청구인이 "96.7.1 자로 간이과세자로 전환되었다고 보아 일반과세자로서 기공제받은 매입세액을 청구인의 납부세액에 가산하여야 하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요 청구인은 부산광역시 북구 OO동 OOOOO OO에서 OOO이라는 상호로 여관업을 영위하기 위하여 ’93.9.10 일반사업자로 사업자등록을 한 후 여관신축과 관련된 부가가치세 매입세액을 환급 받았다. 그 후 청구인은 직전 1역년간의 공급대가가 과세특례기준금액에 미달하게 되자 ’95.6.20 과세특례포기 신청을 하였다. 처분청은 간이과세제도가 ’96.7.1부터 시행됨에 따라 ’96.6.10 청구인에게 과세특례전환통지를 하였으나 청구인이 과세특례포기신청을 하지 아니하여 청구인은 부가가치세법시행령 부칙(’95.12.30 대통령령 제14863호로 개정된 것임) 제4조 제3항(’96.7.1 신설)의 규정에 의하여 ’96.7.1자로 일반과세자에서 간이과세자로 전환되었으므로 청구인은 일반과세자로서 ’96.2기 과세기간에 매입세액을 공제받은 감가상각자산(건물)에 대한 재고납부세액을 신고·납부하여야 하는데도 이를 하지 아니하였다 하여 ’97.6.25 청구인에게 ’96년 2기분 부가가치세 20,240,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ’97.8.20 심사청구를 거쳐 97.11.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인이 ’95.6.20 과세특례포기 신청을 하였으므로 간이과세제도가 시행된 ’96.7.1 현재는 과세특례포기 신청을 한 위 ’95.6.20부터 3년이 경과하지 아니하였으므로 부가가치세법 제30조 제4항의 규정에 의해 과세유형이 전환되지 아니한 기간중에 있었으므로, 같은 법 시행령 부칙 제4조 제3항이 정한 대상범위에서 제외되어야 하는데도 처분청이 동 부칙 조항을 적용하여 96.7.1부터 청구인이 간이과세자로 전환된 것으로 보아 이 건 재고매입세액을 고지한 것은 위법·부당하다.
• 나. 국세청장 의견 간이과세제도가 시행됨에 따라 청구인은 ’96.7.1자로 간이과세자에 관한 규정을 적용받을 수 있게 된 바, 만약 청구인이 ’95.6.20자로 한 과세특례포기 신청에 따른 일반과세자로서의 지위를 계속 유지하기 위하여는 부가가치세법 시행령 부칙 제4조 제3항의 규정에 의거하여 ’96.7.25까지 관할세무서장에게 일반과세 적용을 신고하였어야 함에도 동 기한까지 신고하지 아니하였으므로 청구인은 96.7.1 간이과세자로 전환된 것으로 보아야 하고 따라서 이 건 재고납부세액을 가산하여 과세한 처분청의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이 ’96.7.1자로 간이과세자로 전환되었다고 보아 일반과세자로서 기공제받은 매입세액을 청구인의 납부세액에 가산하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제26조의 2(’95.12.29 법률 제5032호로 개정된 것임)에서 일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야 한다”고 규정하고 있다. 같은 법 제30조 제1항에서 “간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자에 관한 규정을 적용 받고자 하는 경우에는 제25조 제1항의 규정에 불구하고 제4항 내지 제6항의 규정을 적용 받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다”라고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항에서 “제1항 및 제2항의 규정에 의하여 신고한 개인사업자는 그 적용 받고자 하는 달의 1일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 각각 적용 받고자 하는 일반과세자 또는 간이과세자에 관한 규정을 적용 받아야 한다”고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 부칙 (’95.12.29 법률 제5032호로 개정된 것임)제3조 제1항에서 “95년 1월1일부터 12월31일까지의 재화 또는 용역의 공급대가가 제25조 제1항 제1호의 개정규정에 의한 금액에 미달하는 개인 일반과세자에 대하여는 96년 7월1일부터 간이과세자에 관한 규정을 적용한다. 다만 당해 사업자가 일반과세자로 적용 받고자 사업장 관할세무서장에게 96년 6월20일까지 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고, 부가가치세법시행령 부칙(’95.12.30 대통령령 제14863호로 개정된 것임) 제4조 에 ’96.7.1신설한 제3항에서는 “이 영 시행전에 종전의 제78조 제1항의 규정에 의하여 과세특례포기신고서를 제출한 자로서 ’96.7.1자로 간이과세자에 관한 규정을 적용 받을 수 있게 된 자가 96.2기 과세기간부터 일반과세자에 관한 규정을 적용 받고자 하는 경우에는 96.7.25까지 관할세무서장에게 일반과세 적용을 신고하여야 한다”고 규정하고 있다.
• 다. 심리 및 판단

(1) 사실관계 (가) 청구인은 부산광역시 북구 OO동 OOOOO OO에서 여관업을 영위하기 위하여 ’93.9.10 일반사업자로 사업자등록을 하여 여관을 신축하고 ’93.2기와 ’94.1기 부가가치세 신고시 여관건물 신축으로 인한 매입세액 46,000,000원을 공제받은 사실이 있고, 그 후 94년도 1역년의 공급대가가 21,660,000원에 불과하여 청구인은 ’95.7.1 이후에도 일반과세를 적용받기 위하여 ’95.6.20 처분청에 과세특례포기신고서를 제출한 바 있음이 처분청의 과세특례포기자 관리대장에 의해 확인된다. (나) 그 후 처분청은 96.7.1 간이과세제도의 시행을 앞두고 95년도 공급대가가 48,000,000원에 미달하는 청구인에게 96.6.10 과세특례전환통지서를 송부하여 청구인이 사업상 편의에 의해 간이과세 또는 일반과세의 적용을 받고자 하는 때에는 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 과세유형을 선택하여 과세특례포기신고를 하도록 통지하였고, 청구인은 위 통지를 받고서도 과세특례포기신고를 하지 아니하였다. (다) 청구인이 ’96.6.20까지 과세특례포기신고서를 제출하지 아니함으로써 처분청은 ’96.7.1 신설된 부가가치세법시행령 부칙 제4조 제3항의 규정에 의하여 청구인의 과세유형이 ’96.7.1부로 간이과세자로 전환된 것으로 보아 청구인에게 위 여관건물에 대한 재고납부세액을 결정고지하였다.

(2) 재고납부세액을 과세한 처분이 적법한지 여부 간이과세 또는 과세특례전환 등에 관한 적용례에 관한 전시 부가가치세법 시행령 부칙 제4조 제3항의 규정은 ’95.12.29자로 개정된 부가가치세법 부칙 제3조 제1항에 따른 조항으로서 동 법 부칙규정에 의할 때 ’95.1.1부터 12.31까지의 재화 또는 용역의 공급대가가 1억5천만원에 미달하는 개인 일반과세자에 대하여는 ’96.7.1부터 간이과세자에 관한 규정을 적용하도록 하였으므로 동 시행령 부칙상’96.7.1자로 간이과세자에 관한 규정을 적용 받을 수 있게 된 자의 범위에는 청구인과 같이 ’95.1.1부터 12.31까지의 연간 수입금액이 48,000,000원 미만으로 과세특례포기를 한 자도 포함되는 것으로 해석된다 (재경원 예규 재소비 46015-119, 96.4.30. 같은 뜻). 그러하다면 청구인이 위 시행령 부칙 규정에 따라 ’96.7.25까지 관할세무서장에게 일반과세자에 관한 적용을 받기 위한 신고를 하지 아니한 이 건의 경우 상기 법 부칙 및 시행령 부칙 규정에 의하여 청구인은 ’96.7.1자로 간이과세자로 전환된 것으로 보아야 하고, 처분청이 당해 여관건물에 대한 재고납부세액을 과세한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.