공단부지를 조성하는데 있어 국가에 기부채납하는 배수장등의 부대시설 건설과 관련된 매입세액을 불공제한 처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 OO산업이라는 상호로 95.5.11 자동차부품제조업의 사업자등록을 한 후 자가공장용지 및 분양용 공장부지조성을 위해 경상남도 함안군 OO읍 OO리 OOOOOO 일대에 OO농공단지(이하 “쟁점농공단지”라 한다)조성허가를 받아 부지조성공사와 그에 부수된 배수장등 부대시설공사를 함께 시행하면서 공사수급자로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액중 배수장등 부대시설공사에 관련된 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 안분계산하여 부가가치세 신고하고 이를 환급받았다. 처분청은 동 매입세액이 토지관련매입세액에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 96.9.16 부가가치세 278,800,060원(95.1기: 81,400,000원, 95.2기: 125,224,320원, 96.1기: 72,175,740원)을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.11.6 이의신청과 97.1.30 심사청구를 거쳐 97.4.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인이 공제받은 매입세액은 농공단지를 조성하는데 수반되는 배수장, 배수로, 도로공사등 부대시설공사를 하고 교부받은 세금계산서의 매입세액인바, 이들 부대시설은 감가상각자산인 구축물등이고 이는 토지조성과는 별개의 공사로서 완공되면 지방자치단체에 기부채납할 자산이므로 이에 관련된 매입세액은 공제되어야 한다.
• 나. 국세청장 의견 산업입지 및 개발에 관한 법률 제26조 제1항에서는 “공업단지개발사업의 시행으로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 국가 및 지방자치단체에 무상으로 귀속된다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제40조 각항에서의 본 청구와 관련된 내용을 보면 “공장용지를 분양하는 경우 그 분양가격은 조성원가에 적정이윤을 합한 금액으로 하며, 조성원가는 공사비, 조사비, 설계비, 보상비, 기타 비용을 합산한 금액으로 한다”고 규정하고 있는바, 이로써 볼 때 쟁점농공단지부지조성공사의 부대시설인 배수장 등은 공공시설로서 지방자치단체등에 무상으로 기부채납하여야 하고 동 공사비는 부지의 조성원가에 포함되어 공장용지의 분양가액에 가산되는 것이므로 배수장등이 구축물이라해도 동 부대시설공사비는 조성된 토지의 가액을 현실적으로 증가시키는 토지의 자본적 지출이라 할 것이므로 농공단지조성공사후 조성된 토지는 자가사용 및 분양하고 부대시설은 지방자치단체에 기부채납하는 경우 부대시설공사에 관련된 매입세액은 공제되지 않는 것이다(부가 46015-2346, 96.11.8 같은뜻). 따라서 처분청이 쟁점매입세액을 토지의 가치증대를 위한 자본적지출로 보아 매입세액 불공제한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 공단부지를 조성하는데 있어 국가에 기부채납하는 배수장등의 부대시설 건설과 관련된 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항 제1호에서 “자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용된 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”은 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 규정하고, 같은조 제2항에서는 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다』고 규정하면서, 그 제4호에서 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액』이라고 규정하고, 같은법시행령 제60조 제6항에서 『법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 95.5.11 업종을 자동차부품제조업으로 하여 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 한 후 자가공장용지사용 및 분양할 목적으로 쟁점농공단지조성허가를 받아 부지조성공사와 그에 부수된 배수장등 부대시설공사를 함께 시행하면서 공사수급자로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액중 쟁점매입세액을 안분계산하여 공제받는 매입세액으로서 부가가치세 신고하여 이를 환급받았으나, 처분청은 쟁점매입세액은 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세하였음이 결정결의서, 조사서등 관련서류에 의하여 확인되고 있다.

(2) 쟁점농공단지공사는 청구인이 94.10.27 경상남도 함안군으로부터 산업입지 및 개발에 관한 법률 제19조에 의거 사업시행자로 지정받아 부지조성면적 70,610㎡, 배수장 1동·공동이용시설건축물 1동·오폐수처리장 1동·진입도로 1개소등의 건설을 사업내용으로 하고 자동차부품 및 기계금속업종을 유치하도록 하는 계획승인을 받아 공사실시한 것임이 함안군의 OO농공단지개발실시계획승인통보서(함안군 지역 55145-OOOO, 94.10.27 시행공문)에 의하여 확인되고 있으며, 한편 산업입지 및 개발에 관한 법률 제26조 제2항의 규정에 의거 공공시설물(배수장, 도로, 수로등)은 함안군에 귀속하고, 준공시 기부채납서를 군에 제출토록 하는 조건으로 위 계획승인을 받았음을 알 수 있으며, 청구인은 쟁점농공단지를 조성하여 그 중 일부를 청구인이 영위하고자 하는 자동차부품 제조공장용 부지로 사용할 예정이었으나 청구인이 96.7.30 함안군으로부터 공장설립허가받은 경상남도 함안군 OO읍 OO리 OOOOO 공장부지 11,231㎡(96.7.10 필지분할되어 같은곳 OOOOOO로 변경되었음)는 쟁점농공단지편입지역에서 제외되어 있음이 쟁점농공단지 편입토지 지번변경조서, 등기부등본등에 의하여 확인되고 있는바, 쟁점농공단지는 그 전체를 분양할 예정임을 알 수 있다.

(3) 위 사실관계를 종합하여 볼 때 청구인은 비록 과세사업자로 사업자등록을 하여 세금계산서를 교부받았고 준공후 지방자치단체에 무상으로 기부채납하는 부대시설에 관련된 매입세액이라 할지라도, 이는 부가가치세가 면제되는 토지(공장부지)를 분양하는 사업에 관련된 것이라 할 것이고, 그러하다면 위 관련규정에 따라 쟁점매입세액은 공제할 수 없는 매입세액이라고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장에 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.