청구인이 건물을 양도한 것에 대하여 청구인을 일반과세자로 보아 부가가치세를 부과한 처분이 정당한지 여부(경정)

[주 문] 울산세무서장이 96.12.16 청구인에게 경정고지한 96년 제1기분 부가가치세 32,727,270원은 청구인을 과세특례자로하여 이를 경정한다.

[이 유]

1. 사실 및 처분개요 청구인은 92.5.26 울산시 남구 OO동 OOOOO, OOOOO, OOOOO 및 OOOOOOO(구획정리에 따라 95.8.22 같은동 OOOOOOO로 되었음) 대지 3,662.5㎡에 연면적 1,598.32㎡의 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 92.6.1부터 청구외 OOOO공업주식회사(이하 “청구외 법인”이라 한다)에게 임대하다가 96.2.5 이를 청구외 법인에게 양도하였다. 처분청은 96.12.16 청구인을 일반사업자로 보아 쟁점건물의 양도에 대한 96년 제1기분 부가가치세 32,727,270원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.2.10 이의신청 및 97.4.10 심사청구를 거쳐 97.6.26 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장

• 가. 청구인은 쟁점건물 양도당시 부가가치세법상의 사업자 분류중 과세특례자에 해당함에도 처분청이 청구인을 일반과세자로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 것은 부당하다. 청구인은 85.6.1 제조업종의 개인사업자로 사업자등록을 하여 제조업을 운영하여 오던중 92.5.26 쟁점건물을 신축하여 청구외 법인에게 임대하면서 92년 제2기부터는 제조업은 사실상 폐업하였으며, 그후 쟁점건물을 청구외 법인에 양도할 때까지 부동산임대업 수입만 부가가치세 과세표준을 신고하였다. 부가가치세법상 과세특례자의 범위 판단에 있어서 92년은 제조업 수입금액이 있으므로 일반과세자에 해당하지만 93년 1기부터는 임대수입만 있는 관계로 부가가치세법 제25조 제1항 제2호 규정에 의하여 과세특례자의 범위에 포함되며, 그 전환시기는 동법 제74조의 2 제1항 규정에 의하여 94년 2기부터 처분청의 전환통지와 관계없이 당연히 전환되는 것이므로 96.2.5 쟁점건물의 양도에 대하여는 과세특례자의 재화의 공급으로 보아야 하며, 더욱이 처분청에서도 96.7.1부터 과세특례전환 대상이라고 통지서를 발부한 것을 보면 그 통지서의 발부시기가 다소 지연되었다고 하나 사업장의 현황이 계속적으로 동일하였으므로 94년 2기부터 과세특례자로 전환되었다는 것을 인정한 것이라고 볼 수 있다. 또한 대법원판례 90누3782(90.8.24)를 참조하면 납세자가 일반과세자로 부가가치세법상의 제반의무를 이행하기만 한다면 특례전환기준 금액에 미달하더라도 계속하여 일반과세자로 취급하고 과세특례자로 간주하지 않는 것이 일반적인 국세행정의 관행으로 볼 수 없다고 판시하고 있으므로 비록 청구인이 그동안 계속 일반과세자로 부가가치세 신고를 하였더라도 그 사실상의 내용으로 보아 당연히 과세특례자로 전환되었다고 봄이 타당하다.
• 나. 사업자등록의 정정 여부와 과세특례전환의 효력과는 관계가 없다. 부가가치세법시행령 제11조 규정에 의하여 동 사업장은 제조업을 폐지하고 동일 사업장에서 부동산임대업을 영위할 경우 사업의 종류의 변동이 있는 것으로서 정정사항이 되나, 사업자등록의 정정 절차의 존재이유는 정확한 세원관리와 과세행정의 편의를 위해 동 시행령 제11조 1항의 사유 발생시 관할세무서에 정정신고토록 되어 있다. 그러나 대법원판례 94누9160(95.7.14)를 인용한다면 “부가가치세법상의 사업자등록증은 과세관청으로 하여금 사업자의 인적사항, 사업개시일등 과세자료를 그 대장에 등재하여 이를 정확하게 파악하기 위한 것에 불과하고 과세특례자로서의 정정된 사업자등록증의 교부여하에 따라 과세특례규정의 적용여부가 좌우된다고 할 수 없다”라고 판시하였을 뿐만 아니라, 국세의 과세원칙인 국세기본법 제14조 제2항 “세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다”라는 규정에 비추어 볼 때도 과세특례전환과 사업자등록증 정정과는 실질적 측면에서 효력과 관련하여 하등의 관계가 없다.

3. 국세청장 의견 청구인은 85.6.1부터 제조업을 영위하다가 92.5.26 쟁점건물을 신축하면서 부동산임대업을 추가하고 쟁점건물을 청구인이 대표이사로 있는 청구외 법인에 50,000,000원에 임대하다가 96.2.7 쟁점건물을 청구외 법인에게 3억원에 양도한 사실이 있다. 처분청은 이를 재화의 공급으로 보아 과세하였고 청구인은 이에 대하여 93년 제1기부터 폐업시까지 부동산 임대수입이 과세특례자에 해당하므로 94년 제2기부터는 과세특례자로 전환되었어야 하므로 쟁점건물의 양도에 대하여 과세함에 있어 과세특례자로 과세함이 타당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 청구인이 제시하고 있는 사업자등록증에 의하면 제조 및 임대업을 영위하였으며 계속 일반과세자로 신고 납부하다가 폐업한 것인 바, 청구인이 영위한 제조업은 부가가치세법 제74조 제2항에서 규정하고 있는 과세특례자에 해당하지 아니하는 사업으로서 청구인이 제조업을 폐업하지 아니하는 이상 제조업은 존속한다고 보여진다. 따라서 청구주장은 이유없다.

4. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구인이 쟁점건물을 양도한 것에 대하여 청구인을 일반과세자로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분이 정당한지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제25조(과세특례) 제1항은 “직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다.”고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조(과세특례의 범위) 제1항은 개인사업자가 그 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항의 규정에 의하여 과세특례자로 한다고 규정하고, 그 제1호에서 “대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 때”를 규정하고 있으며, 그 제2항은 법 제25조 제1항 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 사업으로서 광업, 제조업, 도매업 등을 규정하고 있다. 같은법 시행령 제74조의2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제1항은 “법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.”고 규정하고 있고, 그 제2항은 “제1항의 경우에 당해 사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일 전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다.”고 규정하고 있으며, 그 제3항은 “제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용하며 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정을 적용한다.”고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계

(1) 청구인은 85.6.1 울산시 남구 OO동 OOOOOOO에서 “OO공업”이라는 상호로 산업기기 제조업의 사업자등록(일반과세자)을 한 후 사업장을 울산시 남구 OO동 OOOOOOO로 이전(일자 미상)하였다가 92.5.26 쟁점건물을 준공하여 92.6.1 이를 청구외 법인에게 전세금 5천만원에 임대하면서 92.6.23 사업장을 울산시 남구 OO동 OOOOO(쟁점건물의 소재지)로 하고 업종에 부동산 임대업을 추가하는 것으로 사업자등록을 정정하였으며, 청구인의 부가가치세 과세표준은 아래와 같다(91년 제2기 이전분은 확인되지 아니함). 과세기간 과세표준(원) 비 고 92년 제1기 362,705,563 92년 제2기 2,500,000 93년 제1기 무신고 93년 제2기 2,142,464 쟁점건물의 전세금에 대한 간주임대료이며, 94년 제1기 예정신고는 무신고임 94년 제1기 1,059,589 94년 제2기 2,205,478 95년 제1기 2,231,506 95년 제2기 2,268,493

(2) 한편, 청구인의 종전 사업장인 울산시 남구 OO동 OOOOOOO에서는 청구외 OO공업주식회사가 92.6.27 사업을 개시하고 92.7.8 사업자등록을 하였다.

(3) 청구인은 90.7.7 울산시 OO동 OOOOOOO(청구인의 사업장과 같은 곳임)를 본점소재지로 하여 청구외 법인을 설립한 후 90.10.8 사업자등록을 하였으며, 92.5.28 청구외 법인의 등기부상 본점소재지를 울산시 남구 OO동 OOOOO(쟁점건물의 소재지)로 정정하고 92.6.15 사업자등록을 정정하였는데, 청구외 법인의 부가가치세 과세표준은 사업자등록 후 91년 제2기분까지는 무실적이며, 92년 제1기 확정신고분부터 실적이 있다(92년 제1기 300,310,000원, 92년 제2기 790,852,729원, 93년 제1기 602,988,346원, 93년 제2기 771,585,200원 등).

• 라. 판단

(1) 위 사실을 종합하여 보면 청구인은 85.6.1 울산시 남구 OO동 OOOOOOO에서 “OO공업”이라는 상호로 산업기기제조업의 사업자등록(일반과세자)을 한 후 사업장을 울산시 남구 OO동 OOOOOOO로 이전(일자 미상)하여 사업을 하던 중 90.7.7 청구외 법인을 설립하였으나, 그후에도 청구외 법인은 사업을 하지 아니하고 청구인이 개인자격으로 사업을 계속하다가 92.5.26 쟁점건물을 준공하여 92.6.1 이를 청구외 법인에게 전세금 5천만원에 임대하면서 청구외 법인에게 제조업을 승계시키고, 청구인은 제조업을 사실상 폐지하고 쟁점건물의 임대사업만을 하였던 것으로 판단된다.

(2) 그렇다면 청구인이 임대사업만을 영위한 93년도부터는 1역년의 공급대가가 부가가치세법시행령 제74조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 금액(3,600만원)에 미달하는 경우에는 같은 시행령 제74조의2 제1항에 규정한 시기에 그 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 과세특례자로 전환되었다고 봄이 타당하다 할 것인데, 청구인의 93년도의 공급대가가 위 금액에 미달하므로 청구인은 94년 제2기부터 과세특례자로 전환되었다 할 것이므로(처분청은 뒤늦게 96.6 청구인이 96년 제2기부터 과세특례자로 전환됨을 통지한 바 있다), 청구인이 96.2.5 청구외 법인에게 쟁점건물을 양도한 것에 대하여 청구인을 일반과세자로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 것은 잘못이라 할 것이다.

• 마. 따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.