[요지] 국민주택건설용지로 양도한 토지 중 감면배제되는 분을 감면종합한도 초과로 잘못 알고 다른 토지는 감면세액을 “0”으로 기재한 것은 감면신청이 있는 것으로 봄
[요지] 국민주택건설용지로 양도한 토지 중 감면배제되는 분을 감면종합한도 초과로 잘못 알고 다른 토지는 감면세액을 “0”으로 기재한 것은 감면신청이 있는 것으로 봄
[주 문] OO세무서장이 96.9.16. 청구인에게 고지한 양도소득세 107,490,820원은 경기도 시흥시 OO동 OO소재 대지 458㎡, 같은 동 OOOO 소재 대지 268㎡, 같은 동 OOOO 소재 도로 32㎡ 및 같은 동 OOOO 소재 전 585㎡ 합계 1,343㎡를 양도함으로써 발생한 소득에 대하여는 조세감면규 제법 제66조에 의거 양도소득세를 감면하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 65.3.2. 취득한 경기도 시흥시 OO동 OO 소재 임야 8,238㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 인천광역시 남구 OO동 OOOOOO 소재 청구외 주식회사 OO개발(이하 “OO개발”이라 한다)에 국민주택건설용지로 94.6.30 양도하고 94.7월 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하여 자산양도차익예정신고를 하였고, 94.10.12. 경기도 시흥시 OO동 OO 소재 대지 458㎡, 같은 동 OOOO 소재 대지 268㎡, 같은 동 OOOO 소재 도로 32㎡ 및 같은 동 OOOO 소재 전 585㎡ 합계 1,343㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 서울특별시 강서구 OO동 OOOOOO 소재 청구외 OOO주택건설 주식회사(이하 “OOO주택”이라 한다)에 양도하면서 쟁점①토지와 쟁점②토지의 양도소득금액을 합산하여 94.10월 기준시가에 의하여 조세감면규제법 제66조 및 제119조의 규정에 의거 OOO주택의 세액감면신청서와 함께 감면세액 100,000,000원을 차감한 178,567,OO7원을 자진신고 납부하였다. 청구외 남인천 세무서장은 96.6.28 OO개발에 대한 세무조사 결과 쟁점①토지를 매입한 OO개발이 국민주택건설용지로 사용하지 아니하고 OOO주택에 미등기 양도한 사실과 이를 양수한 OOO주택이 국민주택건설용지의 양도에 따른 감면신청을 한 사실을 확인하고, 청구인의 주소지 관할세무서인 처분청에 그 사실을 통보하였으며(남인천 법인 46220-652, 96.6.28), 처분청은 위 남인천 세무서의 통보내용을 근거로 96.9.16. 청구인에게 94년도 귀속분 양도소득세 107,490,820원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.11.14. 심사청구를 거쳐 97.2.24. 이 건 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구인 주장 및 국세청장 의견
(1) 청구인은 쟁점①토지를 국민주택건설용지로 양도함에 있어서 당초 매수자인 OO개발과의 계약을 해약하고 OOO주택에 양도하였고 OOO주택이 적법한 절차에 따라 감면신청을 하였으므로, 당초 계약서상 매수인인 OO개발로부터 감면신청이 없다 하여 청구인에게 감면세액상당액을 추징함은 부적법하다.
(2) 청구인은 쟁점①토지와는 별도로 쟁점②토지를 국민주택건설용지로 OOO주택에 양도하였고, 매수자인 OOO주택이 적법한 절차에 따라 세액감면신청서를 처분청에 제출하였으므로, 쟁점①토지에 대한 감면적용을 배제하더라도 쟁점②토지의 양도에 대하여는 양도소득세를 감면하여야 한다.
(1) 쟁점①토지에 대하여 청구인은 쟁점①토지를 OO개발에 양도하고, 다시 OO개발은 OOO주택에 미등기 전매하였음이 남인천 세무서장의 조사에 의하여 확인되고, 청구인은 쟁점①토지를 OO개발에 양도한 후 OO개발이 OOO주택에 미등기 전매하는 사실을 알고서도 OOO건설주택 명의의 소유권 이전등기를 위한 매매계약서 작성에 동의한 것으로 보여지는 바, 결과적으로 당초 매수자인 OO개발은 쟁점①토지를 국민주택용지로 이용하지 아니하였고, OOO주택은 OO개발로부터 쟁점①토지를 매수한 것이 되므로 청구인과는 거래당사자가 아닌 제3자에 해당한다. 따라서 당해 토지를 매수한 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우 등에 한하여 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있는 조세감면규제법 제66조의 감면요건을 총족하지 못하였다고 보여지므로 당초 처분은 잘못이 없다.
(2) 쟁점②토지에 대하여 쟁점②토지의 양도에 대한 세액감면신청서는 적법하게 접수되어 감면적용대상으로 보이나 세액감면신청서에 감면받을 세액이 없다로 기재하였으므로 감면신청이 있은 것으로 볼 수 없다. 따라서 쟁점①토지의 양도에 대한 세액감면신청에 대하여 96.9월 감면배제하면서, 쟁점②토지의 양도에 대한 감면세액을 재계산하여 감면처리하지 아니한 이 건 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
(1) 조세감면규제법 제66조(국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면) ① 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지
② 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 토지에 국민주택·사원용임대주택 또는 기숙사를 건설하지 아니하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 때에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.
④ 제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.
(2) 조세감면규제법 시행령 제63조(국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면) ⑨ 법 제66조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자·사원용임대주택건설자 또는 기숙사건설자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 총리령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 양도자의 주소지 소관세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 주택건설업등록증 사본 또는 사업자등록증 사본
2. 양도한 토지의 등기부등본
3. 매매계약서 사본
(1) 쟁점①토지에 대하여
① 위 관련법령에서 보는 바와 같이, 양도자가 국민주택건설용지로 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설등록업자에게 양도하고, 토지의 매수인인 주택건설등록업자가 과세표준확정 신고기한 내에 양도자의 주소지 관할세무서장에게 양도소득세 감면신청서를 제출하는 경우에는 양도소득세를 감면한다.
② 우선 제출된 자료 등을 정리해 본다. 청구인은 92.5.7. 쟁점①토지를 국민주택건설용지로 OO개발에 양도하기로 계약을 체결(매매대금 2,803,500,000원)하고 92.5.7. 계약금 300,000,000원, 92.7.7.～92.11.13.동안 3차례에 걸쳐 중도금 1,050,000,000원을 수령하였으며, 매수자인 OO개발이 공사를 이행할 수 없어 부득이 계약해제를 요청해 와 94.3.11. 당초 계약을 해약하고, 94.6.30. 쟁점①토지를 국민주택건설용지로 OOO주택에 양도하기로 매매계약(매매대금 2,900,000,000원)을 다시 체결하였으며, OOO주택으로부터 쟁점①토지의 양도대금을 수령하여 당초 OO개발의 중도금 등을 정산하고 94.7.20. OOO주택 앞으로 소유권이전등기를 하였으며, 94.8.1. 매수자인 OOO주택의 세액감면신청서와 함께 조세감면규제법 제66조 및 제119조의 규정에 의하여 감면세액 100,000,000원을 차감하여 자산양도차익예정신고납부를 하였으므로 양도소득세가 감면되어야 한다고 주장하며, 그 입증자료로서 OO개발과 OOO주택이 체결한 매매계약서, OOO주택의 세액감면신청서 등을 제출하고 있다. 한편, 처분청은 (주)OO개발이 청구인으로부터 취득하여 OOO주택에 미등기 양도한 사실을 청구외 남인천 세무서에서 통보된 과세자료에서 확인 하고, 이 건의 경우 청구인으로부터 양수한 (주)OO개발이 감면신청을 한 것이 아니라 (주)OO개발로부터 쟁점①토지를 양수받은 OOO주택이 감면신청을 한 것이므로, 위 관련법령에서 규정하는 감면요건을 충족하지 못하고 있어 감면대상이 아니라고 주장하며, 그 관련자료로서 청구외 남인천 세무서장의 과세자료 통보내용 등을 제출하고 있다.
③ 제출된 자료에 의하여 사실관계를 정리해 본다. OO개발과 청구인간에 92.5월 체결된 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 계약금으로 OO개발이 청구인에게 300,000,000원을 지급하도록 되어 있고, 위 계약의 해제는 OO개발의 귀책사유에 기인한다 할 것이므로 위 계약금을 양도자인 청구인은 OO개발에 반환하지 아니하여도 됨에도 청구인이 상당한 이유없이 위 계약금을 반환하면서 계약을 해지하고 OOO주택과 재계약을 체결하였다는 것은 통상적인 거래관행으로 볼 때 설득력이 없으며 달리 납득할 만한 증빙제시도 없다. 한편, 청구인은 OO개발과의 당초계약을 해제하고 OOO주택에 쟁점토지를 양도하였다면, 청구인이 OOO주택으로부터 매도대금을 전액 수령하여 당초계약 해제로 인한 반환금 상당액만을 OO개발에게 반환하는 것이 정상적인 자금흐름임에도 청구인은 OOO주택으로부터 매매대금으로 받은 자금의 대부분을 OO개발에게 지급한 후 상호정산하였음이 과세관청의 금융조사결과 나타나는 바, 판단컨대 이는 OO개발이 청구인의 예금계좌를 이용한데 불과한 것으로 보이고 사후정산형태를 취할 수밖에 없는 사유에 대하여 적절한 증빙의 제시가 없으므로 OO개발이 쟁점①토지를 청구인으로부터 취득하여 OOO주택에 미등기 양도한 것으로 판단된다. 따라서 국민주택건설용지 등으로 양도된 토지의 양도소득에 대하여 양도소득세 등을 면제받기 위하여는 토지매수자가 양도소득세 감면신청을 하여야 할 것이나(조세감면규제법 제66조 제4항), 이 건의 경우 매수자인 OO개발이 감면신청을 하지 아니하였으며, 또한 OO개발이 쟁점①주택을 당초 국민주택용지로 취득하였으나 이를 이행하지 아니하고 OOO주택에 국민주택건설용지로 양도하였으며, 감면신청 또한 당초 매수자인 OO개발이 한 것이 아니라 OO개발로부터 미등기 취득한 OOO주택이 하였으므로 결과적으로 조세감면규제법 제66조에서 규정하고 있는 감면요건을 충족하지 못한다 할 것이다. 따라서 쟁점①토지에 대하여 감면배제하여 추징한 이 건 처분은 적법한 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②토지에 대하여
① 제출된 자료에 의하여 사실관계를 정리해 본다. 청구인은 쟁점①토지와는 별도로 94.10.12(매매계약체결 94.4.29.) 쟁점②토지를 국민주택건설용지로 OOO주택에 양도하였으며, 매수자인 OOO주택은 법정기한 내에 세액감면신청서를 처분청에 제출하였으므로, 쟁점①토지에 대하여 미등기 양도를 이유로 감면을 배제한다 할 지라도, 쟁점②토지의 양도에 대하여는 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하며, OOO주택과 체결한 매매계약서, 자산양도차익예정신고서 및 OOO주택의 세액감면신청서 등을 제출하고 있다. 청구인은 쟁점②토지를 국민주택건설용지로 OOO주택에 94.12.12. 양도한 후 94.10. 처분청에 자산양도차익예정신고납부를 하였으며, 쟁점②토지의 매수자인 OOO주택은 주택건설촉진법에 의한 주택건설등록업자로서 법정기한 내에 세액감면신청서를 처분청에 제출하였으며, 법정기한 내에 세액감면신청서를 처분청에 제출하였음이 매매계약서, 주택건설사업자등록증 및 세액감면신청서 등 과세자료에서 확인되며 이에 대하여는 다툼이 없다. 다만, OOO주택의 세액감면신청서에 『94.6.30. 쟁점토지(OO동 OOOO)의 양도에 대하여 감면종합한도금액인 1억원을 이미 감면받았으므로, 쟁점②토지에 대하여 감면받을 세액은 0』이라고 기재하여 감면신청하였으며, 처분청은 남인천 세무서(OO개발 관할 세무서)에서 OO개발이 쟁점토지를 미등기 양도한 사실을 통보해 옴에 따라, 동일 과세연도에 양도된 쟁점①토지와 쟁점②토지를 합산하여 과세함에 있어서, 쟁점①토지에 대하여 감면배제하면서 쟁점②토지에 대하여는 적법한 감면신청이 없었다는 이유로 감면배제하였음이 처분청 결정결의서 등 과세자료에서 확인된다.
③ 위 사실관계에 대한 내용 등을 종합하여 본다. 청구인과 OOO주택이 체결한 쟁점②토지의 매매계약서 제3조 차목에서 매수자인 OOO주택이 조세감면규제법 제66조의 규정에 의거 양도소득세의 감면신청을 하기로 약정한 사실이 확인되며, 청구인은 쟁점②토지를 국민주택용지로 양도하기로 OOO주택과 94.4.29. 매매계약을 체결하여 양도하고 처분청에 신고납부함과 동시에 매수자인 OOO주택은 쟁점②토지에 대하여 세액감면신청을 하였으며, 아울러 쟁점②토지의 양도에 대한 세액감면신청서에 『94.6.30. 쟁점①토지(OO동 OOOO)의 양도에 대하여 이미 1억원(감면종합한도금액임)을 감면받았으므로, 쟁점②토지에 대하여 감면받을 세액은 ‘0’』이라고 기재한 점등으로 미루어 보아, 만약 쟁점①토지가 미등기양도자산으로서 감면배제되어 추징될 줄 알았다면, 쟁점②토지의 양도에 대한 세액감면신청서에 그와 같이 기재하지 않았을 것으로 판단되므로 쟁점②토지의 양도에 대하여 적법한 감면신청이 없었다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서 과세관청의 결정으로 그 과세표준과 세액이 결정되는 정부부과과세제도를 채택하고 있는 양도소득세의 경우에 처분청은 동일과세연도에 양도된 쟁점토지에 대하여 양도소득세를 합산 계산하여 결정해야 할 의무가 있음에도 불구하고, 처분청은 쟁점①토지의 양도에 대한 청구인의 감면신청에 대하여 96.9월 감면배제하여 추징하면서 쟁점②토지의 양도에 대한 감면세액을 계산하여 과세표준 및 세액을 결정하지 아니한 이 건 과세처분은 부적법한 것으로 판단된다.(쟁점②토지의 경우는 청구인이 OOO주택과 직접 매매계약을 체결하여 양도된 것이므로 쟁점①토지와 같이 미등기양도 문제는 발생하지 아니한다)