[요지] 쟁점토지는 교육사업에의 사용 또는 다른 수익용 재산의 취득에 사용할 목적으로 양도되었다고 보는 것이 실질과세원칙에 부합된다 할 것이므로 처분청이 이 건 특별부가세 감면적용을 배제한 것은 부당함
[요지] 쟁점토지는 교육사업에의 사용 또는 다른 수익용 재산의 취득에 사용할 목적으로 양도되었다고 보는 것이 실질과세원칙에 부합된다 할 것이므로 처분청이 이 건 특별부가세 감면적용을 배제한 것은 부당함
[주 문] 성북세무서장이 ’96.8.16 청구법인에 한 ’95.3.1～’96.2.28 사업 년도분 법인세(특별부가세) 307,026,570원의 부과처분은 광주 광역시 동구 O동 OOOOO 대지 1,982㎡의 양도차익을 전액 특별부가세가 면제되는 소득으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분 개요 청구법인은 사립O교법 제10조에 근거하여 설립되어 서울특별시 성북구 OO동 OO OOOO에서 OO중고등O교를 경영하고 있는 O교법인으로서, ’93.8.19 청구법인 소유의 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 1,940㎡(’85.9.11 취득, 이하 “쟁점외토지”라 한다)를 청구법인의 이사인 청구외 OOO 외 3인에게 4,850,000,000원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고, ’93.8.19부터 ’93.9.16까지의 사이에 계약금 및 중도금 명목으로 3,725,000,000원을 수령하고 나서 ’94.7.9 쟁점외토지에 관한 매매계약을 해지한 후, ’95.8.23 청구법인의 수익용기본재산인 광주광역시 동구 O동 OOOOO 대지 1,982㎡(’85.6.26 취득, 이하 “쟁점토지”이라 한다), 위 지상건물 4,042.82㎡를 청구법인이 청구외 OOO에게 지급해야 할 쟁점외토지의 매매계약 해지에 따른 해약금 3,725,000,000원(이하 “쟁점채무”라 한다)과 기타 채무 277,001,000원의 지급에 갈음하여 양도하고, ’96.2.29 조세감면규제법 제73조의 규정에 의하여 쟁점토지의 양도차익에 대한 특별부가세 면제신청을 하였다. 처분청은, 청구법인이 쟁점토지의 처분대금으로 쟁점토지의 처분전에 수익용재산 등의 취득에 사용된 부채를 상환하였는 바, 기본재산의 처분대금으로 교육사업에 사용된 차입금을 상환하는 경우에는 그 양도차익에 대하여 조세감면규제법 제73조의 규정에 의한 특별부가세를 감면할 수 있지만 기본재산의 처분대금으로 다른 수익용재산의 취득에 사용된 차입금을 상환하는 경우에는 그 양도차익에 대하여 위 규정에 의한 특별부가세를 감면할 수 없다는 이유로 쟁점토지의 양도차익중 교육용재산의 취득을 위하여 사용된 차입금 277,001,000원의 상환에 충당된 양도가액에 상당하는 양도차익에 대하여는 특별부가세를 감면하고 쟁점채무의 상환에 충당된 양도가액에 상당하는 양도차익에 대하여는 특별부가세 감면을 배제한 다음, ’96.8.16 청구법인에 ’95.3.1～’96.2.29 사업년도분 법인세(특별부가세) 307,026,570원을 부과하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단
1. O교법인이 소유하는 기본재산인 토지 등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득
2. O교법인이 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등을 다른 수익용 재산을 취득하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득』이라고 규정하고, 그 제2항에서 『제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받은 O교법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 교육사업에 사용하지 아니하거나 수익용 재산을 취득하지 아니한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 추징한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법시행령 제70조 제1항에서 『법 제73조 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 그 면제신청서류에 의하여 교육사업에 사용하거나 다른 수익용 재산을 취득할 목적으로 토지 등을 양도하는 것이 확인되는 경우에 한한다』고 규정하고, 그 제2항에서 『법 제73조 제2항의 규정에 의하여 면제받은 세액을 추징할 수 있는 경우는 다음과 같다.
1. 양도금액을 3년 이내에 교육사업에 사용하지 아니하거나 교육사업 외의 목적에 사용한 경우. 다만, 부득이한 사유로 인하여 3년 이내에 사용할 수 없는 경우로서 1차에 한하여 3년을 넘지 아니하는 범위 안에서 소관 세무서장의 사용기한 연장승인을 얻은 경우를 제외한다.
2. 양도금액을 1년 이내에 총리령이 정하는 수익용 재산의 취득에 사용하지 아니하거나 취득한 수익용 재산을 그 취득일부터 3년 이내에 처분한 경우. 다만, 수익용재산의 처분금액을 그 취득일부터 3년 이내에 교육사업에 사용하는 경우를 제외한다』고 규정하고 있다.
(1) 청구법인이 제시하는 관계기록에 의하여 쟁점토지의 양도경위를 보면, 청구법인은 ’93.8.19 쟁점외토지를 청구법인의 이사인 청구외 OOO 외 3인에게 4,850,000,000원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하고, ’93.8.19부터 ’93.9.16까지의 사이에 계약금 및 중도금 명목으로 3,725,000,000원을 수령한 상태에서 ’94.7.9 청구법인의 부득이한 사정에 의하여 위 매매계약을 해지하기로 합의하고, ’95.8.19 쟁점토지를 감정가액인 1,882,900,000원으로, 쟁점토지상의 건물 4,042.82㎡를 건축비상당액에 제세공과금과 이자상당액을 가산한 2,132,570,300원으로 평가하여 쟁점토지와 그 지상 건물을 4,015,470,300원에 청구외 OOO에 양도하기로 하며, 쟁점토지와 지상건물의 매매대금중 4,002,001,000원은 쟁점외토지의 매매계약을 해지함에 따라 발생한 쟁점채무 3,725,000,000원과 ’95.3.OO 청구외 OOO로부터 차입한 채무 277,001,000원의 상환에 갈음하고 위 채무상환 후의 잔액을 현금으로 수수하기로 약정한 후, ’95.8.23 정산가액 13,469,300원을 수령하였음이 확인되는 바, 이와 같이 쟁점토지와 지상건물의 매매대금은 대부분 쟁점외토지의 매매계약해지에 따라 발생한 쟁점채무의 상환에 사용된 것으로 회계처리되었으나 동 거래의 실질내용은 당초 쟁점외토지를 양도하기로 계약한 후 부득이한 사정으로 그 양도대상토지를 쟁점토지로 대체하여 양도하는 과정에서 발생된 채무임을 알 수 있다.
(2) 한편, 청구법인의 자금운용내용, 서울특별시교육청의 자산처분허가서 등 관련기록에 의하면, 청구법인은 쟁점토지를 양도하기전에 양도한 기본재산의 처분대금 1,455,448천원, 쟁점외토지의 계약금 및 중도금으로 받은 3,725,000천원, 청구외 OOO로부터의 차입금 277,001천원 등 합계 5,457,449천원을 재원으로 ’93.6월부터 ’95.10.31 사이에 수익용재산인 서울특별시 종로구 OO동 OOOOO 지상에 임대용 건물 4,980.04㎡를 신축(취득가액 2,857,800천원)하고, 광주광역시 동구 O동 OOOOO 지상에 임대용 건물 4,042.82㎡를 신축(취득가액 2,015,000천원)하였으며, OO전문대O교 설립부지로 경기도 양평군 양평읍 OO리 O OOOO 외 29필지의 토지 81,6OO㎡를 취득(취득가액 862,251천원)하였음이 인정되는 바, 쟁점토지의 처분대금으로 상환된 쟁점채무는 전액 교육용 기본재산 또는 다른 수익용 기본재산의 취득에 사용된 것으로 인정된다. 다만, 청구법인이 당초 양도하기로 했던 쟁점외토지의 매매계약을 해지하고 쟁점토지를 대체하여 양도하게 되어 위 서울특별시 종로구 OO동 소재 임대용건물 등 수익용 기본재산을 선취득하고 보유 수익용 기본재산인 쟁점토지를 후양도한 결과가 되었다.
(3) 또한, 청구법인의 부동산 처분내용과 교육용 기본재산 및 수익용 기본재산의 취득내용을 보면, 청구법인은 ’93.6.1부터 ’95.12.31까지의 기간동안 아래와 같이 수익용 기본재산에 해당하는 토지를 3,338,348천원에 처분하고, 위 자산의 처분대금을 초과하는 3,720,051천원에 상당하는 교육용 기본재산과 수익용 기본재산을 취득하였음이 인정되고, 더욱이 청구법인이 교육용 기본재산 및 수익용 기본재산으로 취득한 토지의 가액 3,720,051천원은 청구법인이 조세감면규제법 제73조의 규정에 의하여 특별부가세 감면신청을 한 토지의 처분대금 합계액 2,937,298천원(양평군 OO면 OO리 OOOOOO 등 16필지 토지 처분대금 991,398천원, 양평군 양평읍 OO리 OOOOO 토지 처분대금 63,000천원, 쟁점토지 처분대금 1,882,900천원)을 초과하는 것으로 확인된다. 수익용 부동산 처분명세 (단위: 천원) 처분일자 자산종류 처분가액 비고 ’93.6. 1 양평군 OO리 OOOOOO 등 16필지 991,398 조감법 제73조 감면 ’94.3.15 광명시 OO동 OO 토지 392,602 도로수용 감면 ’94.4. 6 양평군 OO리 OOOOOO, OO 토지 6,652 도로수용 감면 ’95.1.24 양평군 OO리 OOOOO 토지 63,000 조감법 제73조 감면 ’95.4.11 안양시 OO동 OOOOO 토지 1,796 도로수용감면 ’95.8.23 광주시 O동 OOOOO 토지(쟁점토지) 1,882,900 조감법 제73조 감면 합 계 3,338,348 * 광주광역시 동구 O동 OOOOO 지상 임대용 건물은 신축후 즉시 양도하였으므로 취득재산과 처분재산에서 제외함. 대체취득한 부동산명세 (단위: 천원) 취득일자 자 산 종 류 취득가액 비 고 ’93.6.5～ ’94.9.27 종로구 OO동 OOOOO 임대건물 신축 2,857,800 수익용 기본재산 ’95.4.14～ ’95.10.31 양평군 양평읍 OO리 OOOOO외 OO전문대O교 부지 862,251 교육용 기본재산 합 계 3,720,051
(4) 그런데, 조세감면규제법 제73조의 규정취지는 O교법인이 교육사업에 사용할 목적이나 다른 고수익성 재산을 취득할 목적으로 기본재산을 양도하는 경우 그에 따라 발생하는 양도차익에 대한 특별부가세를 감면하여 줌으로써 O교법인의 경영을 지원하는데 있다고 보아야 할 것인 바, 차입금으로 먼저 교육용 재산이나 수익용 재산을 취득한 후 부동산을 양도하여 그 차입금을 상환하는 것은 단순한 자금운용상의 문제일 뿐 실질적으로 감면대상 부동산의 처분대금이 조세감면규제법시행령 제70조 제2항에서 규정한 용도외로 사용되었다고 볼 수는 없다고 할 것이고, 이러한 경우 교육사업에 사용되거나 다른 수익용 재산의 취득에 사용된 것과 동일한 결과이므로 부동산의 처분대금이 회계처리형식상 차입금에 상환된 것으로 되어 있다는 이유만으로 특별부가세의 감면을 배제함은 조세감면규제법 제73조의 규정취지에 합당하지 않다 할 것이며, 또한 처분청은 기본재산의 처분대금으로 교육사업에 사용된 차입금을 상환하는 경우에는 조세감면규제법 제73조의 규정을 적용할 수 있다고 해석하면서도 기본재산의 처분대금으로 다른 수익용 기본재산의 취득에 사용된 차입금을 상환하는 경우에는 위 규정을 적용할 수 없다고 해석하고 있는 바, 이는 같은 규정의 내용을 임의로 달리 해석하는 것이어서 부당하다 할 것이다. 이 건의 경우, 위 사실관계에서 본 바와 같이 청구법인의 수익용 기본재산인 쟁점토지를 양도하기전에 다른 수익용 기본재산 등을 먼저 취득한 것으로 되어 있다 하더라도 쟁점채무는 교육사업에의 사용 또는 다른 수익용 재산을 취득할 목적으로 양도하기로 한 쟁점외토지의 매매계약이 부득이한 사정으로 해지되어 쟁점토지로 대체하여 양도하는 과정에서 발생된 것으로서 동 자금으로 교육용 재산의 취득 또는 다른 수익용 재산의 취득에 사용하였음이 인정되고, 쟁점토지의 처분대금이 교육용 재산의 취득 또는 다른 수익용 재산의 취득에 사용된 쟁점채무의 상환에 사용되었음이 확인되며, 또한 청구법인이 교육용 재산 또는 수익용 재산으로 취득한 재산의 가액이 청구법인이 양도한 쟁점토지 등 부동산의 처분가액을 초과함은 물론, 조세감면규제법 제73조의 규정에 의하여 특별부가세 감면신청을 한 토지의 처분가액 합계액을 초과함이 확인되는 바, 쟁점토지의 처분대금이 회계처리 형식상 쟁점채무의 상환에 사용되었다는 이유만으로 쟁점토지를 교육사업이나 다른 수익사업용 재산의 취득에 사용하지 아니하였다고는 볼 수 없고, 쟁점채무의 발생, 청구법인의 자산처분 및 대체자산 취득내용, 쟁점토지의 처분경위 등 일련의 과정에 비추어 볼 때, 쟁점토지는 교육사업에의 사용 또는 다른 수익용 재산의 취득에 사용할 목적으로 양도되었다고 보는 것이 실질과세원칙에 부합된다 할 것이므로(국심 87부 499, 87.6.19 같은 뜻임) 처분청이 이 건 특별부가세 감면적용을 배제한 것은 부당하다고 판단된다.