청구법인이 국민주택건설용지를 매입하고 특별부가세 감면신청서에 국민주택비율을 표시하지 아니한 채 양도자가 감면세액 전액을 감면 받고 청구법인은 당초 사업계획대로 준공한 경우 청구법인에 대한 감면세액 추징이 적법한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 주택건설사업자로 1993.7.28 청구외 OO전기(주)로부터 OO광역시 해운대구 OO동 OOOOOO 소재 대지 6,995㎡를 국민주택건설용지로 매입하고 조세감면규제법 규정에 의하여 청구법인이 감면신청서를 제출함에 있어 국민주택비율을 표시하지 아니하였으며, 양도자인 청구외 OO전기(주)는 청구법인이 작성한 세액감면신청서에 의하여 감면세액 전액을 감면 받았다. 처분청은 청구법인이 감면신청한 쟁점토지에 국민주택을 100% 건설하지 아니하였으므로 법규정에 따라 1996.6.16 청구법인에게 이 건 법인세 26,193,920원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1996.8.13 이의신청과 1996.11.6 심사청구를 거쳐 1997.2.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 감면신청서 제출시 국민주택비율을 표시하지 아니하였으나 감면신청 전인 1993.7.13 당해 사업계획 승인을 받은 바 있고 당초 사업계획 승인 요건과 동일하게 준공되었으므로 조세감면규제법 관련 규정에 의한 추징사유가 될 수 없다고 보며, 처분청과 양도법인의 관할세무서장은 위 승인 받은 사업계획 및 건축허가내용을 확인하여 적정한 감면율을 적용하였어야 함에도 전액 감면을 허용한 잘못이 있으므로 당초 감면신청에 대하여 양도자인 청구외 OO전기(주)의 특별부가세 신고내용에 대한 적정여부를 검토하여 OO전기(주)에 대하여 감면세액을 추징함이 정당하고 청구법인에 대한 추징은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 쟁점토지를 국민주택건설용지로 취득한 후 조세감면규제법 규정에 의하여 감면신청시 국민주택비율 및 세액을 명시하지 아니하고 양도자의 주소지 관할세무서장에게 감면신청하였고, 쟁점부동산 양도자인 청구외 OO전기(주)가 국민주택비율을 100% 적용하여 감면을 받았음은 이 건 양도에 대한 매매계약시 쟁점토지 전부에 대하여 국민주택을 신축한다는 쌍방의 묵시적 승인하에 거래가 이루어졌다고 보여지고, 또한 조세감면규제법에 의한 감면사항은 매수자인 주택건설등록업자가 작성한 사업계획에 의한다고 규정하고 있는 바, 이는 매수자인 청구법인의 신청내용에 의하여 감면되는 의무조항으로 이에 대한 모든 귀책사유는 청구법인에 있다 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 국민주택건설용지를 매입하고 특별부가세 감면신청서에 국민주택비율을 표시하지 아니한 채 양도자가 감면세액 전액을 감면 받고 청구법인은 당초 사업계획대로 준공한 경우 청구법인에 대한 감면세액 추징이 적법한지 여부
• 나. 관련법령 구 조세감면규제법 제62조【국민주택건설용지에 대한 양도소득세 등 감면】 제1항에서 “내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)에게 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다”라고 규정하고, 제2항에서 “당해 토지에 국민주택을 건설하지 아니하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 때에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 주택건설등록업자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다”라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제50조【국민주택건설용지에 대한 양도소득세 등 감면】 제8항에서 “법 제62조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고 자 하는 주택건설등록업자는 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서에 1. 주택건설사업 등록증사본 또는 사업자등록증 사본, 2. 양수한 토지의 등기부등본, 3. 매매계약서 사본을 첨부하여 양도자의 주소지 소관 세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고, 같은법 시행규칙 제19조【국민주택건설용지에 대한 면제세액의 계산】 제4항에서 “공공시설용지비율과 국민주택비율은 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의하여 승인을 얻은 단위사업 계획별로 계산하되 감면신청일까지 사업계획의 승인을 얻지 못하는 경우에는 주택건설등록업자가 작성한 사업계획에 의하여 신청하는 비율에 의한다”라고 규정하고, 제6항에서 “제4항 본문 후단의 경우 주택건설등록업자가 사업계획의 승인을 얻은 때에는 그 승인을 얻은 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 그 승인을 얻은 사업계획을 납세지소관세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.
• 다. 사실 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점토지 매입과 관련하여 거래당사자간의 1993.7.28자 토지매매계약서상에 특별부가세 감면에 관한 특약사항은 없는 것으로 나타나고, 1994년 3월 청구법인이 신청한 쟁점토지의 특별부가세 세액감면신청서상에 국민주택용지비율 및 감면 받을 세액 기재난이 모두 공난으로 되어 있음에도 불구하고 양도법인인 OO전기(주)는 동 세액감면신청서에 의거하여 1993년도 법인세과세표준 및 세액 신고시 이 건 관련 특별부가세 감면세액을 감면비율 100%에 상당하는 392,302,260원으로 신고하여 전액 감면 받은 사실이 확인된다.

(2) 이 건 청구주장의 타당성 및 처분의 적법성 여부를 살펴본다. 첫째, 청구법인은 세액감면 신청시 조세감면규제법 관련규정에 의한 감면비율을 산정하여 신청하여야 하나 세법에 대한 지식이 부족하여 감면비율을 계산하기 어려워서 당해 감면신청서에 표시하지 못하였다고 하나, 양도법인인OO전기(주)가 특별부가세 신고시 전액 면제세액으로 신고하고 청구법인이 작성한 세액감면신청서에 의하여 100% 감면을 받은 사실을 감안하여 보면 청구법인이 세액면제 신청서상에 사업계획승인 내용상의 국민주택건설비율을 기재하지 아니하고 공란으로 둠으로써 결과적으로 양도법인의 특별부가세 신고내용(100%감면)대로 감면 받게 하였으므로 귀책사유가 없다고 할 수 없고 오히려 묵시적으로 100% 감면을 받도록 동의한 것으로 볼 수도 있다 할 것이다. 둘째, 이 건의 경우 양도법인의 특별부가세 신고 및 매수법인의 특별부가세 면제신청으로 인하여 쟁점토지 양도에 따른 특별부가세는 이미 전액 면제세액으로 결정되었는 바, 추후 국민주택건설비율에 따라 감면세액을 추징할 경우에는 위 조세감면규제법 관련규정상 매수인에게 부과하도록 법제화 되어 있으며 양도자에게 당해 세액을 추징할 법적근거는 없다 할 것이다. 셋째, 양도법인 관할세무서에서는 이 건 감면신청(1994.3)을 받고 즉시 감면관련 자료를 매수인(청구법인) 관할세무서인 처분청에 통보(1994.4)하였고, 처분청은 감면세액에 대한 사후관리요령에 따라 준공후 계산된 감면비율에 따라 이 건 세액을 추징한 것으로 밝혀지고 있어 세무행정 집행측면에서 볼 때에도 정상적인 절차를 거쳐 추징한 것으로 인정된다. 위와 같은 사실들을 종합하여 보면, 처분청이 위 조세감면규제법에서 정하는 바에 따라 매수인인 청구법인에게 국민주택건설 미달분에 대하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 적법한 것으로 판단된다. 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.