부동산매매계약서상 구분표시된 토지와 건물의 가액이 합리적인 방법에 의하여 구분된 것인지 여부(경정)

[주 문] 남대문세무서장이 96.7.16 청구인에게 95년 2기분 부가가치세67,611,050원을 부과한 처분은 부가가치세법시행령 제48조의 2제3항 단서의 규정에 따라 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 비례하여 안분계산한 건물가액을 그 과세표준으로 하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 70.10.27 서울특별시 중구 OOOOO가 OOOO 대지 179.2㎡, 건물 1층, 2층, 지층, 각각 135.54㎡, 3층 135.2㎡ 계 541.82㎡ (이하 “쟁점부동산” 이라 한다)를 취득하여 부동산임대업을 영위하다가 95.9.7 (주)OO에게 쟁점부동산을 1,362,000,000원에 양도하고 건물가액을 11,080,372원으로 하여 이에 대한 95년 2기분 부가가치세 1,108,040원을 신고납부하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인이 신고한 건물가액 11,080,372원을 실지거래가액으로 인정할 수 없다고 하여 청구인의 장부가액을 기준으로 토지와 건물가액을 안분계산한 후 건물분에 대한 부가가치세 과세표준을 574,505,868원으로 계산하여 96.7.16 청구인에게 95년 2기분 부가가치세 67,611,050원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.9.6 심사청구를 거쳐 96.12.10 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 양도한 건물은 준공된지 61년이 경과한 건물임에도 처분청은 이에 대한 재산가치를 총양도가액의 절반정도에 해당되는 574,505,868원으로 보고 있으나 양수자인 (주)OO측에서는 인수를 거절하였던 건물로서 (주)OO는 양수후에 이를 멸실하고 지상20층, 지하6층의 건물을 신축한 사실이 있음에도 쟁점부동산의 매매당사자간의 실지거래가액을 부인하고 장부가액에 의하여 건물가액을 환산하여 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점부동산중 건물가액은 토지거래계약신고필증상의 금액과도 일치하지 아니하며, 쟁점부동산에서 임대소득이 연간 44,000천원 정도 발생하고 있었던 것 등으로 보아 건물은 오래되었지만 상당한 가치가 있었던 것으로 보인다. 양수자인 청구외 (주)OO에서는 쟁점부동산의 거래가액이 1,362,000,000원으로 확정되어 있는 상황에서 토지와 건물의 가액을 구분하더라도 부가가치세가 포함된 금액이므로 이해가 전혀 없으므로 매매계약서상에 구분표시할 건물가액을 통정에 의하여 일정한 기준없이 임의로 기재할 수도 있는 것이다. 따라서, 쟁점부동산의 건물가액과 토지가액을 공신력있는 감정기관의 적정한 구분평가나 객관적인 기준없이 임의로 기재한 것으로 판단되므로 쟁점부동산의 건물과 토지가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항에 의거 건물가액을 결정한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구는 부동산매매계약서상 구분표시된 토지와 건물의 가액이 합리적인 방법에 의하여 구분된 것인지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 제5항에서 『제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제48조의 2의 제3항 및 제4항에 의하면 『③ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

④ 제3항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 매매가액이 1,362,000,000원이라는 데에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청이 쟁점부동산가액을 장부가액에 비례하여 건물가액과 토지가액으로 구분하여 안분계산한 것이 타당한지에 대하여 보면, 처분청이 과세의 근거로 당심에 제출한 청구인의 대차대조표를 보면, 94.12.31 현재 건물가액 14,928,392원, 토지가액 18,970,000원으로 되어 있는 바, 동일토지의 공시지가가 856,576,000원인 점을 감안하면 토지에 대한 재평가가 행해지지 아니한 것으로 인정된다. 따라서, 현실성이 없는 청구인의 장부상 토지가액을 기초로 하여 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액을 안분계산하는 것은 타당성이 없다.

(3) 부동산매매계약서상 구분표시된 토지와 건물의 가액이 합리적인 방법에 의하여 구분된 것인지에 대하여 보면, 첫째, 매매가액과 과세시가표준액을 비교하여 보면, 단위당 가액이 토지의 매매가액은 과세시가표준액 대비 1.6배인 반면에 건물매매가액은 0.5배가 되어 건물의 매매가액이 토지의 매매가액에 비하여 상대적으로 낮은 사실을 알 수 있고 그 내역은 다음과 같다. 구분 매매가액 (천원) 면적 (㎡) ㎡당 매매가액(A) ㎡당 기준시가(B) A/B (배) 토지 1,349,811 179.2 7,532 4,780 1.6 건물 11,080 541.8 20 44 0.5 둘째, 청구인은 건물이 노후되어 재산상 가치가 없다고 주장하고 있으나 처분청의 조사에 의하면 쟁점부동산은 연간 부동산임대소득이 44,000천원 정도인 바, 매수자의 입장에서는 건물을 철거하고 재건축하기 때문에 재산상의 가치가 없다고 볼 수도 있으나, 매도자의 입장에서는 연간 44,000천원 정도의 임대소득이 있는 건물의 공급가액이 11,080,372원이라는 것은 합리적인 방법에 의하여 구분된 것으로 보이지 아니한다. 셋째, 95. 8.30 중구청장에게 제출한 토지거래계약신고필증상의 토지란에는 거래금액이 1,337,623,182원, 건물란에는 거래금액이 24,376,818원으로 되어 있고, 95.9.1 체결된 부동산매매계약서에는 토지 1,349,811,591원, 건물 12,188,409원으로 되어 있는 바, 토지가액과 건물가액을 합한 거래총액은 변동이 없는 상태에서 부가가치세 과세대상인 건물에 대한 가액이 편의에 따라 임의로 변동된 사실로 미루어 볼 때, 매매당사자간에 건물과 토지의 가액에 대하여 구체적인 합의가 있었다고는 인정되지 아니한다.

(4) 따라서, 쟁점부동산의 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명하고 청구인의 장부가액 또한 불분명하므로, 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항 단서의 규정에 따라 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 건물가액을 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.