임대한 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당하는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분내용 국내·외 수출입화물의 하역, 운송, 보관등의 사업을 영위하는 국내영리법인인 청구법인은 인천광역시 남구 OO동 OOOOOO 토지 41,151㎡를 92.5.13 매매계약하여 94.1.1 취득하고 취득한 토지중 19,833㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OO통상(주)에 원목야적장으로 임대하였다. 처분청은 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 관련된 지급이자를 손금불산입하고 자본증자에 따른 증자소득공제를 배제하여 97.5.17 92사업년도 법인세 17,743,830원, 93사업년도 법인세 74,043,720원, 94사업년도 법인세 및 농어촌특별세 227,973,920원, 95사업년도 법인세 및 농어촌특별세 165,848,340원 합계 85,609,810원을 청구법인에게 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.7.9 심사청구를 하여 97.9.5 결정서를 받고 97.10.10 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지를 취득 후 청구법인의 목적사업에 사용하기 위하여 부단한 노력을 하였으나 쟁점토지가 유원지 부지로 지정된 토지이므로 신규허가가 되지 아니하여 청구법인의 업무에 사용하기 위해서는 임차법인인 OO통상 명의로 『원목야적행위 연기허가』를 받을 수밖에 없었으며 임차법인이 수입한 원목의 하역 및 운반작업을 청구법인에 의뢰하여 임차법인으로부터 단순한 임대료 수입 뿐 아니라 하역작업 및 보관에 따른 영업수입이 증가되었으므로 이는 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에서 규정한 “당해법인의 업무와 직접관련이 없는 부동산” 및 “지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산”에 해당되지 아니하고 같은 조 제4항에서 규정한 “부동산을 직접 사용하지 못한 정당한 사유”에 해당되어 쟁점토지는 비업무용 부동산으로 볼 수 없으며, 쟁점토지의 임대수입금액에 임차법인이 지급한 하역료 및 보관료등을 포함하여 계산하면 수입금액 비율은 3%를 초과하여 비업무용부동산에 해당되지 아니하는데 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 쟁점토지는 매매계약일(92.5.13)이전인 75.5.16 인천도시계획에 의거 유원지부지로 지정된 지구내의 토지로서 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호의 규정에 의한 취득후 법령등에 의하여 그 사용이 제한된 부동산에 해당되지 아니하며, 쟁점토지는 임대부동산으로 토지가액(3,272,445천원)에 대한 임대수입금액(51,960천원)의 비율이 1.59%로서 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제11호 가목에 규정한 임대수입금액 비율이 3%에 미달되므로 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 임대한 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당하는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에서 『당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용 실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다』고 규정하고, 법인세법 시행령 제43조의 2 제1항 제3호에서 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산(이하 “비업무용 부동산등”이라 한다)을 말한다』고 규정하고 있으며, 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제11호 가목에서 『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용 부동산등”이라 함은 임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산(단서 생략)』으로 규정하고, 같은조 제4항 제1호에서 『당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산과 문화재보호법에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산은 비업무용부동산으로 보지 아니한다』고 규정하고 있으며, 조세감면규제법 제93조 제4항에서 『자본증가에 관한 변경등기를 한 후 24월 이내에 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에 규정하는 부동산을 취득하거나 취득하기 위하여 지출한 금액이 있는 경우에는 자본변경등기일부터 각 사업년도 종료일까지 그 부동산의 취득가액 및 취득하기 위하여 지출한 금액은 이를 증가된 자본금액에서 공제한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 원목야적장으로 사용할 목적으로 취득한 쟁점토지가 청구법인 명의로 허가가 되지 않아 부득이 당초 허가권자인 OO통상(주)에 임대하였으므로 쟁점토지는 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에서 규정한 비업무용부동산에 해당되지 아니하고, 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호에 규정된 “당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산”에 해당되며, 임차법인이 수입한 원목의 하역 및 운반작업을 청구법인에게 의뢰하여 청구법인의 영업수입인 하역료 및 보관료가 증가하였으므로 이를 임대수입금액에 포함하면 임대수입금액 비율은 3%를 초과하여 비업무용부동산에 해당되지 아니한다는 주장이나,

(1) 법인세법 시행규칙 제18조 제3항은 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우를 비업무용 토지의 일반적 예외사유로 규정하고 있는 것과는 달리 법인의 비업무용부동산을 개별적으로 열거하고 그 예외사유에 대하여는 제4항에서 이를 열거하여 규정하고 있으므로 법인의 업무에 직접 사용하는 부동산이라 하더라도 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 각호의 1에 해당한다면 제4항의 예외사유가 없는 한 당해 부동산은 비업무용부동산으로 판정될 수밖에 없고, 정당한 사유의 존재는 비업무용부동산 해당여부를 좌우하는 예외사유가 되지 아니하므로 (대법 93누13469, 93.11.26) 쟁점토지가 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제11호 가목의 규정에 해당된다면 이는 비업무용부동산으로 보아야 할 것이다.

(2) 비업무용부동산의 예외사유를 규정한 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호는 당해 부동산의 “취득 후” 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산임을 요건으로 하고 있으므로 당해 부동산의 취득 전에 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어 있었다면 이를 적용할 여지가 없으며, 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것 인지의 여부는 원칙적으로 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적을 그 주된 사업과 대비하여 결정하여야 할 것이고 그 해당여부도 위 목적과 사용금지, 제한의 형태에 비추어 개별적으로 판단하여야 할 것인 바(대법 91누11506, 92.6.23), 쟁점토지의 경우 청구법인이 매매계약일(92.5.13)이전인 75.5.16 인천도시계획에 의거 유원지부지로 지정된 지구내의 토지를 취득하여 쟁점토지 취득 전에 이미 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어 있었으므로 “취득 후” 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로 볼 수 없다 할 것이다.

(3) 법인세법 시행규칙 제43조의 2 제1항 제3호에서 규정하고 있는 “부동산을 이용하여 얻은 수입금액이 부동산가액의 일정비율에 미달하는 부동산”과 같은법 시행규칙 제18조 제3항 제11호 가목에서 규정하고 있는 “임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 3에 미달하는 부동산”에 있어 수입금액이란 비업무용부동산의 입법 취지등을 감안하면 부동산임대수입금액을 뜻하는 것으로서 청구법인이 주장하는 바와 같이 부동산 임차법인이 지급한 하역료 및 보관료등을 포함한다고는 볼 수 없으므로 쟁점토지의 토지가액(3,272,445천원)에 대한 임대수입금액(51,960원)의 비율이 1.59%인 이 건의 경우 1년간의 임대수입금액이 부동산가액의 100의 3에 미달하여 쟁점토지는 비업무용부동산에 해당되므로 관련된 지급이자를 손금불산입하고 자본증자에 따른 증자소득공제를 배제하여 과세한 처분청의 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.