감면되는 것이며, 법인세법 시행규칙 제58조 제3항에서는 “이 법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세 포함)가 비과세되거나 전액 면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 법 제41조(가산세) 제1항과 제3항의 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있으므로 이 건과 같이 산출세액이 전액 면제되는 경우에는 가산세 부과대상이 되지 아니한다.
- 나. 국세청장 의견
(1) 94사업연도에 손익이 귀속된 것으로 보아 과세한 쟁점①매각용지에 대하여 (가) 법인세 94사업연도에 쟁점①매각용지의 분양대금이 청산되고 토지매수자에게 토지사용을 승낙하여 매수자가 공사를 착공한 사실에 다툼이 없으므로, 그 손익의 귀속시기는 대금청산일이 속하는 94사업연도로 보아야 하며, 청구법인의 94사업연도 결산서상 전체 토지분양사업의 매출액에 대한 매출원가의 비율(이하 “원가율”이라 한다)이 63.1%로 나타나고 있는데 비해 청구법인이 세무조정으로 신고한 쟁점①매각용지 원가율은 97.9%로 나타나고 있는 점을 감안하여 보면 청구법인이 예정공사원가로 대응원가를 계상한 것은 불합리한 것임을 알 수 있는 바, 처분청이 쟁점①매각용지의 분양시점까지의 실제 발생원가를 그 대응원가로 인정한 것은 적법하다. (나) 특별부가세 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우에 당해자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되기 전에 당해 목적물을 사실상 사용하는 경우에는 그 사용일을 양도 및 취득시기로 하는 것이므로 처분청이 쟁점①매각용지의 대금이 청산되고 매수자에게 토지 사용을 승낙한 94년을 양도시기로 본 것은 적법하며, 토지사용승락일(인도일)까지 발생한 원가를 취득원가로 하여 그 양도차익에 대하여 특별부가세를 과세한 것은 적법한 것이다.
(2) 95사업연도에 손익이 귀속된 것으로 보아 과세한 쟁점②매각용지에 대하여 (가) 법인세 정부투자기관회계규정에 따른 시행세칙 제113조(건설사업의 수익인식) 제4항에 “분양대지는 잔금납부지정일 또는 대지 사용승낙일에 대지건설사업수익으로 계상한다. 다만, 제품의 원가가 확정되지 아니한 경우에는 확정된 때에 수익을 인식한다”라고 규정하고 있는 반면, 처분청의 조사관계서류를 보면 합동개발용지의 경우 청구법인이 잔금청산 후 원가가 확정되어 준공되는 시점 이전에 분양대지의 손익을 인식하여 계상한 것으로 나타나고 있어, 위 정부투자기관 회계규정시행세칙에 따라 수익을 인식한 것으로 보기 어려우므로 95년도에 분양대금이 청산된 쟁점②매각용지도 동 시행세칙의 규정을 일관되게 적용하여 손익을 인식한 것으로 보기 어려운 바, 95년 개정법령에 의하면 기업회계기준 또는 관행으로 볼 수 있는 정부투자기관회계규정을 계속하여 적용하여 오지 않은 경우에는 대금청산일이 속하는 사업연도를 손익의 귀속년도로 보아야 하므로 처분청이 쟁점②매각용지에 대한 손익의 귀속시기를 분양대금이 청산된 95년도에 도래한 것으로 보고 분양수입상당액을 익금에 산입하고 발생원가를 손금에 산입하여 과세한 처분은 잘못이 없다. (나) 특별부가세 쟁점①매각용지의 경우와 같이 매수자에게 토지사용을 승락한 95년을 양도시기로 본 것은 적법하며, 토지사용승락일(인도일)까지 발생한 원가를 취득원가로 하여 그 양도차익에 대하여 특별부가세를 과세한 것은 적법하다.
(3) 쟁점③수탁관리잉여금을 익금으로 본 것에 대하여 (가) 청구법인은 영구임대상가의 임대료 수입중에서 영구임대아파트에 입주한 영세민의 관리비로 보전한 금액을 초과하는 금액을 부채계정인 입주자 부담계정(수탁관리 잉여금계정)에 계상함으로써 결과적으로 손익계산서상 영구임대상가 임대료수입과 매출원가가 동일하여 동 영구임대상가 손익은 “0”으로 나타나고 있고, 그러한 방법으로 91～95년 기간동안 동 부채계정이 누적되었으므로 이는 입주자에게 진 채무가 아니고 청구법인의 수익에 해당하고, (나) 청구법인은 자체건설한 장기임대아파트(5년) 및 분양아파트의 관리에 대한 인건비, 난방비등 관리비 부과분과 집행분을 손익계산서상 각각 용역수익항목인 부대사업운영수익 및 동 매출원가로 계상하고 있고, 수탁관리잉여금은 입주자로부터 징수한 금액에서 관리비를 지출하고 남은 잔액을 결산기말에 부채계정인 입주자 부담계정(수탁관리잉여금 계정)에 표기한 것으로 이 또한 청구법인의 수익으로 보아야 한다.
(4) 쟁점④토지를 비업무용부동산으로 본 것에 대하여 쟁점④토지는 주택신축, 대지조성 등 사업이 완료되고 사업지구외곽에 남은 토지로서 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제1호(취득후 일정기간 업무에 사용하지 않은 부동산) 또는 제12호(매매용부동산)에 의한 비업무용부동산에 해당되며, 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제8호의 규정을 보면, 조세감면규제법 제64조 제1항 제7호 및 주택공사법 제9조의 규정에 의한 공공사업시행자로서 조성한 토지가 아닌 경우 94.1.1이후 양도분부터는 양도소득세등 감면규정을 적용하지 않는 것으로 되어 있어 쟁점④토지는 비업무용에서 제외할 수 없다.
(5) 쟁점⑤부동산을 양도하고 신고누락한 것에 대하여 특별부가세 과소신고가산세를 부과한 것에 대하여 92.12.26을 계약일로 하고 잔금을 94년에서 98년까지 연불로 받는 조건으로 매각이 이루어진 쟁점⑤부동산의 양도시기를 중도금을 수령한 93.3.30로 하여 양도차익을 계산함에는 다툼이 없고, 처분청의 조사내용에 의하면 이건 양도 관련 특별부가세 산출세액은 13,973백만원으로서 100%감면 대상이나 쟁점⑤부동산 이외의 양도분을 합하여 당해 사업연도 특별부가세 산출세액은 42,463백만원이고, 감면종합한도 범위내의 감면세액 28,218백만원을 차감한 결정세액이 14,244백만원임을 알 수 있는 바, 이건의 경우 관련법령에서 규정하고 있는 산출세액이 없는 경우에 해당하지 아니함은 물론 비과세되거나 전액 면제되는 소득만이 있는 경우에 해당하지 아니하므로 처분청이 이건 과소신고가산세를 부과한 것은 적법한 것이다.(국세청 법인 46012-2265, 96.8.13 같은 뜻임)
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 (1)-(가) 쟁점①매각용지에 대하여 익금(매출액)은 94사업연도에 전액 귀속시키고, 그에 대응되는 손금은 94사업연도(일부는 95사업연도)까지 발생한 원가만 인정하여 법인세를 부과한 처분의 당부 (1)-(나) 쟁점①매각용지의 양도시기를 94사업연도로 보고, 또한 그 취득가액은 95사업연도까지 발생한 원가만 인정하여 특별부가세를 부과한 처분의 당부 (2)-(가) 쟁점②매각용지에 대하여 95사업연도에 수익이 실현된 것으로 볼 수 있는 지 여부 및 95사업연도에 수익이 실현된 것으로 보는 경우에 익금은 95사업연도에 전액 귀속시키고, 손금은 95사업연도까지 발생한 원가만 인정하여 법인세를 부과한 처분의 당부 (2)-(나) 쟁점②매각용지의 양도시기를 95사업연도로 보고, 또한 그 취득가액은 95사업연도까지 발생한 원가만 인정하여 특별부가세를 부과한 처분의 당부
(3) 쟁점③수탁관리잉여금을 익금에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부
(4) 쟁점④토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부
(5) 93사업연도 특별부가세 신고누락한 쟁점⑤부동산에 대하여 과소신고가산세를 적용할 수 있는지 여부
- 나. 쟁점(1)-(가)에 대하여
(1) 관계법령 법인세법 제9조 제1항에서는 “내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 같은법 제17조 제1항에서는 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고, 제3항에서는 내국법인이 각 사업연도에 있어서 제2항(상품·제품등의 귀속년도)의 규정에 해당되지 아니하는 자산을 양도함으로써 생긴 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다. 같은법 제9조 제3항에서는 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고, 같은법 시행령 제12조 제2항에서는 손비라 함은 양도한 자산의 양도당시의 장부가액, 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용, 인건비, 고정자산의 수선비 및 감가상각비, 자산의 임차료, 차입금이자 등을 규정하면서 제16호에서는 제1호 내지 제15호 이외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액을 규정하고 있다. 또한, 기업회계기준 제39조 제1항에서는 “손익계산서는 기업의 경영성과를 명확히 보고하기 위하여 그 회계기간에 속하는 모든 수익과 이에 대응되는 모든 비용을 적정하게 표시하여야 한다.”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 (가)청구법인은 정부투자기관 회계규정을 준수하여야 하는 법인으로서 95～96사업연도에 도시기반시설공사등이 준공되어 준공시에 그 취득원가가 확정된 쟁점①매각용지에 대한 회계처리를 함에 있어서 동매각용지에 대한 매매대금은 94사업연도중에 청산되었으나, 그 취득원가는 확정되지 아니하였으므로 위 회계규정에 의하여 준공일이 속하는 95～96사업연도의 매출과 매출원가로 장부상에 계상하였다. 그러나 청구법인은 94사업연도 법인세 및 특별부가세신고시에 법인세법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매매대금이 청산된 94사업연도에 쟁점①매각용지의 손익을 귀속시켜 세무조정하였는 바, 그 내용을 보면, 익금(매출액)은 94사업연도에 확정되어 그 금액을 신고하였으나, 이에 대응되는 손금은 확정되지 아니하였으므로 예정원가상당액으로 신고하였다. 처분청은 이건 경정조사시에 매출액은 신고금액대로 인정하고, 이에 대응되는 손금은 94사업연도(일부는 95사업연도)까지 실제 발생된 원가만을 인정하여 법인세 및 특별부가세를 과세하였다.
(3) 적용 및 판단 (가) 쟁점①매각용지는 대부분 합동개발용지로서, 합동개발용지란 청구법인이 택지개발사업등을 시행함에 있어서 대지조성 및 도시기반시설공사와 소규모 아파트의 신축·분양은 청구법인이 직접하나 국민주택규모이상의 대형아파트의 부지는 청구법인이 조성한 대지를 민간건설회사에 분양하여 동 분양대지에 민간건설회사가 아파트를 신축·분양하는 바, 이 경우 조성하여 분양한 대지를 말한다.따라서 합동개발용지의 경우에는 청구법인이 직접 신축하는 아파트와 민간건설업자가 신축하는 아파트가 거의 같은시기에 착공이 이루어지고, 그대신 도시기반시설공사는 아파트가 준공되는 시점에 가서야 완공되는 것이기 때문에 민간건설회사로부터 분양한 합동개발용지의 매매대금을 전액 수령하고, 대지 사용승락을 한 때에 매출액은 확정되는 것이나 그 주변의 도시기반시설공사는 상당한 기일이 경과한 후에 완공되고, 따라서 쟁점①매각용지를 포함한 택지개발사업시행지구의 공사원가는 도시기반시설공사가 완공되는 때에 확정되며, 쟁점①매각용지에 배부될 최종적인 원가도 그때에 확정되는 사실이 청구법인의 장부, 결산보고서 및 관련증빙서류에 의하여 확인된다. (나) 쟁점①매각용지의 경우 당해 매출액이 매매대금이 청산된 94사업연도의 익금이 되는점에 대하여는 청구법인과 처분청 모두 다툼이 없으므로 먼저, 법인의 각 사업연도 소득금액계산시 당해연도 매출액에 대응되는 매출원가를 청구법인이 계상한 바와 같이 당해연도까지 지출되지는 않았으나 당해연도 매출액에 대응되는 것으로 확정한 예정원가로 할 수 있는 것인지 아니면 처분청과 같이 당해연도까지 실제로 지출된 원가만으로 하여야 하는 것인지 여부를 살펴본다. 첫째, 법인세법 제9조 제1항 및 제3항, 제17조 제3항 및 동 시행령 제12조 제2항의 규정을 종합하여 보면, 각 사업연도소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게될 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액으로 하는 것이고,손금이라 함은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말하는 것이며, 손비라 함은 양도한 자산의 양도당시의 장부가액, 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용, 인건비, 고정자산의 수선비 및 감가상각비, 자산의 임차료, 차입금이자 및 그 이외에도 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액을 손비로 규정하고 있다는 점에 비추어 볼 때 당해연도에 지출되어 당해연도에 직접 귀속된 손금외에도 당해연도에 지출되지는 않았지만 적절한 배부 및 확정절차를 거쳐 당해연도의 익금에 대응되는 손금으로 확정시킬 수 있는 비용도 이에 포함되어야 할 것이다. 둘째, 법인세법령에서 규정하고 있는 손익의 귀속에 대한 또다른 규정을 보면, 자산임대계약에 있어서는 각 사업연도의 임대료로서 수입될 금액과 이에 대응되는 비용을 해당사업연도의 익금과 손금에 산입하고, 장기할부조건으로 자산을 판매하는 경우에는 할부조건에 따라 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 판매금액과 이에 대응하는 비용을 해당사업연도의 익금과 손금에 각각 산입하고, 건설 또는 제조에 관한 장기도급계약을 체결한 경우에는 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입하도록 규정하고 있음을 알 수 있다. 셋째, 국세기본법 제20조에서는 세법에 특별한 규정이 없는 경우에는 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하도록 규정하고 있으며, 기업회계기준 제39조 제1항에서는 기업의 경영성과에 대한 손익계산은 그 회계기간에 속하는 모든 수익과 이에 대응되는 모든 비용을 적정하게 표시하도록 규정하고 있는바, 쟁점①매각용지의 경우 청구법인은 기업회계기준 및 정부투자기관회계규정에 따라 원가가 확정되는 95～96사업연도에 익금과 이에 대응되는 손금을 인식하여 회계처리를 하였는데 법인세법 제17조 제3항의 규정에 의하여 그 대금이 청산되고, 사용승락한 날이 속하는 94사업연도에 손익을 인식하여 세무조정하면서 익금은 확정된 금액으로 하고 손금은 그 당시 확정되지 아니하였으므로 예정원가로 신고하였음을 알 수 있다. 위와 같은 사실을 종합하여 보면 쟁점①매각용지의 경우와 같이 매출액은 확정되어 귀속시기가 도래하였으나 그 시점에서 매출액에 대응되는 공사원가가 확정되지 아니한 경우에는 총매출액에 대응되는 총매출원가를 합리적인 방법으로 배부·확정시켜 이를 당해연도의 손금으로 하는 것이 법인세법상의 수익·비용대응의 원칙에 적합한 것으로 판단되므로 청구법인이 당해연도의 손금으로 계상한 쟁점①매각용지의 예정원가가 합리적인 방법으로 계산되었고, 또한 실제발생원가와 크게 차이가 나지 않는다면 이를 쟁점①매각용지의 당해연도(94사업연도)손금으로 인정할 수 있는 것으로 판단된다. (다) 다음으로 쟁점①매각용지의 매출액 및 매출원가에 대하여 청구법인이 신고한 내용과 처분청의 경정내용, 실제 발생한 매출원가의 내용을 보면 다음과 같다. 청구법인이 세무조정신고시 매출액은 211,347백만원으로 신고하였고 처분청도 그 금액을 인정하였는 바, 이에는 다툼이 없으며, 위 매출액에 대응되는 매출원가에 대하여 보면, 첫째, 청구법인은 쟁점①매각용지의 예정원가로 207,073백만원(원가율 97.97%)을 신고하였으나, 그 산정기준에 대한 객관적이고 합리적인 입증자료를 제시하지 못하고 있다. 둘째, 처분청은 쟁점①매각용지의 매출원가를 인정함에 있어서 96년도에 도시기반시설공사가 준공된 고양 OOO, OOO, OOO, OOO블럭외 2개지구에 대하여는 94년도까지 투입된 원가로 하고, 95년도에 준공된 군포 OOO 부지 및 부천 OOO우체국부지에 대하여는 준공시까지 투입된 원가총액으로 하여 매출원가를 100,406백만원(원가율 47.50%)을 인정하였다. 셋째, 쟁점①매각용지의 준공시까지 실제발생된 총원가는 144,503백만원(원가율 63.37%)임이 관련증빙서류에 의하여 확인된다. 따라서 청구법인이 신고한 예정원가는 객관적인 증빙이나 실제원가발생금액과 비교하여 볼 때 매출액에 대응되는 합리적인 매출원가로 인정하기 어렵다고 판단되고, 또한 처분청이 인정한 매출원가도 94년도 또는 95년도까지 발생된 원가만을 인정함으로써 매출액에 대응되는 적절한 매출원가라 할 수 없다고 판단된다. 그러므로 쟁점①매각용지의 당해연도(94사업연도)수입금액에 대응되는 매출원가는 실제발생하여 이건 심리일 현재 확정된 144,505,310,418원으로 하는 것이 수익·비용대응의 원칙을 규정하고 있는 법인세법령 규정상 타당한 것으로 판단된다.
- 다. 쟁점(1)-(나)에 대하여
(1) 관계법령 법인세법 제59조의 2 제6항 및 동 시행령 제124조의2 제13항에 의하면 토지 등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법 시행령 제53조의 규정을 준용한다고 규정하고, 소득세법 시행령 제53조 제1항에서는 소득세법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있으며, 제4호에서는 자기가 건설한 건축물에 있어서는 준공검사필증 교부일. 다만 준공검사전에 사실상 사용하거나 가사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 가사용 승인일을 규정하고 있다. 또한 같은조 제2항에서는 “완성 또는 확정되지 아니한 자산을 취득 또는 양도한 경우에 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 (가) 앞의 쟁점①매각용지의 법인세【쟁점(1)-(가)】에서 본바와 같이 청구법인은 특별부가세에 대한 세무조정시에 쟁점①매각용지의 양도가액(매출액)을 법인세의 각 사업연도 소득금액계산상의 익금과 같은 금액으로 신고하였고, 쟁점①매각용지의 취득가액은 각사업연도 소득금액계산상의 손금과 같은 금액으로 신고하였다. (나) 처분청은 이건 경정시에 양도가액은 청구법인이 신고한 금액(211,347백만원)대로 인정하고, 취득가액은 95년도까지 발생된 원가 106,587백만원을 인정하였다.
(3) 적용 및 판단 (가) 먼저 94사업연도말까지 쟁점①매각용지에 대한 주변도시기반시설공사가 준공되지 아니하였으므로 소득세법시행령 제53조 제2항의 규정에 의거 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 양도일로 보아야하므로 94사업연도의 쟁점①매각용지에 대한 특별부가세는 취소되어야 한다는 청구법인의 주장에 대하여 보면, 쟁점①매각용지는 합동개발용지로서 주변의 도시기반시설공사는 94사업연도까지 완성되지 아니하였다 하더라도, 쟁점①매각용지 그 자체는 94사업연도중에 매매대금이 전부 청산되었을 뿐 아니라, 동 매각용지를 분양받은 민간건설업자는 청구법인으로부터 대지 사용승락을 받아 아파트건설에 착공하였으므로 사실상 인도가 이루어지고, 또한 매수자가 사용을 하게된 것이므로 사실상 사용일을 양도시기로 보아야 할 것으로 판단된다.(재경원 재산 46014-187, 96.5.4, 국세청 재일 46014-2351, 96.10.18, 같은 뜻임) (나) 다음으로 쟁점①매각용지의 취득원가에 대하여는 앞에서 본 법인세산출을 위한 각 사업연도의 소득금액 계산에 대하여 검토한 바와 같이 양도가액에 대응되는 취득가액을 차감하여 양도차익을 계산하는 것이 타당하다고 할 것인 바, 도시기반시설공사 준공시까지 실제 발생한 원가 144,505,310,418원을 취득가액으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.
- 라. 쟁점(2)-(가)에 대하여
(1) 관계법령 94.12.22 개정된 법인세법 제17조 제3항(95.1.1부터 시행)에서는 “내국법인이 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준 또는 관행을 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 (가) 청구법인이 주장하는 바와 같이 94사업연도까지 합동개발용지에 대하여 정부투자기관회계규정에 의거 계속적으로 공사원가가 확정되는 시점(준공시점)에 수익과 비용을 인식하여 왔는지 여부에 대하여 처분청의 조사내용 및 당심에서 확인한 내용을 보면 다음과 같다.
○ 합동개발용지의 경우 준공일과 수익인식시기가 다른 경우 지 역 별 준공년도 수익인식년도 비 고 고양 OOO 구리 OOO 부천 OOO 부천 OOO동 서울 OOO 서울 OOO 군포 OOO 부산 OOO 서울 OOO 구미 OOO 김해 OOO 울산 OOO동 96 96 95 96 95 96 95 92 95 94 93 94 96 96 95 93 91 94 91-93 91 93 92 92 93 94세무조정(쟁점매각①용지) 94세무조정(쟁점매각①용지) 94세무조정(쟁점매각①용지) (주) 위 준공년도는 행정상준공일을 기준으로 하였으나, 행정상준공이 되기 이전이라도 그 지역의 도시기반 시설공사가 준공되어 원가가 사실상 확정된 경우에는 그 날이 속하는 연도를 기재하였음. (나) 청구법인은 쟁점②매각용지에 대하여 95사업연도에 수익을 인식하거나 양도가 이루어진 것으로 보지 아니하였고, 세무조정신고도 하지 않았으나, 처분청은 95사업연도의 법인세를 경정함에 있어서 쟁점①매각용지의 과세방법과 같은방법으로 익금은 95사업연도에 전액 귀속시키고 손금은 95사업연도까지 투입된 원가만을 인정하여 이건 과세하였다. 쟁점②매각용지의 연도별 공사원가 투입내용 및 매매대금수령내역, 처분청의 경정내용을 보면 다음과 같다. (단위: 백만원) 지 구 별 공사원가투입내역 및 매매대금수령내역(회사장부) 계 세무조정 신고 (95년도) 처분청 경정 (95년도) 기업회계기준 처분청경정 기준 94사업 연도 95사업 연도 96사업 연도 97사업 연도 고양 OOO (96년도 준공) 수익 원가 차익 10,380 18,923 847 6,378 18,923 17,606 1,316 18,923 11,815 7,017
○ 수익: 공사준공일 (96-97년도)
○ 원가: 공사준공일 (96-97년도)
○ 수익 -잔금청산 기준(95년도)
○ 원가
• 95년도까지 투입원가 대전 OOO (97년도 준공) 수익원가차익 10,206 25,383 734 1,735 3,840 25,383 16,515 8,868 25,383 11,251 14,132 합 계 수익원가차익 44,306 34,121 10,184 44,306 23,066 21,149
(3) 적용 및 판단 (가) 청구법인은 95사업연도부터는 94.12.22 개정된 법인세법 제17조 제3항 및 정부투자기관회계규정에 의거 쟁점②매각용지의 도시기반시설공사가 완공된 때에 손익을 인식하여야 한다고 주장하고 있으나, 위 사실관계에서 본 바와 같이 청구법인은 계속적으로 익금과 손금의 귀속사업연도에 대하여 정부투자회계기준을 적용하여 온 것으로 보기 어려우므로 쟁점②매각용지에 대하여 95사업연도에 손익의 귀속시기가 도래하지 않았다는 주장은 인정하기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 95사업연도에 손익을 인식한 것은 정당하고 또한 익금 44,306백만원에 대하여서는 전액 95사업연도에 귀속시킨 것은 잘못이 없다 하겠다. (나) 다음으로 처분청이 쟁점②매각용지의 취득원가에 대하여 95사업연도까지 발생원가만을 인정하여 과세한 것이 정당한지 보면 심리일 현재 동 매각용지의 실제 발생된 총 원가가 확인되므로 쟁점①매각용지의 경우와 같은 논리로 실제 발생된 총원가 34,121,783,080원을 손금으로 인정하여 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
- 마. 쟁점(2)-(나)에 대하여 쟁점②매각용지의 특별부가세에 대하여도 쟁점①매각용지의 특별부가세 심리내용과 같은 방법으로 양도가액은 처분청이 경정한 금액(44,306백만원)대로 인정하고, 취득가액은 준공시까지 발생된 총원가 34,121,783,080원을 인정하여 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
- 바. 쟁점(3)에 대하여
(1) 과세내용 처분청이 91～95사업연도에 청구법인이 부채로 계상한 쟁점수탁관리잉여금을 익금산입하여 과세한 내용을 보면 다음과 같다. (단위: 백만원) 사업연도 합계 상가임대수익 아파트 수탁관리 1991 1992 1993 1994 1995 1,596 2,182 2,466 3,139 3,993 1,132 1,856 2,001 2,981 4,183 463 326 465 157 △189 합계 13,377 12,155 1,222
(2) 사실관계 (가) 청구법인의 회계처리내용을 보면 손익계산서에는 영구임대상가 사업수익과 부대사업운영수익(아파트수탁관리부분)으로 구분하여 수익항목으로 회계처리하고 이에 대응되는 매출원가는 위 수익금액과같은 금액을 영구임대상가사업비 및 부대사업운영비로 구분하여 표시하고 있어, 이에 대한 손익은 발생하지 않는 것으로 나타나고,대차대조표에는 각 항목별 수익에서 그에 대응하는 비용을 공제하고 남은 잔액을 수탁관리 잉여금계정(부채계정)으로 처리하고 있다. (나) 먼저 영구임대상가 수익 및 비용의 성격을 보면 영구임대상가 수익은 동 상가로부터 영수하는 임대료 수익과 기타수익(관리비등)으로 구성되고, 비용으로는 입주 영세민의 관리비보전, 임대상가의 보험료, 수선유지비, 감가상각비, 세금과 공과 등으로 구성되며, 영구임대상가수익에서 비용으로 지출된 금액을 제외하고 남은 잔액은 대차대조표상에 수탁관리 잉여금으로 계상하고 있으며 동 금액을 입주자에게 반환하는 것은 아니다. (다) 부대사업운영수익 및 비용의 성격을 보면 청구법인이 아파트를 신축·분양하여 그 관리를 입주자 대표에게 인계하기 전까지 관리를 대신하여 주거나 장기 임대 아파트를 분양하기 전까지 청구법인이 관리를 하여 주고 청구법인이 관리하는 기간동안에 입주자로부터 영수하는 금액은 수익항목으로 처리하고, 관리비로 지급하는 금액(전기료, 수도료, 연료비, 수선유지비 등)은 비용항목으로 처리하며, 수익이 비용을 초과한 경우에는 그 초과하는 금액을 부채(수탁관리 잉여금)로 계상하였다가 입주자들에게 동 아파트의 관리를 전환하는 경우에는 위 부채로 계상하였던 금액을 환불하는 것이다.(주택관리규정시행규칙 제63조 제1항) 청구법인이 관리 전환한 아파트의 입주자대표에게 91～95사업연도중에 환불한 수탁관리잉여금의 내용을 보면 다음과 같다. (단위: 백만원) 사업연도 91 92 93 94 95 금 액 213 481 466 720 1,231
(2) 적용 및 판단 처분청에서는 대차대조표상에 계상된 수탁관리잉여금을 일률적으로 발생된 사업연도의 수익으로 보았으나, 위 조사내용에서 보는 바와 같이 영구임대상가 수익부분과 부대사업부문과는 그 내용이 서로 다른 것으로서, (가) 영구임대상가 수익에서 발생한 잉여금을 입주자에게 환불한 사례도 없을 뿐만 아니라 환불하여야 할 의무가 있는 것도 아니므로 영구임대상가에서 발생한 임대수익이 임대아파트입주자들의 관리비등을 보전하고, 잔액이 발생하는 경우에는 그 발생연도의 익금으로 계상하고, 반대로 관리비등의 보전액이 영구임대상가 수익을 초과하는 경우에는 그 초과금액을 발생연도의 손금으로 계상하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 91～95사업연도에 발생한 잉여금을 발생연도의 익금으로 보아 과세한 것은 정당한 것으로 판단된다. (나) 부대사업부문은 청구법인이 수탁관리하는 기간동안에 입주자들로부터 영수한 금액이 실지로 관리비로 지출한 금액을 초과하는 경우 그 잔액으로서 청구법인이 아파트관리를 입주자대표에게 인계(관리전환)하는 때에 환불하는 것이므로 동 잔액은 수익이 아니고 부채로 보는 것이 타당하다고 판단되므로 처분청이 이를 수익으로 본 처분은 부당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 익금 산입한 91～95사업연도의 쟁점수탁관리잉여금중 아파트수탁관리잉여금 1,222,313,970원은 익금불산입하여야 한다.
- 사. 쟁점(4)에 대하여
(1) 관계법령 (가) 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제8호에서는 “조세감면규제법 제64조 또는 제73조 제1항의 규정을 적용받는 자가 보유하고 있는 부동산 중 동법 동조 동항의 규정을 적용받는 부동산은 법인세법 시행규칙 제18조 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다.”고 규정하고, 조세감면규제법 제64조 제1항 제7호에서는 “대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사가 동 법 제9조 제1항 각호의 규정에 의한 사업(다른 법률에 의하여 사업시행자로 지정받아 시행하는 사업을 포함한다)으로 조성한 토지등을 양도함으로써 발생하는 소득은 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 있으며, 대한주택공사법 제9조 제1항 각호에 규정하는 사업을 보면 『1. 주택건설촉진법에 의한 주택건설사업(부대사업을 포함한다)
2. 택지개발촉진법에 의한 택지개발사업
3. 도시계획법에 의한 도시계획사업
4. 도시재개발법에 의한 재개발사업
5. 토지구획정리사업법에 의한 토지구획정리사업』등이다. (나) 한편 토지수용법 제14조의 규정에 의하면 “기업자가 토지를 수용 또는 사용하고자 할 때에도 대통령령의 정하는 바에 건설부장관의 사업인정을 받아야 한다”고 규정하고 있고, 같은법 제48조 제1항에서는 “동일한 토지소유자에게 속하는 일단의 토지의 일부가 협의 매수되거나 수용됨으로 인하여 잔여지를 종래의 목적에 사용하는 것이 현저히 곤란한 때에는 당해 토지소유자는 기업자에게 일단의 토지의 전부를 매수하거나 관할토지수용위원회에 일단의 토지의전부의 수용을 청구할 수 있다”고 규정하고 있으며, 같은법 제48조 제4항에서는 “제1항의 규정에 의하여 잔여지를 협의 취득하거나 수용하는 경우 그 잔여지에 대하여는 제14조의 규정에 의한 사업의 인정 및 제16조의 규정에 의한 사업인정의 고시가 있은 것으로 본다”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 (가) 처분청은 쟁점④토지를 비업무용부동산으로 보아 94～95사업연도의 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어서 관련지급이자등을 손금불산입한 내용을 보면, 다음과 같다. (단위: 백만원) 구 분 지급이자 손금불산입 비 고 94사업연도 95사업연도 1,211 889 처분청이 비업무용토지로 본 쟁점④토지중 비교적 필지별 면적이 큰 몇 곳에 대하여 그 구체적인 이용현황등을 지적도, 현장사진 및 관련증빙등에 의하여 확인해 보면 다음과 같다.
1. 경기도 고양시 OOO동 OOO외 6필지 소 재 지 지목 면적(㎡) 이용상황 비고 고양시 OOO동OOO OOO OOO OOO OOO OOO 고양시 OOO동 OOO 대지 임야 임야 임야 임야 임야 임야 119.0 291.0 698.0 251.0 927.0 4,310.0 4,476.0 녹지 축대(녹지) 녹지대(임야) 녹지대(임야) 녹지 녹지대(임야) 녹지대(임야) (주) 위 토지에 대하여 청구법인이 고양군수에게 87.5.23 기부받을 것을 요청하였으나, 고양군수는 위 토지가 주택단지(OOO리 국민주택)내 위치한 토지로서 행정재산으로 보존가치가 없다는 이유로 반려한 사실이 확인됨.
2. 경기도 광명시 OOO동 OOO외 1필지 소 재 지 지목 면적(㎡) 이용상황 비고 광명시 OOO동 OOO 광명시 OOO동 OOO 대지 대지 65.0 439.0 주택사이의 공터 (주) 위 토지는 광명OOO지구 택지개발사업 지구내의 토지로서 청구법인이 건축한 주택과 주택 사이의 공터 및 경사지임.
3. 인천광역시 부평구 OOO동 OOO외 3필지 소 재 지 지목 면적(㎡) 이용상황 비고 부평구 OOO동 OOO OOO OOO OOO 전 답 답 답 312.0 377.0 607.0 23.0 신축한 아파트 옆 자투리 토지임 (주) 위 토지는 인천OOO 택지개발사업 지구내의 토지로서 청구법인이 건축한 아파트 옆의 자투리 토지임.
4. 충청북도 충주시 OOO동 OOO외 6필지 소 재 지 지목 면적(㎡) 이용상황 비고 충주시 OOO동 OOO OOO OOO OOO OOO OOO OOO 답 답 답 답 답 답 답 142.0 66.0 19.0 47.0 19.0 21.0 92.0 신축한 아파트와 도로사이의 법면(경사지)임 (주) 위 토지는 충주OOO지구 주택건설사업계획지구(주택건설촉진법 제33조의 규정에 의하여 승인)내의 토지로서 신축한 아파트와 도로사이의 법면(경사지)임. (다) 위에서 본 필지를 제외한 토지에 대하여도 그 내용을 검토한 바 택지개발등 청구법인의 사업승인지구내의 토지이고 지적도면 및 사업승인고시문 등을 보면, 극히 일부의 토지는 사업승인지구경계선에 걸쳐 있는 토지로서 그 이용현황 및 사업승인내용등은 별첨 쟁점④토지명세와 같으며, 청구법인이 주택이나 아파트를 신축하고 남은 자투리 토지로서 주택지내의 녹지, 축대, 공터, 법면(경사지), 도로, 구거, 담장, 정원 등으로 사용되고 있다.
(3) 적용 및 판단 (가) 관계법령과 위의 사실관계를 종합하여 보면 쟁점④토지중 청구법인의 사업지구내에 위치한 토지는 대한주택공사법 제9조 제1항 각호에 규정하는 사업으로 조성한 토지로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 쟁점④토지중 일부의 토지는 지적도면상에 사업승인지구경계선에 걸쳐 있는 필지도 있는 바, 이들 필지를 대한주택공사법 제9조 제1항 각호에 규정하는 사업으로 조성한 토지로 볼 수 있는지를 보면, 토지수용법 제48조 제1항 및 제4항의 규정에 의하면 “동일한 토지소유자에게 속하는 일단의 토지의 일부가 협의매수되거나 수용됨으로 인하여 잔여지를 종래의 목적에 사용하는 것이 곤란한때에는 당해 토지소유자는 기업자에게 일단의 토지전부를 매수하거나 수용할 것을 청구할 수 있고, 이 경우의 협의 취득하거나 수용하는 잔여지에 대하여는 사업의 인정 및 고시가 있은 것으로 본다”고 규정하고 있는 바, 사업승인지구경계선에 걸쳐 있는 잔여토지는 토지소유자의 수용요청에 의하여 청구법인이 토지수용법 제48조 제1항의 규정에 수용한 사실이 인정되므로 동 잔여토지도 사업승인지구내에 있는 토지와 마찬가지로 청구법인이 사업으로 조성한 토지에 포함하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 또한 쟁점④토지중 독립한 1필지의 토지가 완전히 사업승인지구 경계선밖에 위치하고 있는 경우는 없는 사실이 확인된다. (다) 따라서 쟁점④토지는 비업무용부동산 제외기준인 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제8호 및 조세감면규제법 제64조 제1항 제7호의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당되지 않는다고 판단되므로 손금불산입한 쟁점④토지 관련지급이자 94사업연도분 1,211,611,345원 및 95사업연도분 889,655,400원은 손금산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
- 아. 쟁점(5)에 대하여
(1) 관계법령 법인세법 시행규칙 제58조 제3항에서는 “이 법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세를 포함한다)가 비과세되거나 전액 면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 법제41조 제1항(무신고 또는 과소신고 가산세)의 규정을 적용하지 아니 한다.”고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 처분청의 조사내용에 의하면 청구법인의 93사업연도 특별부가세 산출세액은 42,463백만원이고, 동 산출세액은 특별부가세가 100% 감면되는 경우와 50% 감면되는 경우의 산출세액을 합계한 금액으로 이중 감면대상 산출세액은 28,218백만원이다. 또한 위 감면대상 세액 28,218백만원은 감면종합한도(총 산출세액의 70%, 29,724백만원)의 범위내이므로 전액 감면받았으나, 산출세액중 나머지세액 14,245백만원은 납부할 세액임이 확인된다.
(3) 적용 및 판단 관련법령에 의하면 특별부가세가 비과세되거나 100% 감면되는 소득만이 있는 법인의 경우에는 과소신고가산세를 면제할 수 있는 것이나 이 건의 경우 쟁점⑤부동산의 양도차익에 대하여는 비록 특별부가세가 100% 감면된다고 하더라도 청구법인이 93사업연도에 양도한 다른 부동산의 양도차익에 대하여 특별부가세가 100% 감면되지 아니한 경우가 있으므로 쟁점⑤부동산을 양도하고 그 양도차익에 대하여 특별부가세 과세표준 및 세액을 신고하지 아니한 것에 대하여 과소신고가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 보인다.
- 자. 결론 따라서 이건 심판청구는 청구법인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [ 첨부1 ] 사업연도별 세목별 고지세액 내역 (단위: 원) 사업연도 법 인 세 특별부가세 농어촌특별세 합 계 91 92 93 94 95 715,498,150 1,601,347,330 714,213,200 37,029,013,350 1,974,884,330 164,063,580 647,189,410 631,587,810 18,570,968,040 2,837,192,210 4,413,600,690 466,397,800 879,561,730 2,248,536,740 1,345,801,010 60,013,582,080 5,278,474,340 합 계 42,034,956,360 22,851,001,050 4,879,998,490 69,765,955,900