[요지] 농지소재지에 거주하는 농민이 직접경작한 농지가 아닌 대지등의 수용에 의하여 양도소득세가 면제된 것이므로 비과세 대상에 해당되지 아니하여 양도에 대하여 농어촌특별세를 과세한 처분은 적법
[요지] 농지소재지에 거주하는 농민이 직접경작한 농지가 아닌 대지등의 수용에 의하여 양도소득세가 면제된 것이므로 비과세 대상에 해당되지 아니하여 양도에 대하여 농어촌특별세를 과세한 처분은 적법
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구인이 서울특별시 서초구 OO동 OOOOOO, OOOOOO 대지 207.9㎡ 및 OOOOOO 건물 440.33㎡(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)와 OOOOOO 대지 41.6㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 하고, 쟁점①부동산과 쟁점②부동산을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 77.11.21 취득(위 건물은 78.5.15 신축취득)한 후, 78.6.15 쟁점부동산이 건설부고시 145호로 도로확장 도시계획시설로 사업인정고시되고, 그 후 쟁점①부동산은 94.10.26에, 쟁점②부동산은 95.3.29에 각각 서울특별시에 수용되었다. 청구인은 쟁점①부동산의 양도에 대하여 94.11.25 자산양도차익 예정신고를 하면서 조세감면규제법상 공공사업용 토지등의 양도에 해당된다 하여 양도소득세가 70%감면되는 것으로 보아 양도소득세 84,437,780원을 납부하였고, 쟁점②부동산에 대하여는 95.6.25 자산양도차익 예정신고를 하면서 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 보아 양도소득세를 납부하지 아니하였으며, 한편 농어촌특별세는 각각 비과세되는 것으로 보고 신고납부하지 아니하였다. 처분청은 조세감면규제법상 공공사업용 토지등의 양도에 해당하는 경우에도 농민이 직접 경작한 농지가 아닌 한, 94.7.1이후 양도분에 대하여는 농어촌특별세 과세대상에 해당된다 하여 96.6.15 청구인에게 농어촌특별세 66,000,000원(94귀속) 및 10,122,080원(95귀속)을 결정한 후, 청구인이 납부한 양도소득세 84,437,780원중 환급대상세액 72,978,490원과 그에 대한 국세환급가산금 6,896,460원으로 위 농어촌특별세를 전액 충당하고 잔액 3,752,870원을 청구인에게 환급하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.8.9 이의신청, 96.10.25 심사청구를 거쳐 97.2.22 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 쟁점부동산의 양도는 조세감면규제법 제63조 제1항 및 같은법 부칙(법률 제4666호, 93.12.31) 제16조 제3항 제1호 규정에 따라 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 양도한 경우에는 양도소득세가 100% 감면되며, 이 경우에 농어촌특별세도 비과세되어야 한다.
(2) 쟁점①부동산에 대하여 양도소득세가 70%감면되는 것으로 착오하여 납부한 양도소득세를 환급할 경우, 국세기본법 제52조 제1호의 규정에 의한 착오납부에 해당되므로 국세환급가산금의 기산일은 납부일의 다음날이 되어야 한다.
(1) 쟁점부동산은 서울시에 수용되어 양도된 것으로서 청구인은 농민도 아니고 자경하지도 아니하여 농어촌특별세를 비과세할 수 없다고 할 것이며, 농어촌특별세법 부칙 제1조 및 제3조 제1항에 의하면 양도소득세의 감면을 받는 세액이 부과되는 농어촌특별세는 94.7.1이후 양도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 청구인이 양도한 쟁점부동산에 대하여 농어촌특별세를 부과함은 정당하다.
(2) 청구인이 쟁점부동산의 양도가 조세감면규제법의 규정에 따라 양도소득세가 면제됨을 모르고 납부하였다 하더라도 동 과오납에 대한 국세환급가산금을 계산함에 있어서 그 기산일은 국세기본법시행령 제30조 제3항의 규정에 따라 당해 세목의 정기분 법정기일에 납부한 것으로 보아 그 다음날이 된다.
3. 심리 및 판단
(1) 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 쟁점부동산을 서울특별시에 수용양도하여 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 감면된 경우 농어촌특별세를 과세한 처분의 당부.
(2) 청구인이 양도소득세 감면율을 잘못 적용해 양도소득세를 과오납하였을 경우 국세환급가산금의 기산일을 가리는데 있다.
(1) 관련법령 농어촌특별세법 제2조 제1항 및 제3조 제1호에서는 조세감면규제법등에 의하여 소득세등을 감면받은 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있고, 같은법 제4조 제2호 및 같은법시행령 제4조 제1항 제1호에서는 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 토지를 토지수용법 기타법률에 의하여 수용당함으로 인하여 얻은 소득에 대하여 조세감면규제법 제63조의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받은 경우에는 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제4조 제7항에서는 법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니 한다고 규정하고 있으며, 조세감면규제법(개정법률 제4666호, 93.12.31) 부칙 제16조 제3항 제1호에서는 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있다. 한편, 농어촌특별세법 부칙(법률 제4743호, 94.3.24) 제1조에서는 이 법은 94.7.1부터 시행한다고 규정하고 있고, 같은법부칙 제3조 제1항 단서에서는 양도소득세의 감면의 경우에 감면받는 세액에 부과되는 농어촌특별세는 이 법 시행기간(94.7.1～2004.6.30)중에 양도하는 분에 대하여 적용한다고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 청구인은 77.11.21 청구외 OOO으로부터 쟁점부동산의 대지를 취득하여 78.5.15 쟁점①부동산의 지상에 지하1층, 지상 2층의 상가건물을 신축하였으며, 78.6.15 쟁점부동산이 도로확장도시계획시설로 사업인정고시(건설부 고시 145호)되고, 쟁점①부동산에 대하여는 94.10월, 쟁점②부동산에 대하여는 95.3월에 서울시에 수용되었음이 제출된 심리자료에 의하여 확인된다. 청구인은 쟁점부동산이 조세감면규제법 제63조 제1항 및 같은법 부칙(법률 제4666호, 93.12.31) 제16조 제3항 제1호 규정에 의하여 92.12.31이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등이 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되어 양도소득세가 면제되는 경우 농어촌특별세도 비과세되어야 한다고 주장하나, 전시법령에 따라 농어촌특별세가 비과세되기 위해서는 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세 대상에 해당되고, 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우 그 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세가 비과세되는 것인 바, 쟁점부동산의 경우 92.12.31이전에 사업인정 고시된 사업지역내의 토지로서 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용되었으므로 위 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에는 해당된다 하겠으나, 농지소재지에 거주하는 농민이 직접경작한 농지가 아닌 대지등의 수용에 의하여 양도소득세가 면제된 것이므로 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 비과세 대상에 해당되지 아니하며, 한편 쟁점부동산이 94.7.1 농어촌특별세법 시행기간중에 양도(쟁점①부동산은 94.10.26, 쟁점②부동산은 95.3.29)되었으므로 농어촌특별세 과세대상이라 할 것이며, 따라서 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 농어촌특별세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(1) 관련법령 국세기본법 제52조에서 세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기간의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다고 규정하면서, 그 제1호에서 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일, 그 제2호에서 세법에 의한 정기결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 당해 세법에 의한 정기결정일이라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제30조 제1항에서는 세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다고 규정하고 있고, 제2항에서는 제1항의 국세환급가산금의 이자율은 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 한다고 규정하고 있으며, 제3항에서는 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액·원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해세목의 정기분법정결정일에 납부한 것으로 본다고 규정하고 있다.
(2) 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점①부동산의 양도가 조세감면규제법 부칙(법률 제4666호, 93.12.31) 제16조 제3항 제1호의 규정에 의하여 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 양도한 경우에 해당되어 양도소득세가 면제되나 동 산출세액이 312,732,541원으로 조세감면규제법상 종합한도 3억원을 초과하여 동 산출세액중 3억원에 대해서만 감면결정을 하고 예정신고세액공제를 하여 청구인에게 94년귀속 양도소득세 11,459,280원을 결정고지하고, 위 양도소득세 감면세액 3억원에 대한 농어촌특별세 66,000,000원을 결정고지하였으며, 또한 쟁점②부동산의 양도에 대하여 위 조세감면규제법에 의해 양도소득세 감면결정을 하면서 농어촌특별세 10,122,080원을 결정고지하였으며, 청구인이 쟁점①부동산을 양도하고 94.11.25 양도소득세 자산양도차익 예정신고시 납부한 양도소득세 84,437,780원에서 납부할 세액 11,459,287원을 공제하고 남은 환급대상세액 72,978,490원과 그에 대한 국세환급가산금 6,896,460원(95.8.1～96.6.10)의 합계액 79,874,950원을 환급결정한 후, 96.6.10 쟁점①부동산의 양도에 따른 농어촌특별세 66,000,000원과 쟁점②부동산 양도에 따른 농어촌특별세 10,122,080원을 충당하고, 나머지 3,752,870원을 청구인에게 환급하였음이 제출된 심리자료에 의하여 확인된다. 청구인은 쟁점①부동산의 양도에 대하여 조세감면규제법에 의하여 양도소득세가 70% 감면되는 것으로 착오하여 예정신고납부한 것이므로 국세기본법 제52조 제1호의 규정에 따라 국세환급가산금의 기산일은 납부일(94.10.25)의 다음 날이 되어야 한다고 주장하나, 세법상 착오납부 란 납세자의 과오납중 납세자가 감면세율등의 적용을 착오하여 조세를 과납하는 경우까지를 모두 포괄하는 의미로 볼 것은 아니라 할 것이니, 그러한 경우까지를 모두 착오납부에 포함시킬 경우 납세자의 모든 과오납이 다 착오납부에 해당하게 되는 결과를 초래하게 되므로 세법상 착오납부 란 납세자의 과오납중 과세대상이 아니어서 납세자에게 납세의무가 없음에도 불구하고 납세자가 납세의무가 있는 것으로 착오하여 조세를 납부한 오납 의 경우만을 의미한다고 해석되는 것으로서, 이 경우에는 당초부터 처분이 무효내지는 부존재이어서 처분청의 결정이 처음부터 존재하지 아니하는 것이므로 그 오납에 대한 환급기산일은 납부일을 기준으로 하여 따진다고 볼 것이며, 이와는 달리, 감면의 경우에는 납세자가 비록 감면율을 착오하여 과다납부하였다 하더라도 납세자에게 납세의무가 성립하고, 산출세액이 계산되어 나오며, 처분청의 결정에 의해 감면세액이 결정된다는 점에서 납세의무자체가 성립되지 아니하는 비과세와는 차이가 있다 할 것이며, 이 경우에는 납세자가 비록 감면율을 착오하여 납부하였다 하더라도 세법에 의한 정기결정으로 환급금이 결정되므로 그 환급기산일은 정기결정일을 기준으로 하여 따지는 것이 법논리상 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점①부동산을 양도하고 양도소득세 자산양도차익 예정신고를 하면서 납부한 양도소득세액중 환급대상세액의 국세환급가산금을 결정하면서 그 기산일을 정기분법정결정일의 다음 날로 하여 결정한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.