조세심판원 심판청구 양도소득세

5년 이상 계속 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 감면 여부

사건번호 국심-1997-부-3031 선고일 1999.06.24

5년 이상 가동한 공장의 일부를 일시 임대하다가 양도하고 2년 이내에 신공장으로 이전한 경우 공장이전에 의한 양도로 보아 양도소득세 면제함

주 문

ㅇㅇ세무서장이 1997.6.17 청구인에게 한 1993년귀속 양도소득세 146,892,580원의 부과처분은 경상남도 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 공장용지 2,009㎡와 공장건물 1,085㎡중 공장용지 1,702.95㎡ 및 공장건물 919.71㎡에 대한 양도소득세를 감면하여 경정한다.

1. 사실 및 처분개요

(1) 청구인은 1977.7.23 자동차부품제조 및 판매를 위하여 ○○○산업이라는 상호로 부산광역시 ㅇㅇ에서 영업을 하여 오던중 1984.10.28 경남 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 공장용지 2,009㎡ 및 공장건물 1,085㎡(이하 "쟁점공장"이라 한다)을 신축, 1985.2.29 쟁점공장에 입주하였다가 1993.3.16 청구인이 쟁점공장내에 설립한 청구외 ○○○산업(주)(이하 "청구외 법인"이라 한다)에게 이를 양도하고, 1994.4.7 공장소재지를 경남 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 대지 7,933.8㎡ 및 공장건물 4,752㎡(이하 "신공장"이라 한다)으로 이전한 후, 1994.4.27 쟁점공장 양도에 따른 자산양도차익예정신고 및 양도소득세감면신청서를 처분청에 제출한 바 있다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점공장을 5년이상 가동한 후 양도한 것에는 다툼이 없으나, 양도하기전인 1991.11.21부터 1993.3.16까지(약1년3개월) 쟁점공장의 일부(청구인은 공장 50평을 임대)를 청구외 법인에게 임대하였으나 임대면적이 불분명하다는 이유로 그 임대면적을 임대인 청구인 ○○○가 경영하는 ○○○산업과 청구외 법인의 결산서에 의한 매출액 및 급료지급액을 기준으로 임대면적점유비율을 산정하여 감면대상에서 제외할 공장임대면적비율 38.65%을 산출하고, 1997.6.17 청구인에게 1993년귀속 양도소득세 146,892,580원을 결정고지 하였다.

(3) 청구인은 이에 불복하여 1997.8.11 심사청구를 거쳐 1997.11.18 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1984.10부터 쟁점공장에서 ○○○산업이라는 상호로 자동차부품을 제조, 협력업체인 청구외 ○○○(주)에 납품하여 오던중 1990년대 초기의 자동차생산량이 급격히 증가하는 시기를 맞아 자동차회사에서는 『공장등록심사』 규정을 만들어 납품업체의 공장환경개선과 공장규격완화와 생산시설확장을 요구하였고, 정부시책으로 농어촌특별조치법을 제정하여 1990.4.7 공포함으로서 각 시군에서 농공단지를 조성하는 시기를 맞이하여 청구인은 공장소재지를 ○○○농공단지내의 신공장으로 이전하였으며,

(2) 청구인이 1991.11.21 청구외 법인을 설립하여 쟁점공장내에서 청구인과 같이 사업을 하다가 청구인이 청구외 법인에 쟁점공장을 양도하고 ○○○농공단지의 신공장으로 이전한 것으로 (신공장 입주잔금은 ○○○산업(주)가 쟁점공장을 담보하여 대출받은 차입금으로 지급함) 이에 따라 5년이상 계속가동한 쟁점공장의 양도에 따른 양도소득세 감면(구 조세감면규제법 제67조의 12 및 동법시행령 제55조의 10 제3항)을 적법하게 신청하였으나 처분청은 공장을 5년이상 가동한 공장이전의 경우에 공장을 이전하기 전 일시 임대하다가 양도한 것은 조세감면규제법 제67조의 12에 규정한 5년이상 계속하여 가동한 공장의 범위에 해당하지 아니한다는 이유로 양도소득세감면을 배제하였는 바,

(3) 청구인은 쟁점(구)공장을 5년이상 가동하다가 법인설립과정에서 법인사업자등록증을 교부받기 위하여 형식상 쟁점공장의 사무실을 임대형식으로 하여 법인사업자등록증을 교부받았으나 사실상 위 법인과 개인사업장(○○○산업)의 사무실로 구공장을 양도하기 전 일시 사용한 경우에 해당하므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다는 주장이다.

  • 나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 쟁점공장에서 1984.10월경부터 계속하여 자동차부품 제조업을 영위하다가 공장이전을 목적으로 1993.3.16 양도하고 1994.4.7 경남 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ○○○리 ○○○으로 이전한 사실이 있고 1994.4.27 구 조세감면규제법 제67조의 12의 규정에 의하여 양도소득세 신고 및 감면신청을 하였던 사실이 있는 바, 그 양도소득세 신고 및 감면신청사항에 대하여 부산지방국세청 부동산조사담당관실에서 임대하던 공장은 감면대상 공장에서 제외된다고 보아 쟁점공장을 청구외 법인에게 임대한 면적비율을 산정하고 그 비율만큼의 감면세액을 배제하여 양도소득세를 결정한 것은 부당한 처분이므로 이에 대한 양도소득세는 전액 감면되어야 한다는 주장에 대하여 살펴보면,

(2) 조세감면규제법 제67조의 12에서 "개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장"이라 함은 양도자가 양도일부터 소급하여 5년이상의 기간동안 계속하여 당해 공장을 소유하면서 직접 가동한 공장을 의미하는 것이지, 그 소유자(양도자)와 가동자가 서로 다른 경우까지 포함하는 것은 아닌 것이며(국심 95구2395, 1995.12.9) 임대하던 공장 또는 철거된 공장부지를 양도한 경우에는 "5년이상 계속 가동한 공장"에 해당되지 아니하는 것으로(국세청 재일 46014-1558, 1995.6.26)

(3) 따라서 청구인이 직접 사용하던 공장에 해당되는 부분을 양도한 때에는 "5년이상 계속 가동한 공장"에 해당되어 양도소득세가 면제되나, 청구인이 청구외 법인에게 임대한 공장에 해당되는 부분을 양도한 때에는 "5년이상 계속 가동한 공장"에 해당되지 아니하므로 양도소득세가 면제되지 아니한다고 볼 수 있다.

(4) 양도소득세의 감면세액에서 제외할 쟁점공장의 임대부분 면적을 살펴보면, 제시된임대차계약서에 의하면 청구인이 청구외 법인에게 1991.12.1부터 1992.7.28까지 공장 50평(공장용지는 표기 없음)을 보증금 12백만원에, 1992.7.29부터 양도일까지 공장 50평을 보증금 25백만원에 빌려주고 공동으로 사용하였음이 나타나고 있으나, 조사관청이 작성한조사서에 의하면 "임대차계약서상 임대면적은 청구인과 청구외 법인의 임대기간중의 매출액 및 종업원의 규모에 비추어 볼 때 사실과 다른 것으로 판단되므로 처분청에서 산출가능한1991.12.1부터 1993.2월경까지의 매출액과 종업원의 급료점유비율을 평균하여 임대면적비율을 재계산하였음"을 알 수 있는 바,

(5) 청구인이 경영하던○○○산업과 청구인등이 출자한 청구외 법인(대표이사 ○○○)」은 모두 임대기간중에 자동차부품 제조업체로서 생산품목이 동일하고 생산공정이 동일하여 임대면적이 현실적으로 명확하게 구분되지 아니하는 상황하에서 임대면적비율을 산출할 수 있는 가장 합리적인 방법인 두 회사의 매출액과 종업원 급료 지급액을 기준으로 점유비율을 산정하고 이에 두 점유비율의 평균율(38.65%)을 산정하여 이를 쟁점공장의 임대부분에 해당하는 면적의 비율로 보아 그 비율만큼 감면세액을 배제하여 결정한 당초 처분에는 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구인이 5년이상 가동한 쟁점공장의 일부를 청구인이 설립한 청구외 법인에 일시(1년3개월) 임대하다가 양도하고 2년이내에 신공장으로 이전한 경우, 이를 공장이전에 의한 양도로 보아 양도소득세 전액을 감면할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
  • 나. 관련법령 구 조세감면규제법(1993.12.31. 법률 4666호로 개정되기 전의 것) 제67조의 12(5년이상 계속 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제) 제1항에서 『개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 대통령령이 정하는 범위안의 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 양도소득세를 면제한다.』라고 규정하고 있으며, 제2항에서는 감면세액의 추징사유를 『제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받은 개인이 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다. 다만 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 대통령령이 정하는 바에 의하여 공장을 이전하여 사업을 개시하지 아니한 때

2. 새로이 이전한 공장에서 사업을 개시한 후 2년 이내에 당해 사업을 폐업한 때

3. 새로이 이전한 공장에서 사업을 개시한 후 2년 이내에 당해 공장을 처분한 때』라고 규정하고 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1977.7월부터 자동차부품을 제조하여 청구외 ○○○(주)에 납품하여 왔으며, 쟁점공장은 청구인이 1984.10.28 신축하여 1985.2.29부터 가동, 자동차부품을 제조·판매하여 오던중 쟁점공장일부(50평)를 청구인이 1991.11.21 설립한 청구외 법인에게 1993.3.16 쟁점공장을 양도하기 전까지 임대하다가 양도후에 청구인이 ㅇㅇ ○○○농공단지에 있는 신공장으로 이주할 때까지는 청구인이 쟁점공장을 청구외 법인으로부터 임차하여 사용한 사실이 사업자등록증, 임대차계약서등에 의하여 확인된다.

(2) 부산지방국세청장이 청구인에 대하여 특별조사한 조사내용에 의하면, 청구인은 1977.7 부터 운영해 온 ○○○산업을 정부의 시책에 의하여 법인전환하고자 1991.11.21 청구외 법인을 쟁점공장내에서 설립하였고, 쟁점공장이 협소하여 신설된 청구외 법인의 공장을 위 농공단지내에 신축하고자 하였으나, 위 법인은 신설된지 1년미만이라는 이유로 농공단지내에 입주가 불가능하게 되어 부득이 쟁점공장을 청구외 법인에게 양도하였고, 그 후 거래은행인 ○○○은행으로부터 담보물건(쟁점공장) 일원화(개인과 법인)요구에 의하여 1996.11.5 쟁점공장의 소유권을 청구인 개인명의로 등기한 다음 채무자명의가 청구인과 청구외 법인으로 되어 있던 것을 청구인 명의로 일원화 한 사실이 부산지방국세청 소속 조사자의 의견과 쟁점공장의 등기부등본에 의하여 확인된다.

(3) 위와같이 청구인은 5년이상(실제는 8년이상) 계속하여 가동한 쟁점공장의 일부를 청구외 법인이 1991.11.11 창립총회개최장소로 사용한 사실이 위 법인의 창립총회의사록에 의하여 확인되고, 위 법인의 주사무소가 쟁점공장소재지인 점을 볼 때, 위 임대면적 약50평은 당초 청구인 개인이 운영한 ○○○산업의 소유이었으나 1991.11.21부터 청구외 법인에게 임대한 사실이 임대차계약서에 의하여 확인된다

(4) 이에 대하여 처분청은 임대차계약서상 임대면적을 부인하고 청구인(개인)과 청구외 법인의 1991.12∼1993.3기간 중의 매출과 급료를 기준으로 임대면적을 안분계산하였으나, 위 안분계산시 개인과 법인의 매출액을 구분함에 있어 1991년 및 1993사업년도분은 정확하게 구분·계산하였으나 1992사업년도의 경우에는 개인매출을 법인매출로, 법인매출을 개인매출로 보아 계산한 사실이 조사복명서, 결정전통지에 첨부된 기본자료 및 매출신고현황에 의하여 확인되어 과세근거에 있어서도 오류가 있었을 뿐만 아니라, 매출액과 종업원수를 비교분석한 바, 동일한 시설에서 동일한 업종을 영위하면서 1인당 연간 매출액이 크게 다른 점(1992사업년도기준 개인의 경우는 1인당 년평균매출액 31,542,537원, 법인의 경우는 113,087,087원)을 볼 때, 청구인이 개인사업을 법인으로 전환하여 농공단지에 입주코자 법인의 실적을 아무런 근거없이 임의로 과대계상한 것으로 판단되어 이를 근거로 임대면적을 안분한 것도 잘못이 있다 할 것이다. 그렇다면, 처분청이 징취한 임대차계약서에 의하여 확인된 쟁점공장건물의 임대면적은 165.29㎡(50평)으로, 그 부수토지인 공장용지는 쟁점공장 전체면적에 의하여 안분하여 계산한 306.05㎡(공장용지 2,009㎡×165.29/1,085 = 306.05㎡, 92.58평)를 임대한 것으로 보아야 할 것이므로 위 임대면적에 대하여 감면을 배제하고 나머지 쟁점공장건물과 그 부수토지는 양도일 현재 5년이상 계속 가동공장에 해당하므로 감면하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  • 라. 결 론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)