청구인이 제공한 용역이 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발용역으로서 부가가치세가 면제되는지의 여부(취소)

[주 문] OO세무서장이 96.6.21 청구인에게 결정고지한 95년 제1기분부가가치세 2,782,630원 및 95년 제2기분 부가가치세5,866,160원의 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 95년도중 소프트웨어 개발에 따른 용역매출액 82,200,000원(95년 제1기 해당분 40,700,000원, 95년 제2기 해당분 41,500,000원)을 부가가치세 면세분으로 신고하였다. 처분청은 이를 부가가치세가 과세되는 용역의 공급으로 보아 96.6.16 청구인에게 부가가치세 8,648,760원(95년 제1기 해당분 2,782,630원, 95년 제2기 해당분 5,866,160원)을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.8.16 심사청구를 거쳐 96.12.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 전자계산조직을 이용하여 부가가치세가 면제되는 시스템분석 및 프로그램개발용역을 제공하는 사업을 영위하고 있음에도 이를 인정하지 아니하고 과세하였으나 부가가치세법 제35조 제2호 라목에서, 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램 개발용역을 면세사업으로 규정하고 있으므로 이 건 부가가치세는 취소대상이다.
• 나. 국세청장 의견 개인 또는 법인이 독립된 자격으로 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이나, 용역을 공급받는 자의 업무추진계획 및 지휘 통제하에서 추진하는 업무전산화 과정에 전산요원을 일정기간 파견하여 지원근무하게 하고 통상 근무일수, 시간에 따라 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되는 용역의 제공으로 보아야 할 것이므로 청구법인이 주식회사 OOOOOO(대표 OOO)등과 컨설팅 인력지원계약에 따라 용역을 제공하고 대가를 받은 것을 과세거래로 본 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이 제공한 용역이 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발용역으로서 부가가치세가 면제되는지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법시행령 제35조 제2호 라목에 의하면 “학술연구용역·기술연구용역과 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발용역”은 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 “OOO컨설팅”이라는 상호로 94.5.1 개업(업체: 도·소매, 서비스, 종목: 컴퓨터, 소프트웨어개발)한 후 인사급여시스템, 법률정보시스템개발, 자금관리업무개발, 데이타모델링컨설팅 등의 용역을 제공하고 이를 부가가치세 면세분으로 신고하였으며, 처분청은 동 용역의 공급을 과세대상으로 보아 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세하였음이 결정결의서 및 세금계산서등 관련서류에 의하여 확인된다.

(2) 컴퓨터·소프트웨어개발사업을 하고 있는 (주)OOOOOO은 용역발주자인 OO은행등과 소프트웨어개발계약을 체결한 후 다시 청구인과 용역계약을 다음과 같은 내용으로 체결하였음이 5건의 계약서에 의하여 확인되며, (단위: 천원) 발 주 자 구 분 OO 은행 OO 코닝 OOOO 협회 OOO 은행 OO 전관 《(주)OOOOOO》

• 투입인원 《OOO컨설팅: 청구인》

• 투입인원

• 용역수행기간

• 용역내용

• 계산서발행금액 7～8명 1명 95.12～96.6 Tuxedo활용 기술지원 23,000

• 2명 94.8～12 인사급여 시스템개발 14,800 3명 1명 95.2 법률정보 시스템개발 4,000 7～8명 1명 95.2～6 자금관리 업무개발 6,900 3명 1명 95.3～6 데이타모델링 컨설팅 27,500 위 건과 달리 청구인이 (주)OO정보통신과 직접 체결한 용역계약내용은 다음과 같음이 동 계약서에 의하여 확인된다. 발 주 자 구 분 OO정보통신 청구인: 투입인원 용역수행기간 용역내용 계산서발행금액 1명 95.11.6～11.26 BMT데이타베이스설계 6,000천원

(3) 청구인은 국가기술자격(정보처리기사 1급)을 소지하고 있음이 한국산업인력관리공단이사장이 발행한 국가기술자격증에 의하여 확인되며, 거래상대방인 (주)OOOOOO은 정보처리기사 1급 자격증 소지자 6명이 주로 소프트웨어교육과 기술전수, 컨설팅업을 하면서 OO은행 등으로부터 발주받은 용역을 하도급형식으로 청구인과 다시 용역계약을 체결하였음이 확인되고, 발주자들의 대부분은 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발의뢰시 업무특성상 개발업무의 추진 및 그 과정등이 대외적으로 알려지거나, 해당업무가 개발전·후 사외에 유출되는 것을 미연에 방지하기 위하여 의뢰자가 지정한 특정 장소에 청구인이 일정기간 파견하여 개발하는 방법을 취한 것으로 보이고 또한 청구인은 프로그램을 개발함에 있어서 국가기술자격증이 없는 자는 누구라도 할 수 있는 단순한 보조업무를 수행한 것이 아니므로 상당한 수준의 금액을 용역의 대가로 받았음이 위 표에 의하여 확인되고 있다.

(4) 위 내용을 종합하여 볼 때, 청구인은 개발업무의 특성상 청구인 사업장에서 위 용역을 수행하지 아니하고 거래상대방이 지정한 장소에 일정기간 파견근무하면서 그 대가를 받았으나, 실질내용에 있어서는 국가기술자격증을 소지한 청구인이 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발용역을 제공한 것이므로 부가가치세가 면세되는 용역의 공급으로 보아야 할 것임에도 불구하고 과세되는 용역으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.