청구법인의 공제감면세액 신고에 대해 조세감면의 중복지원배제(조감법 제117조 제7항) 규정을 적용한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 울산광역시 울주군 농소면 OO리 OOOOO에서 OO기업 주식회사라는 상호로 축전지 및 일차전지 제조업을 영위하는 법인이다. 청구법인은 1994.1.1～1994.12.31 사업연도 법인세과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법 제6조의 규정에 의한 창업중소기업에 대한 감면세액 2,805,448원(이하 “쟁점 감면세액”이라 한다)과 같은법 제7조의 규정에 의한 중소제조업에 대한 특별감면세액 6,437,857원 합계 9,243,305원을 감면세액으로 하여 신고한 사실이 있다. 청구법인의 법인세 신고에 대하여 처분청은 조세감면규제법 제117조의 중복지원의 배제 규정에 따라 쟁점감면세액을 감면배제하여 1997.4.26 청구법인에게 1994 사업연도분 법인세 3,626,320원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1997.6.17 심사청구를 거쳐 1997.9.25 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청에서 감면배제한 쟁점감면세액은 1993.1.1～1993.12.31 사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액신고시 최저한세 적용으로 인하여 공제받지 못한 세액(5,705,583원)의 일부를 이월공제한 것이므로 중복지원 배제대상이 아니고, 또한 중복지원 배제에 대하여 규정하고 있는 조세감면규제법 제117조 제7항은 동항에 열거된 조세감면규제법상의 조세감면과 외자도입법 제14조의 규정이 동시에 적용가능한 경우에 열거된 조세감면규제법상의 감면과 외자도입법상의 감면 중 하나를 선택하여 감면하도록 하는 규정으로써, 이 건의 경우는 중복지원 배제대상이 아니므로 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 최저한세 적용으로 인하여 공제받지 못한 세액공제액은 조세감면규제법 제121조【세액공제액의 이월공제】의 규정에 의하여 4년간 이월공제가 허용되는 것이나, 쟁점감면세액은 이월공제가 허용되는 위 세액공제에 해당하지 아니하므로 1993 사업연도에 공제받지 못한 창업중소기업에 대한 감면세액 5,075,583원은 소멸되는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 청구법인이 1994 사업연도에 동일한 공장에 대하여 조세감면규제법 제6조【창업중소기업에 대한 세액감면】와 제7조【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】를 중복적용한 것으로 보아 같은법 제117조【중복지원의 배제】 제7항의 규정에 의하여 쟁점 감면세액을 감면배제하고 과세한 처분청의 당초처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인의 공제감면세액 신고에 대해 조세감면의 중복지원배제(조감법 제117조 제7항) 규정을 적용한 처분의 당부
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제117조【중복지원의 배제】 제7항은 “내국인의 동일한 공장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조·제7조……의 감면규정중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다”고 규정하고 있고, 같은법 제6조는 창업중소기업에 대한 세액감면을 규정하고 있으며, 같은법 제7조는 중소제조업에 대한 특별세액감면을 규정하고 있다. 한편 같은법 제121조【세액공제액의 이월공제】 제1항은 “……제118조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(…생략…) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(…생략…) 또는 법인세에서 이를 공제한다.”고 규정하고 있고, 같은법 제118조【최저한세】 제1항 본문은 “내국법인(…생략…)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제53조 제1항의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(…생략…)를 계산함에 있어 다음 각호에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(…생략…)에 100분의 12를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 조세감면의 중복지원 배제대상인지에 대하여

(1) 먼저 청구법인의 법인세 신고 및 처분청의 과세경위 등을 살펴보면, 청구법인은 1993사업연도에 세액감면 대상액인 창업중소기업에 대한 감면세액 5,705,583원과 중소제조업에 대한 특별감면세액 4,060,466원 중에서 중소제조업에 대한 특별감면세액을 선택하여 4,060,466원을 감면세액으로하여 신고하였고 1994사업연도에는 창업중소기업에 대한 감면세액 11,594,644원과 중소제조업에 대한 특별감면세액 6,437,857원 중에서 창업중소기업에 대한 감면세액 2,805,448원(쟁점감면세액)과 중소제조업에 대한 특별감면세액 6,437,857원의 합계 9,243,305원을 감면세액으로 신고하였다.

(2) 이에 대하여 처분청은 1994 사업연도의 감면세액신고액 중 쟁점감면세액을 중복감면배제에 관한 전시 조세감면규제법 제117조의 규정에 의하여 감면배제 하였는바, 청구법인은 1994 사업연도의 쟁점감면세액은 1993 사업연도에 최저한세 적용으로 공제받지 못한 세액이므로 중복지원 배제대상이 아니며 1994 사업연도에 이월하여 세액공제를 하여야 한다는 주장을 하고 있다. 그러나 청구법인이 1993사업연도에 창업중소기업에 대한 세액감면과 중소제조업에 대한 세액감면중 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용받지 못한 것은 조세감면의 중복지원 배제(조세감면규제법 제117조) 규정 때문에 공제받지 못한 것이고 이월세액공제(조세감면규제법 제121조) 대상인 최저한세(조세감면규제법 제118조) 적용 때문에 공제받지 못한 것이 아니므로 청구법인이 1993 사업연도의 창업중소기업에 대한 감면세액의 일부라고 주장하는 쟁점 감면세액은 이월세액 공제대상이 아니라고 판단된다. 또한 청구법인은 조세감면규제법 제117조에 규정된 중복지원 배제규정은 조세감면규제법상의 감면과 외자도입법상의 감면이 중복 적용될 수 있는 경우에 그 중 하나만을 선택하라는 규정이지 조세감면규제법상의 둘 이상의 감면이 중복적용될 수 있는 경우에 하나를 선택하라는 규정이 아니라는 주장을 하고 있다. 그러나 전시 조세감면규제법 제117의 규정이 명시하고 있는 바와 같이 동 규정은 조세감면규제법상의 감면과 외자도입법상의 감면이 중복되는 경우에 적용할 뿐만 아니라 동일한 과세요건 사실에 대하여 조세감면규제법상의 서로 다른 감면 조항이 중복하여 적용되는 경우에도 동 조항은 적용되어야 하므로 창업중소기업에 대한 세액감면을 정한 조세감면규제법 제6조와 중소제조업 등에 대한 특별세액감면에 관한 동법 제7조가 중복 적용되어야 한다는 청구법인의 주장은 인정하기 어렵다.

• 라. 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.